Wyrok NSA z dnia 05 sierpnia 2025, sygn. II FSK 1463/22

2.1. Spółka w skardze wniosła o uchylenie decyzji DIAS oraz poprzedzającej ją decyzji NUS i umorzenie postępowania. Zaskarżonemu rozstrzygnięciu zarzuciła naruszenie: 1) prawa materialnego: a) art. 70 § 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. poprzez brak uwzględnienia faktu, iż zobowiązanie podatkowe za badany przez organ okres uległo już przedawnieniu ze względu na to, że wszczęcie postępowania karnego w sprawie miało charakter instrumentalny, wskutek czego decyzje powinny zostać uchylone, a postępowanie umorzone z powodu jego bezprzedmiotowości; b) art. 11 ust. 1 u.p.d.o.p. w zw. z § 3, § 4, § 6, §7, § 8, § 10, § 11, § 15, § 16, § 17, § 18 Rozporządzenia MF poprzez nieuzasadnione doszacowanie przychodów Spółki z tytułu transakcji świadczenia usług realizowanej w 2014 r. z powiązanym ze Spółką podmiotem: F..[...] Sp. z o.o. (dalej: "F. [...]", "F[...]") poprzez: – nieuwzględnienie czynników mających istotny wpływ na działalność spółek oraz ich wyników finansowych, w szczególności ich otoczenia rynkowego i strategii gospodarczej; – niewłaściwe sporządzenie analizy porównywalności transakcji, skutkujące nieprawidłowym określeniem profilu funkcjonalnego Spółki jako podmiotu o prostym profilu funkcjonalnym, prowadzącego działalność związaną z magazynowaniem i pakowaniem na rynku e-grocery; – bezpodstawną hierarchizację metod, w tym nieuzasadnione odrzucenie metody podziału zysków, podczas gdy wybór metody może być dokonany wyłącznie na podstawie charakterystyki danej transakcji i możliwych dostępnych danych porównawczych; – niewłaściwe i nieuzasadnione zastosowanie metody marży transakcyjnej netto (TNMM), które doprowadziło do nieuprawnionego doszacowania dochodu Spółce, w szczególności poprzez niezasadne uznanie tej metody jako najwłaściwszej do szacowania dochodu, szczególnie w sytuacji, w której aktualnie dostępne dane na stronach internetowych podmiotów gospodarczych nie stanowią dowodu zakresu działań podejmowanych przez te podmioty w 2014 roku - zwłaszcza w kontekście drastycznych zmian na rynku e-grocery z roku 2014 w porównaniu z dniem dzisiejszym (istotny wpływ zmian pandemii COVID-19 na działalność podmiotów gospodarczych i skalę świadczeń typu e-commerce); – zastosowanie metody innej niż wskazana przez Spółkę, w szczególności poprzez zastosowanie metody marży transakcyjnej netto, podczas gdy strony zastosowały metodę PCN i kalkulację cen opartą na partycypacji stron w przychodzie; c) art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p. poprzez uznanie, że Spółka nie udokumentowała kosztów stanowiących odsetki od pożyczki konwertowanej na udziały; 2) prawa procesowego mającego wpływ na wynik sprawy: a) art. 208 § 1 oraz art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z art. art. 70 § 1 O.p. poprzez brak uzasadnienia, że postępowanie karne skarbowe nie było prowadzone w sposób instrumentalny, a w konsekwencji niewystarczające uzasadnienie w zakresie dotyczącym przesłanek świadczących o przedawnieniu zobowiązania Spółki za badany okres; b) art. 233 § 2 O.p. w zw. z art. 11 ust. 1 u.p.d.o.p. przez jego zastosowanie w sytuacji, gdy nie ma przesłanek do ponownego rozpatrzenia przedmiotowej sprawy, a sprawa powinna zostać zakończona merytoryczną decyzją drugoinstancyjną, gdyż z zebranego w sprawie materiału dowodowego jasno wynikał brak konieczności doszacowania przychodów Spółki z tytułu transakcji świadczenia usług realizowanej w 2014 r. z F.[...]; c) art. 122 w zw. z art. 187 § 1 i art. 191 O.p. poprzez brak podjęcia ustaleń wyraźnie wynikających ze zgromadzonego materiału dowodowego oraz pominięcie istotnych dowodów, a w efekcie przyjęciem wadliwej oceny w kwestii dokonywanych przez Spółkę transakcji, zarówno w kwestii ustalania przez nią rynkowych warunków współpracy z podmiotem powiązanym powiązanymi, jak i wydatków w ramach prowadzonej działalności gospodarczej; d) art. 191, a w konsekwencji także art. 123 § 1 O.p. poprzez przekroczenie przez Organ zasady swobodnej oceny dowodów przez przyjmowanie założonych z góry niekorzystnych dla Spółki tez na podstawie nieodpowiadających im dowodów, przede wszystkim w zakresie uznania warunków zawartych przez Spółkę transakcji z podmiotem powiązanym za nierynkowe oraz w kontekście celowości ponoszonych przez nią wydatków; e) art. 121 O.p. poprzez przekroczenie zasady prowadzenia postępowania w sposób budujący zaufanie do organów podatkowych w związku z dokonaniem wskazanych powyżej uchybień.

