Uzasadnienie
1. Zaskarżonym wyrokiem z 30 września 2022 r., sygn. akt I SA/Op 235/22, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Opolu uwzględnił skargę S. sp. z o.o. z siedzibą w O. (dalej jako "skarżąca", "spółka") na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 30 maja 2022 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych i uchylił zaskarżoną interpretację indywidualną. Pełna treść uzasadnienia zaskarżonego orzeczenia, jak i innych wyroków powołanych poniżej, dostępna jest na stronie internetowej https://orzeczenia.nsa.gov.pl/.
2.1. Nie zgadzając się z powyższym rozstrzygnięciem Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wywiódł od opisanego wyroku skargę kasacyjną, w której zaskarżył to orzeczenie w całości. Jako podstawę skargi kasacyjnej organ wskazał:
I. naruszenie przepisów postępowania (art. 174 pkt 2 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2022 r. poz. 329 ze zm., dalej jako "p.p.s.a.")) w sposób mający istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
1) art. 145 § 1 pkt 1 w zw. z art. 146 § 1 oraz art. 57a w zw. z art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez wydanie rozstrzygnięcia poza granicami przedmiotowej sprawy zakreślonej treścią interpretacji oraz zarzutami podniesionymi przez skarżącą w skardze, którymi to sąd był związany, w związku z uchylenie interpretacji w całości, pomimo, że spór dotyczył tylko rozstrzygnięcia co do jednego z problemów przedstawionych we wniosku o wydanie interpretacji; co w istocie spowodowało, że WSA wyeliminował z obrotu prawnego zaskarżoną interpretację także w części, w której uznał ją za zgodną z prawem;
2) art. 146 § 1 oraz art. 141 § 4 p.p.s.a. poprzez uchylenie zaskarżonej interpretacji indywidualnej na skutek przyjęcia, że wydana interpretacja narusza przepisy postępowania wskazane w skardze, tj. art. 14c § 1 i 2, art. 14h w zw. z art. 120, art. 121 § 1 oraz art. 125 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2021 r. poz. 1540 ze zm., dalej jako "o.p."), w związku z niekorzystnym dla skarżącej rozumieniem prawa materialnego, bez wyjaśnienia podstawy prawnej powyższego rozstrzygnięcia oraz brak wskazań w uzasadnieniu wyroku co do dalszego postępowania i prawidłowego rozstrzygnięcia sprawy przez organ we wskazanej wyżej części;
II. naruszenie prawa materialnego (art. 174 pkt 1 p.p.s.a.), tj. art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. z 2021 r. poz. 1800, dalej jako "u.p.d.o.p.") w zw. z art. 2 pkt 1 i 7 ustawy z 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz.U. z 2020 r. poz. 1752 ze zm., dalej jako "u.w.n.i.") oraz w zw. z § 8 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów z 28 sierpnia 2018 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej niektórym przedsiębiorcom na realizację nowych inwestycji (Dz.U. z 2018 r. poz. 1713 ze zm., dalej jako "rozporządzenie") poprzez ich błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że każdy koszt mieszczący się rodzajowo w katalogu kosztów kwalifikowanych może być uznany za koszt kwalifikowany, zwiększający wartość zwolnienia od podatku; podczas gdy prawidłowa wykładnia tych przepisów prowadzi do wniosku, że uznanie poniesionych wydatków za koszty kwalifikowane jest uzależnione od tego, czy dane wydatki będą miały wpływ na działalność produkcyjną przedsiębiorstwa.
W związku z tymi zarzutami Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i oddalenie skargi, ewentualnie o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Opolu, a także o zasądzenie od skarżącego na rzecz organu podatkowego kosztów postępowania według norm przepisanych oraz o rozpoznanie skargi kasacyjnej na rozprawie.
2.2. Skarżąca spółka we wniesionej odpowiedzi na skargę kasacyjną organu sformułowała wniosek o oddalenie tej skargi w całości oraz o zasądzenie na rzecz skarżącej kosztów sądowych, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
2.3. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznał sprawę na rozprawie w dniu 27 sierpnia 2025 r., w której udział wziął jedynie pełnomocnik skarżącej spółki. Pełnomocnik spółki podtrzymał dotychczas zajęte stanowisko. Skarżący kasacyjnie organ nie skorzystał z możliwości przedstawienia swojego stanowiska na rozprawie, pomimo złożonego wniosku o rozpoznanie sprawy na posiedzeniu jawnym.
3. Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że skarga kasacyjna nie ma usprawiedliwionych podstaw.
