Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Zażalenie nie zasługuje na uwzględnienie.
Na wstępie — mając na uwadze treść argumentacji skarżącej — zakreślić należy granice sporu w sprawie poddanej kognicji Naczelnego Sądu Administracyjnego na skutek wniesionego przez nią zażalenia. Podkreślenia zatem wymaga, że przedmiotem zażalenia jest postanowienie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 3 lutego 2026 r., sygn. akt III SA/Wa 313/25, o odrzuceniu skargi spółki na postanowienie organu z powodu wniesienia jej z uchybieniem terminu określonego w art. 53 § 1 p.p.s.a.
Zgodnie z treścią przywołanego przepisu skargę wnosi się w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia skarżącemu rozstrzygnięcia w sprawie albo aktu, o którym mowa w art. 3 § 2 pkt 4a. Z kolei w myśl art. 58 § 1 pkt 2 p.p.s.a. sąd odrzuca skargę wniesioną po upływie terminu do jej wniesienia.
Mając na uwadze tak określone ramy prawne rozpoznawanej sprawy wskazać należy, że na obecnym etapie postępowania (zażalenie na postanowienie o odrzuceniu skargi) przedmiotem oceny sądu drugiej instancji jest zasadność odrzucenia skargi przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie. Z tego względu wszelka argumentacja zażalenia dotycząca nieprawidłowości w postępowaniu przed organami podatkowymi, w szczególności skutkujących postulowaną wadliwością doręczenia decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w M. z 25 maja 2023 r., pozostała poza oceną Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Odnosząc się natomiast do istoty sprawy wywołanej zażaleniem, Naczelny Sąd Administracyjny zauważa, że przedmiotem skargi wniesionej do sądu pierwszej instancji jest postanowienie organu z 29 marca 2024 r. utrzymujące w mocy postanowienie tego organu z 6 listopada 2023 r. o pozostawieniu bez rozpatrzenia odwołania spółki od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w M. z 25 maja 2023 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2017 r. Nie jest przy tym w sprawie sporne, że zaskarżone postanowienie organu z 29 marca 2024 r. zostało doręczone spółce 22 kwietnia 2024 r. Skarżąca na żadnym etapie postępowania sądowoadministracyjnego, również w obecnie rozpoznawanym zażaleniu, nie formułowała jakichkolwiek zarzutów w zakresie skuteczności tego doręczenia. Tym samym 23 kwietnia 2024 r. (tj. w dniu następnym po dniu doręczenia ww. postanowienia) rozpoczął bieg termin do wniesienia ewentualnej skargi na to postanowienie i — jak prawidłowo przyjął sąd pierwszej instancji — bieg ten zakończył z upływem 30. dnia od dnia rozpoczęcia, tj. 22 maja 2024 r. Skarga została natomiast wniesiona przez skarżącą 8 stycznia 2025 r., czyli bez wątpienia po upływie ww. terminu.
W tych okolicznościach sąd pierwszej instancji zobligowany był treścią art. 58 § 1 pkt 2 p.p.s.a. do odrzucenia skargi spółki, co też prawidłowo uczynił postanowieniem z 3 lutego 2026 r. Kategoryczne brzmienie tego przepisu ("sąd odrzuca skargę") nie pozostawia bowiem sądowi administracyjnemu możliwości jakiejkolwiek uznaniowości w tym zakresie.
Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 w zw. z art. 197 § 1 i 2 p.p.s.a. orzekł jak w sentencji.