2.2. DIAS w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie.

2.3. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie odnosząc się w pierwszej kolejności do zarzutów dotyczących przedawnienia wskazał, że korzystanie przez organy podatkowe z instytucji zawieszenia biegu terminu przedawnienia nie może automatycznie świadczyć i przesądzać o istnieniu wyłącznie instrumentalnego sztucznego zawieszania biegu terminu przedawnienia. Odnosząc się do materiału dowodowego sprawy wskazał, że z akt sprawy wynika, iż postanowieniem z 13 października 2020 r. finansowy organ postępowania przygotowawczego – NUCS po zapoznaniu się z materiałami zawartymi w dokumentacji przekazanej przez NUS, postanowił wszcząć dochodzenie w sprawie spowodowania uszczuplenia w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r. - na kwotę 353.902 zł, poprzez to, że w złożonym w dniu 29 października 2015 r. zeznaniu CIT-8 Spółka podała dane niezgodne z rzeczywistością, na skutek nierzetelnego prowadzenia ksiąg podatkowych, w których - zaniżono przychody o kwotę 9.721.432,43 zł w związku z zaniżeniem wartości sprzedaży usług logistycznych na rzecz podmiotu powiązanego F..[..] Sp. z o.o., oraz zawyżono koszty uzyskania przychodów o kwotę 172.803,43 zł, czym naruszone zostały przepisy art. 3 ust. 1, art. 7 ust. 1 i 2, art. 9 ust. 1, art. 12, art. 15 ust. 1, art. 19 ust. 1 oraz art. 27 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p., tj. o czyn określony w art. 56 § 1 w zb. z art. 61 § 1 oraz art. 7 § 1 k.k.s. Za istotne uznano przede wszystkim to, że 4 listopada 2020 r. zostało sporządzone postanowienie o przedstawieniu zarzutów G.B. - prezesowi zarządu Spółki, z którym to postanowieniem zapoznano podejrzanego 26 listopada 2020 r. i przesłuchano na tę okoliczność. Organ na podstawie art. 114a k.k.s. dnia 8 stycznia 2021 r. zawiesił dochodzenie w sprawie. NUS pismem z 19 listopada 2020r. doręczonym pełnomocnikowi Spółki 4 grudnia 2020 r. - zawiadomił, że z dniem 13 października 2020 r. na skutek wystąpienia przesłanki, o której mowa w art. 70 § 6 pkt 1 O.p. uległ zawieszeniu bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r. Zdaniem Sądu wbrew zarzutom skargi przedmiotowe postępowanie karne skarbowe nie było wszczęte w sposób instrumentalny. Wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie nastąpiło tuż przed upływem wskazanych terminów przedawnienia, co mogłoby wskazywać na nadużycie przez organu kompetencji, przez wszczęcie tego postępowania jedynie w celu zawieszenia biegu terminów przedawnienia. Ponadto podstawą do wszczęcia dochodzenia były nieprawidłowości stwierdzone w toku kontroli podatkowej, z której protokół został doręczony Spółce 19 czerwca 2020 r. Elementem decydującym o wszczęciu postępowania karnoskarbowego powinny być okoliczności czynu, a więc to czy rzeczywiście istniały podstawy do wszczęcia postępowania. Samo powoływanie się przez stronę na okoliczność wszczęcia postępowania karnoskarbowego w bliskości upływu terminu przedawnienia nie oznacza, że mamy do czynienia z instrumentalnym wszczęciem tego postępowania. Pięcioletni okres przedawnienia zobowiązania podatkowego co do zasady skutkuje tym, że jedne postępowania wszczynane są na początku tego okresu, a inne pod koniec jego upływu. Kluczowe dla potrzeb ustalenia, czy doszło do przedawnienia zobowiązań podatkowych było to, że 4 listopada 2020 r. przedstawiono prezesowi zarządu Spółki zarzuty dotyczące nieprawidłowości w rozliczeniu Spółki i przesłuchano go na tę okoliczność. Czynność przedstawienia zarzutów jest ściśle uregulowania w ustawie Kodeks postępowania karnego (dalej: "k.p.k."). Z art. 313 k.p.k. stosowanego w zw. z art. 113 § 1 k.k.s. wynika, że przedstawienie zarzutów każdorazowo musi być wynikiem stwierdzenia, że dane istniejące w chwili wszczęcia śledztwa lub zebrane w jego toku uzasadniają dostatecznie podejrzenie, że podejrzany popełnił czyn wskazany w postanowieniu. Należało wywieść, że zebrane dowody wskazywały na wyższy stopień prawdopodobieństwa niż wymagany do wszczęcia postępowania, a dodatkowo wskazywały na określoną odpowiedzialną osobę, możliwą do spersonifikowania. Zdaniem Sądu w szczególności przejęcie postępowania karnoskarbowego i przedstawienie prezesowi zarządu Spółki zarzutów obejmujących materię będącą przedmiotem rozpoznawanej skargi, wskazywało, że nie doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania karnoskarbowego. Ponadto Sąd pierwszej instancji wskazał, że przedmiotem skargi była decyzja organu wyższego stopnia, którą na podstawie art. 233 § 2 O.p., uchylono w całości decyzję organu I instancji i przekazano sprawę do ponownego rozpatrzenia organowi pierwszej instancji. Zgodnie z tym przepisem organ odwoławczy wydaje decyzję, w której uchyla w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazuje sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Przekazując sprawę, organ ten wskazuje okoliczności faktyczne, jakie należy wziąć pod uwagę przy ponownym rozpatrzeniu sprawy. Przepis ten jest swego rodzaju wyłomem od konstrukcji prawnej postępowania odwoławczego, którego celem jest ponowne rozpatrzenie i rozstrzygnięcie sprawy podatkowej przez organ odwoławczy, zawiera więc wyjątek od zasad i sposobów rozstrzygnięcia sprawy przez organ odwoławczy. Skoro przepis z art. 233 § 2 O.p. wprowadza wyjątek, to oznacza, że nie jest dopuszczalna jego rozszerzająca wykładnia, a decyzja powinna być wydawana tylko w tych sytuacjach, w których zostało to określone w tym przepisie. Wydawane na tej podstawie rozstrzygnięcie organu odwoławczego ma jedynie charakter formalny i nie odnosi się do istoty sprawy i nie przesądza o jej wyniku. Decyzja kasacyjna powodująca przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia przez organ pierwszej instancji nie może być podjęta w innych sytuacjach niż te, które zostały określone w 233 § 2 O.p. Mając na uwadze kasacyjny charakter rozstrzygnięcia, stwierdzono, że sądowa kontrola zaskarżonej decyzji musi w pierwszej kolejności dotyczyć tych ewentualnych naruszeń przepisów postępowania, które mogły mieć wpływ na prawidłowe ustalenie podstawy faktycznej rozstrzygnięć organów podatkowych. Jeśli zaś materiał dowodowy w sprawie zawiera luki, co do istotnych okoliczności, to wybór rozstrzygnięcia (zastosowania prawa materialnego) jest przypadkowy i nielogiczny, a ponadto narusza art. 187 § 1 O.p. W realiach rozpoznawanej sprawy punktem wyjścia do dalszych rozważań musi być odwołanie się do zasady dwuinstancyjności wyrażonej w art. 127 O.p. Granice postępowania dowodowego wyznaczają zasady ogólne postępowania podatkowego, w tym przede wszystkim zasada prawdy obiektywnej i właśnie zasada dwuinstancyjności. Ta ostania ma istotne znaczenie z punktu widzenia kontroli sądowej i badania zgodności z prawem zaskarżonej decyzji. W myśl zasady dwuinstancyjności, organ odwoławczy może rozpoznać tylko sprawę, która była już wcześniej rozstrzygnięta decyzją organu pierwszej instancji. Organ odwoławczy zgodnie z zasadą prawdy obiektywnej (art. 122 O.p.) i zasadą swobodnej oceny dowodów (art. 191 O.p.), dokonuje oceny materiału dowodowego zebranego w postępowaniu przez pierwszą instancję. W sytuacji, w której wynik tej oceny wskazuje, że organ pierwszej instancji, pomimo że nie dysponował niezbędnymi dowodami, nie przeprowadził postępowania dowodowego w celu ich uzyskania, to stwierdzić należy, że w istocie brak było rozpoznania sprawy w pierwszej instancji. Takiej wadliwości postępowania w pierwszej instancji organ odwoławczy nie może konwalidować, przeprowadzając rozpoznanie sprawy we własnym zakresie. Naruszyłby on w takim wypadku zasadę dwuinstancyjności, pozbawiając stronę prawa do dwukrotnego merytorycznego rozpoznania sprawy administracyjnej. Prowadzenie postępowania wyjaśniającego przez organ odwoławczy ma ustawowo zakreślone granice, których nie można przekraczać bez naruszenia zasady dwuinstancyjności. Łączna wykładnia art. 229 i art. 233 § 2 O.p. prowadzi do wniosku, że organ odwoławczy może przeprowadzić jedynie uzupełniające postępowanie dowodowe. Zasada dwuinstancyjności rodzi obowiązek dwukrotnego przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego, dwukrotnego ustalenia stanu faktycznego i dwukrotnej wykładni przepisów prawa. Zasada ta nie wyklucza przy tym dokonania odmiennej oceny materiału dowodowego zgromadzonego już w postępowaniu pierwszoinstancyjnym. Decyzja kasacyjna może być wydana wyłącznie w sytuacji, gdy rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego w całości lub w znacznej części. Wydanie takiej decyzji i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia przez organ pierwszej instancji jest wyjątkiem od zasady merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy. W ocenie Sądu meriti w realiach rozpoznawanej sprawy taka sytuacja, o której mowa w art. 233 § 2 O.p., wystąpiła. Organ odwoławczy miał podstawy do tego, aby stwierdzić, że materiał dowodowy zebrany przez organ I instancji nie jest wystarczający do prawidłowego rozstrzygnięcia sprawy. W wyniku ponownego rozpoznania sprawy, organ odwoławczy stwierdził szereg uchybień zaistniałych w zakresie postępowania dowodowego, skutkujących w efekcie niewystarczającym ustaleniem okoliczności faktycznych w sprawie. Organ wyższego stopnia zasadnie zauważył, przyznając Skarżącej rację, że organ I instancji postąpił nieprawidłowo, dokonując wyboru podmiotów "porównywalnych", których działalność nie jest jednak tożsama z działalnością Spółki. Biorąc pod uwagę ustalenia organu I instancji zauważono, że Spółka istotnie angażuje się na każdym etapie realizacji zleceń na rzecz klienta ostatecznego. Zakres współpracy obejmuje bardzo szeroki wachlarz świadczeń, który w zasadzie obejmuje istotną część podstawowej działalności operacyjnej F..[...], w związku z tym bez współpracy ze Stroną w omawianym zakresie F..[...] nie byłaby w stanie samodzielnie obsłużyć realizacji zleceń na rzecz swoich klientów i tym samym prowadzić podstawowej działalności operacyjnej. Organ odwoławczy uznał również, że żywność zamawiana przez Internet wymaga szczególnej ostrożności podczas magazynowania i dostarczenia klientowi ostatecznemu. Produkty dostarczane klientom muszą być świeże i dostarczane w idealnym stanie, natomiast podczas transportu towar łatwo może ulec zniszczeniu. Zachowanie świeżości części oferowanych produktów wymaga niskich stanów magazynowych i wysokiej rotacji zapasów. Nie bez racji Spółka wskazywała, że funkcji przez nią spełnianych nie należy utożsamiać z typową sprzedażą wysyłkową realizowaną za pośrednictwem usług kurierskich, gdyż zakres zaangażowania, wykorzystywanych aktywów oraz ponoszonych ryzyk w tym zakresie jest nieporównywalny w przypadku rynku e-grocery do typowych usług magazynowych, transportowych i usług pakowania realizowanych na rynkach innych niż e-grocery. W zaskarżonej decyzji przyznano, że organ I instancji dokonując selekcji podmiotów porównywalnych do działalności Spółki nie w pełni uwzględnił funkcje, ryzyka i aktywa przypisane stronom transakcji. DIAS przyznał rację Spółce, że organ I instancji nie zidentyfikował podmiotów, które podobnie jak Spółka oprócz usług transportowych i magazynowych współuczestniczą w procesie dystrybucyjnym. Co więcej, żaden z podmiotów wymienionych przez organ pierwszoinstancyjny nie funkcjonuje na rynku e-grocery (obejmującego towary świeże, szybko psujące się i wymagających odpowiednich warunków transportowych). Zwrócono także uwagę na istotne różnice występujące pomiędzy działalnością polegającą na transporcie wysokotonażowym a transporcie towarów konsumpcyjnych (FMCG) do indywidualnych klientów z bardzo szybkim terminem realizacji zlecenia, pod drzwi klienta. Ponadto wskazano, że organ pierwszej instancji wydając decyzję i określając wysokość zobowiązania podatkowego nie uwzględnił rozliczenia straty z lat ubiegłych. Wobec tego WSA uznał, że wynik sprawy zależy w swej istocie od ponownej analizy podstaw doszacowania przychodów spółki i nadal pozostaje otwarty. Tym samym zarzuty dotyczące naruszenia przez organ wyższego stopnia przepisów prawa materialnego dotyczących cen transferowych między podmiotami powiązanymi, w tym w szczególności art. 11 ust. 1 u.p.d.o.p. Sąd uznał za bezprzedmiotowe i w swej istocie za przedwczesne. Odnosząc się do podnoszonych innych zarzutów dotyczących naruszenia przepisów postępowania Sąd uznał, że nie zasługiwały one na uwzględnienie, gdyż nie dostrzegł w sprawie naruszeń dotyczących ogólnych zasad postępowania podatkowego.

