5) art. 122 o.p. przez naruszenie zasady prawdy obiektywnej i brak podjęcia wszelkich działań niezbędnych w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym;
6) zasady szybkości i prostoty postępowania wyrażone w art. 125 o.p. wskutek wydania postanowienia w sprawie zaliczenia wpłaty dokonanej przez podatnika po znacznym upływie czasu od dokonanych wpłat i mimo ich dokonania w terminie, we właściwej wysokości oraz ze wskazaniem tytułu i okresu podatku, którego dotyczy wpłata;
– stosownie do art. 174 pkt 2 p.p.s.a. doszło do naruszenia przepisów postępowania mających istotny wpływ na wynik sprawy, tj. art. 141 § 4 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. polegającego na sporządzeniu przez sąd nieprawidłowego uzasadnienia zaskarżonego wyroku, a przejawiającego się w szablonowym jego ujęciu, braku rzeczowego wyjaśnienia podstawy prawnej przyjętego rozstrzygnięcia, tj. z pominięciem najistotniejszych kwestii prawidłowej wykładni przepisów prawa materialnego oraz brakiem odniesienia się do zarzutów skarżącego związanych z wygaśnięciem zobowiązań podatkowych, a także pobieżnym odniesieniu się do naruszenia podstawowych zasad Ordynacji podatkowej.
W kontekście tak sformułowanych zarzutów strona wniosła o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania przez Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu, a także o zasądzenie kosztów postępowania wg norm przepisanych.
3. Odpowiedź na skargę kasacyjną
W odpowiedzi na skargę kasacyjną organ wniósł o oddalenie tej skargi oraz zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego wg norm przepisanych.
4. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
4.1. Skarga kasacyjna nie ma usprawiedliwionych podstaw, a zatem rozpoznawany środek odwoławczy nie zasługuje na uwzględnienie.
4.2. Na wstępie odnotować należy, że na rozprawie 16 kwietnia 2026 r. Naczelny Sąd Administracyjny, poza sprawą niniejszą, rozpoznawał jeszcze cztery analogiczne skargi kasacyjne strony od wyroków Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu oddalających skargi strony na postanowienia organu wydane w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowych w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące (sprawy o sygn. akt: I FSK 963/23, I FSK 1499/24, I FSK 1500/24 i I FSK 1501/24). Jak wynika z treści protokołu rozprawy wszystkie te sprawy rozpoznano łącznie z zachowaniem odrębnego wyrokowania, a skargi kasacyjne oddalono z tych samych względów.
4.3. Jak zatem zauważył Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku wydanym w sprawie o sygn. akt I FSK 1501/24, w ramach skargi kasacyjnej (której treść jest co do zasady tożsama z treścią środka zaskarżenia rozpoznawanego w niniejszej sprawie) skarżący powtórzył zarzuty sformułowane w skardze do sądu pierwszej instancji i powtórzył tę samą argumentację na ich uzasadnienie.
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego sąd pierwszej instancji prawidłowo odniósł się do tych zarzutów, uznając je za niezasadne.
4.4. W zakresie zarzutów dotyczących uchybienia przepisom natury proceduralnej autor skargi kasacyjnej podniósł naruszenie art. 121, art. 122, art. 125 o.p., argumentując zasadniczo, że postanowienie w sprawie zaliczenia wpłat było wydane w sposób niewłaściwy, przez brak podjęcia wszelkich działań niezbędnych w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz że postanowienie w sprawie zaliczenia wpłaty dokonanej przez podatnika zostało wydane po znacznym upływie czasu od dokonanych wpłat.
Odnosząc się do tej argumentacji, Naczelny Sąd Administracyjny zauważa, że w rozpoznawanej sprawie bezsporny jest fakt, że postanowienie organu pierwszej instancji dotyczące wpłaty z 20 sierpnia 2021 r. wydano dopiero 1 kwietnia 2022 r. Tak znaczne opóźnienie w wydaniu postanowienia organu pierwszej instancji stanowi oczywiste naruszenie zasady szybkości postępowania, co z resztą przyznał organ odwoławczy w zaskarżonym postanowieniu, a sąd pierwszej instancji tę kwestię prawidłowo zaakceptował. W konsekwencji, choć opieszałość organów niewątpliwie miała miejsce to nie podważa ona prawidłowości samego rozliczenia wpłat, a zatem — jak trafnie wywiódł sąd pierwszej instancji — stwierdzone uchybienia nie miały istotnego wpływu na wynik sprawy.
