Uzasadnienie
1. Zaskarżonym wyrokiem z 27 października 2022 r., sygn. akt I SA/Po 329/22, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu uwzględnił skargę M. F. (dalej jako "skarżący") na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 8 lutego 2022 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych i uchylił zaskarżoną interpretację. Pełna treść uzasadnienia zaskarżonego orzeczenia, jak i innych wyroków powołanych poniżej, dostępna jest na stronie internetowej https://orzeczenia.nsa.gov.pl/.
2.1. W wywiedzionej od powyższego wyroku skardze kasacyjnej Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej zaskarżył to orzeczenie w całości i działając na podstawie art. 174 pkt 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2022 r. poz. 329 ze zm., dalej jako "p.p.s.a.") zarzucił naruszenie prawa materialnego, tj. art. 24 ust. 5 pkt 1a i ust. 5e oraz art. 24 ust. 3c ustawy z 26 lipca 1991r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz.U. z 2021 r. poz. 1128 ze zm., dalej jako "u.p.d.o.f."), a także art. 13 ust. 2 ustawy z 28 listopada 2020 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. z 2020 r. poz. 2123, dalej jako "ustawa nowelizująca"), poprzez ich błędną wykładnię, polegającą na przyjęciu, że wydatkiem na objęcie udziałów w spółce komandytowej, powstałej w wyniku przekształcenia spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, która to spółka powstała wskutek przekształcenia jednoosobowej działalności gospodarczej prowadzonej przez skarżącego, a w konsekwencji kosztem uzyskania przychodów z tytułu obniżenia wysokości wkładu w tej spółce, będzie wartość bilansowa spółki z ograniczoną odpowiedzialnością (spółki przekształcanej) w tej części, która pokryła wkład skarżącego w spółce komandytowej; podczas gdy prawidłowa wykładnia tych przepisów prowadzi do wniosku, iż w przypadku obniżenia wysokości wkładu (zwrotu części wkładu) skarżącego w spółce komandytowej, kosztem uzyskania przychodu będzie "koszt historyczny", tzn. wartość wydatków poniesionych przez skarżącego na nabycie przekształconego przedsiębiorstwa (jednoosobowej działalności gospodarczej).
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i oddalenie skargi, ewentualnie uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Poznaniu, o zasądzenie od skarżącego kosztów postępowania według norm przepisanych oraz rozpoznanie skargi kasacyjnej na rozprawie.
2.2. Skarżąca nie skorzystała z możliwości wniesienia odpowiedzi na skargę kasacyjną.
2.3. Sprawa została rozpoznana przez Naczelny Sąd Administracyjny na rozprawie w dniu 17 października 2025 r., przy udziale pełnomocnika Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, który podtrzymał zarzuty i wnioski zawarte w skardze kasacyjnej.
3. Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że skarga kasacyjna nie ma usprawiedliwionych podstaw.
3.1. Przedmiotem sporu w niniejszej sprawie, jak słusznie zauważył skarżący kasacyjnie organ, jest prawidłowe ustalenie wysokości kosztów uzyskania przychodów z tytułu udziału w zyskach osób prawnych w sytuacji obniżenia wysokości wkładu (zwrotu części wkładu) w spółce komandytowej powstałej z przekształcenia spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, która to spółka powstała wcześniej na skutek przekształcenia jednoosobowej działalności gospodarczej prowadzonej przez skarżącego. Skarżący kasacyjnie organ wywiódł z art. 13 ust. 2 ustawy nowelizującej wniosek, że w takim przypadku skarżący powinien ustalić koszty uzyskania przychodów w wysokości wydatków poniesionych przez skarżącego na nabycie przekształcanego przedsiębiorstwa prowadzonego w formie jednoosobowej działalności gospodarczej (tzw. koszty historyczne), wniesionego następnie jak wkład do jednoosobowej spółki z ograniczoną odpowiedzialnością. Naczelny Sąd Administracyjny poglądu tego nie podziela z podanych niżej powodów.