3.1 Pełnomocnik Spółki wniósł skargę kasacyjną i zaskarżył powyższy wyrok w całości, zarzucając mu:

1. na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. naruszenie przepisów postępowania mające istotny wpływ na wynik sprawy:

a) art. 3 § 1 oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) i art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 1 oraz art 59 § 1 pkt 9 O.p. poprzez wadliwą kontrolę legalności zaskarżonej decyzji i jej nieuchylenie, pomimo iż przed jej wydaniem zobowiązanie podatkowe Skarżącej w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2014 r. uległo wygaśnięciu wskutek przedawnienia, a w konsekwencji w wyroku, należało stwierdzić, że organ odwoławczy powinien był uchylić decyzję I instancji i umorzyć postępowanie podatkowe jako bezprzedmiotowe;

b) art. 3 § 1 oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 70 § 1 i § 6 pkt 1 oraz art. 70c O.p. poprzez wadliwą kontrolę legalności zaskarżonej decyzji i jej nieuchylenie na skutek przyjęcia przez Sąd, że nie nastąpiło przedawnienie zobowiązania podatkowego ze względu na wszczęcie postępowania karnego skarbowego, które miało zawiesić bieg terminu przedawnienia, podczas gdy postępowanie karne skarbowe wszczęte zostało w sposób instrumentalny w braku okoliczności uzasadniających podejrzenie realizacji znamion jakiegokolwiek czynu zabronionego;

