Jak stanowi art. 125 § 1 pkt 1 P.p.s.a. sąd może zawiesić postępowanie z urzędu, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy zależy od wyniku innego toczącego się postępowania administracyjnego, sądowoadministracyjnego, sądowego, przed Trybunałem Konstytucyjnym lub Trybunałem Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Zgodnie z art. 128 § 1 pkt 4 P.p.s.a. sąd postanowi podjąć postępowanie z urzędu, gdy ustanie przyczyna zawieszenia, w szczególności - gdy rozstrzygnięcie sprawy zależy od wyniku innego postępowania – od dnia uprawomocnienia się orzeczenia kończącego to postępowanie; sąd może jednak i przedtem, stosownie do okoliczności, podjąć dalsze postępowanie.
Wniosek Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej o podjęcie postępowania zasługuje na uwzględnienie na podstawie art. 128 § 1 pkt 4 in fine P.p.s.a.
Istotę pytań prejudycjalnych zadanych w sprawie zawisłej przed Trybunałem Sprawiedliwości Unii Europejskiej pod sygnaturą C-521/21, w oczekiwaniu na rozstrzygnięcie której zawieszono niniejsze postępowanie sądowoadministracyjnye, stanowi wątpliwość, czy sądem ustanowionym na podstawie ustawy w rozumieniu prawa Unii Europejskiej jest sąd, w którego składzie zasiada osoba powołana na stanowisko sędziego w procedurze, w której wyboru osoby wskazanej do nominacji dokonał organ wybrany sprzecznie z polskimi przepisami konstytucyjnymi i ustrojowymi, który nie jest niezawisły i nie zasiadają w nim przedstawiciele środowiska sędziowskiego powołani w jego skład niezależnie od władzy wykonawczej i ustawodawczej. Jakkolwiek w sprawie tej wyrok jeszcze nie zapadł, niemniej dnia 29 kwietnia 2025 r. Rzecznik Generalny TSUE wydał opinię, że sam udział w procesie nominacyjnym sędziego organu nie dającego gwarancji niezawisłości nie uzasadnia konieczności wyłączenia tego sędziego od rozpoznania sprawy.
Niezależnie od tego, że ewentualne odmienne stanowisko Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej na mocy art. 272 § 2a P.p.s.a. będzie upoważniało stronę postępowania sądowoadministracyjnego do zgłaszania żądania wznowienia tego postępowania, wyrażone przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej stanowisko co do celowości i niezbędności podjęcia postępowania ze względu na interes ogólny (efektywność wymiaru sprawiedliwości oraz usunięcie stanu niepewności prawnej), przemawia za zastosowaniem w sprawie art. 128 § 1 pkt 4 in fine P.p.s.a., uprawniającego – stosownie do okoliczności - do podjęcia postępowania zawieszonego w oczekiwaniu na wynik innego postępowania jeszcze przed uprawomocnieniem się orzeczenia kończącego to postępowanie. Miarodajna wypowiedź organu wspomagającego Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej, jakim jest Rzecznik Generalny, jakkolwiek nie mająca powagi orzeczenia, określa jednak stanowisko prawne zazwyczaj znajdujące potwierdzenie w ostatecznym orzeczeniu Trybunału i ze względu na jej treść wyklucza jako przesłankę nieważności samo uczestniczenie w składzie sądu sędziego powołanego na urząd z udziałem Krajowej Rady Sądownictwa w kształcie ustrojowym wynikającym z ustawy z 2018 r. Stanowi więc istotną okoliczność, wskazującą na niecelowość utrzymywania stanu zawieszenia postępowania sądowoadministracyjnego ze względu na wątpliwość co do prawidłowości składu orzekającego w sprawie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, uzasadniającą podjęcie zawieszonego postępowania jeszcze przed zakończeniem postępowania przed Trybunałem Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
Drugą taką okoliczność stanowi wniosek Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej.
Z powyższych przyczyn Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 128 § 1 pkt 4 in fine P.p.s.a. podjął zawieszone postępowanie.