3. W odpowiedzi organ wniósł o oddalenie skargi kasacyjnej i zasądzenie kosztów.
4. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
4.1. Skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie.
4.2. Przed oceną jej zarzutów zasadne pozostaje przypomnienie zasad ogólnych dotyczących sporządzania skarg kasacyjnych. W tym kontekście podkreślenia wymaga, że skarga kasacyjna jest środkiem odwoławczym wysoce sformalizowanym, musi spełniać wszystkie ustawowe wymogi, a w szczególności formalnoprawne przewidziane w art. 176 w zw. z art. 174 p.p.s.a. Zgodnie z art. 174 pkt 1 i 2 p.p.s.a. skargę kasacyjną można oprzeć na następujących podstawach: naruszeniu prawa materialnego przez jego błędną wykładnię lub niewłaściwe zastosowanie (pkt 1); naruszeniu przepisów postępowania, jeżeli uchybienie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy (pkt 2). W myśl art. 176 p.p.s.a., skarga kasacyjna powinna przytoczyć podstawy kasacyjne i ich uzasadnienie. Przez podstawę kasacyjną należy rozumieć konkretny przepis prawa, którego naruszenie przez sąd pierwszej instancji zarzuca skarga kasacyjna. W odniesieniu do przepisu, który nie stanowi jednej zamkniętej całości, a składa się z ustępów, punktów i innych jednostek redakcyjnych, wymóg skutecznie wniesionej skargi kasacyjnej jest spełniony wówczas, gdy wskazuje ona konkretny przepis naruszony przez sąd pierwszej instancji, z podaniem numeru artykułu, ustępu, punktu i ewentualnie innej jednostki redakcyjnej przepisu. Do zachowania formy skargi kasacyjnej nie wystarczy wymienienie podstaw skargi kasacyjnej, ale konieczne jest także uzasadnienie podniesionej podstawy skargi przez wskazanie, które przepisy ustawy zostały naruszone i na czym to naruszenie polegało oraz jaki mogło mieć wpływ na wynik sprawy. W przeciwnym razie ocena skargi kasacyjnej nie jest w ogóle możliwa.
Podkreślić należy, że Naczelny Sąd Administracyjny kontroluje wyrok Sądu I instancji w zakresie oznaczonym skargą kasacyjną i nie jest uprawniony ani do zmiany, ani do uzupełniania tego zakresu. Zatem nie ma kompetencji dokonywania za wnoszącego skargę kasacyjną wyboru, który przepis prawa został naruszony ani w jaki sposób. Stanowi to bowiem powinność autora skargi kasacyjnej, który jest profesjonalnym pełnomocnikiem strony. Należy bowiem podkreślić, że przy sporządzaniu skargi kasacyjnej wprowadzono tzw. przymus adwokacki (art. 175 § 1 p.p.s.a.), aby nadać temu środkowi odwoławczemu charakter pisma o wysokim stopniu sformalizowania, gdy chodzi o wymogi dotyczące podstaw kasacyjnych i ich uzasadnienia jako istotnych elementów konstrukcji skargi kasacyjnej.
Przypomnienie tych podstawowych zasad formułowania zarzutów skargi kasacyjnej konieczne było z uwagi na sformułowane w niej zarzuty i powiązane z nimi uzasadnienie wniesionego środka odwoławczego.
4.3. Autor skargi kasacyjnej zarzuty natury procesowej ogniskuje wokół art. 141 § 4 p.p.s.a. (łącząc go z art. 133 § 1 p.p.s.a. bądź art. 106 § 3 p.p.s.a.), przy czym należy podnieść, iż nie uzasadniono w ogóle naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. W petitum skargi kasacyjnej zawarto jedynie ogólną polemikę z rozstrzygnięciem Sądu I instancji, nie wskazując przy tym żadnych konkretnych uchybień co do konstrukcji uzasadnienia zaskarżonego wyroku.