c) art. 134 § 1 oraz art. 141 § 4 p.p.s.a. w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. poprzez nierozpoznanie istoty sporu oraz sporządzenie wadliwego uzasadnienia wyroku, niespełniającego ustawowych kryteriów, co przejawia się w braku odniesienia się do stanowiska Skarżącej w kontekście zawartych w skardze zarzutów świadczących o instrumentalnym wszczęciu postępowania karnego skarbowego, a także braku przedstawienia w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku, jakie przesłanki były powodem do stwierdzenia przez Sąd, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego w przedmiotowej sprawie nie miało charakteru instrumentalnego, w sytuacji, gdy: wszczęte postępowanie karne skarbowe było obarczone przeszkodami natury przedmiotowej oraz podmiotowej, obiektywnie uniemożliwiającymi osiągnięcie jakiegokolwiek celu karnego skarbowego; wszczęcie postępowania karnego skarbowego nastąpiło w bezpośredniej bliskości terminu przedawnienia;

d) art. 3 § 1 oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art 133 § 1 i art. 141 § 4 p.p.s.a. poprzez przeprowadzenie kontroli legalności zaskarżonej Decyzji w oderwaniu od ustaleń i wytycznych przedstawionych w zaskarżonym akcie administracyjnym, polegające na uznaniu przez Sąd pierwszej instancji, że "wynik sprawy (...) pozostaje otwarty"', podczas gdy kluczowe w sprawie ustalenie w zakresie uznania transakcji za nierynkową zostało przez DIAS rozstrzygnięte w zaskarżonej decyzji;

e) art. 3 § 1 w zw. z art. 3 § 2 pkt 1 p.p.s.a. oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit c) p.p.s.a. w zw. z art. 233 § 2 O.p. poprzez wadliwą kontrolę legalności zaskarżonej decyzji i nieuwzględnienie skargi w sytuacji, gdy organ uwzględniając odwołanie i przekazując sprawę do ponownego rozpatrzenia, rozstrzygnął merytorycznie sprawę, do czego nie upoważnia art. 233 § 2 O.p.;

b) art. 11 ust. 1 u.p.d.o.p. w zw. z § 3, § 4, § 6, § 7, § 8, § 10, § 11, § 15, § 16, § 17, § 18 Rozporządzenia MF poprzez niewłaściwe zastosowanie polegające na zaakceptowaniu stanowiska organu (na skutek oddalenia skargi Skarżącej), że: prawidłowe było zastosowanie w sprawie wskazanych regulacji prawa materialnego wobec stwierdzenia, iż transakcje dokonywane przez Spółkę w 2014 r. miały charakter nierynkowy, a w konsekwencji przyjęcie, że w sprawie należy doszacować przychody Skarżącej z tytułu transakcji realizowanej w 2014 r. z powiązanym podmiotem: F..[...] Sp. z o.o., Organ prawidłowo zidentyfikował profil funkcjonalny stron uczestniczących w transakcji w oparciu o ustalenia umowne i dokonał właściwego wyboru metody szacowania dochodu.

f) art. 145 § 1 pkt 1 lit c) p.p.s.a. w zw. z art. 122, art. 191, art. 180 § 1, art. 181, art. 187 § 1, art. 121 § 1 O.p. poprzez wadliwą kontrolę legalności zaskarżonej decyzji i nieuwzględnienie skargi w sytuacji, gdy organ naruszył zasady postępowania podatkowego wyrażone w tych przepisach, co skutkowało niewłaściwymi ustaleniami w zakresie oceny materiału dowodowego, dotyczącymi przede wszystkim uznania spornych transakcji za zawarte na warunkach nierynkowych a także, w drugiej kolejności, przyjęciu nieprawidłowej metody szacowania wynagrodzenia

2. na podstawie art. 174 pkt 1 p.p.s.a. naruszenie prawa materialnego, tj.:

a) art. 70 § 1 w związku z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. poprzez ich błędną wykładnię polegającą na uznaniu, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie miało charakteru instrumentalnego, podczas gdy okoliczności wszczęcia oraz przebieg postępowania karnego skarbowego świadczą o instrumentalnym wykorzystaniu tej instytucji, tj. zastosowaniu jej wyłącznie celem zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego;

b) art. 11 ust. 1 u.p.d.o.p. zw. z § 3, § 4, § 6, § 7, § 8, § 10, § 11, § 15, § 16, § 17, § 18

Rozporządzenia MF poprzez niewłaściwe zastosowanie polegające na zaakceptowaniu stanowiska Organu (na skutek oddalenia skargi Skarżącej), że: prawidłowe było zastosowanie w sprawie wskazanych regulacji prawa materialnego wobec stwierdzenia, iż transakcje dokonywane przez Spółkę w 2014 r. miały charakter nierynkowy, a w konsekwencji przyjęcie, że w sprawie należy doszacować przychody Skarżącej z tytułu transakcji realizowanej w 2014 r. z powiązanym podmiotem: F..[...]Sp. z o.o., Organ prawidłowo zidentyfikował profil funkcjonalny stron uczestniczących w transakcji w oparciu o ustalenia umowne i dokonał właściwego wyboru metody szacowania dochodu.

Mając na uwadze powyższe pełnomocnik Spółki wniósł:

a) w przypadku uwzględnienia zarzutów wskazanych w pkt 1 lit. a) i b) oraz w pki 2 lit. a), na podstawie art. 188 p.p.s.a. o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości, rozpoznanie skargi poprzez uchylenie decyzji, poprzedzającej ją decyzji I instancji oraz umorzenie postępowania podatkowego; b) w przypadku uwzględnienia zarzutów wskazanych w pkt 1 lit. c), d), e) i f) oraz w pkt 2 lit. b) na podstawie art. 188 p.p.s.a. o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości, rozpoznanie skargi poprzez uchylenie Decyzji oraz poprzedzającej ją decyzji I instancji; ewentualnie na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a. o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Sądowi I instancji oraz zasądzenie na rzecz Skarżącej od strony przeciwnej kosztów postępowania wraz z kosztami zastępstwa procesowego według norm prawem przepisanych.

