Uzasadnienie
1. Skarga kasacyjna.
1.1. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Warszawie, reprezentowany przez profesjonalnego pełnomocnika, pismem z dnia 16 kwietnia 2025 r., wniósł skargę kasacyjną od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 12 marca 2025 r., III SA/Wa 2696/24. Wyrokiem tym Sąd uchylił postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z dnia 26 września 2024 r. w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za wrzesień 2019 r. oraz poprzedzające je postanowienie Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście z dnia 9 grudnia 2019 r.
1.2. Wyrok Sądu pierwszej instancji zaskarżono w całości, zarzucając mu:
I. na podstawie art. 174 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024 r., poz. 935; dalej: p.p.s.a.) naruszenie przepisów prawa materialnego, tj. art. 87 ust. 1 i ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2024 r. poz. 361; dalej: ustawa o PTU) w związku z art. 274b § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2023 r. poz. 2383; dalej: o.p.);
II. ponadto na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. zarzucono naruszenie przepisów prawa procesowego, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
1) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a poprzez uchylenie zaskarżonego postanowienia i uznanie, że organ naruszył:
- przepisy procesowe tj. art. 121 § 1, art. 124 i art. 217 § 2 o.p., gdy tymczasem DIAS nie naruszył przepisów w tym zakresie a Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyniku dokonanej kontroli zaskarżonego rozstrzygnięcia winien oddalić skargę a nie uchylić zaskarżoną decyzję na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c ustawy p.p.s.a;
2) art. 153 p.p.s.a. gdy tymczasem w ocenie DIAS postanowienie organu tego przepisu nie narusza, a Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyniku dokonanej kontroli zaskarżonego rozstrzygnięcia winien oddalić skargę a nie uchylić zaskarżone postanowienie oraz postanowienie je poprzedzające.
1.3. W oparciu o tak sformułowane zarzuty wniesiono o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości oraz przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania przez Sąd pierwszej instancji, zasądzenie na rzecz organu kosztów postępowania według norm prawem przepisanych oraz oświadczono, że organ zrzeka się rozprawy w przedmiotowej sprawie.
2. Odpowiedź na skargę kasacyjną.
W odpowiedzi na skargę kasacyjną Skarżąca spółka wniosła o oddalenie skargi kasacyjnej organu oraz zasądzenie zwrotu kosztów postępowania wraz z kosztami zastępstwa procesowego według norm przepisanych oraz oświadczyła, że zrzeka się rozprawy.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
3. Skarga kasacyjna jest niezasadna.
4.1. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Warszawie podniósł w skardze kasacyjnej zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a poprzez uchylenie zaskarżonego postanowienia i uznanie, że organ naruszył przepisy procesowe tj. art. 121 § 1, art. 124 i art. 217 § 2 o.p. W ocenie Autora skargi kasacyjnej DIAS nie naruszył przepisów w tym zakresie, a Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyniku dokonanej kontroli zaskarżonego rozstrzygnięcia winien oddalić skargę a nie uchylić zaskarżoną decyzję [w sprawie zaskarżono postanowienie DIAS – dop. NSA].
4.2. Stanowisko DIAS nie zasługuje na aprobatę. W postanowieniu organu I instancji jako zasadnicze powody przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wskazano fakt prowadzenia wobec Skarżącej kontroli celno-skarbowej za inne okresy rozliczeniowe, a także konieczność przeprowadzenia czynności sprawdzających w odniesieniu do faktur wystawionych dla odbiorcy zagranicznego ze Stanów Zjednoczonych – J. INC oraz faktury zakupu wystawionej przez kontrahenta krajowego C. sp. z o.o., który w bliżej nieokreślony przez organ sposób miał być również powiązany osobowo ze Skarżącą. W zaskarżonym postanowieniu DIAS nie odniósł się natomiast do jakichkolwiek wątpliwości dotyczących dwóch opisanych powyżej faktur, ale wskazał na wątpliwości dotyczące faktury zakupu od I. sp. z o.o. na kwotę 5000 zł netto oraz 1150 zł VAT. Organ powołał się w tym zakresie m.in. na fakt wszczęcia wobec spółki 6 lutego 2020 r. postępowania podatkowego w zakresie rozliczenia podatku od towarów i usług za okres od sierpnia do grudnia 2019 r., informację przekazaną przez Łódzki Urząd Celno-Skarbowy w Łodzi pismem z dnia 26 lutego 2020 r. oraz protokół kontroli celno-skarbowej z 27 maja 2020 r. przeprowadzonej przez Naczelnika Łódzkiego Urzędu Celno-Skarbowego w Łodzi włączony do akt postępowania podatkowego postanowieniem z 28 września 2020 r. DIAS wskazał także na wydanie wobec spółki przez organ I instancji decyzji określającej Skarżącej wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek VAT podatnika m.in. za wrzesień 2019 r. oraz ustalającej dodatkowe zobowiązanie podatkowe, która to decyzja została następnie uchylona przez organ odwoławczy w całości, które to rozstrzygnięcie jest aktualnie przedmiotem toczącego się postępowania sądowoadministracyjnego.