W uzasadnieniu zażalenia wyrażono zapatrywanie, że: skarżona decyzja została wadliwie doręczona (nie weszła do obrotu prawnego) i tym samym bezzasadne było wzywanie Skarżącej o wpis od skargi, gdyż skarga powinna być w pierwszej kolejności odrzucona na podstawie art. 58 § 1 pkt 6 P.p.s.a.; natomiast kwestie nieprawidłowego doręczenia decyzji były podnoszone w skardze i z tego powodu Spółka wstrzymała się z uiszczeniem wpisu sądowego.
3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
3.1. Zażalenie podlegało oddaleniu.
3.2. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Kielcach odrzucając skargę przyjął, że w związku z zaskarżeniem decyzji Dyrektora IAS z 22 grudnia 2025 r. przez Skarżącą i wezwaniem jej do uiszczenia wpisu nie uiściła ona żądanej opłaty sądowej (okoliczność bezsporna). W związku z tym zachodziła podstawa do odrzucenia skargi na podstawie art. 220 § 3 P.p.s.a.
3.3. W zażaleniu Skarżąca podnosi, że "wstrzymała się z uiszczeniem wpisu sądowego", gdyż skarga, jej zdaniem, powinna być odrzucona z innego powodu, tj. nieprawidłowego doręczenia skarżonej decyzji.
Tymczasem odrzucenie skargi z przyczyny oczekiwanej przez Skarżącą nie prognozowała jakakolwiek czynność sądowa. Z akt sprawy nie da się wywieść zapowiedzi sądowej, którą można było odczytać jako informacja również dla Strony o tym, że jej skarga została nieskutecznie złożona ze względu na brak w obiegu prawnym decyzji Dyrektora IAS. Z akt sprawy po prostu nie wynika, aby podejmowano w niej czynności zmierzające do podjęcia rozstrzygnięcia opartego na ustaleniach w zakresie doręczanej w sprawie decyzji. Poza tym, kwestia niewłaściwego prawnie doręczenia decyzji Dyrektora IAS pełnomocnikowi Skarżącej nie była oczywista nawet dla samej Skarżącej. Spółka ta bowiem, zaskarżyła rzeczoną decyzję Dyrektora IAS, podnosząc w skardze okoliczność doręczenia decyzji pełnomocnikowi przez e-Urząd Skarbowy, zamiast na adres e-PUAP wskazany w pełnomocnictwie, a oprócz tego formułując szereg innych zarzutów co do istoty sprawy zakończonej wspomnianym aktem. Nieporozumieniem zatem jest twierdzenie Spółki, notabene reprezentowanej przez zawodowego pełnomocnika, że powstrzymywała się od opłacenia skargi wobec nieskutecznego wniesienia przez nią skargi.
Wstępne czynności Przewodniczącego Wydziału I w zakresie badania ewentualnych braków skargi - w świetle zarządzeń z akt sprawy - sprowadziły się do ustalenia wartości przedmiotu zaskarżenia i do wezwania od tej wartości do uiszczenia przez Skarżącą wpisu sądowego. Wobec takiego wezwania i braku fiskalnego, który spoczywał na Spółce - jako skarżącej decyzję Dyrektora IAS - opłatę sądową należało uiścić celem nadania skardze dalszego biegu. Wszak Skarżąca od zarządzenia o wezwaniu do wpisu sądowego nie wnosiła zażalenia (choć teraz twierdzi, iż wezwanie było bezzasadne). Natomiast kwestia wyniku sprawy (odrzucenie/oddalenie/uwzględnienie skargi) była następcza i niezależnie od jego oczekiwanego przez Stronę nie mogła sanować braku uiszczenia wymaganej opłaty.
Skarżąca podnosi, że zgodnie z art. 222 P.p.s.a. nie żąda się opłat od pisma, jeżeli już z niego wynika, że podlega ono odrzuceniu - co jej zdaniem powinno doprowadzić do odrzucenia skargi, bez wezwania Skarżącej do uiszczenia wpisu. Jednak w przypadku tej sprawy, Sąd pierwszej instancji nie stwierdził, iż pismo Spółki (stanowiące skargę) podlega odrzuceniu. Wręcz przyjąć należało, że skoro wezwano Spółkę o wpis, to nie zdiagnozowano na wstępnym etapie badania skargi przyczyn, które w sposób oczywisty powinny skutkować odrzuceniem skargi.
W związku z powyższym nie mógł odnieść zamierzonego skutku zarzut naruszenia art. 58 § 1 pkt 6 P.p.s.a. w zw. z art. 145 § 2 w zw. z art. 138c § 1 ustawy Ordynacja podatkowa oraz art. 222 w zw. z art. 223 § 1 P.p.s.a. przez niewzięcie pod uwagę przez Sąd pierwszej instancji, iż wniesienie skargi było niedopuszczalne z uwagi na wadliwe doręczenie skarżonej decyzji pełnomocnikowi.
Podobnie, nie mógł odnieść zamierzonego skutku zarzut naruszenia art. 58 § 1 pkt 3 P.p.s.a. przez odrzucenie skargi z uwagi na nieuzupełnienie braków formalnych skargi. Przepis art. 58 § 1 pkt 3 P.p.s.a. nie stanowił podstawy prawnej odrzucenia skargi z powodu nie uiszczenia wpisu od skargi. Podstawę zaskarżonego orzeczenia stanowił art. 220 § 3 P.p.s.a.
W konsekwencji skoro Spółka wezwana do uiszczenia opłaty sądowej, skargi nie opłaciła, to zasadnie Wojewódzki Sąd Administracyjny w Kielcach odrzucił skargę jako nieopłaconą. Wskazany przez Sąd pierwszej instancji przepis art. 220 § 3 P.p.s.a. jednoznacznie wskazuje, że skarga, od których pomimo wezwania nie został uiszczony należny wpis, podlegają odrzuceniu przez sąd.
3.4. Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 w związku z art. 197 § 2 P.p.s.a., orzekł jak sentencji.