Przystępując do rozważań na tle podstaw kasacyjnych i ich uzasadnienia należało wspomnieć, że zgodnie art. 193 zdanie drugie p.p.s.a., w brzmieniu obowiązującym od 15 sierpnia 2015 r., uzasadnienie wyroku oddalającego skargę kasacyjną zawiera ocenę zarzutów skargi kasacyjnej. W ten sposób wyraźnie określony został zakres, w jakim Naczelny Sąd Administracyjny uzasadnia z urzędu wydany wyrok w przypadku, gdy oddala skargę kasacyjną. Regulacja ta, jako mająca charakter szczególny, wyłącza przy tego rodzaju rozstrzygnięciach odpowiednie stosowanie do postępowania przed tym Sądem wymogów dotyczących elementów uzasadnienia wyroku, przewidzianych w art. 141 § 4 w związku z art. 193 zdanie pierwsze p.p.s.a.
Istota sporu związana jest z ustaleniem tego, czy organ odwoławczy zgodnie z prawem określił skarżącemu wysokość odsetek od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych za 2019 r.
Zgodnie z art. 51 § 2 O.p. za zaległość podatkową uważa się także niezapłaconą w terminie płatności zaliczkę na podatek, w tym również zaliczkę, o której mowa w art. 23a, lub ratę podatku. Z kolei art. 53 § 1 O.p. wskazuje, że od zaległości podatkowych z zastrzeżeniem art. 52 § 1 pkt 2 i art. 54 O.p. naliczane są odsetki za zwłokę. Zgodnie z § 4 zaś, odsetki wyliczane są od dnia następującego po dniu upływu terminu płatności podatku lub terminu, a zgodnie z § 4 ust. 1 pkt 7 rozporządzenia MF, odsetki za zwłokę od nieuregulowanych w terminie płatności w całości lub części zaliczek na podatek dochodowy są naliczane do dnia złożenia zeznania podatkowego za rok podatkowy lub inny okres rozliczeniowy, a w przypadku niezłożenia zeznania w terminie, na ostatni dzień terminu złożenia zeznania.
Z art. 53a § 1 O.p. wynika natomiast, że jeżeli w postępowaniu podatkowym po zakończeniu roku podatkowego lub innego okresu rozliczeniowego organ podatkowy stwierdzi, że podatnik mimo ciążącego na nim obowiązku nie złożył deklaracji, wysokość zaliczek jest inna niż wykazana w deklaracji lub zaliczki nie zostały zapłacone w całości lub w części, organ ten wydaje decyzję, w której określa wysokość odsetek za zwłokę na dzień złożenia zeznania podatkowego za rok podatkowy lub inny okres rozliczeniowy, a w przypadku niezłożenia zeznania w terminie - odsetki na ostatni dzień terminu złożenia zeznania, przyjmując prawidłową wysokość zaliczek na podatek.
W myśl natomiast art. 44 ust. 1a pkt 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2018 r. poz. 1509 ze zm., dalej: "u.p.d.o.f."), podatnicy osiągający dochody bez pośrednictwa płatników ze stosunku pracy z zagranicy, są obowiązani bez wezwania wpłacać w ciągu roku podatkowego zaliczki na podatek dochodowy, według zasad określonych w ust. 3a. Z ust. 3a wynika, że podatnicy uzyskujący dochody ze stosunku pracy z zagranicy są zobowiązani w terminie do 20 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym dochód był uzyskany, a za grudzień - w terminie złożenia zeznania podatkowego, wpłacać zaliczki miesięczne stosując do uzyskanego dochodu najniższą stawkę podatkową określoną w skali, o której mowa w art. 27 ust. 1 u.p.d.o.f. W ust. 7 cytowanego przepisu wprowadzono natomiast zasadę, że podatnicy czasowo przebywający za granicą, którzy osiągają dochody ze źródeł przychodów położonych poza terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, są obowiązani w terminie do 20 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym wrócili do kraju, wpłacić zaliczkę na podatek dochodowy, a jeżeli termin płatności przypada po zakończeniu roku podatkowego, należny podatek jest płatny w terminie złożenia zeznania.
Na gruncie niniejszej sprawy wypada zauważyć, że w uchwale składu siedmiu sędziów z dnia 7 grudnia 2009 r., sygn. II FPS 5/09, NSA podkreślił, że zobowiązanie z tytułu zaliczki ma odrębny i samodzielny charakter od zobowiązania podatkowego obejmującego podatek. Jest to tylko jedna z postaci zobowiązania podatkowego, a różni się od niego tym, że po zakończeniu roku podatkowego (okresu rozliczeniowego) zobowiązanie z tytułu zaliczki ustaje, gdyż ta jest pobierana na poczet podatku. Jak wskazał NSA, zaliczka ma charakter tymczasowy i traci swój byt prawny z chwilą upływu roku podatkowego. Podstawy prawne naliczania zaliczek wynikają z art. 53 § 2 i art. 53a O.p. Zanim jednak ustanie byt prawny zaliczek, to mogą one być zaległością podatkową, o ile nie zostaną uiszczone w terminie. Odsetki natomiast są zobowiązaniem akcesoryjnym wobec zobowiązania podatkowego, zaliczki, a także raty podatku (por. S. Babiarz [w:] B. Dauter, W. Gurba, R. Hauser, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, A. Olesińska, J. Rudowski, S. Babiarz, Ordynacja podatkowa. Komentarz, wyd. XII, Warszawa 2024, art. 51).
