W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego stanowisko sądu pierwszej instancji meriti, jak i wspierająca je argumentacja, są zasadniczo prawidłowe i nie naruszają wskazanych w skardze kasacyjnej przepisów prawa materialnego. Przedmiotem interpretacji były wyłącznie obowiązki płatnika dotyczące pobierania
(a wcześniej obliczania) zryczałtowanego podatku dochodowego od osób fizycznych
od wypłacanych przez spółkę zaliczek na rzecz jej komplementariusza, na poczet przypadającego na niego udziału w zysku tejże spółki. Powyższa kwestia była już przedmiotem oceny Naczelnego Sądu Administracyjnego (zob. np. wyroki NSA z: 9 maja 2023 r., II FSK 1326/22; 7 lutego 2024 r., II FSK 1338/23; 13 lutego 2024 r., II FSK 1250/23; 22 lutego 2024 r., II FSK 1449/23 i II FSK 1687/23; 2 lipca 2024 r., II FSK 1387/21, 5 września 2024 r., II FSK 56/22; 9 stycznia 2025 r., II FSK 446/22; 18 lutego 2025 r., II FSK 629/22; 4 marca 2025 r., II FSK 753/22; 26 marca 2025 r., II FSK 874/22; 7 października 2025 r., II FSK 65/23; 3 grudnia 2025 r., II FSK 275/23 i II FSK 288/23). Rozważania zawarte w powyższych orzeczeniach skład rozpoznający niniejszą sprawę w pełni akceptuje, korzystając z nich w niezbędnym zakresie. Wskazać należy, że zgodnie z art. 8 Op płatnikiem jest osoba fizyczna, osoba prawna lub jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej, obowiązana na podstawie przepisów prawa podatkowego do obliczenia i pobrania od podatnika podatku oraz wpłacenia go we właściwym terminie organowi podatkowemu. Obowiązek obliczenia, poboru oraz wpłacenia podatku aktualizuje się wówczas, gdy w przepisach prawa podatkowego dany podmiot zostanie wskazany jako płatnik oraz zobligowany do dokonania tychże czynności. Bez wyraźnego przepisu ustawy podmiot ten (płatnik) nie tylko nie jest zobowiązany, ale też nie jest uprawniony do poboru podatku. Obowiązki płatnika odnoszą się również do zaliczek na podatek, gdyż zgodnie z art. 3 pkt 3 lit. a Op przez podatek należy rozumieć także zaliczkę.
3.2. Pobór zaliczki na podatek powinien mieć umocowanie w ustawie. W art. 41 updof określono podmioty, które są płatnikami podatku dochodowego (i obowiązki tych osób). Zgodnie z art. 41 ust. 1 updof, osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą, osoby prawne i ich jednostki organizacyjne oraz jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej, które dokonują świadczeń z tytułu działalności, o której mowa w art. 13 pkt 2 i 4-9 oraz art. 18, osobom określonym w art. 3 ust. 1, są obowiązane jako płatnicy pobierać, z zastrzeżeniem ust. 4, zaliczki na podatek dochodowy, stosując do dokonywanego świadczenia, pomniejszonego o miesięczne koszty uzyskania przychodów w wysokości określonej w art. 22 ust. 9 oraz o potrącone przez płatnika w danym miesiącu składki, o których mowa w art. 26 ust. 1 pkt 2 lit. b, najniższą stawkę podatkową określoną w skali, o której mowa w art. 27 ust. 1.
