Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Zażalenie nie zasługuje na uwzględnienie.
Na wstępie — mając na uwadze treść argumentacji skarżącego — zakreślić należy granice sporu w sprawie poddanej kognicji Naczelnego Sądu Administracyjnego na skutek wniesionego przez niego zażalenia. Podkreślenia zatem wymaga, że przedmiotem zażalenia jest postanowienie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 5 lutego 2026 r., sygn. akt III SA/Wa 2810/25, o odrzuceniu skargi strony na decyzję organu z powodu wniesienia jej z uchybieniem terminu określonego w art. 53 § 1 p.p.s.a.
Zgodnie z treścią przywołanego przepisu skargę wnosi się w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia skarżącemu rozstrzygnięcia w sprawie albo aktu, o którym mowa w art. 3 § 2 pkt 4a. Z kolei w myśl art. 58 § 1 pkt 2 p.p.s.a. sąd odrzuca skargę wniesioną po upływie terminu do jej wniesienia.
Mając na uwadze tak określone ramy prawne i faktyczne rozpoznawanej sprawy wskazać należy, że na obecnym etapie postępowania (zażalenie na postanowienie o odrzuceniu skargi) przedmiotem oceny sądu drugiej instancji jest zasadność odrzucenia skargi przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie. Z tego względu wszelka argumentacja zażalenia dotycząca nieprawidłowości w postępowaniu przed organami podatkowymi, skutkujących naruszeniem m.in. art. 123 i art. 200 § 1 o.p., pozostała poza oceną Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Odnosząc się natomiast do istoty sprawy wywołanej zażaleniem, Naczelny Sąd Administracyjny zauważa, że przedmiotem skargi wniesionej do sądu pierwszej instancji jest decyzja organu z 17 października 2025 r. wydana po rozpatrzeniu odwołania strony od decyzji Naczelnika [...[ Urzędu Celno-Skarbowego w W. z 5 czerwca 2025 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za wrzesień i październik 2020 r. Jak wynika z akt sprawy, zaskarżona skargą decyzja organu została doręczona pełnomocnikowi strony — adwokat J.O. — 28 października 2025 r. na adres do doręczeń elektronicznych: [...] (k. 216 akt administracyjnych). Zawartość akt sprawy wskazuje także na to, że 7 lipca 2025 r. strona udzieliła adwokat J.O. pełnomocnictwa do reprezentowania jej w postępowaniu odwoławczym od decyzji nr [...], a w treści pełnomocnictwa wskazano ww. adres elektroniczny (k. 179a akt administracyjnych).
Zgodnie z art. 145 § 2 o.p. jeżeli ustanowiono pełnomocnika, pisma doręcza się pełnomocnikowi pod adresem wskazanym w pełnomocnictwie.
W świetle powyższego należy uznać, że objęta skargą decyzja organu została prawidłowo wprowadzona do obrotu prawnego 28 października 2025 r., na skutek doręczenia jej pełnomocnikowi strony na wskazany w treści pełnomocnictwa adres elektroniczny. Tym samym 29 października 2025 r. (tj. w dniu następnym do dniu doręczenia decyzji) rozpoczął bieg termin do wniesienia ewentualnej skargi na tę decyzję i bieg ten zakończył z upływem 30. dnia od dnia rozpoczęcia, tj. 27 listopada 2025 r. Skarga została natomiast wniesiona przez pełnomocnika skarżącego 28 listopada 2025 r., czyli po upływie ww. terminu.
W tych okolicznościach sąd pierwszej instancji zobligowany był treścią art. 58 § 1 pkt 2 p.p.s.a. do odrzucenia skargi strony, co też prawidłowo uczynił postanowieniem z 5 lutego 2026 r. Kategoryczne brzmienie tego przepisu ("sąd odrzuca skargę") nie pozostawia bowiem sądowi administracyjnemu możliwości jakiejkolwiek uznaniowości w tym zakresie.
Nie sposób przy tym zgodzić się z pełnomocnikiem strony, że decyzja organu powinna była zostać doręczona również bezpośrednio stronie i właśnie z tym doręczeniem należało wiązać skutek wprowadzenia tej decyzji do obrotu prawnego.
W doktrynie podkreśla się, że zasadą wynikającą z art. 145 § 1 o.p. jest doręczenie pisma stronie, a jeżeli w sprawie występuje kilka stron, to każdej z nich. Odstępstwo od tej zasady wynika z mocy prawa — działanie przez przedstawiciela lub ustanowienie pełnomocnika, na co wskazuje treść art. 145 § 1 in fine i § 2 cytowanej ustawy. Wówczas obowiązek doręczenia pisma stronie jest wyłączony. Ustanowienie pełnomocnika obliguje organy prowadzące postępowanie do doręczania wszystkich pism procesowych temu pełnomocnikowi. Pełnomocnik powinien mieć zapewniony czynny udział w postępowaniu, tak samo jak strona postępowania, gdyby działała samodzielnie. Pominięcie pełnomocnika w czynnościach postępowania wywołuje te same skutki, co pominięcie strony (podstawa wznowienia postępowania). Nie należy zapominać, że ustanawiając pełnomocnika, strona najczęściej się chroni przed skutkami nieznajomości prawa. Nie tylko więc z mocy prawa (konkretnej normy prawnej), lecz także z woli strony pełnomocnik z chwilą ustanowienia ma decydującą rolę w toczącym się postępowaniu (vide B. Dauter, W. Gurba, Komentarz do art. 145 o.p. [w] S. Babiarz, R. Hauser, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, A. Olesińska, J. Rudowski, "Ordynacja podatkowa. Komentarz", wyd. XII, WKP 2024).
Niezależnie od powyższego, nawiązując do argumentacji zażalenia o braku wprowadzenia decyzji organu do obrotu prawnego (z czym Naczelny Sąd Administracyjny się nie zgadza), zauważenia wymaga, że w przypadku skargi na decyzję niewprowadzoną do obrotu prawnego, skarga taka również podlega odrzuceniu, z tym że na podstawie art. 58 § 1 pkt 6 p.p.s.a., jako przedwczesna, a zatem niedopuszczalna. Również w tej sytuacji rozstrzygnięcie sądu pierwszej instancji co do zasady byłoby prawidłowe.
Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 w zw. z art. 197 § 1 i 2 p.p.s.a. orzekł jak w sentencji.