3.2. DIAS nie złożył odpowiedzi na skargę kasacyjną, a w piśmie procesowym z dnia 29 lipca 2025 r. oraz na rozprawie pełnomocnik organu wniósł o jej oddalenie.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

4.1. Skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie, choć tylko jeden z zarzutów jest uzasadniony.

4.2. Na wstępie należy wyjaśnić, że stosownie do art. 183 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej i z urzędu bierze pod rozwagę jedynie nieważność postępowania. Rozpoznanie sprawy w granicach skargi kasacyjnej oznacza, że Naczelny Sąd Administracyjny związany jest wskazanymi w niej podstawami. Wymaga to zatem prawidłowego ich określenia w samej skardze, a więc konieczność precyzyjnego wskazania konkretnych przepisów prawa, którym zdaniem autora skargi kasacyjnej uchybił sąd administracyjny pierwszej instancji. Stosownie do art. 174 p.p.s.a. skargę kasacyjną można oprzeć na naruszeniu prawa materialnego przez błędną jego wykładnię lub niewłaściwe zastosowanie (pkt 1) albo naruszeniu przepisów postępowania, jeżeli uchybienie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy (pkt 2). Przy zarzutach naruszenia prawa procesowego należy wskazać przepisy tego prawa naruszone przez sąd i wpływ naruszenia na wynik sprawy, czyli treść zaskarżonego orzeczenia. Podkreślenia wymaga, że naruszenie przepisów postępowania może odnosić się zarówno do przepisów regulujących postępowanie przed wojewódzkim sądem administracyjnym, jak i do przepisów regulujących postępowanie przed organami administracji publicznej. Stawiając zarzuty naruszenia prawa procesowego na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. autor skargi kasacyjnej powinien nie tylko wskazać, jaki przepis postępowania został naruszony, lecz również uzasadnić, jaki wpływ na wynik sprawy miało to naruszenie. Przez "wpływ", o którym mowa na gruncie przywołanego przepisu, rozumieć należy istnienie związku przyczynowego pomiędzy uchybieniem procesowym stanowiącym przedmiot zarzutu skargi kasacyjnej a zaskarżonym orzeczeniem sądu pierwszej instancji, który to związek przyczynowy nie musi być realny, jednak musi uzasadniać istnienie hipotetycznej możliwości odmiennego wyniku sprawy (por. np. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z dnia 8 lipca 2021 r., sygn. akt II GSK 1414/18 i z dnia 5 lutego 2025 r., sygn. akt II FSK 724/22, publ. CBOSA).

