Jak wynika z orzecznictwa o "wartości przedmiotu zaskarżenia" nie decyduje jednak kwotowy wynik samej decyzji, ale jej "przedmiot" i zakres zaskarżenia do niego się odnoszący (vide postanowienie NSA z dnia 6 grudnia 2012 r., sygn. akt I FZ 563/12). Na ten przedmiot składa się należność pieniężna żądana przez organ od podatnika (a w zasadzie różnica między należnością, o której orzekł organ w decyzji, a tą zadeklarowaną przez podatnika) oraz należność pieniężna żądana przez podatnika od organu czy to do zwrotu, czy to do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy (i tu także różnica między kwotą, jaką wskazał organ w decyzji, a kwotą podaną w deklaracji przez podatnika).
Z treści art. 231 P.p.s.a. wynika, że wpis stosunkowy pobiera się w sprawach, w których przedmiotem zaskarżenia są należności pieniężne. W innych sprawach pobiera się wpis stały. W świetle art. 215 § 1 P.p.s.a. w każdym piśmie wszczynającym postępowanie sądowe w danej instancji należy podać wartość przedmiotu zaskarżenia, jeżeli od tej wartości zależy wysokość opłaty. Przewodniczący - zgodnie z art. 218 P.p.s.a. - może sprawdzić wartość przedmiotu zaskarżenia oznaczoną w piśmie i zarządzić w tym celu dochodzenie. Dzieje się tak w przypadku, gdy informacja podana w piśmie budzi wątpliwości co do jej rzetelności w świetle materiału wynikającego z akt sprawy. Należało przy tym podkreślić, że jeśli rzeczywista wartość przedmiotu zaskarżenia jest inna niż ta wskazana w skardze, zarządzenie przewodniczącego wydane w trybie art. 218 P.p.s.a. powinno być opatrzone stosownym uzasadnieniem zgodnie z art. 141 § 4 w związku z art. 166 i art. 167 P.p.s.a. (vide postanowienie NSA z dnia 24 października 2012 r., sygn. akt I FZ 293/12).
Z podanych przepisów wynika zatem, że wpis stosunkowy pobiera się wtedy, gdy przedmiotem zaskarżenia jest należność pieniężna i to ona stanowi wówczas wartość przedmiotu sporu. Jak zaś przyjęto w uchwale NSA z dnia 28 stycznia 2008 r., sygn. akt I FPS 7/07, "wartość przedmiotu zaskarżenia stanowi tylko ta część należności pieniężnej, która została zakwestionowana w skardze".
3.3. W sprawie objętej żądanym wpisem Strona zaskarżyła w całości decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Zielonej Górze z dnia 30 kwietnia 2025 r. utrzymującą w mocy decyzję Naczelnika Lubuskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gorzowie Wielkopolskim z dnia 25 kwietnia 2024 r. w przedmiocie określenia w podatku VAT za lipiec, sierpień, wrzesień, listopad i grudzień 2020 r. zobowiązań podatkowych w wysokości po 0 zł za każdy z tych miesięcy; wysokości nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za grudzień 2020 r. w wysokości 843 zł; a także kwoty podatku do zapłaty z tytułu wystawionych faktur VAT na rzecz G. sp. z o.o., o których mowa w art. 108 ust. 1 u.p.t.u. odpowiednio w wysokości za: lipiec 2020 r. - 67.620 zł, sierpień 2020 r. - 113.850 zł, wrzesień 2020 r. - 44.850 zł, listopad 2020 r. - 604.900 zł i grudzień 2020 r. - 410.550 zł (łącznie 1.241.770 zł). Dodatkowo w uzasadnieniu decyzji organ podkreślił, że istotą sprawy było zakwestionowanie rzetelności faktur sprzedażowych wystawionych przez Stronę, zatem to należało traktować jako "przedmiot" sporu.
W skardze Skarżąca wskazała wartość przedmiotu zaskarżenia w wysokości 0 zł (k. 10 akt sądowych), zaś organ podatkowy w odpowiedzi na skargę podał kwotę 1.241.770 zł (k. 32 akt sądowych). Rozbieżność ta budziła wątpliwości, a zatem Przewodniczący Wydziału zarządził dochodzenie i ustalił wartość przedmiotu zaskarżenia odpowiadającą kwocie podanej przez organ, uzasadniając to stanowisko treścią decyzji i odwołując się do sumy kwot podatku do zapłaty wynikającej z decyzji podatkowej utrzymanej w mocy przez zaskarżoną decyzję.