W doktrynie (por. S. Babiarz [w:] B. Dauter, W. Gurba, R. Hauser, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, A. Olesińska, J. Rudowski, S. Babiarz, Ordynacja podatkowa. Komentarz, wyd. XII, Warszawa 2024, art. 53a) i judykaturze podkreśla się, że decyzja w przedmiocie odsetek od niezapłaconych zaliczek nie ma charakteru samoistnego, a jest – w sferze ustaleń faktycznych – prostą pochodną wyniku postępowania podatkowego, prowadzonego w stosunku do podatnika za okres roku podatkowego (lub innego okresu rozliczeniowego). Ustalenia tego postępowania stanowią więc podstawę faktyczną, w oparciu o którą organ dokonuje odpowiedniego przypisania tych ustaleń do okresów płatności zaliczek, a w konsekwencji – obliczenia wysokości odsetek od kwot nieuiszczonych lub uiszczonych w zbyt niskiej wysokości zaliczek, za określony czas (wyrok NSA z dnia 23 czerwca 2015 r., sygn. II FSK 1388/13). Oznacza to, że w postępowaniu zmierzającym do wydania decyzji opartej na art. 53a O.p. organ podatkowy nie bada ponownie okoliczności faktycznych, które mają znaczenie dla wymiaru zobowiązania podatkowego, ale dokonuje tylko operacji matematycznej, gdy istnieją przesłanki określenia wysokości odsetek (wyrok NSA z dnia 19 sierpnia 2016 r., sygn. II FSK 1925/14; wyrok WSA w Gliwicach z dnia 16 października 2014 r., sygn. I SA/Gl 1765/13).
Przypomnieć zatem trzeba, że choć decyzja w sprawie zobowiązania podatkowego nie stanowi zagadnienia wstępnego do wydania decyzji odsetkowej, to w niniejszej sprawie taka decyzja została wydana – DIAS w Gdańsku wydał bowiem rozstrzygnięcie z dnia 11 grudnia 2024 r. utrzymując w mocy decyzję organu pierwszej instancji w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. Wyrokiem z dnia 11 czerwca 2025 r. sygn. akt I SA/Gd 102/25 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku oddalił skargę skarżącego na ww. decyzję Dyrektora IAS.
Skoro zatem skarżący był zobowiązany w 2019 r. odprowadzać zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych, i nie wywiązał się z tego obowiązku, to organy uprawnione były do wyliczenia odsetek na podstawie art. 44 u.p.d.o.f.
W związku z powyższym skład orzekający stwierdza, że nie dopatrzył się podstaw do uwzględnienia zarzutów naruszenia: art. 151 p.p.s.a. w zw. art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a. w zw. z art. 51 § 2 w zw. z art. 53 § 1 O.p., a także art. 53a § 1 O.p. Zaskarżony wyrok odpowiada prawu, toteż w konsekwencji niezasadności powyższych zarzutów, należało uznać za nieusprawiedliwione także zarzuty naruszenia art. 151 p.p.s.a. w zw. art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a. w zw. z art. 217 Konstytucji RP.
Jednocześnie nie można mówić o naruszeniu art. 151 p.p.s.a. w zw. art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a. w zw. z art. 2a O.p. Zasada in dubio pro tributario stosowana jest wyłącznie w sytuacji wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego. Na gruncie niniejszej sprawy takie wątpliwości nie zaistniały; przepisy są jasne, zostały prawidłowo zinterpretowane i zastosowane w ustalonym stanie faktyczny. Omawiana zasada nie może znaleźć zastosowania jedynie z uwagi na odmienne zapatrywanie strony skarżącej (podatnika) co do dokonanej wykładni czy ostatecznie wydanego rozstrzygnięcia.
Skład orzekający nie znalazł także podstaw do uwzględnienia zarzutów naruszenia przepisów prawa procesowego. Przeprowadzone przez organy postępowanie było prawidłowe, materiał dowodowy jest kompletny, został prawidłowo przeanalizowany. Umożliwiło to ustalenie niebudzącego wątpliwości stanu faktycznego, który przyjął do rozpoznania WSA w Gdańsku. Przeprowadzona swobodna ocena dowodów została dokonana prawidłowo. Skarżący w postępowaniu nie wykazał skutecznie, że wnioski organu nie odpowiadają wymogom logicznego rozumowania i doświadczenia życiowego. W toku postępowania skarżący nie przedstawił dowodów, które stanowiłyby przeciwwagę dla ustaleń organu. Nie było zatem mowy o naruszeniu powoływanych w skardze kasacyjnej: art. 151 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a w zw. z art. 120 w zw. art. 121 § 1 w zw. art. 122, art. 180 § 1, art. 187 § 1, art. 191 O.p oraz art. 151 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a w zw. z art. 125 § 1 O.p.
Natomiast zupełnie bezzasadny jest zarzut dotyczący naruszenia art. 7, art. 77, art. 80, art. 107 § 3 k.p.a. bowiem w rozpoznawanej sprawie (w postępowaniu podatkowym) nie znajdowały zastosowania przepisy Kodeksu postępowania administracyjnego. Nie mogły zatem zostać naruszone przez organ podatkowy. Dodać należy, że wojewódzkie sądy administracyjne sprawując kontrolę legalności decyzji podatkowych również nie stosują przepisów Kodeksu postępowania administracyjnego. W konsekwencji przepisy te nie mogły zostać naruszone przez WSA w Gdańsku.
W tym stanie rzeczy Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 p.p.s.a., orzekł jak w sentencji. O kosztach postępowania kasacyjnego Sąd orzekł na podstawie art. 209 w zw. z art. 204 pkt 1 i art. 205 § 2 tej ustawy.