4. Z akt sprawy wynika, że skarżący 23 września 2025 r. uiścił wpis od skargi zgodnie z treścią wezwania (k. 110 akt sądowych).
5. Natomiast w zażaleniu na powyższe zarządzenie (pismo z 29 września 2025 r.) pełnomocnik skarżącego wniósł o "dokonanie zwrotu nienależnie wpłaconej wartości wpisu od skargi". Z uzasadnienia zażalenia wynika, że skarżący nie zgadza się z ustaloną przez Sąd wartością przedmiotu zaskarżenia, podtrzymuje on swoje stanowisko przedstawione już w skardze, zgodnie z którym wartość ta wynosi "około 3.583.359 zł".
6. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
6.1. Zażalenie nie zasługuje na uwzględnienie, gdyż w zaskarżonym zarządzeniu ustalono prawidłową wartość przedmiotu zaskarżenia oraz prawidłową kwotę wpisu od skargi.
6.2. Wartość przedmiotu zaskarżenia, o której mowa w art. 216 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi ma odzwierciedlać kwotę sporną między stronami postępowania.
Oznacza to, że jeżeli w wydanej decyzji zakwestionowano wyłącznie podatek naliczony, wartość przedmiotu zaskarżenia będzie stanowiła kwota tegoż spornego podatku. Jeżeli natomiast kwestionowany jest zarówno podatek naliczony, jak i należny, wartość przedmiotu zaskarżenia będzie sumą tych kwot. Nie będzie natomiast w tej sytuacji wartością przedmiotu zaskarżenia wynikająca z sentencji decyzji kwota zobowiązań podatkowych (ewentualnie kwot podatku do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy lub kwot podatku do zwrotu bezpośredniego). Kwoty te – określone w sentencji decyzji – są bowiem wynikiem działań matematycznych będących rezultatem zakwestionowania danego składnika rozliczenia (podatku należnego, naliczonego) i inkorporowania go (w wysokości określonej przez organ) do równania mogącego zawierać inne – niesporne – elementy rozliczenia podatnika (analogicznie postanowienia Naczelnego Sądu Administracyjnego z 23 stycznia 2018r., sygn. akt I FZ 363/17 oraz z 30 września 2025 r., sygn. akt I FZ 84/25; dostępne w internetowej bazie orzeczeń sądów administracyjnych: orzeczenia.nsa.gov.pl – dalej CBOSA).
6.3. Odnosząc powyższe do rozpoznawanej sprawy odnotować należy, że w zaskarżonym zarządzeniu prawidłowo ustalono wartość przedmiotu zaskarżenia, która była podstawą do określenia wysokości wpisu należnego od skargi. Na wartość tą składa się bowiem przyjęta w zaskarżonej decyzji wysokość zakwestionowanego podatku naliczonego na łączoną kwotę 3.517.464 zł oraz podatku do zapłaty określonego w decyzji na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT (jako suma kwot) w kwocie 3.204.951 zł.
Zgodnie bowiem z § 1 pkt 4 rozporządzenia Rady Ministrów z 16 grudnia 2003r. w sprawie wysokości oraz szczegółowych zasad pobierania wpisu w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2021 r., poz. 535), wpis stosunkowy zależy od wysokości należności pieniężnej objętej zaskarżonym aktem i wynosi – w przypadku należności ponad 100.000 zł – 1% wartości przedmiotu zaskarżenia, nie mniej jednak niż 2.000 zł i nie więcej niż 100.000 zł.
Nie ulega wątpliwości, że 1 % sumy 6.722.415 zł wynosi, przy zastosowaniu zaokrąglenia wymaganego w świetle art. 219 § 2 zdanie drugie tej ustawy, 67.225 zł.
Nie znajdując więc podstaw do uwzględnienia zażalenia, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 w związku z art. 197 § 1 i 2 i art. 198 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, orzekł jak w sentencji.
-----------------------
3