Należy bowiem podkreślić, że postanowienie o zaliczeniu wpłaty na poczet zaległości podatkowych ma charakter wyłącznie deklaratoryjny. Oznacza to, że dokonana wpłata podlega zaliczeniu na poczet zaległości podatkowej z dniem jej dokonania, a wydane postanowienie jedynie odzwierciedla i potwierdza dokonanie czynności materialno-technicznej. Czynność ta polega na rozliczeniu dokonanej przez podatnika wpłaty na poczet zaległości podatkowych według zasad określonych w Ordynacji podatkowej. Podatnik nie może w tym postępowaniu kwestionować istnienia zaległości przyjętej przez organ. Może jedynie kwestionować sposób dokonania zaliczenia. Jeżeli podatnik kwestionuje istnienie zaległości, może to uczynić w odrębnym postępowaniu, nie zaś w postępowaniu mającym charakter rachunkowy i techniczny. W postanowieniu o zaliczeniu organ wskazuje jedynie, jaką kwotę zalicza na poczet jakich zaległości podatkowych, a także z jakich dokumentów wynika zaległość podatkowa, na poczet której dokonywane jest zaliczenie. Akt ten nie kształtuje więc nowej sytuacji prawnej, a jedynie potwierdza czynność materialno-techniczną, która następuje z mocy samego prawa (ex lege) z dniem dokonania wpłaty.
Podnoszony przez skarżącego argument dotyczący "sztucznego wykreowania zaległości podatkowej podatnika" jest natomiast zbyt daleko idący. Oczywiste jest bowiem, że to nie organ podatkowy kreuje zaległość swoim działaniem (lub zaniechaniem), lecz wynika ona z matematycznego rozliczenia deklarowanych przez podatnika zobowiązań w zderzeniu z dokonanymi wpłatami i ich terminowością.
Z tych powodów zarzuty naruszenia przepisów postępowania nie mogły odnieść zamierzonego skutku.
4.5. Zgodnie z art. 62 § 1 o.p. jeżeli na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe z różnych tytułów, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet podatku zgodnie ze wskazaniem podatnika, a w przypadku braku takiego wskazania — na poczet zobowiązania podatkowego o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zobowiązań podatkowych podatnika. W przypadku gdy na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe, których termin płatności upłynął, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności we wskazanym przez podatnika podatku, a w przypadku braku takiego wskazania lub braku zaległości podatkowej we wskazanym podatku — na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości podatkowych podatnika. W sprawie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowych, odsetek za zwłokę oraz kosztów upomnienia organ podatkowy, na wniosek podatnika, wydaje postanowienie, na które służy zażalenie (art. 62 § 4 o.p.).
W niniejszej sprawie autor skargi kasacyjnej całkowicie pomija drugą część § 1 w art. 62 o.p., który w swej treści wprowadza istotne ograniczenie, w przypadku gdy terminy płatności podatku już upłynęły (powstały zaległości podatkowe). W tej sytuacji zasada wskazania przez podatnika ulega pewnemu zawężeniu. W przypadku bowiem posiadania zaległości podatkowych podatnik (płatnik) dokonujący wpłaty może decydować o jej przeznaczeniu, ale tylko w zakresie tytułu podatkowego, a nie okresu, za który powstała zaległość. Z urzędu bowiem wpłata będzie zaliczona na zaległość o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości we wskazanym podatku, a w przypadku braku określenia podatku, albo braku zaległości podatkowej we wskazanym podatku — na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości podatkowych.
W sprawie niniejszej, wbrew twierdzeniom skarżącego, zobowiązania podatkowe za maj i czerwiec 2020 r. nie wygasły wskutek dokonanych przez niego wpłat w czerwcu i lipcu 2020 r. Wpłata z 29 czerwca 2020 r. została zaliczona na poczet zaległości w VAT za marzec, kwiecień i maj 2014 r., a wpłata z 20 lipca 2020 r. — na poczet zaległości w VAT za poszczególne miesiące od maja do października i grudzień 2014 r. oraz za sierpień 2017 r. Skoro zatem w dacie dokonania przez skarżącego wpłat opisanych jako dotyczące VAT za maj i czerwiec 2020 r. istniały wymagalne zobowiązania z tytułu VAT za wcześniejsze okresy rozliczeniowe, to automatycznie wpłaty te, mimo dyspozycji skarżącego, musiały być zaliczone na wymagalne i najstarsze zobowiązania.
Zgodnie z art. 62 § 1 o.p. tytuły wpłat z 29 czerwca 2020 r. i 20 lipca 2020 r. wiązały naczelnika urzędu skarbowego jedynie w zakresie rodzaju podatku – podatek od towarów i usług, natomiast wobec istnienia zaległości za wskazane wyżej okresy, organ pierwszej instancji nie mógł dokonać zaliczenia zgodnie z wolą strony na poczet zobowiązań w podatku od towarów i usług za maj i czerwiec 2020 r. Naczelnik urzędu skarbowego nie mógł uwzględniać wpłat na bieżące zobowiązania, lecz miał obowiązek zaspokajania najstarszych zaległości wraz z odsetkami za zwłokę i ewentualnymi kosztami upomnienia.
Z powyższych względów Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że w sprawie nie doszło do naruszenia art. 62 § 1 i § 4 o.p., w szczególności w sposób podnoszony przez autora skargi kasacyjnej.
4.6. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego za nieuzasadniony należało uznać także zarzut naruszenia art. 59 § 1 pkt 1 w zw. z art. 21 § 1 o.p. polegającego na niezastosowaniu tych przepisów.
