Zażalenie nie zasługuje na uwzględnienie.
Na wstępie należy zauważyć, że wstrzymanie przez sąd administracyjny wykonania zaskarżonego aktu – ostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, będące formą tymczasowej ochrony sądowej udzielanej stronie postępowania, jest wyjątkiem od zasady wykonalności takiego aktu lub czynności, wyrażonej w art. 61 § 1 P.p.s.a, według którego wniesienie skargi nie wstrzymuje wykonania aktu lub czynności.
Na podstawie art. 61 § 3 P.p.s.a, po przekazaniu sądowi skargi sąd może na wniosek skarżącego wydać postanowienie o wstrzymaniu wykonania w całości lub w części aktu lub czynności, o których stanowi § 1, jeżeli zachodzi niebezpieczeństwo wyrządzenia znacznej szkody lub spowodowania trudnych do odwrócenia skutków, z wyjątkiem przepisów prawa miejscowego, które weszły w życie, chyba że ustawa szczególna wyłącza wstrzymanie ich wykonania.
Z uwagi na przytoczone wyżej brzmienie art. 61 § 3 P.p.s.a. decyzja o skorzystaniu z możliwości ubiegania się o udzielenie ochrony tymczasowej należy do strony postępowania i uprawnienie to wiąże się z obowiązkiem uzasadnienia wniosku przez poparcie go stosownymi twierdzeniami i dokumentami na okoliczność spełnienia ustawowych przesłanek wstrzymania wykonania decyzji, zwłaszcza dotyczącymi sytuacji finansowej oraz majątkowej (por. np. postanowienia Naczelnego Sądu Administracyjnego z 26 listopada 2007 r., II FZ 338/07 oraz z 9 września 2010 r., sygn. I OZ 671/10 i z 5 grudnia 2012 r. sygn. akt II FZ 988/12; dostępne w internetowej bazie orzeczeń sądów administracyjnych: orzeczenia.nsa.gov.pl).
Brak uzasadnienia wniosku lub jego nieodpowiednie uzasadnienie uniemożliwia jego merytoryczną ocenę i tym samym wniosek taki – jako nieuzasadniony – podlega oddaleniu (por. J.P. Tarno, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, wyd. 4, Warszawa 2010, s. 206).
Przenosząc powyższe uwagi na grunt rozpoznawanej sprawy należy odnotować, że Skarżący wnosząc o wstrzymanie wykonania zaskarżonej decyzji nie uprawdopodobnił, że wykonanie zaskarżonej decyzji spowoduje nieuzasadnioną szkodę w jego majątku. Uzasadniając swój wniosek Skarżący wskazał, że brak wstrzymania wykonalności przedmiotowej decyzji pozwoli na utrzymanie negatywnej praktyki organów związanej z naruszeniem zasady skorzystania z prawa do odliczenia VAT, co w konsekwencji skutkować będzie powstaniem nieodwracalnych skutków finansowych zarówno w sferze prywatnej jak i zawodowej skarżącego. Przytoczone przez Skarżącego twierdzenia nie zostały przez niego w żaden sposób sprecyzowane i wykazane.
W świetle powyższego nie naruszała art. 61 § 3 P.p.s.a przyjęta przez Sąd pierwszej instancji ocena, że Skarżący w złożonym wniosku nie uprawdopodobnił należycie istnienia przesłanek uzasadniających wstrzymanie wykonania zaskarżonej decyzji.
Sąd nie miał bowiem obowiązku z urzędu ustalać, w czym Skarżący upatruje niebezpieczeństwo wyrządzenia znacznej szkody lub spowodowania trudnych do odwrócenia skutków. Aby możliwym było podjęcie rozstrzygnięcia, którego domagał się Skarżący, powinien był uprawdopodobnić okoliczności mieszczące się w granicach danych przesłanek i przedstawić na tą okoliczność stosowną dokumentację obrazującą jego sytuację finansową i materialną, czego też Skarżący nie uczynił.
Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 w związku z art. 197 § 1 i 2 P.p.s.a oddalił zażalenie, jako nieuzasadnione.
Odnosząc się z kolei do zawartego w zażaleniu wniosku o zasądzenie na rzecz Skarżącego zwrotu kosztów postępowania zażaleniowego, stwierdzić należy, że nie może on być uwzględniony przez Naczelny Sąd Administracyjny, bowiem art. 203 i 204 p.p.s.a, które regulują kwestie zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego, nie mają zastosowania do postępowania toczącego się na skutek wniesienia zażalenia na rozstrzygnięcie Sądu pierwszej instancji.