Wskazać zatem należy, że kognicja sądów administracyjnych nie obejmuje badania w aspekcie zgodności z prawem czynności podjętych w ramach postępowania karnego skarbowego. W związku z tym o instrumentalnym wszczęciu postępowania karnego skarbowego można mówić wyłącznie w kontekście art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej, a więc badaniu przez sąd administracyjny, czy ww. postępowanie nie zostało wszczęte wyłącznie w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia. W istocie sąd bada w tej sytuacji zastosowanie przez organy podatkowe art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Nie kontroluje prawidłowości postępowania organów prowadzących postępowanie przygotowawcze oraz dokonywanej przez te organy kwalifikacji prawnokarnej czynów zagrożonych odpowiedzialnością karną. Ocena w tym zakresie należy do sądu właściwego w tych sprawach.
We wspomnianej uchwale podkreślono również, że badanie, czy proceduralna czynność wszczęcia postępowania karnego skarbowego w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie została wykorzystana tylko w celu nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia, jest możliwe na gruncie sprawy podatkowej. Dopiero bowiem w świetle wszechstronnej analizy okoliczności konkretnej sprawy podatkowej, związanych najczęściej ze zbliżającym się upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, podejmowanymi wcześniej w postępowaniu podatkowym czynnościami dowodowymi i aktywnością prowadzącego je organu podatkowego, można ustalić, czy instytucji wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie wykorzystano jedynie do instrumentalnego wywołania skutku w postaci nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Powyższa uchwała podjęta została w związku z istniejącą w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego rozbieżnością co do zakresu kognicji Naczelnego Sądu Administracyjnego w kwestiach będących na styku prawa podatkowego i postępowania karnego skarbowego, a zwłaszcza co do możliwości badania i oceniania zaistnienia na gruncie konkretnej sprawy owego instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego.
Naruszenie w tej sprawie wskazanego przez Skarżącego przepisu, tj. art. 269 § 1 P.p.s.a. miałoby miejsce, gdyby Sąd pierwszej instancji negował swoją kompetencję w tym zakresie. Natomiast w tej sprawie jest zgoła przeciwnie, co sprawia, że zarzut ten należy ocenić jako bezzasadny. Sąd pierwszej, podobnie jak wcześniej organ podatkowy, powoływał się na treść tej uchwały i poddał ocenie zaistnienie w tej sprawie przesłanki "instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego".
Odrębną zaś zupełnie kwestią jest dobór argumentów, jakimi posłużył się Sąd uznając, że w sprawie tej doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji (na str. 10) Dyrektor Izby Administracji Skarbowej nawiązując do wspomnianej wyżej uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21 wskazał na kilka powodów, z jakich uważa, że w sprawie nie miało miejsca instrumentalne wszczęcie postępowania karnego skarbowego.
Natomiast Sąd pierwszej instancji w konkluzji swoich rozważań w tym zakresie stwierdził, że "w pełni podziela ustalenia i wnioski organów podatkowych dotyczące skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za 2012 r."
To, że Skarżący stanowiska Sądu pierwszej instancji w tej mierze nie podziela, nie świadczy o tym, że Sąd ten nie respektował wspomnianej wyżej uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Na marginesie można tylko dodać, że uwagi Sądu odnośnie do możliwości oceny przez sąd administracyjny działań i ewentualnych zaniechań prokuratora w trakcie postępowania karnego skarbowego (tu - po jego wszczęciu przez finansowy organ postępowania przygotowawczego) w aspekcie instrumentalności wszczęcia tego postępowania, są kierunkowo słuszne (por. np. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 22 maja 2025 r. sygn. akt I FSK 654/24).
W kolejnym zarzucie skargi kasacyjnej Skarżący wskazuje na naruszenia przez Sąd pierwszej instancji art. 134 § 1 w zw. z art. 141 § 4, w zw. z art. 3 § 1 i § 2 P.p.s.a. Nie wyjaśnia przy tym, na czym ten związek pomiędzy wymienionymi przepisami miałby polegać, a istnienie tego związku nie jawi się jako oczywiste.