3.2. Art. 13 ust. 2 ustawy nowelizującej ma następujące brzmienie: "Jeżeli udziały w spółce komandytowej lub spółce jawnej zostały nabyte lub objęte przez wspólnika przed dniem, w którym spółka ta stała się podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych, przychód wspólnika z tytułu: 1) umorzenia udziałów lub wystąpienia ze spółki, 2) odpłatnego zbycia tych udziałów, 3) ich wniesienia do innej spółki, tytułem wkładu niepieniężnego, 4) likwidacji spółki - pomniejsza się o wydatki na nabycie lub objęcie udziału w takiej spółce oraz o określoną zgodnie z art. 8 ustawy zmienianej w art. 1 albo art. 5 ustawy zmienianej w art. 2 część odpowiadającą uzyskanej przez wspólnika przed dniem, w którym spółka komandytowa lub spółka jawna stała się podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych, nadwyżce przychodów nad kosztami ich uzyskania, pomniejszonej o wypłaty dokonane z tytułu udziału w spółce i o wydatki niestanowiące kosztów uzyskania przychodu". Przepis ten odnosi się zatem do sytuacji, w której: 1) wspólnik wniósł wkład do spółki komandytowej w okresie, kiedy spółka ta była transparentna podatkowo, a jej dochody opodatkowane były na poziomie wspólników; 2) umorzenie udziałów lub wystąpienie ze spółki lub odpłatne zbycia tych udziałów, lub ich wniesienie do innej spółki, tytułem wkładu niepieniężnego, lub likwidacja spółki nastąpiły już po zmianie statusu tej spółki i uznanie jej za podatnika podatku dochodowego od osób prawnych. Prawidłowo przyjął sąd pierwszej instancji, że przepis ten nie wprowadza żadnych zmian w zakresie kosztów uzyskania przychodów, opisanych w art. 22 ust. 1f i nie zmienia jego znaczenia poprzez odesłanie do "kosztów historycznych". Jest to typowy przepis przejściowy, uwzględniający skutki zmiany podatkowego statusu spółki komandytowej. Ustawodawca zdawał sobie sprawę, że do czasu objęcia spółki komandytowej reżimem ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, wspólnicy tej spółki byli opodatkowani proporcjonalnie do udziałów od całych dochodów spółki (odpowiednio podatkiem dochodowym od osób fizycznych lub podatkiem osobowym od osób prawnych), niezależnie od tego, czy przypadająca im część dochodów została przez nich otrzymana, czy też pozostała w spółce, zwiększając tym samym jej majątek. Nieuwzględnienie w kosztach uzyskania przychodów pozostawionego w spółce opodatkowanego już u wspólnika dochodu powodowałoby, że dochód ten na poziomie wspólnika byłby dwukrotnie opodatkowany. Przepis art.13 ust. 2 ustawy nowelizującej nie reguluje jednak odmiennie niż dotychczas wydatków na nabycie lub objęcie udziału w takiej spółce (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 3 września 2025 r., II FSK 1516/22). Nie wynika z niego, że wydatki na nabycie lub objęcie udziału w takiej spółce mają być odniesione, w przypadku powstania spółki komandytowej w wyniku przekształcenia innej spółki (osobowej lub handlowej) do momentu wniesienia lub objęcia udziału w spółce przekształconej. Z przepisu tego można natomiast wyprowadzić wniosek przeciwny niż wysnuty przez skarżący kasacyjnie organ, a mianowicie że w kosztach uzyskania przychodów przy wyliczonych w tym przepisie zdarzeniach skutkujących powstaniem dochodu, uwzględnić należy wzrost wartości majątku spółki o pozostawiony w spółce przez wspólnika opodatkowany dochód. Zaznaczyć przy tym należy, że nie ma racji skarżący kasacyjnie organ, że w stanie prawnym obowiązującym do 31 grudnia 2020 r. obniżenie wkładu w spółce komandytowej traktowane było dla celów podatkowych tak jak wystąpienie wspólnika ze spółki. W tym zakresie w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego jednolicie prezentowano pogląd przeciwny, zgodnie z którym obniżenie wkładu w spółce osobowej było neutralne podatkowo (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z: 22 maja 2014 r., II FSK 1471/12; 26 czerwca 2018 r., II FSK 1721/16; 13 listopada 2018 r., II FSK 3135/16; 29 listopada 2018 r., II FSK 3386/16; 12 czerwca 2019 r., II FSK 2000/17; 5 lipca 2019 r., II FSK 2217/19; 25 lipca 2019 r., II FSK 2217/17; 5 września 2019 r., II FSK 3394/17; 19 września 2019 r., II FSK 2548/16, II FSK 2549/16 i II FSK 3342/17; 18 października 2019 r., II FSK 3624/17; 6 listopada 2019 r., II FSK 3727/17; 29 listopada 2019 r., II FSK 3386/16; 8 stycznia 2020 r., II FSK 394/18 i II FSK 751/18; 5 lutego 2020 r., II FSK 675/18; 5 sierpnia 2020 r., II FSK 1176/18; 6 listopada 2020 r., II FSK 1790/18; z 18 grudnia 2020, II FSK 2296/18, z 15 listopada 2022 r., II FSK 871/20). Wskazywano, że art. 14 ust. 2 pkt 16 u.p.d.o.f. reguluje wyłącznie skutki podatkowe wystąpienia wspólnika ze spółki niebędącej osobą prawną. Zmniejszenie udziału kapitałowego wspólnika spółki komandytowej nie oznacza wystąpienia wspólnika z tej spółki. Również wypłata przez spółkę komandytową na rzecz wspólnika środków pieniężnych lub przekazanie części majątku spółki tytułem zmniejszenia udziału kapitałowego nie spowoduje powstania po stronie tego wspólnika przychodu w rozumieniu art. 11 ust. 1 u.p.d.o.f. Wypłacone środki pieniężne z tytułu zmniejszenia udziału kapitałowego nie powodowały u wspólnika przysporzenia majątkowego, o którym mowa w tym przepisie. W tym przypadku zmniejszenie udziału skarżącego w spółce miało jednak nastąpić najwcześniej w 2022 r., a zatem w stanie prawnym, w którym nie budzi już wątpliwości powstanie przychodu u wspólnika z tytułu obniżenia wkładu do spółki komandytowej.