Tymczasem zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. może być skutecznie postawiony w dwóch przypadkach: gdy uzasadnienie wyroku nie zawiera wszystkich elementów, wymienionych w tym przepisie i gdy w ramach przedstawienia stanu sprawy wojewódzki sąd administracyjny nie wskaże, jaki i dlaczego stan faktyczny ustalił lub przyjął za podstawę orzekania. Naruszenie to musi być przy tym na tyle istotne, aby mogło mieć wpływ na wynik sprawy, a samo uchybienie musi uniemożliwiać kontrolę kasacyjną zaskarżonego wyroku. Za jego pomocą nie można skutecznie zwalczać prawidłowości przyjętego przez sąd stanu faktycznego, czy też stanowiska sądu co do wykładni bądź zastosowania prawa materialnego (por. wyrok NSA z 20 stycznia 2026 r., I OSK 1282/25, dostępny w internetowej Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych, CBOSA).
Prawidłowo sporządzone uzasadnienie wyroku, a więc takie, które zawiera konieczne elementy określone w art. 141 § 4 p.p.s.a., ma pomóc stronie oraz sądowi odwoławczemu w prześledzeniu dotychczasowego przebiegu postępowania w sprawie, a także w zapoznaniu się z procesem myślowym, który doprowadził sąd I instancji do podjęcia zaskarżonego orzeczenia.
W opinii NSA, rozstrzygnięcie Sądu wojewódzkiego zawiera wszelkie wymagane prawem elementy, które w sposób jednoznaczny pozwalają na odczytanie stanowiska Sądu, przepisów, które zastosował oraz ich wykładni. Orzeczenie poddaje się kontroli instancyjnej.
4.4. Nie może też być skuteczny zarzut naruszenia art. 133 § 1 p.p.s.a. i wynikającej z niego zasady orzekania na podstawie akt sprawy.
Orzekanie "na podstawie akt sprawy" oznacza, że sąd w procesie kontroli sądowoadministracyjnej bierze pod uwagę okoliczności, które z akt tych wynikają. Podstawą orzekania przez sąd administracyjny jest zatem materiał dowodowy zgromadzony przez organ administracji publicznej w toku postępowania przed tym organem oraz przed sądem (por. wyrok NSA z 30 stycznia 2026 r., III OSK 1209/25, CBOSA).
Do naruszenia art. 133 § 1 p.p.s.a. dochodzi wówczas, gdy sąd oddali skargę mimo niekompletnych akt sprawy, gdy pominie istotną część tych akt, gdy przeprowadzi postępowanie dowodowe z naruszeniem przesłanek wskazanych w art. 106 § 3 p.p.s.a. oraz gdy oprze orzeczenie na własnych ustaleniach, tzn. dowodach lub faktach, nieznajdujących odzwierciedlenia w aktach sprawy, o ile nie znajduje to umocowania w art. 106 § 3 p.p.s.a. (wyrok NSA z 12 grudnia 2025 r., I FSK 934/25, CBOSA). W skardze kasacyjnej nie wykazano, by taka okoliczność zaszła w rozpoznawanej sprawie.
Nie sposób nie zauważyć, że treść zarzutów podnoszonych przez skarżącego w ramach podstawy kasacyjnej z art. 174 pkt 2 p.p.s.a. wskazuje, iż odpowiadają one swym charakterem zarzutowi naruszenia przepisów postępowania podważającego prawidłowość ustaleń faktycznych, natomiast nie wyartykułowano żadnego przepisu Ordynacji podatkowej regulującego tę materię. Jak już zaś wyżej wskazano, NSA nie ma prawa ani obowiązku domyślać się intencji autora skargi kasacyjnej.
Strona ogólnikowo tylko stwierdza, że "Sąd przyjął brak dobrej wiary podatnika (za organami) bez dowodów lub wbrew dowodom" (s. 5 skargi kasacyjnej), nie wskazując jednak, o jakie konkretnie dowody chodzi lub na jakie fakty bądź okoliczności brak jest dowodów.
4.5. Pełnomocnik podatnika wymienia pośród naruszonych przepisów również art. 106 § 3 p.p.s.a., lecz ani treść zarzutu, ani uzasadnienie skargi nie wskazuje, że został on naruszony. Rzeczywiście, Sąd I instancji oddalił wniosek dowodowy skarżącego dotyczący postanowień o umorzeniu postępowania przez Prokuraturę Rejonową w W., jednak dokumenty te znajdowały się już w aktach podatkowych.
Sąd I instancji tłumaczył, że oddalenie wniosku dowodowego skarżącego uzasadniało w pierwszym rzędzie to, że oba postanowienia znajdują się w aktach sprawy. Oba postanowienia były przedmiotem analizy w toku postępowania podatkowego.