Podany jako naruszony przepis, tj. art. 134 § 1 P.p.s.a. stanowi, że sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną.
Rozstrzygnięcie "w granicach danej sprawy" oznacza, że sąd nie może uczynić przedmiotem rozpoznania legalności innej sprawy administracyjnej, niż ta, w której wniesiono skargę. W orzecznictwie wskazuje się też, że sąd administracyjny nie jest wprawdzie związany granicami skargi, ale zawsze jest związany granicami sprawy, w której skarga została wniesiona i nie może swoimi ocenami prawnymi (...) wkraczać w sprawę nową w stosunku do tej, która była albo powinna być przedmiotem postępowania administracyjnego i wydawanych decyzji administracyjnych (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 3 lutego 1997 r. sygn. akt SA/Łd 2572/95, Pr. Gosp. 1989, nr 5 str. 36).
W świetle treści powyższego przepisu, nawet w powiązaniu z wymienionymi dalej innymi przepisami P.p.s.a., nie sposób przyjąć, aby domniemane, wskazywane w tym zarzucie "nierozpoznanie przez Sąd pierwszej instancji całości sprawy sądowoadministracyjnej", mogło być uważane za wyjście przez ten Sąd poza granice sprawy i stanowić tym samym naruszenie art. 134 § 1 P.p.s.a.
Wskazane jako naruszone w trzecim zarzucie skargi kasacyjnej przepisy - również w aspekcie przedawnienia zobowiązania podatkowego - art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art.145 § 3 P.p.s.a. są tzw. przepisami wynikowymi, stanowiącymi dla sądu pierwszej instancji podstawę prawną do wydania określonego rozstrzygnięcia. Ich naruszenie miałoby polegać na tym, że Sąd nie umorzył postępowania, pomimo że decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej wydana została już po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego Skarżącego.
Zarzut naruszenia tych przepisów nie ma charakteru samoistnego, w tym sensie, że postulowane w skardze kasacyjnej ich zastosowanie, musiałoby się wiązać z naruszeniem innych jeszcze przepisów procesowych w zakresie kwestii dotyczących tego przedawnienia, którego to jednak naruszenia w sprawie nie stwierdzono.
Również w kolejnym zarzucie skargi kasacyjnej jako naruszone wymienione zostały przepisy wynikowe, tym razem - art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 151 P.p.s.a., również bez wskazania w treści tego zarzutu innych przepisów procesowych. Wprawdzie w uzasadnieniu skargi kasacyjnej była także mowa o naruszeniu przez organy podatkowe: art. 122, art. 181, art. 187, art. 194 i art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej w zw. z art. 11 P.p.s.a., ale zarówno z zamieszczonego tym zarzucie opisu sposobu naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 151 P.p.s.a., jak również z uzasadnienia skargi kasacyjnej wynika, że naruszenie ww. przepisów Ordynacji podatkowej Skarżący wiąże z dwoma zagadnieniami, tj. związaniem wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego oraz związaniem wyrokiem karnym. Tak zresztą zatytułowane zostały śródtytuły uzasadnienia skargi kasacyjnej w pozostałym zakresie dotyczącym naruszenia przepisów postępowania. W ujęciu tej skargi kasacyjnej obie te kwestie ściśle się ze sobą wiążą i wzajemnie przenikają. Przy czym, o ile sformułowany został zarzut naruszenia art. 153 i art. 190 P.p.s.a. w odniesieniu do związania Sądu pierwszej instancji wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego, tak nie został podniesiony zarzut dotyczący bezpośrednio naruszenia przez Sąd pierwszej instancji art. 11 P.p.s.a., a więc przepisu ustanawiającego związanie sądu administracyjnego ustaleniami wydanego w postępowaniu karnym prawomocnego wyroku skazującego, czy to przez błędną wykładnię tego przepisu, czy też przez niewłaściwe jego zastosowanie.
