Zwolnienia podatkowe, o których mowa w ust. 1 pkt 34 i 34a, przysługują podatnikowi wyłącznie z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu (art. 17 ust. 4 u.p.d.o.p.).
W myśl art. 3 u.w.n.i., wsparcie na realizację nowej inwestycji jest udzielane w formie zwolnienia od podatku dochodowego, na zasadach określonych odpowiednio w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych albo w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych.
W § 9 ust. 1 rozporządzenia przewidziano, że wsparcie z tytułu kosztów kwalifikowanych nowej inwestycji przysługuje przedsiębiorcy, począwszy od miesiąca, w którym poniósł te koszty po dniu wydania decyzji o wsparciu, aż do wygaśnięcia decyzji o wsparciu lub wyczerpania maksymalnej dopuszczalnej pomocy regionalnej, w zależności od tego, które zdarzenie wystąpi wcześniej.
Jak zasadnie podniósł Sąd pierwszej instancji, podatnik może skorzystać z omawianego zwolnienia podatkowego, jeżeli dochody pochodzą z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu oraz są one uzyskane na terenie określonym w powyższej decyzji. Spełnienie przez Spółkę tych warunków nie było objęte sporem. Termin, od którego przysługuje przedsiębiorcy zwolnienie z podatku dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu określa § 9 ust. 1 rozporządzenia. Jak wskazano powyżej, przepis ten stanowi, że wsparcie z tytułu kosztów kwalifikowanych nowej inwestycji przysługuje przedsiębiorcy począwszy od miesiąca, w którym poniósł te koszty po dniu wydania decyzji o wsparciu.
W konsekwencji pogląd organu prezentowany w zarzucie skargi kasacyjnej nie ma oparcia w obowiązujących na dzień wydania interpretacji przepisów art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. w zw. z § 9 ust. 1 rozporządzenia. Wynika z nich bowiem wprost, że uzyskanie dochodu będącego następstwem nowej inwestycji nie ma znaczenia dla ustalenia momentu, od którego możliwe jest korzystanie z omawianego zwolnienia. W przypadku gdy nowa inwestycja, przykładowo polega na zwiększeniu zdolności produkcyjnych zakładu - wyliczenie dochodu przypadającego na nową inwestycję w praktyce mogłoby się okazać wręcz niemożliwe. Z takim też przypadkiem mamy do czynienia w analizowanej sprawie. Działalność Spółki jest realizowana z zaangażowaniem dotychczas istniejących w Spółce środków trwałych, jak i aktywów podlegających rozbudowie w ramach inwestycji objętej decyzją o wsparciu. Decydujący dla ustalenia momentu początkowego od którego Spółka rozpoczyna korzystanie ze zwolnienia jest zatem moment, w którym w związku z inwestycją podatnik poniósł koszty kwalifikowane, przy założeniu, że dochody pochodzą z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu oraz są uzyskane na terenie określonym w powyższej decyzji.
Spółka będzie zatem uprawniona do korzystania ze zwolnienia, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. począwszy od miesiąca, w którym poniesione zostały wydatki kwalifikowane w ramach inwestycji, niezależnie od momentu, w którym zacznie uzyskiwać dochód z realizowanej inwestycji. Z powyższych względów za niezasadny należy uznać zarzut skargi kasacyjnej wskazujący na naruszenie przepisów prawa materialnego przez błędną wykładnię art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. w zw. z § 9 ust. 1 rozporządzenia.
Przedstawioną powyżej argumentację wspiera także treść przepisów po ich nowelizacji. Od 1 stycznia 2023 r. obowiązuje bowiem nowe rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 27 grudnia 2022 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej niektórym przedsiębiorcom na realizację nowych inwestycji (Dz. U. poz. 2861). Zgodnie z § 9 ust. 1 tego rozporządzenia wsparcie z tytułu kosztów kwalifikowanych nowej inwestycji przysługuje przedsiębiorcy począwszy od miesiąca, w którym upłynął termin zakończenia inwestycji określony w decyzji o wsparciu, aż do wygaśnięcia decyzji o wsparciu lub wyczerpania maksymalnej dopuszczalnej pomocy regionalnej, w zależności od tego, które zdarzenie wystąpi wcześniej, z zastrzeżeniem wyjątku, o którym mowa w § 5 ust. 6. Obecnie zatem moment, od którego możliwe jest zastosowanie zwolnienia podatkowego uległ przesunięciu z miesiąca, w którym podatnik poniósł koszty kwalifikowane na miesiąc, w którym upłynął termin zakończenia inwestycji.