4.3. Za bezzasadne należy uznać zarzuty naruszenia prawa procesowego i prawa materialnego odnoszące się do przedawnienia zobowiązania podatkowego (a właściwie do wydania decyzji określająca wysokość dochodu Spółki za 2014 r.). Nie można zgodzić się w szczególności ze stanowiskiem, że wszczęcie postępowania karnoskarbowego miało dla sprawy podatkowej charakter instrumentalny. Analiza akt kontroli podatkowej i postępowania podatkowego przeprowadzonego wobec Spółki w zakresie kontroli podatku dochodowego od osób prawnych za 2014 r. mogła w realiach stanu sprawy podatkowej doprowadzić organ dochodzeniowy do uzasadnionego podejrzenia, że zostało popełnione przestępstwo skarbowe w warunkach określonych w art. 56 § 1 w zw. z art. 61 § 1 k.k.s. Trafnie Sąd pierwszej instancji wskazał i uwypuklił okoliczności związane z przekształceniem dochodzenia prowadzonego w ramach postępowania karnoskarbowego z fazy "in rem" do fazy "ad personam". W ramach tego dochodzenia w dniu 26 listopada 2020 r. przesłuchano w charakterze podejrzanego M. B., który od 2 kwietnia 2013 r. do 12 maja 2014 r. pełnił funkcję prezesa zarządu Skarżącej, następnie od 13 maja 2014 r. do 26 stycznia 2015 r. funkcję wiceprezesa zarządu. Skład rozpoznający niniejsza sprawę podziela stanowisko wyrażane wielokrotnie w orzecznictwie, że wkroczenie postępowania w fazę ad personam zasadniczo wyklucza możliwość przypisania mu cechy instrumentalności, możliwości charakterystycznej dla fazy in rem, a to ze względu na ukierunkowanie przygotowawczego postępowania karnoskarbowego na doprowadzenie do skazania konkretnej osoby (zob. np. wyroki NSA z dnia 11 stycznia 2024 r., sygn. akt II FSK 502/22; z dnia 24 października 2023 r., sygn. akt II FSK 317/22; z dnia 10 października 2024 r., sygn. akt II FSK 860/24; publ. CBOSA). Zgodnie z art. 313 k.p.k. w zw. z art. 113 § 1 k.k.s., przedstawienie zarzutów każdorazowo musi być wynikiem stwierdzenia, że dane istniejące w chwili wszczęcia dochodzenia lub zebrane w jego toku uzasadniają dostatecznie podejrzenie, że podejrzany popełnił czyn wskazany w postanowieniu. Jak trafnie wskazano w uzasadnieniu wyroku NSA wydanego w składzie siedmiu sędziów z dnia 14 kwietnia 2025 r., sygn. akt I FSK 1078/24 (publ. CBOSA), analizując możliwość intencjonalnego wykorzystania instytucji zawieszenia biegu terminu przedawnienia, należy mieć na uwadze cele postępowania przygotowawczego oraz fakt posłużenia się w hipotezie art. 70 § 6 pkt 1 O.p. sformułowaniem "podejrzenia popełnienia", nie zaś "popełnieniem" przestępstwa lub wykroczenia, wiążącym się z niewykonaniem danego zobowiązania podatkowego, a uzasadniającym wszczęcie postępowania w sprawie karnej skarbowej, powodującym zawieszenie biegu terminu przedawnienia tego zobowiązania. Zgodnie z art. 297 k.p.k. celem postępowania przygotowawczego jest przede wszystkim ustalenie, czy został popełniony czyn zabroniony i czy stanowi on przestępstwo (pkt 1), następnie zaś wykrycie i w razie potrzeby ujęcie sprawcy (pkt 2) oraz zebranie danych osobopoznawczych i środowiskowych stosownie do art. 213 i 214 k.p.k. (pkt 3), a także wyjaśnienie okoliczności sprawy, w tym ustalenie osób pokrzywdzonych i rozmiarów szkody (pkt 4) oraz zebranie, zabezpieczenie i w niezbędnym zakresie utrwalenie dowodów dla sądu (pkt 5). Dopiero ustalenia poczynione w toku postępowania przygotowawczego przesądzać mogą o dalszych losach postępowania w sprawie karnej skarbowej. W tym względzie stanowić one będą albo podstawę dla jego umorzenia (w przypadku ziszczenia się którejś z przesłanek z art. 17 k.p.k.) albo dla przedstawienia zarzutów i sformułowania aktu oskarżenia. To zatem nie tyle fakt popełnienia czynu, lecz powzięcie wpierw przez organ podatkowy, a następnie organ dochodzeniowy podejrzenia jego popełnienia, skutkuje zawieszeniem biegu terminu przedawnienia zobowiązania, którego niewykonanie wiąże się z tym podejrzeniem, jeśli postępowanie w sprawie karnej skarbowej obejmującej ten czyn zostało wszczęte i o wszczęciu tym podatnik został poinformowany przed upływem biegu tego terminu (art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70c O.p.). Wynika to wprost z użytego w art. 70 § 6 pkt 1 o.p. sformułowania "podejrzenie popełnienia". Celem wykazania instrumentalnego wszczęcia postępowania w sprawie karnoskarbowej, a więc ukierunkowanego tylko i wyłącznie na zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, niezbędne jest dokonanie wszechstronnej i całościowej oceny wszystkich przedmiotowo istotnych dla tej oceny okoliczności faktycznych i prawnych. Tym samym ocena ziszczenia się przesłanek warunkujących wystąpienie skutku w postaci nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego przeprowadzana powinna być na podstawie wszystkich przedmiotowo dla tej oceny istotnych okoliczności faktycznych i prawnych. Ograniczenie kognicji sądu administracyjnego do oceny jednej tylko przesłanki, z pominięciem pozostałych istotnych dla tej oceny okoliczności, stałoby w sprzeczności z poglądem prawnym wyrażonym w uchwale w sprawie o sygn. akt sygn. I FPS 1/21. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego w momencie wszczęcia postępowania karnego skarbowego nie wystąpił oczywisty brak przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych, zaś sama chronologia i sekwencja podejmowanych czynności pozwala stwierdzić, że nie jedynie samo zawieszenie biegu terminu przedawnienia było celem wszczęcia procedury z k.k.s. Postępowanie karnoskarbowe zostało wszczęte na niespełna 3 miesiące przed upływem przedawnienia. Skorelowane ono jednak było z tokiem postępowania podatkowego przed organem podatkowym I instancji, które znalazło się w październiku 2020 r. w fazie końcowej, gdyż do wydania decyzji przez ten organ doszło w dniu 23 października 2020 r., a wszczęcie postępowania karnoskarbowego nastąpiło w dniu 13 października 2020 r., kiedy to organ podatkowy I instancji dysponował pełnym materiałem dowodowym i przekazał go do organu dochodzeniowego. Ponadto w sprawie nie występowała tożsamość pomiędzy organami podatkowymi (Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W., Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Warszawie), a finansowym organem postępowania przygotowawczego (Naczelnik [...]Urzędu Celno-Skarbowego w W.). Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza również, że fakt zawieszenia postępowania karnoskarbowego na podstawie art. 114a k.k.s. nie może w realiach niniejszej sprawy świadczyć o instrumentalnym zastosowaniu postanowień art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Zgodnie z art. 114a k.k.s. postępowanie w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe może być także zawieszone, jeżeli jego prowadzenie jest w istotny sposób utrudnione ze względu na prowadzoną kontrolę podatkową, kontrolę celno-skarbową lub toczące się postępowanie przed organami podatkowymi, organami celnymi lub sądami administracyjnymi. Zauważyć zatem należy, że zawieszenie postępowania karnoskarbowego w dniu 8 stycznia 2021 r. nastąpiło po wniesieniu przez Spółkę w dniu 4 stycznia odwołaniu. Zawieszone postępowanie podejmuje się, jeżeli ustąpiły przyczyny uzasadniające jego zawieszenie. Na tle przytoczonego przepisu doktryna zauważa, że rekonstrukcja znamion czynu zabronionego jako przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe wymaga uzupełnienia znamion karnych skarbowych określonymi w prawie finansowym znamionami stanu faktycznego, których wypełnienie powoduje powstanie obowiązku finansowego, a jego naruszenie jest podstawą do uznania czynu za bezprawny. Wskazuje się również, że analizowany przepis jest wyrazem sui generis prymatu, kontroli przeprowadzanej przez organy finansowe, postępowania przed organami finansowymi oraz postępowania sądowoadministracyjnego nad postępowaniem karnym skarbowym toczącym się w związku z tym samym zdarzeniem faktycznym. Podkreśla się przy tym, że to do organu postępowania przygotowawczego należy ocena, czy istotne trudności w prowadzeniu tego postępowania ze względu na kontrolę podatkową, kontrolę celno-skarbową lub toczące się postępowanie przed organami celnymi, organami podatkowymi lub sądami administracyjnymi powinny skutkować zawieszeniem postępowania (por. L. Wilk, J. Zagrodnik, Kodeks karny skarbowy. Komentarz. Wyd. 5, Warszawa 2021, komentarz do art. 114a k.k.s.). W kontekście przesłanki "istotnego utrudnienia prowadzenia postępowania karnoskarbowego" w piśmiennictwie zwraca się uwagę, że jeżeli uznać, iż wydanie wymiarowej decyzji podatkowej jest niezbędne do poczynienia stosownych ustaleń we wskazanym zakresie, to z "istotnym utrudnieniem prowadzenia postępowania karnoskarbowego", prowadzącym finalnie do zawieszenia postępowania, będziemy mieli do czynienia niemalże we wszystkich sprawach w przedmiocie deliktów karnoskarbowych, w których nastąpiło uszczuplenie należności publicznoprawnej. Z kolei przyjęcie, że decyzja podatkowa stanowi jedynie środek dowodowy, który może (a nawet powinien) zostać przeprowadzony na okoliczność wysokości uszczuplonej należności publicznoprawnej, przemawia za dopuszczalnością (choć nie zawsze celowością) równoległego prowadzenia obu postępowań (tj. karnoskarbowego oraz podatkowego). Należy jednak podzielić pogląd, że decyzja administracyjna wydana w ramach postępowania podatkowego, choć formalnie nie ogranicza samodzielności jurysdykcyjnej sądu karnego, jest dowodem mającym kluczowe znaczenie dla kwestii ustaleń w zakresie wysokości uszczuplonej należności publicznoprawnej. Podkreśla się przy tym, że właściwe postępowania podatkowe, wskazane w treści analizowanego przepisu (a także będące ich następstwem postępowania sądowoadministracyjnego) oraz postępowanie karnoskarbowe dotyczą tego samego stanu faktycznego. Mając na uwadze kryteria oceny dowodów wskazane przez art. 7 k.p.k., zwraca się uwagę na niedopuszczalność sytuacji, w której organ procesowy uzna ostateczną, funkcjonującą w obrocie prawnym decyzję podatkową za dowód niewiarygodny i zastąpi zawarte w niej treści własnymi ustaleniami. W konsekwencji oznacza to, że na gruncie obowiązujących przepisów brak decyzji wymiarowej, spowodowany równolegle toczącym się postępowaniem podatkowym, może w istotny sposób utrudnić prowadzenie danego postępowania karnoskarbowego (por. A. Bułat w: Kodeks karny skarbowy. Komentarz, wyd. II, pod red. I. Zgolińskiego). Tym samym w okolicznościach sprawy sama zasadność zawieszenia postępowania karnoskarbowego nie budzi wątpliwości. Nie można było bowiem wykluczyć, że ewentualne decyzje organu podatkowego zostaną następnie zakwestionowane w postępowaniach odwoławczych, a także przed sądem administracyjnym. Okoliczności te stanowią zatem o uznaniu, że prowadzenie postępowania karnoskarbowego było utrudnione ze względu na toczące się równolegle postępowania podatkowe. Ponadto finansowy organ postępowania przygotowawczego nie mógł zakończyć dochodzenia z przeświadczeniem, że doszło do nieprawidłowości w rozliczeniach Skarżącego w podatku dochodowym od osób prawnych, do momentu aż nie uzyska informacji o pojawieniu się prawomocnych rozstrzygnięć kończących definitywnie sprawę podatkową. Uchwała NSA z 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21 nie wskazuje na istnienie swoistego domniemania instrumentalnego charakteru wszczęcia każdego postępowania, o którym mowa w art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Nie można zgodzić się także ze stanowiskiem, że w sprawie wystąpił oczywisty brak znamion przedmiotowych czynu zabronionego. Spółka akcentowała brak istnienia zobowiązania podatkowego za 2014 r. z uwagi na konieczność rozliczenia w tym roku straty za 2013 r., co zresztą potwierdził DIAS w zaskarżonej decyzji. Jak wskazano w wyroku Sądu Najwyższego z dnia 11 lutego 2003 r., sygn. akt IV KKN 21/00 (publ. LEX nr 77435), narażenie na uszczuplenie podatku powinno być rozumiane jako działanie bądź zaniechanie biernego podmiotu stosunku prawnopodatkowego prowadzące do powstania różnicy między należną Skarbowi Państwa bądź jednostce samorządu terytorialnego kwotą podatku a kwotą przypadającą do uiszczenia według zeznania lub zgłoszenia straty. Narażeniem na uszczuplenie podatku jest przede wszystkim niezadeklarowanie należnej kwoty podatku, od którego uiszczenia sprawca się w ten sposób uchylił, a nadto w szczególności niezgłoszenie właściwemu organowi podatkowemu przedmiotu opodatkowania, niezgłoszenie danych mogących mieć wpływ na ustalenie zobowiązania podatkowego lub jego wysokości albo podania takich danych niezgodnie z rzeczywistością. Należy mieć wobec tego na względzie, że przepisy art. 56 § 1-3 k.k.s. kryminalizują zachowania prowadzące do narażenia podatku na uszczuplenie, przy czym konsekwencja ta może wynikać wyłącznie z podania nieprawdy lub zatajenia prawdy albo niedopełnienia obowiązku zawiadomienia o zmianie danych objętych deklaracją lub oświadczeniem, które są istotne z punktu widzenia zobowiązania w danym rodzaju podatku (tak Sąd Najwyższy w wyroku z dnia 21 marca 2019 r., sygn. akt V KK 108/18, publ. LEX nr 2642389). Tym samym narażenie podatku na uszczuplenie może dotyczyć także rozliczenia straty w danym roku podatkowym, gdyż w rezultacie może ono rzutować na wysokość podatku za inny rok podatkowy i powodować jego uszczuplenie. Brak jest także podstaw do oceny w ramach postępowania podatkowego i sądowoadministracyjnego znamion strony podmiotowej czynu karalnego, tj. umyślności bądź nieumyślności działania sprawcy poprzez pryzmat możliwości, bądź trudności, czy też zasad określania dochodów pomiędzy podmiotami powiązanymi w drodze oszacowania. Z kolei spod kontroli kasacyjnej uchyla się okoliczność oceny zarzutów postawionych G. B.który nie pełnił w chwili składania deklaracji rozliczeniowej w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r. funkcji Prezesa Zarządu w Skarżącej, ani też nie był jako członek Zarządu odpowiedzialny za jej rozliczenia. Tego rodzaju zarzut nie został sformułowany w skardze do WSA w Warszawie. Z kolei w skardze kasacyjnej nie postawiono w tym zakresie zarzutu naruszenia przez Sąd pierwszej instancji art. 134 § 1 p.p.s.a. Skarżąca powinna wobec tego zarzut naruszenia art. 70 § 6 pkt 1 O.p., w tym zakresie powiązać z naruszeniem przez Sąd pierwszej instancji art. 134 § 1 p.p.s.a., zgodnie z którym Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Niezwiązanie granicami skargi oznacza, że sąd ma prawo, a jednocześnie obowiązek dokonania oceny zgodności z prawem zaskarżonego aktu administracyjnego nawet wówczas, gdy dany zarzut nie został podniesiony w skardze. Brak zarzutu naruszenia przez Sąd pierwszej instancji art. 134 § 1 p.p.s.a. powoduje bezskuteczność zarzutu naruszenia art. 70 § 6 pkt 1 O.p. we wskazanym zakresie.