W uzasadnieniu skargi kasacyjnej wprost wskazano, że naruszenie wymienionych wyżej przepisów Ordynacji podatkowej przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej polegało na przyjęciu, że "związanie organu podatkowego wyrokiem karnym wydanym w stosunku do kontrahenta Skarżącego przesądza treść ustaleń faktycznych w sprawie i organ podatkowy nawet prowadząc dodatkowe postępowanie podatkowe na okoliczności podnoszone przez stronę tego postępowania nie może dojść do odmiennych wniosków niż wyrażone w wyroku karnym."
Powyższe - według Skarżącego - skutkowało pominięciem przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej wniosków płynących z pozostałego materiału dowodowego, co zostało zaakceptowane przez Sąd pierwszej instancji.
Tezy tej nie potwierdza jednak treść zaskarżonej do Sądu pierwszej instancji decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej. W decyzji tej, niezależnie od powołania się na prawomocny wyrok karny, analizie poddano całokształt materiału dowodowego zebranego w sprawie, w tym także dowody włączone do tego materiału już po uchyleniu uprzednich decyzji wydanych w sprawie, na skutek wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 6 lutego 2020 r. sygn. akt II FSK 545/18. Z materiału dowodowego, ocenionego w jego całokształcie, również wynikało, że zakwestionowane przez organy faktury VAT wystawione na rzecz Skarżącego przez Z. K. nie odzwierciedlają rzeczywistych zdarzeń gospodarczych.
Nie są zasadne podnoszone przez Skarżącego w skardze kasacyjnej zastrzeżenia, co do tak daleko idącego, jego zdaniem, odstąpienia przez organy podatkowe od zasady bezpośredniości.
W postępowaniu podatkowym zasada bezpośredniości dowodów nie ma charakteru bezwzględnie wiążącego - stan faktyczny sprawy podatkowej może zostać ustalony także na podstawie materiałów dowodowych zgromadzonych w innym postępowaniu. Art. 181 Ordynacji podatkowej dopuszcza, aby w postępowaniu podatkowym były wykorzystane dowody oraz materiały zgromadzone w innych postępowaniach i w konsekwencji powoduje, że nie istnieje prawny nakaz, aby w toku postępowania podatkowego koniecznym było powtórzenie przeprowadzonych już dowodów. Dla należytego ustalenia rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych nie zawsze wystarczające jest przeprowadzenie czynności kontrolnych w odniesieniu do samego podatnika, lecz w konkretnych okolicznościach procesowych zachodzi często konieczność sprawdzenia (w ramach kontroli, postępowania podatkowego, czy czynności sprawdzających) działalności kontrahentów, z którymi strona postępowania podatkowego dokonuje czynności relewantnych podatkowo. Możliwe zatem, co do zasady, a niekiedy niezbędne jest wykorzystanie w charakterze dowodów, dokumentów i innych materiałów zgromadzonych w innych postępowaniach, w tym także w postępowaniu karnym.
Kwestię tę w prawidłowy sposób ocenił w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku Sąd pierwszej instancji.
Należy także zwrócić uwagę, że dopuszczalność gromadzenia w postępowaniu podatkowym materiału dowodowego w sposób pośredni potwierdził Naczelny Sąd Administracyjny w wydanym uprzednio w tej sprawie wyroku z dnia 6 lutego 2020 r. sygn. akt II FSK 545/18, na który to wyrok wielokrotnie powoływał się w skardze kasacyjnej Skarżący.
W wyroku tym Naczelny Sąd Administracyjny powołał się w tej mierze także na stosowne orzeczenie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej - wyrok z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie C- 419/14).