Analogiczna argumentacja jak wyżej została przedstawiona w wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego m.in. z 25 lutego 2025 r., sygn. akt II FSK 699/22, z 23 kwietnia 2024 r., sygn. akt II FSK 915/21, z 9 czerwca 2022 r., sygn. akt II FSK 357/21, którą skład orzekający w sprawie podziela i w związku z tym posłużył się nią w niezbędnym do rozpoznania sprawy zakresie.
Sąd pierwszej instancji uznał ponadto, że przy wydawaniu interpretacji naruszono art. 121 § 1 w zw. z art. 14h O.p., przez pominięcie analizy orzecznictwa sądowego.
W tym miejscu podkreślenia wymaga szczególna rola postępowania w zakresie wydawania interpretacji podatkowych. Jego konsekwencją ma być przede wszystkim zapewnienie jednolitości w stosowaniu prawa podatkowego, a jedną z dyrektyw dla tejże wykładni winno być orzecznictwo sądów. Przy wydawaniu interpretacji indywidualnej, poza wskazaniem wnioskodawcy właściwego kierunku wykładni przepisów prawa podatkowego odpowiadających jego sytuacji prawnopodatkowej (zaistniałej bądź hipotetycznej), organ zobowiązany jest dążyć do jednolitego stosowania przepisów prawa podatkowego.
Stosownie bowiem do treści art. 14a O.p., minister właściwy do spraw finansów publicznych dąży do zapewnienia jednolitego stosowania prawa podatkowego przez organy podatkowe oraz organy kontroli skarbowej, dokonując w szczególności jego interpretacji, przy uwzględnieniu orzecznictwa sądów oraz Trybunału Konstytucyjnego lub Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości (interpretacje ogólne). Choć orzecznictwo sądowe nie ma w polskim systemie prawnym charakteru precedensowego, to w zakresie interpretacji podatkowych (ogólnych i indywidualnych) zyskuje ono szczególnie na znaczeniu. Orzecznictwo to ma normatywne przełożenie na tworzenie warunków jednolitego stosowania prawa podatkowego. Jeszcze większa jest jego rola w zakresie eliminowania wadliwych interpretacji, o czym stanowi art. 14e § 1 O.p., zgodnie z którym minister właściwy do spraw finansów publicznych może z urzędu zmienić wydaną interpretację ogólną lub indywidualną, jeżeli stwierdzi jej nieprawidłowość, uwzględniając w szczególności orzecznictwo sądów, Trybunału Konstytucyjnego lub Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości. Tym samym orzecznictwo sądów stało się przesłanką do formułowania oceny poprawności funkcjonujących w obrocie prawnym interpretacji, także interpretacji indywidualnych. Skoro więc organ wydający interpretacje indywidualne może w ramach działania ex officio zmienić wydaną już uprzednio interpretację z racji stwierdzenia jej wadliwości w świetle orzecznictwa sądowego, to tym bardziej ma obowiązek dokonywać analizy tego orzecznictwa w postępowaniu zmierzającym do wydania takiej interpretacji, a zwłaszcza w przypadku, gdy na takowe orzecznictwo powołuje się osoba składająca wniosek o jej wydanie.
Nie można bowiem przyjąć takiej wykładni powyższych przepisów, że z jednej strony ustawodawca nie nakłada na organ wydający interpretacje indywidualne obowiązku analizowania orzecznictwa zapadłego w innych sprawach dotyczącego analogicznych sytuacji prawnopodatkowych, a z drugiej strony przyjmuje jednocześnie, że pominięcie takiego orzecznictwa może być przyczyną zmiany tak wydanej interpretacji (por. wyrok NSA z 21 listopada 2012 r., sygn. akt II FSK 545/11).
W kontekście powyższego należy przyjąć, że trafnie Sąd pierwszej instancji wskazał, że z postanowień art. 14e § 1 O.p. płynie wniosek, iż organy są zobowiązane do uwzględniania w ramach interpretacji indywidualnych orzeczeń sądów, w szczególności w sytuacji, gdy odnośnie zagadnienia, którego dotyczy dana interpretacja indywidualna, ukształtowała się jednolita linia orzecznicza. W związku z powyższym działanie organu, który pomimo powoływania się przez wnioskodawcę na takie jednoznaczne i jednolite w spornej w sprawie kwestii orzecznictwo, w wydanej interpretacji indywidualnej prezentuje stanowisko przeciwne, w żaden sposób nie argumentując odstępstwa od przyjętej w tym zakresie linii orzeczniczej, musi być postrzegane jako naruszające zasadę wyrażoną w art. 121 § 1 O.p., zgodnie z którą postępowanie podatkowe powinno być prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych.
Biorąc powyższe pod uwagę, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 P.p.s.a. oddalił skargę kasacyjną. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono zgodnie z art. 204 pkt 2 P.p.s.a.