Wobec powyższego wniesiono o uchylenie w całości zaskarżonego wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu, uchylenie w całości decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 7 maja 2025 r. oraz poprzedzającej ją decyzji organu pierwszej instancji ewentualnie uchylenie zaskarżonego wyroku i przekazanie sprawy Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Poznaniu do ponownego rozpoznania, oraz zasądzenie od organu na rzecz Skarżącego kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych i rozpoznanie skargi kasacyjnej na posiedzeniu niejawnym.
W odpowiedzi na skargę kasacyjną Dyrektor Izby Administracji Skarbowej wniósł o jej oddalenie i zasądzenie od Skarżącego kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Skarga kasacyjna nie zawiera usprawiedliwionych podstaw, wobec czego podlega oddaleniu na podstawie art. 184 P.p.s.a.
W pierwszej kolejności wskazać należy, że zgodnie z art. 183 § 1 P.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, biorąc z urzędu pod rozwagę jedynie przesłanki nieważności postępowania. W rozpoznawanej sprawie nie zachodzą okoliczności wymienione w art. 183 § 2 P.p.s.a.
Istota sporu sprowadza się do oceny, czy Skarżący spełnił warunki uprawniające do zastosowania preferencyjnego opodatkowania dochodów z kwalifikowanych praw własności intelektualnej (IP BOX), w szczególności czy prowadzona przez niego ewidencja spełniała wymogi określone w art. 30cb ust. 1–3 u.p.d.o.f. oraz czy na jej podstawie możliwe było ustalenie kwalifikowanego dochodu podlegającego opodatkowaniu stawką 5%.
W pierwszej kolejności odnieść się należy do zarzutów naruszenia przepisów postępowania, gdyż ich zasadność mogłaby mieć wpływ na ocenę zarzutów materialnoprawnych.
Nie zasługuje na uwzględnienie zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. w związku z art. 122, art. 187 § 1 oraz art. 191 O.p. Analiza akt administracyjnych sprawy prowadzi do wniosku, że organy podatkowe przeprowadziły postępowanie dowodowe w zakresie wystarczającym do wyjaśnienia wszystkich okoliczności istotnych dla rozstrzygnięcia sprawy. Zgromadzony materiał dowodowy został poddany ocenie zgodnie z zasadą swobodnej oceny dowodów, a organy szczegółowo wyjaśniły przyczyny, dla których uznały, że przedstawiona przez Skarżącego ewidencja nie pozwala na ustalenie kwalifikowanego dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej.
Nie można również podzielić stanowiska autora skargi kasacyjnej, że organy pominęły istotny dowód w postaci przeprowadzonego przez niego eksperymentu podatkowego. Z uzasadnień decyzji obu instancji wynika, że argumentacja Skarżącego odnosząca się do przyjętej metody alokacji kosztów została rozważona, jednak nie została uznana za wystarczającą dla wykazania spełnienia warunków wynikających z art. 30cb u.p.d.o.f. Sam fakt odmiennej oceny przedstawionych przez Stronę wyliczeń nie oznacza naruszenia wskazanych przepisów postępowania.
Przechodząc do zarzutów naruszenia prawa materialnego, Naczelny Sąd Administracyjny podziela stanowisko Sądu pierwszej instancji, że Skarżący nie wykazał spełnienia warunków uprawniających do zastosowania preferencji IP BOX.
Zgodnie z art. 30cb ust. 1–3 u.p.d.o.f. podatnik korzystający z preferencji IP BOX zobowiązany jest prowadzić odrębną ewidencję w sposób umożliwiający ustalenie przychodów, kosztów uzyskania przychodów, dochodu, straty oraz wskaźnika nexus dla kwalifikowanych praw własności intelektualnej. Obowiązek ten nie ma charakteru wyłącznie formalnego, lecz służy zapewnieniu możliwości zweryfikowania związku pomiędzy dochodem objętym preferencją a prowadzoną działalnością badawczo-rozwojową.