W świetle art. 41 ust. 4 updof płatnicy, o których mowa w ust. 1, są obowiązani pobierać zryczałtowany podatek dochodowy od dokonywanych wypłat (świadczeń)
lub stawianych do dyspozycji podatnika pieniędzy lub wartości pieniężnych z tytułów określonych m.in. w art. 30a ust. 1 pkt 6a-6c (z zastrzeżeniem, które nie ma znaczenia w niniejszej sprawie). Od dochodów (przychodów) uzyskanych z dywidend i innych przychodów z tytułu udziału w zyskach osób prawnych pobiera się 19% zryczałtowany podatek dochodowy (art. 30a ust. 1 pkt 4 updof). W przypadku dochodów (przychodów) z udziałów w zysku ustawodawca nie przewiduje poboru zaliczek, a jedynie pobór podatku. W art. 41 ust. 1 i ust. 4 updof przewidziano zatem dwa różne i odrębne tryby poboru zaliczek przez płatnika oraz poboru podatku także przez płatnika. Obowiązek poboru zaliczek przez płatnika przewidziany w art. 41 ust. 1 updof dotyczy określonych tytułów poboru zaliczek przez płatnika, tj. wypłat z tytułu należności z działalności wykonywanej osobiście (art. 13 updof) przez podatnika oraz z tytułu praw majątkowych (art. 18 updof). Nie można tej regulacji, bez wyraźnej podstawy prawnej, rozciągać
na wypłaty z tytułu udziału w zyskach osób prawnych. W tym przypadku poboru podatku dotyczy unormowanie zamieszczone w art. 41 ust. 4 updof.
3.3. Bezsporne jest, że obowiązek pobrania zryczałtowanego podatku od wypłat zysku – na rzecz komplementariusza dokonanych przez spółkę jako płatnika – nałożony został w art. 41 ust. 4e updof. Z jego treści wynika, że pobór zryczałtowanego podatku powinien nastąpić z uwzględnieniem zasad określonych w art. 30a ust. 6a-6e. Ustawodawca wprost zatem wskazał w jaki sposób płatnik powinien obliczyć podatek. Aby pobrać podatek od podatnika, płatnik powinien wcześniej dokonać prawidłowego jego obliczenia. Spółka chcąc pobrać zryczałtowany podatek od dokonanych wypłat komplementariuszowi z tytułu udziału w zysku, powinna go wyliczyć z uwzględnieniem zasad przewidzianych w powyższym przepisie. Jak wynika z art. 30a ust. 6a updof zryczałtowany podatek obliczony zgodnie z ust. 1 pkt 4, od przychodów uzyskiwanych przez komplementariusza z tytułu udziału w zyskach spółki, o której mowa w art. 5a
pkt 28 lit. c), pomniejsza się o kwotę odpowiadającą iloczynowi procentowego udziału komplementariusza w zysku tej spółki i podatku należnego od dochodu tej spółki, obliczonego zgodnie z art. 19 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, za rok podatkowy, z którego przychód z tytułu udziału w zysku został uzyskany. Stosowne pomniejszenie podatku, o którym mowa w art. 30a ust. 6a updof, stanowi element konstrukcyjny "podatku należnego (...) obliczonego (...) za rok podatkowy" i stanowi jedną z "zasad", do których stosowania odsyła art. 41 ust. 4e updof. Wykładnia językowa omawianej regulacji daje jednoznaczne rezultaty. W stanie prawnym mającym zastosowanie w sprawie, wypłacając komplementariuszom w trakcie roku podatkowego zaliczki na poczet zysku spółka nie ma zatem obowiązku pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego, o którym mowa w art. 30a ust. 1 pkt 4 updof. Również w świetle art. 24 ust. 5 updof, który dotyczy dochodu (przychodu) z tytułu udziału w zyskach osób prawnych. Nie dotyczy natomiast obowiązków płatnika z tytułu należności wypłacanych osobom fizycznym. Zarzut materialnoprawny skargi kasacyjnej Dyrektora KIS okazał się zatem nieusprawiedliwiony.
4. Mając na uwadze powyższe rozważania Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną, zgodnie z art. 184 ppsa. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono zaś zgodnie z art. 204 pkt 2 w związku z przepisami art. 205 § 2 i art. 209 ppsa w zw. z art. 207 § 1 i art. 179 ppsa, stosując nadto przepisy § 14 ust. 1 pkt 2 lit. b w zw. z ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2023 r., poz. 1935
ze zm.), uwzględniając przy tym wynik rozpoznawanej sprawy.