4.4. Zgodzić się należy ze Skarżącą, że Sąd meriti winien w treści uzasadnienia wyroku odnieść się do wszystkich okoliczności podniesionych w skardze, a związanych zdaniem strony z brakiem znamion czynu zabronionego tak w aspekcie przedmiotowym, jak i podmiotowym. Jednakże ten brak uzasadnienia po myśli art. 141 § 4 p.p.s.a. nie może zostać uznany z przyczyn wskazanych powyżej za istotny i mając wpływ na wynik sprawy po myśli art. 174 pkt 2 p.p.s.a.

4.5. Niezasadne są także zarzuty naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit c) p.p.s.a. w zw. z art. 233 § 2 O.p. Organ odwoławczy, przyjmując określoną wykładnię przepisów prawa materialnego w zakresie możliwości oszacowania dochodów, uwzględnił zastrzeżenia Spółki co do tego, że zgodnie z § 6 pkt 2 Rozporządzenia MF, za porównywalne transakcje uznać można takie, w których żadna z ewentualnych różnic pomiędzy porównywanymi transakcjami lub pomiędzy podmiotami zawierającymi te transakcje nie mogłaby w sposób istotny wpłynąć na cenę przedmiotu takiej transakcji na wolnym rynku. Podzielił tym samym stanowisko Spółki, że istnieje konieczność zwrócenia uwagi na wskazane w Rozporządzeniu MF cechy porównywalności transakcji, stwierdzając jednocześnie, iż organ pierwszej instancji postąpił nieprawidłowo dokonując wyboru podmiotów "porównywalnych", których działalność nie była tożsama z działalnością Spółki. DIAS uznał, że NUS nie zidentyfikował podmiotów, które podobnie jak Spółka oprócz usług transportowych i magazynowych współuczestniczą w procesie dystrybucyjnym, a żaden z podmiotów nie funkcjonował na rynku e-grocery (obejmującego towary FMCG). Ponadto DIAS zwrócił uwagę na istotne różnice występujące pomiędzy działalnością polegającą na transporcie wysokotonażowym, a transporcie towarów konsumpcyjnych (FMCG). W rezultacie uznał, że analiza danych porównawczych przeprowadzona została przez organ pierwszej instancji w sposób nierzetelny i niezgodny z powszechną metodologią oraz przepisami prawa. Z tego powodu konieczne okazało się ponowne zidentyfikowanie właściwych, porównywalnych podmiotów i analiza danych porównawczych, której nie mógł przeprowadzić w drugiej instancji samodzielnie organ odwoławczy. Przyjęcie określonej wykładni przepisów prawa materialnego przez DIAS spowodowało wobec tego konieczność uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części w celu ustalenia prawidłowej próby porównawczej niezależnych podmiotów. To z kolei zostało trafnie ocenione przez Sąd a quo poprzez pryzmat braku naruszenia regulacji z art. 233 § 2 O.p.