Wbrew twierdzeniom Skarżącego organy podatkowe oraz Sąd pierwszej instancji nie dokonały nadmiernie formalistycznej wykładni przepisów regulujących ulgę IP BOX. Skoro ustawodawca uzależnił możliwość zastosowania preferencyjnej stawki opodatkowania od prowadzenia ewidencji spełniającej określone wymogi, brak możliwości ustalenia na jej podstawie kwalifikowanego dochodu wyłącza możliwość skorzystania z tej preferencji.
Prawidłowo przyjęto, że przedstawiona przez Skarżącego metoda przyporządkowania kosztów do kwalifikowanych praw własności intelektualnej nie pozwalała na ustalenie kosztów rzeczywiście poniesionych w związku z wytworzeniem, rozwinięciem lub ulepszeniem poszczególnych kwalifikowanych praw własności intelektualnej. Skarżący dokonał bowiem alokacji kosztów poprzez zastosowanie proporcji przychodowej odnoszonej do łącznych kosztów działalności gospodarczej, nie wykazując związku konkretnych wydatków z poszczególnymi kwalifikowanymi prawami własności intelektualnej.
Nie zasługuje na uwzględnienie również zarzut naruszenia art. 22 ust. 3 i 3a u.p.d.o.f. Przepisy te nie mogą być interpretowane jako zwalniające podatnika z obowiązku prowadzenia ewidencji wymaganej przez art. 30cb u.p.d.o.f. Mogą one znajdować zastosowanie przy rozliczaniu określonych kosztów pośrednich, nie stanowią jednak podstawy do ustalania kosztów kwalifikowanych wyłącznie przy zastosowaniu proporcji przychodowej, bez wykazania ich związku z konkretnymi kwalifikowanymi prawami własności intelektualnej.
Nietrafny jest również zarzut błędnej wykładni art. 30cb ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.f. Przepis ten dopuszcza możliwość ustalenia łącznego dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej w sytuacjach wskazanych przez ustawodawcę, nie zwalnia jednak podatnika z obowiązku wykazania rzeczywiście poniesionych kosztów związanych z kwalifikowanymi prawami własności intelektualnej. Nie można zatem wywodzić z niego uprawnienia do ustalania dochodu w oparciu wyłącznie o hipotetyczne lub procentowo określone wielkości kosztowe.
W konsekwencji trafnie uznano, że na podstawie prowadzonej przez Skarżącego ewidencji nie było możliwe ustalenie kwalifikowanego dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej. Tym samym zastosowanie znajdował art. 30cb ust. 3 u.p.d.o.f., zgodnie z którym podatnik jest obowiązany do zapłaty podatku na zasadach ogólnych określonych w art. 27 albo art. 30c tej ustawy.
Skoro zaś Skarżący nie wykazał prawa do zastosowania preferencji IP BOX, brak było również podstaw do stwierdzenia nadpłaty w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 O.p. Nie doszło zatem do naruszenia art. 72 § 1 pkt 1, art. 73 § 2 oraz art. 75 § 1 i 2 O.p.
Odnosząc się natomiast do zarzutu naruszenia art. 141 § 4 P.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że również on nie zasługuje na uwzględnienie. Przepis ten może stanowić samodzielną podstawę kasacyjną jedynie wyjątkowo, gdy wady uzasadnienia są tego rodzaju, że uniemożliwiają przeprowadzenie kontroli instancyjnej wyroku. Taka sytuacja nie zachodzi w niniejszej sprawie. Uzasadnienie zaskarżonego wyroku zawiera wszystkie elementy wymagane tym przepisem, przedstawia stan sprawy, wskazuje podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz wyjaśnia motywy, którymi kierował się Sąd pierwszej instancji. Treść uzasadnienia pozwala na pełne odtworzenie toku rozumowania Sądu i przeprowadzenie kontroli kasacyjnej. W istocie zarzut ten stanowi polemikę z oceną prawną wyrażoną w zaskarżonym wyroku, nie zaś wskazanie takich wad uzasadnienia, które uniemożliwiałyby jego kontrolę instancyjną.
Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 P.p.s.a., orzekł jak w sentencji. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 1 w zw. art. 205 § 2 oraz art. 209 P.p.s.a.