Nie można przy tym jednak w kwestii oceny zebranych w sprawie dowodów zaakceptować stanowiska Sądu pierwszej instancji, że wydane wobec Z. K. na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U z 2011 r. Nr 177, poz. 1054, z późn. zm.) decyzje należy w niniejszym postępowaniu traktować jako dokumenty urzędowe w rozumieniu art. 194 Ordynacji podatkowej.
O ile bowiem powyższa decyzja, w bardzo szerokiej formule, jaką stwarza art. 180 § 1 Ordynacji podatkowej, mogła być uznana w ogólnym rozumieniu za dowód, tak nie można jej uznać za dowód z dokumentu urzędowego, w znaczeniu nadanym mu przez art. 194 § 1 Ordynacji podatkowej.
Nie każdy bowiem dokument sporządzony przez organ władzy publicznej stanowi dokument urzędowy w rozumieniu tego przepisu Ordynacji podatkowej.
W decyzji administracyjnej (tu - podatkowej) zawarte są określone ustalenia i wnioski poczynione przez organ podatkowy na podstawie przeprowadzonego postępowania dowodowego oraz w ramach swobodnej oceny dowodów. Stanowią one wyraz stanowiska (przekonania) organu podatkowego co do określonych kwestii faktycznych i prawnych, ale w żadnym razie ustalenie i wnioski zawarte w takiej decyzji, ani też sama decyzja je zawierająca, nie może na gruncie postępowania dowodowego być traktowana jako dowód z dokumentu urzędowego o zwiększonej mocy dowodowej.
Ten błędny osąd Sądu pierwszej instancji w tej jednostkowej kwestii nie stanowił jednakże uchybienia procesowego, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
Nie są także zasadne zarzuty skargi kasacyjnej dotyczące naruszenia art. 153 i art. 190 P.p.s.a., poprzez niezastosowanie się przez Sąd pierwszej instancji do wykładni, oceny prawnej oraz wskazań co do dalszego postępowania, wynikających z prawomocnego wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Przepisy te mają następujące brzmienie.
Ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie ten sąd oraz organ, którego działanie lub bezczynność było przedmiotem zaskarżenia (art. 153).
Sąd, któremu sprawa została przekazana, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny (...) (art. 190).
Wspomnianym już wcześniej wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 6 lutego 2020 r. sygn. akt II FSK 545/18 uchylony został zaskarżony przez Skarżących wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 25 października 2017 r. sygn. akt I SA/Łd 841/17 oddalający skargę Skarżących oraz uchylona została zaskarżona do tego Sądu decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej.
W wyroku tym Naczelny Sąd Administracyjny zakwestionował kompletność zebranego w sprawie przez organ podatkowy materiału dowodowego, wskazując przede wszystkim na niezasadną odmowę - bez przekonującego wyjaśnienia - zrealizowania wniosków dowodowych składanych przez Skarżących, w tym zwłaszcza z przesłuchania świadków - pracowników Skarżącego na okoliczność współpracy Skarżącego ze swoim dostawcą i ustalenia, czy zakwestionowane przez organy podatkowe faktury VAT dokumentują rzeczywiste zdarzenia gospodarcze.
W konkluzji swoich rozważań w tym zakresie Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że "zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. w związku z powołanymi w stawianym zarzucie przepisami Ordynacji podatkowej przez zaaprobowanie w zaskarżonym wyroku tych nieprawidłowości, jest uzasadniony. Organy podatkowe, co zaakceptował Sąd pierwszej instancji, prowadziły postępowanie dowodowe w sposób niebudzący zaufania do ich działań. W związku z powyższym należy uznać, że materiał dowodowy zebrany w niniejszej sprawie nie jest wystarczający."
Tej i tylko tej kwestii (sfery) dotyczyło wynikające z powyższych przepisów P.p.s.a., wymienionych w skardze kasacyjnej jako naruszone, związanie organów podatkowych oraz Sądu pierwszej instancji oceną prawną, wskazaniami co do dalszego postępowania oraz wykładnią prawa.