Skarżący błędnie wywodzi, że zobowiązania w podatku od towarów i usług za maj i czerwiec 2020 r. wygasły wskutek zapłaty, co w jego opinii winno wykluczać możliwość późniejszego zaliczania wpłat na poczet innych zaległości. Teza ta nie znajduje jednak oparcia w stanie faktycznym sprawy. Jak trafnie wyjaśniono w toku postępowania, wpłaty dokonane przez podatnika nie doprowadziły do wygaśnięcia tych konkretnych zobowiązań, gdyż zostały one rozliczone na poczet zaległości podatkowych o wcześniejszych terminach płatności. W dacie dokonywania spornych wpłat po stronie skarżącego figurowały wymagalne zaległości z tytułu VAT za poszczególne miesiące od marca do października 2014 r., grudzień 2014 r. oraz sierpień 2017 r. W takiej sytuacji organ podatkowy był zobligowany do zaliczenia wpłaconych środków na poczet zaległości o najwcześniejszym terminie płatności.
4.7. Nietrafny okazał się również zarzut naruszenia art. 55 w zw. z 53 § 1-2 i art. 53a o.p.
Przepis art. 51 § 1 o.p. stanowi, że zaległością podatkową jest podatek niezapłacony w terminie płatności. Od zaległości podatkowej naliczane są odsetki za zwłokę od dnia następnego po upływie terminu płatności do dnia zapłaty podatku (art. 53 § 1 i 4 o.p.). Odsetki za zwłokę naliczane są z mocy prawa, albowiem stanowią one skutek powstania zaległości podatkowej.
Natomiast w myśl art. 55 § 2 o.p. jeżeli dokonana wpłata nie pokrywa kwoty zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę, wpłatę tę zalicza się proporcjonalnie na poczet kwoty zaległości podatkowej oraz kwoty odsetek za zwłokę w stosunku, w jakim, w dniu wpłaty pozostaje kwota zaległości podatkowej do kwoty odsetek za zwłokę. Przepis ten reguluje proporcjonalny sposób zaliczania dokonanej wpłaty.
W konsekwencji, z uwagi na okoliczność, że w sprawie istniała zaległość podatkowa, konieczne było ustalenie odsetek za zwłokę i proporcjonalne zaliczenie wpłaty z 20 sierpnia 2021 r. na poczet zaległości i odsetek.
4.8. W sprawie nie doszło też do naruszenia art. 62 § 1 w zw. z art. 51 § 1 i art. 59 § 1 pkt 1 o.p. przez ich błędne zastosowanie. W realiach przedmiotowej sprawy wydanie postanowień o zaliczeniu wpłat z 29 czerwca 2020 r. i 20 lipca 2020 r. przesądziło o braku wygaśnięcia zobowiązań podatkowych za maj i czerwiec 2020 r. i powstania zaległości podatkowych za te okresy mimo zapłaty podatku w terminie zgodnie z ostatnimi ww. przepisami. Zatem doszło do modyfikacji zobowiązań podatkowych i wykreowania nowego stanu faktycznego i prawnego dla skarżącego.
W tej sytuacji uznać należało, że organ był uprawniony do zaliczenia wpłaty z 20 sierpnia 2021 r. na poczet zaległości za maj i czerwiec 2020 r., a nie na poczet zobowiązania podatkowego za lipiec 2021 r. Zgodnie bowiem z art. 62 § 1 o.p. skoro w dacie dokonania przez skarżącego wpłaty za lipiec 2021 r. istniały wymagalne zobowiązania z tytułu VAT za maj i czerwiec 2020 r., to automatycznie wpłata ta, mimo, że została opisana przez skarżącego jako dokonana za lipiec 2021 r., musiała być zaliczona na wymagalne i najstarsze zobowiązania.
4.9. Nie zasługiwał na uwzględnienie również zarzut naruszenia przez sąd pierwszej instancji art. 141 § 4 p.p.s.a.
Lektura uzasadnienia zaskarżonego wyroku prowadzi do wniosku, że pisemne motywy tego orzeczenia spełniają wszystkie przesłanki uzasadnienia określone w ww. przepisie prawa. W szczególności wynika z niego jednoznacznie, jakie stanowisko prawne zajął sąd pierwszej instancji w zakresie wykładni materialnoprawnej podstawy swojego rozstrzygnięcia, spornych elementów stanu faktycznego oraz postulowanego przez stronę naruszenia zasad postępowania podatkowego.
4.10. Mając na uwadze wszystkie przedstawione wyżej okoliczności, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 p.p.s.a. oddalił skargę kasacyjną, uznając ją za bezzasadną.
O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono natomiast na podstawie art. 204 pkt 1 w zw. z art. 205 § 2 i art. 209 p.p.s.a. w zw. z § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a) w zw. z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2026 r. poz. 118).
Arkadiusz Cudak Janusz Zubrzycki Marek Kołaczek
Sędzia NSA Sędzia NSA Sędzia NSA