4.6. Za całkowicie bezzasadne należy uznać zarzuty naruszenia art. 3 § 1 w związku z art. 3 § 2 pkt 1 p.p.s.a. poprzez nieuwzględnienie skargi. Przepis art. 3 § 1 p.p.s.a. określa w istocie podstawową funkcję sądów administracyjnych i toczącego się przed nimi postępowania, wskazując na istotę sądowej kontroli administracji. Norma w nim wyrażona ma przede wszystkim charakter ustrojowy i sąd administracyjny może go naruszyć wówczas, gdy zaniecha kontroli skutecznie złożonej skargi, rozpozna sprawę nienależącą do jego kognicji, zastosuje środek kontroli inny niż określony w p.p.s.a. bądź zastosuje inne niż zgodność z prawem kryterium kontroli działalności administracji publicznej (por. np. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z dnia 2 grudnia 2014 r., w sprawie II FSK 2684/14 oraz z dnia 14 lipca 2015 r. , sygn. akt II FSK 1473/13, publ. CBOSA). Do regulacji tej nawiązuje art. 3 § 2 pkt 1 p.p.s.a. przewidujący, że kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg m.in. na decyzje administracyjne. Nie można zaś zarzucić WSA w Warszawie, aby nie dokonał kontroli legalności zaskarżonej decyzji, bądź by nie zastosował środka przewidzianego prawem, gdyż jak wynika z rozstrzygnięcia i jego uzasadnienia jako podstawę wydania orzeczenia przyjęto art. 151 p.p.s.a. Przekonanie strony o wadliwości kontroli legalności zaskarżonej decyzji z uwagi na treść uzasadnienia wyroku nie może stanowić o zaniechaniu kontroli legalności zaskarżonego do sądu pierwszej instancji aktu. Wadliwość ta może być bowiem zwalczana zarzutem naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a., co zresztą strona skarżąca uczyniła.

4.7. Za zasadny należy uznać zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. polegający na sporządzeniu uzasadnienia wyroku w oderwaniu od ustaleń i wytycznych przedstawionych w zaskarżonej decyzji. W szczególności dotyczy to uznania przez Sąd pierwszej instancji, że "wynik sprawy zależy w swej istocie od ponownej analizy podstaw doszacowania przychodów spółki i nadal pozostaje otwarty (...). A zarzuty dotyczące naruszenia przez organ wyższego stopnia przepisów prawa materialnego dotyczących cen transferowych między podmiotami powiązanymi, w tym w szczególności art. 11 ust. 1 u.p.d.o.p. Sąd uznał za bezprzedmiotowe i w swej istocie za przedwczesne". W rzeczywistości jednak Sąd meriti w ogóle nie odniósł się do zarzutów naruszenia prawa materialnego w zakresie w jakim Skarżąca wskazywała na brak możliwości oszacowania dochodów w oparciu o regulację z art. 11 ust. 1 u.p.d.o.p. w zw. z przepisami Rozporządzenia MF. W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji DIAS uznał zarzuty odwołania w tej części za bezzasadne i podał z jakich przyczyn. Do kwestii tych w ogóle nie odniósł się Sąd pierwszej instancji, choć w sprawie podatkowej przesądzono nie tylko możliwość określenia dochodów Spółki w oparciu o regulację z art. 11 ust. 1 u.p.d.o.p., ale i przesądzono zasadność zastosowania metody marży transakcyjnej netto (TNMM), z czym Skarżąca konsekwentnie się nie zgadzała i sformułowała w tym przedmiocie stosowane zarzuty w skardze do WSA w Warszawie. Poza obszernym zrelacjonowaniem dotychczasowego przebiegu postępowania, ocen organu oraz stanowiska strony, Sąd pierwszej instancji odniósł się jedynie do zagadnień związanych z przedawnieniem i możliwością wydania przez organ odwoławczy decyzji kasacyjnej. Jednocześnie uchylił się od jakiejkolwiek oceny dotyczącej wystąpienia w sprawie przesłanek zastosowania regulacji prawnej dotyczącej szacowania dochodów podmiotów powiązanych. Oceny tej nie mogło zastąpić dwuzdaniowe stwierdzenie w pkt 14 uzasadnienia zaskarżonego wyrok. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego tego rodzaju ocenę, zawężającą zakres kontroli sądowej decyzji wydanych na szczegółowo wskazanych przesłankach oraz w szczególnym trybie wydawania tego rodzaju rozstrzygnięć, należało uznać za błędną. Tym samym skarga kasacyjna Spółki okazała się zasadna w zakresie zarzutu naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. przez nieprawidłowe sporządzenie uzasadnienia wyroku, które nie zawiera poprawnego wyjaśnienia podstawy prawnej rozstrzygnięcia, co nie pozwala ustalić przesłanek, jakimi kierował się Sąd pierwszej instancji podejmując zaskarżone orzeczenie. Uzasadnienie zaskarżonego wyroku nie spełnia wszystkich wymogów, o których mowa w art. 141 § 4 p.p.s.a. W myśl tego przepisu uzasadnienie wyroku powinno zawierać zwięzłe przedstawienie stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk pozostałych stron, podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienie. Jeżeli w wyniku uwzględnienia skargi sprawa ma być ponownie rozpatrzona przez organ administracji, uzasadnienie powinno ponadto zawierać wskazania co do dalszego postępowania. Obowiązkiem sądu pierwszej instancji jest więc przeprowadzenie wywodu prawnego, w którym omówiona zostanie podstawa prawna orzeczenia z uwzględnieniem jej wykładni i oceny zastosowania przepisów prawa materialnego. W ramach uzasadnienia sąd zobowiązany jest także do odniesienia się do zarzutów podnoszonych w skardze, w relacji do argumentacji organu podatkowego zaprezentowanej w zaskarżonej decyzji. Rozpoznając ponownie sprawę Sąd pierwszej instancji dokona oceny prawnej zaskarżonej decyzji z uwzględnieniem wszystkich przesłanek zastosowania art. 11 ust. 1 u.p.d.o.p. oraz przepisów Rozporządzenia MF, a tym samym oceni prawidłowość stanowiska wyrażonego w tym przedmiocie przez DIAS w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji.

4.8. Z uwagi na powyższe Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a. uchylił zaskarżony wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 203 pkt 1 p.p.s.a. i art. 205 § 2 p.p.s.a. a także § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c) w zw. z § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (t.j.: Dz. U. z 2023 r. poz. 1935 ze zm.).