Stanowisko Naczelnego Sąd Administracyjnego dotyczące zakresu owego związania może być określone wyłącznie w oparciu o treść uzasadnienia tego wyroku i wyrażony tam jednoznacznie osąd co do mających miejsce uchybień ze strony organów podatkowych oraz Sądu pierwszej instancji. Natomiast istnienia i zakresu tego związania nie można "wyinterpretowywać", zwłaszcza zaś na podstawie tych elementów, których niezależnie od powodów takiego stanu rzeczy, Naczelny Sąd Administracyjny w swoim orzeczeniu nie zamieścił - co czyni w skardze kasacyjnej Skarżący.
Jak już wspomniano wyżej, wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego dotyczył wyłącznie kwestii uzupełnienia materiału dowodowego i organ podatkowy pierwszej instancji uczynił temu zadość. Sąd pierwszej instancji zawarł w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku wyliczenie dodatkowych dowodów przeprowadzonych przez organ podatkowy w powtórnym postępowaniu podatkowym, a Skarżący w uzasadnieniu analizowanego zarzutu skargi kasacyjnej nie wskazuje, jakie inne jeszcze dowody zgodnie z wytycznymi Naczelnego Sądu Administracyjnego, powinny były być przez organ podatkowy przeprowadzone.
Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego nie zawierał żadnych merytorycznego przesądzeń w sprawie. Z oczywistych powodów nie mógł również przesądzać, bądź nawet sugerować, w jaki sposób i w jakim kierunku ten dodatkowy materiał dowodowy powinien być przez organy podatkowe oraz Sąd pierwszej instancji oceniony.
Nie są także zasadne podniesione w skardze kasacyjnej zarzuty w ramach podstawy kasacyjnej z art. 174 pkt 1 P.p.s.a., tj. odnoszące się do naruszenia przepisów prawa materialnego.
W tym zakresie Skarżący wskazuje w pierwszej kolejności na naruszenie art. 22 ust. 1 u.p.d.o.f., poprzez błędną wykładnię tego przepisu.
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, kwestionowana przez Skarżącego w skardze kasacyjnej wykładnia tego przepisu prezentowana w tej sprawie przez organy podatkowe i zaakceptowana w zaskarżonym wyroku przez Sąd pierwszej instancji - jest prawidłowa. Odpowiada ona również utrwalonemu już w tej mierze orzecznictwu Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Z treści tego przepisu należy wyprowadzić wniosek, że podatnik powinien wykazać nie tylko, że koszt został poniesiony, ale również, że został poniesiony w celu uzyskania przychodów. Jeżeli podatnik prowadzący działalność gospodarczą dokonuje określonych płatności, to powinny być one ekwiwalentem za dostarczone mu towary lub usługi, te bowiem bezpośrednio odsprzedane lub wykorzystane do wytworzenia innych towarów lub usług przynoszą mu następnie przychód. Tylko w takim ujęciu można rozważać istnienie związku pomiędzy kosztem a przychodem, czyli poniesieniem kosztów w celu uzyskania przychodów.
Jeżeli zatem podatnik dysponuje na potwierdzenie dokonania, np. transakcji zakupu towarów bądź usług, określonym dokumentem, z którego wynika, że towary te lub usługi zostały nabyte od wskazanego w tym dokumencie podmiotu, a postępowanie dowodowe wykaże, że podmiot taki nie sprzedał (nie dostarczył) w rzeczywistości tych towarów bądź usług, to w takim przypadku nie można traktować kwoty uwidocznionej na takim - nieodpowiadającym rzeczywistości dokumencie, w kategoriach kosztów uzyskania przychodów.