3.1. Nie doszło do naruszenia przez sąd pierwszej instancji art. 145 § 1 pkt 1, w zw. z art. 146 § 1 oraz art. 57a, w zw. z art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez wydanie rozstrzygnięcia poza granicami przedmiotowej sprawy zakreślonej treścią interpretacji oraz zarzutami podniesionymi przez skarżącą w skardze, którymi to sąd był związany, w związku z uchyleniem interpretacji w całości, pomimo, że spór dotyczył tylko rozstrzygnięcia co do jednego z problemów przedstawionych we wniosku o wydanie interpretacji. Istotnie, co zauważył także sąd meriti, strona przedstawiła we wniosku o wydanie interpretacji dwa zagadnienia. Jej stanowisko zostało uznane za nieprawidłowe w zakresie pierwszego z nich (dotyczącego kwalifikowanych kosztów inwestycji). W odniesieniu do drugiego zagadnienia (zaliczenia odpisów amortyzacyjnych do kosztów uzyskania przychodów uwzględnionych przy obliczaniu dochodu zwolnionego od opodatkowania) stanowisko strony zostało uznane za prawidłowe. W skardze do sądu strona skarżąca domagała się uchylenia zaskarżonej interpretacji w całości, choć podniesione przez nią zarzuty dotyczyły wyłącznie kwestii kosztów kwalifikowanych.
Art.146 § 1 p.p.s.a. określa środek kontroli stosowany przez wojewódzki sąd administracyjny w przypadku uwzględnienia skargi m.in. na indywidualną interpretację przepisów prawa podatkowego. W takim przypadku sąd uchyla zaskarżoną interpretację, stosując odpowiednio art.145 § 1 p.p.s.a. Ten przepis z kolei określa środek kontroli w przypadku uwzględnienia skargi na decyzję lub postanowienie oraz przesłanki uzasadniające tego rodzaju rozstrzygnięcie. Sąd może zgodnie z tą regulacją uchylić decyzję lub postanowienie w całości lub w części, jeżeli stwierdzi: a) naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, b) naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, c) inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Na tle odesłania w przypadku uwzględnienia skargi na interpretację może powstać wątpliwość co do zakresu odpowiedniego stosowania. Można uznać, że art.145 § 1 p.p.s.a. ma odpowiednie zastosowanie w całości, a zatem można uchylić interpretację w części niezgodnej z prawem, gdy takie części zostały w niej wyodrębnione, a w pozostałej części oddalić skargę lub też uchylić interpretację w części, gdy strona skarży tylko wyodrębnioną część. Można także uznać, że odesłanie do odpowiedniego stosowania art.145 § 1 oznacza odesłanie jedynie do powodów uwzględnienia skargi wymienionych w punktach od a-c. Zdaniem składu orzekającego w tej sprawie odesłanie dotyczy tylko powodów uwzględnienia skargi, a więc przede wszystkim wskazania, że naruszenie przepisów ma być istotne. Art.146 § 1 p.p.s.a. określa bowiem samodzielnie treść rozstrzygnięcia, ponadto odnosi się on nie tylko do interpretacji przepisów prawa podatkowego, ale także do innych aktów i czynności, o których mowa w art.3 pkt 4 -4b p.p.s.a., w tym np. opinii zabezpieczających lub odmowy ich wydania, a więc aktów, które z założenia nie składają się z odrębnych części. Trudno zaś uznać, że odsyłając do stosowania art. 145 § 1 p.p.s.a. w odniesieniu do uwzględnienia skargi na wszystkie wymienione w art.146 § 1 p.p.s.a. akty, ustawodawca różnicował zakres uwzględnienia skargi w zależności od charakteru zaskarżonego aktu Nawet zatem jeśli w interpretacji zadano kilka pytań, ale powiązanych z jednym i tym samym stanem faktycznym lub zdarzeniem przyszłym, to nie można uchylić interpretacji w części. Naczelny Sąd Administracyjny zdaje sobie przy tym sprawę, że kwestia ta nie jest jednoznacznie rozstrzygana w orzecznictwie, jednak z powodów wywiedzionych wyżej uważa, że nie jest możliwe zaskarżenie i uchylenie interpretacji w części. Przemawia za tym, zdaniem składu orzekającego, także treść art. 57a p.p.s.a., który ogranicza kontrolę legalności do zarzutów skargi. Uchylenie interpretacji w części, w jakiej organ interpretujący uznał stanowisko wnioskodawcy za prawidłowe, nie pogorszy sytuacji skarżącego nawet przy zaskarżeniu interpretacji w całości, ale zgłoszeniu zarzutów tylko do jej części. Organ bowiem nie będzie miał podstaw do zmiany stanowiska w zakresie nieobjętym zarzutami, związany oceną prawną wyrażoną w wyroku i odnoszącą się tylko do tej części interpretacji, w której stanowisko wnioskodawcy będzie uznane za nieprawidłowe.