Skarżąca miała rację, że podatek do zapłaty wynikający z art. 108 ust. 1 u.p.t.u. jest specyficzną konstrukcją prawną. Zgodnie z tym przepisem w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty. Dla jasności dodać należało, że owa konstrukcja prawna ma w istocie charakter sankcyjny, bowiem podatek ten pozostaje do zapłaty z tego względu, że wystawiona faktura nie odzwierciedla rzeczywistości.
W orzecznictwie nie ulega wątpliwości, że kwota podatku, o której mowa w tym przepisie, wpływa na kalkulację wpisu sądowego. Kwota ta stanowi bowiem skonkretyzowaną należność pieniężną o charakterze publicznoprawnym i dlatego pierwszeństwo zastosowania mają przepisy dotyczące ustalenia wysokości wpisu stosunkowego.
3.4. Z porównania zatem wskazanych wyżej norm i okoliczności niniejszej sprawy wynikało bezsprzecznie, że w zarządzeniu Przewodniczącego Wydziału prawidłowo ustalono wartość przedmiotu zaskarżenia na kwotę 1.241.770 zł. Przewodniczący Wydziału uzasadnił zarządzenie i powołał adekwatne przepisy.
Prawidłowo też zastosowano § 1 pkt 4 rozporządzenia RM, zgodnie z którym wpis stosunkowy zależy od wysokości należności pieniężnej objętej zaskarżonym aktem i wynosi ponad 100.000 zł - 1 % wartości przedmiotu zaskarżenia, nie mniej jednak niż 2.000 zł i nie więcej niż 100.000 zł. Tak też wyliczono wpis stosunkowy od skargi Strony. Nie ulega wątpliwości, że 1% sumy 1.241.770 zł - przy zastosowaniu zaokrąglenia wymaganego w świetle art. 19 § 2 zdanie drugie P.p.s.a. - wynosi 12.418 zł.
Wezwanie Skarżącej o uiszczenie tego wpisu nie naruszało art. 220 § 2 i § 3 P.p.s.a. Rygor odrzucenia skargi wskazany w zarządzeniu wynika właśnie z art. 220 § 3 P.p.s.a., zgodnie z którym skarga, skarga kasacyjna, zażalenie oraz skarga o wznowienie postępowania, od których pomimo wezwania nie został uiszczony należny wpis, podlegają odrzuceniu przez sąd. Z kolei termin uiszczenia wpisu został wyznaczony Skarżącej na 2 miesiące, bowiem jak stanowi art. 220 § 2 P.p.s.a. jeżeli pismo wniosła osoba zamieszkała lub mająca siedzibę za granicą, która nie ma w kraju przedstawiciela, przewodniczący wyznaczy termin do uiszczenia opłaty nie krótszy niż dwa miesiące.
3.5. Odnosząc się na koniec do argumentów zażalenia związanych z prawem do sądu, odnotować wypadało, że konstytucyjna zasada prawa do sądu (art. 45 ust. 1 Konstytucji RP) nie ma charakteru absolutnego, a jej realizacja może być zgodnie z prawem uzależniona od różnych czynników, w tym od opłat sądowych. W odniesieniu do sądownictwa administracyjnego w art. 199 P.p.s.a. uregulowano, że strony ponoszą koszty postępowania związane ze swym udziałem w sprawie, chyba że przepis szczególny stanowi inaczej.
Z kolei na tle prawa międzynarodowego Europejski Trybunał Praw Człowieka w wyroku z dnia 10 czerwca 2014 r., sygn. akt 60606/11, potwierdził, że prawo dostępu do sądu zapewnione w art. 6 ust. 1 Europejskiej Konwencji Praw Człowieka nie jest bezwzględne i może podlegać ograniczeniom.
Wymóg uiszczenia wpisu w wysokości 1% należności publicznoprawnej nie narusza zasady proporcjonalności i nie ogranicza prawa do sądu. Ponadto, Strona ma możliwość złożenia wniosku o przyznanie jej prawa pomocy przez zwolnienie od kosztów sądowych.
Tym samym wszystkie zarzuty wyrażone w zażaleniu należało ocenić jako niezasadne.
3.6. Wobec powyższego Naczelny Sąd Administracyjny stosownie do art. 184 w związku z art. 197 § 1 i § 2 w związku z art. 198 P.p.s.a. orzekł jak w sentencji.