W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego ugruntowany jest już pogląd, że do uznania wydatku za koszt uzyskania przychodów niezbędne jest zaistnienie konkretnego zdarzenia gospodarczego, polegającego na zakupie towaru bądź usługi u konkretnego sprzedawcy, za konkretną cenę. Nie wystarczy wykazanie, że podatnik mógł gdziekolwiek nabyć towar bądź usługę i wykorzystać je w działalności gospodarczej, aby wydatek ten móc zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów (wyroki NSA: z dnia 18 sierpnia 2004 r. sygn. akt FSK 958/04, z dnia 19 grudnia 2007 r. sygn. akt II FSK 1438/06, z dnia 14 marca 2008 r. sygn. akt II FSK 1755/06, z dnia 30 stycznia 2009 r. sygn. akt II FSK 1405/07, z dnia 20 lipca 2010 r. sygn. akt II FSK 418/09, z dnia 7 czerwca 2011 r. sygn. akt II FSK 462/11).
W uzasadnieniu analizowanego zarzutu skargi kasacyjnej Skarżący w wielu fragmentach przedstawia argumentację nawiązującą i wywodzoną do (z) uregulowań dotyczących podatku od towarów i usług, zwłaszcza zaś do warunków zachowania prawa do odliczenia podatku naliczonego i tym kontekście również kwestii istnienia po stronie podatnika (tu - Skarżącego) dobrej wiary.
O ile jednak okoliczność ta ma znaczenie przy badaniu, tzw. dobrej wiary na gruncie przepisów w zakresie podatku od towarów i usług, tak w przypadku podatku dochodowego od osób fizycznych konsekwencje posłużenia się nierzetelnymi fakturami są określone przepisami, które nie przewidują możliwości wyłączenia lub ograniczenia odpowiedzialność podatnika w tym zakresie. Podkreślenia wymaga, że dobra wiara podatnika przy zawieraniu transakcji handlowych nie ma wpływu na wymiar podatku dochodowego, ani też na prawo do zaliczenia określonych wydatków do kosztów uzyskania przychodów na podstawie art. 22 ust. 1 u.p.d.o.f. Przepisy tej ustawy nie łączą skutków podatkowych z dobrą lub złą wiarą podatnika. Ma ona zastosowanie wyłącznie na gruncie podatku od towarów i usług, a sama okoliczność, że faktury VAT mogą stanowić podstawę także do określonych rozliczeń podatkowych na gruncie ustaw o podatku dochodowym nie może uzasadniać przenoszenia na grunt tych ustaw pewnych swoistych tylko dla podatku od towarów i usług zasad funkcjonowania tego podatku, jak właśnie możliwość powoływania się przez podatnika na klauzulę dobrej wiary (zob. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z dnia 10 grudnia 2021 r. sygn. akt II FSK 709/19, z dnia 10 stycznia 2018 r. sygn. akt II FSK 3359/15).
Faktura VAT jest albo rzetelna i odzwierciedla rzeczywiste zdarzenia gospodarcze i wówczas wyszczególnione w niej wydatki mogą stanowić koszty uzyskania przychodów, albo tak nie jest i wynikające z niej kwoty nie mogą być uznane za koszty uzyskania przychodów.
Skoro więc w niniejszej sprawie z niepodważonych skutecznie w skardze kasacyjnej ustaleń faktycznych dokonanych przez organy podatkowe i przyjętych za podstawę wyrokowania przez Sąd pierwszej instancji wynikało, że wskazany w zakwestionowanych fakturach jako sprzedawca na rzecz Skarżącego towarów - drewnianych palet, w rzeczywistości palet tych nie dostarczył zarzut skargi kasacyjnej odnoszący się do art. 22 ust. 1 u.p.d.o.f. jest niezasadny.
Podobnie niezasadny jest drugi zarzut skargi kasacyjnej podniesiony w ramach podstawy kasacyjnej z art. 174 pkt 1 P.p.s.a. i dotyczący naruszenia art. 23 § 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej, poprzez odmowę ustalenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania.