Przede wszystkim zaś, jak słusznie zauważył WSA, biorąc pod uwagę fakt, że zaskarżona decyzja została wydana i doręczona (w dniu 1 grudnia 2021 r.) przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za którykolwiek z okresów rozliczeniowych objętych postępowaniem, rozważania w zakresie wpływu prowadzenia i umorzenia postępowania karnego jako okoliczności związanych z zawieszeniem biegu terminu przedawnienia stosownie do art. 70 § 6 pkt 1 O.p. pozostają bez znaczenia dla rozstrzygnięcia w zaskarżonej decyzji, a tym samym nie mają wpływu na wynik sprawy. Jako niebudzące wątpliwości należy bowiem przyjąć założenie, że upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego należy wiązać z prawem do wydania decyzji w postępowaniu podatkowym. To zaś zakończyło się wydaniem zaskarżonej decyzji przez organ odwoławczy przed upływem terminu przedawnienia. Upływ terminu przedawnienia po wydaniu decyzji ostatecznej nie daje sądowi podstaw do jej uchylenia z tego powodu. Kwestia przedawnienia może na gruncie rozpoznawanej sprawy powrócić w sytuacji, gdyby doszło finalnie do uchylenia zaskarżonej decyzji. Wówczas organy byłyby zobligowane do przeanalizowania kwestii wystąpienia okoliczności powodujących zawieszenie biegu terminu przedawnienia.
Nie jest oparty na uzasadnionych przesłankach zarzut naruszenia art. 70 § 1 O.p. Sąd administracyjny dokonuje kontroli legalności rozstrzygnięć administracyjnych według stanu prawnego i faktycznego z dnia wydania zaskarżonego aktu. Sam skarżący zaś przyznaje, że na dzień wydania decyzji przez organ podatkowy nie upłynął podstawowy, ustawowy, pięcioletni termin przedawnienia, zatem możliwe i konieczne było orzekania o wysokości zobowiązania podatkowego.
Zagadnienie wpływu postanowień wydanych w postępowaniu karnym na bieg terminu przedawnienia prawidłowo WSA w Bydgoszczy pozostawił poza swoimi rozważaniami, poprzestając na konkluzji, że w stanie faktycznym niniejszej nie upłynął termin przedawnienia zobowiązań podatkowych.
Oczywiste jest zatem, iż oddalenie wniosku o przeprowadzenie dowodów nie mogło mieć żadnego wpływu na wynik sprawy. Sposób sformułowania skargi sugeruje natomiast, że strona ma raczej zastrzeżenia co do oceny tych dokumentów, lecz ponownie trzeba podkreślić - nie wskazała w związku z tym w skardze kasacyjnej żadnego przepisu Ordynacji podatkowej.
4.6. W następstwie braku skuteczności zarzutów dotyczących oceny postępowania dowodowego, należy stwierdzić, że przy tak ustalonym i niepodważonym stanie faktycznym WSA w Bydgoszczy prawidłowo zastosował normy prawa materialnego - w szczególności art. 86 ust. 1 w zw. z ust. 2 pkt 1 lit. a oraz art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT, które stanowiły podstawę do pozbawienia skarżącego prawa do odliczenia podatku należnego.
Z powyższego względu nie mogły zostać uwzględnione zarzuty naruszenia art. 167 i 168 lit. a i art. 178 lit. a Dyrektywy 2006/112/WE.
4.7. Nie miało przy tym miejsca naruszenie zasady in dubio pro tributario wyrażonej w art. 2a O.p. Jak wskazuje się w orzecznictwie NSA, przepis art. 2a O.p. zawiera normę prawną, która nakazuje rozstrzyganie na korzyść podatnika wątpliwości, jednakże tylko tych, które dotyczą prawa, nie zaś wątpliwości co do stanu faktycznego (por. wyrok NSA z 14 maja 2025 r., I FSK 307/22, CBOSA).
4.8. Z uwagi na fakt, że podniesione przez podatnika zarzuty kasacyjne wobec wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy okazały się nieusprawiedliwione, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 p.p.s.a. oddalił skargę kasacyjną. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 w zw. z art. 205 § 2 i art. 209 ww. ustawy.
Bartosz Wojciechowski Janusz Zubrzycki Ryszard Pęk
sędzia NSA (spr.) sędzia NSA sędzia NSA