Wyrok NSA z dnia 20 sierpnia 2025, sygn. II FSK 1535/22

3.3. Zgodnie z art. 80 ustawy z dnia 26 czerwca 1974 r. Kodeks pracy (t.j.: Dz. U. z 2022 r. poz. 1510 ze zm., dalej: "k.p."), wynagrodzenie (wymienione expressis verbis w art. 12 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych ( t.j.: Dz. U. z 2021 r. poz. 1128 ze zm.; dalej: "u.p.d.o.f."), przysługuje pracownikowi za pracę wykonaną. Za czas niewykonywania pracy pracownik zachowuje prawo do wynagrodzenia tylko wówczas, gdy przepisy prawa pracy tak stanowią. Przepisami normującymi przyznanie pracownikowi należności za czas niewykonywania pracy są m.in.: art. 92 k.p. dotyczący obowiązku wypłaty wynagrodzenia za czas choroby, wypadku w drodze do pracy, poddania się niezbędnym badaniom lekarskim; art. 172 k.p. przyznający pracownikowi wynagrodzenie za czas urlopu w takiej samej wysokości, jak wynagrodzenie, jakie by otrzymał, gdyby w tym czasie pracował. Tym samym, wynagrodzenia za czas urlopu lub choroby stanowią należności z tytułu stosunku pracy, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. Wskazany wyżej art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. stanowi, że za przychody ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy uważa się wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne oraz wartość pieniężną świadczeń w naturze bądź ich ekwiwalenty, bez względu na źródło finansowania tych wypłat i świadczeń, a w szczególności: wynagrodzenia zasadnicze, wynagrodzenia za godziny nadliczbowe, różnego rodzaju dodatki, nagrody, ekwiwalenty za niewykorzystany urlop i wszelkie inne kwoty niezależnie od tego, czy ich wysokość została z góry ustalona, a ponadto świadczenia pieniężne ponoszone za pracownika, jak również wartość innych nieodpłatnych świadczeń lub świadczeń częściowo odpłatnych.

3.4. Naczelny Sąd Administracyjny podziela stanowisko Sądu I instancji, że pojęcie "należności", użyte w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. jest pojęciem szerszym od pojęcia "przychodów" i nie można tych pojęć ze sobą utożsamiać. Przy ustalaniu kosztów kwalifikowanych nie jest istotne, czy dane świadczenie stanowi przychód pracownika, w rozumieniu u.p.d.o.f., a jedynie to, czy dane świadczenie jest należnością pracownika z tytułów określonych w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f., tj. należnością z tytułu stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy. Zarówno czas urlopu jak i czas zwolnienia z powodu choroby nie są bezpośrednim czasem wykonywania pracy, ale są czasem zatrudnienia pracownika, za który to czas przysługują pracownikowi należności wynikające z zatrudnienia, a na pracodawcy ciążą obowiązki związane, czy to z wypłatą wynagrodzenia, czy odprowadzenia składek z tytułu zatrudnienia. Prawidłowo więc sąd pierwszej instancji ocenił, że nie ma podstaw prawnych do wyłączenia przychodów otrzymanych przez pracownika w ramach działalności badawczo-rozwojowej, gdy nie świadczy on pracy z powodu urlopu, choroby lub innej usprawiedliwionej nieobecności. Skoro bowiem pracownik wykonuje w całości lub części prace związane z działalnością badawczo-rozwojową, to wszystkie przychody podatnika związane z taką pracą oraz sfinansowane przez płatnika składek z tytułu stosunku pracy, w tym należności z tytułu urlopu lub choroby, o których mowa w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych (t.j.: Dz. U. z 2023 r. poz. 1230 ze zm.; dalej: "u.s.u.s.") stanowią koszt kwalifikowany na podstawie art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. Nadto faktyczny czas pracy pracownika ma znaczenie dopiero przy obliczaniu proporcji czasu przeznaczonego na działalność badawczo-rozwojową w ogólnym czasie pracy. Prawidłowo zatem sąd pierwszej instancji odwołał się w zaskarżonym wyroku do pojęcia czasu pracy określonego w art. 128 § 1 k.p. Pojęcie to odpowiada pojęciu ogólnego czasu pracy, użytego w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. W tym przypadku nieobecność z powodu choroby czy urlopu pracownika lub sprawowania opieki nad dzieckiem ma znaczenie dla wyliczenia tej wartości dla potrzeb obliczenia wysokości kosztów kwalifikowanych i proporcji, w jakiej należy uwzględnić należności wypłacone z tytułu stosunku pracy w wyliczeniu kosztów kwalifikowanych. Zarówno okres urlopu, jak i okres zwolnienia z powodu choroby nie są bezpośrednim czasem wykonywania pracy w ramach działalności badawczo-rozwojowej, ale są związane ze stosunkiem pracy i pracownikowi przysługują z tego tytułu od pracodawcy określone w k.p. i u.s.u.s. świadczenia. Tym samym, w ramach należności, które proporcjonalnie należy uwzględnić przy obliczaniu kosztów kwalifikowanych uwzględnić należy każdą należność pieniężną, wypłaconą pracownikowi, niezależnie od tego, czy dotyczy ona zapłaty za czas faktycznie przepracowany, czy też za czas usprawiedliwionej nieobecności w pracy (urlopu, czy choroby). Natomiast, przy obliczaniu proporcji, w jakiej należności te można zaliczyć do kosztów kwalifikowanych, czas nieświadczenia pracy z uwagi na urlop lub chorobę ma znaczenie dla ustalenia ogólnego czasu pracy i czasu poświęconego na wykonywanie zadań z zakresu prac badawczo-rozwojowych. Jeśli zatem strony ustalą, że w ramach tego wynagrodzenia wypłacane będzie wynagrodzenie za urlop czy chorobę, to także te kwoty wchodzić będą w skład kosztów kwalifikowanych, oczywiście w proporcji czasu wykonywania pracy do faktycznego czasu wykonywania pracy w zakresie działalności badawczo-rozwojowej. Właśnie to odniesienie do proporcji czasu przeznaczonego na faktyczne wykonywanie prac badawczo-rozwojowych do ogólnego czasu pracy lub czasu przeznaczonego na wykonanie całej usługi, pozwoli na uwzględnienie w kosztach kwalifikowanych wyłącznie tych związanych faktycznie z pracami badawczo-rozwojowymi (por. wyrok NSA z dnia 5 lutego 2021 r. o sygn. akt II FSK 1038/19).

3.5. Mając na uwadze wszystkie przedstawione okoliczności, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 oddalił skargę kasacyjną. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 tej ustawy.