W tej kwestii należy stwierdzić, że wiąże się ona w sposób ścisły z omówionym wyżej zagadnieniem dotyczącym warunków, jakie muszą zostać spełnione, aby określone wydatki mogły być uznane za koszty uzyskania przychodów na gruncie u.p.d.o.f. Nierzetelne prowadzenie dokumentacji podatkowej a więc niewywiązywanie się przez podatnika z obowiązku prawidłowego ujmowania w tej dokumentacji zdarzeń gospodarczych, w tym także dokumentowania poniesionych wydatków jako kosztów uzyskania przychodów, nie może być dla takiego podatnika źródłem niczym nieuzasadnionych preferencji, w porównaniu do podatników, którzy obowiązki w tym zakresie wypełniają. Gdyby bowiem przyjąć wynikający ze stanowiska przedstawionego w skardze kasacyjnej obowiązek oszacowania jako sposobu określenia podstawy opodatkowania, w tym także określaniu wysokości kosztów uzyskania przychodów, to z punktu widzenia podatnika niecelowe byłoby prowadzenie jakiejkolwiek ewidencji podatkowej, czy też dokumentowanie ponoszonych kosztów uzyskania przychodów, gdyż zawsze można byłoby zażądać dokonania ich oszacowania, według jednej z metod określonych w art. 23 § 3 Ordynacji podatkowej. W związku z tym podkreślić należy, że warunkiem określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania jest wykazanie faktu poniesienia kosztów. Dopiero po wykazaniu tego faktu możliwe jest określenie ich wysokości przy użyciu metod oszacowania. Oszacowanie nie może być zatem zastosowane w celu ominięcia wymogu wykazania, że określony wydatek został faktycznie poniesiony, a ponadto został poniesiony w celu uzyskania przychodów. Oszacowanie nie może bowiem dotyczyć samego faktu poniesienia wydatku, gdyż faktu tego z natury oszacować nie można (wyrok naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 marca 2008 r. sygn. akt II FSK 1755/06).
Skoro zaś w rozpoznawanej sprawie, o czym była już mowa, wyszczególnione w zakwestionowanych fakturach kwoty miały stanowić wynagrodzenie za dostarczenie wymienionych w tych fakturach towarów, które jak wykazano, nie zostały dostarczone przez wystawcę faktur VAT, a zatem faktury te nie dokumentują rzeczywistości, brak było podstaw do uznania, że czynione w takich okolicznościach wydatki stanowić mogą koszty uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów u.p.d.o.f. Uzasadnia to stanowisko, że w takiej sytuacji nie ma podstaw, aby wydatki takie powinny podlegać oszacowaniu, jako stanowiący element podstawy opodatkowania koszt uzyskania przychodów. Stwierdzić więc należy, że ustalony w sprawie stan faktyczny nie obligował organu podatkowego do dokonania szacunku kosztów uzyskania przychodów.
Biorąc pod uwagę wszystkie przedstawione powyżej okoliczności Naczelny Sąd Administracyjny, stosownie do art. 184 P.p.s.a., oddalił skargę kasacyjną uznając ją za niemającą usprawiedliwionych podstaw.
O częściowym zwrocie kosztów postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 1, art. 205 § 2, art. 209 oraz art. 207 § 2 tej ustawy w zw. z § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a), w zw. z pkt 1 lit. a) oraz w zw. z § 2 pkt 6 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2023 r. poz. 1935). Za przesłankę zasądzenia częściowego zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego Naczelny Sąd Administracyjny uznał okoliczność rozpoznania na jednej rozprawie dwóch zbliżonych do siebie spraw Skarżących, dotyczących różnych lat podatkowych, tj. 2011 i 2012 (sygn. akt II FSK 1158/22 i II FSK 1157/22), w których skargi kasacyjne oparte zostały na tożsamych podstawach kasacyjnych, co rzutowało na nakład pracy niezbędny do sformułowania odpowiedzi na skargi kasacyjne.