Przystępując do rozważań na tle podstaw kasacyjnych i ich uzasadnienia należało wspomnieć, że zgodnie art. 193 zdanie drugie p.p.s.a., w brzmieniu obowiązującym od 15 sierpnia 2015 r., uzasadnienie wyroku oddalającego skargę kasacyjną zawiera ocenę zarzutów skargi kasacyjnej. W ten sposób wyraźnie określony został zakres, w jakim Naczelny Sąd Administracyjny uzasadnia z urzędu wydany wyrok w przypadku, gdy oddala skargę kasacyjną. Regulacja ta, jako mająca charakter szczególny, wyłącza przy tego rodzaju rozstrzygnięciach odpowiednie stosowanie do postępowania przed tym Sądem wymogów dotyczących elementów uzasadnienia wyroku, przewidzianych w art. 141 § 4 w związku z art. 193 zdanie pierwsze p.p.s.a.
Istotą sporu w rozpatrywanej sprawie jest kwestia oceny, czy uzasadnione było stwierdzenie organu, że skarżąca - pomimo wezwania - nie uzupełniła wniosku o wydanie indywidualnej interpretacji w sposób wskazany przez organ, wskutek czego wniosek pozostawiono bez rozpatrzenia.
Na wstępie należy przypomnieć, że zgodnie z art. 14b § 1 O.p. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, na wniosek zainteresowanego, wydaje, w jego indywidualnej sprawie, interpretację przepisów prawa podatkowego (interpretację indywidualną). Składający wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej obowiązany jest do wyczerpującego przedstawienia zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego oraz do przedstawienia własnego stanowiska w sprawie oceny prawnej tego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego (§ 3 art. 14b cytowanej ustawy). W judykaturze "wyczerpujący" postrzegany jest jako taki, który wiąże się z koniecznością podania wszystkich elementów, istotnych z punktu widzenia możliwości oceny stanowiska wnioskodawcy. Jeżeli zaś wniosek zainteresowanego jest w tym względzie niepełny, a organ wydający interpretację nie ma w tym zakresie wiedzy, to wydana interpretacja nie realizuje jednego z podstawowych celów tej instytucji, to jest nie chroni podatnika. Użyte w art. 14b § 3 O.p. ustawowe określenie "wyczerpująco" należy więc rozumieć jako przedstawienie danego zagadnienia na tyle wszechstronnie, dogłębnie, szczegółowo, gruntownie i dokładnie, aby wnioskodawca mógł zająć stanowisko w stosunku do prezentowanego stanu rzeczy, zaś organ podatkowy na tej podstawie udzielić jednoznacznej odpowiedzi co do konkretnego zdarzenia przyszłego lub obecnego. Opis ten powinien zawierać wszystkie istotne elementy stanu faktycznego, niezbędne z punktu widzenia możliwości dokonania w sposób jednoznaczny jego prawnopodatkowej kwalifikacji (por. wyroki NSA: z 10 kwietnia 2015 r., II FSK 2356/13; z 22 października 2015 r., II FSK 2215/13; z 19 października 2018r., II FSK 1864/16; z 14 czerwca 2019 r., I FSK 804/17; z 2 marca 2021r., II FSK 3255/18).
Również w literaturze podnosi się, że wyczerpująco przedstawiony (zaistniały bądź przewidywany) stan faktyczny to taki, na podstawie którego można w sposób pewny i nieuzasadniający żadnych przedmiotowych wątpliwości udzielić informacji w zakresie możliwości zastosowania prawa podatkowego w indywidualnej sprawie (por. J. Brolik, Ogólne oraz indywidualne interpretacje przepisów prawa podatkowego, Lexis Nexis 2013, s. 125). Postępowanie, które jest prowadzone w sprawie wydania pisemnej interpretacji prawa podatkowego, jest postępowaniem, w którym organ uprawiony do jej wydania ma udzielić zainteresowanemu informacji w zakresie zastosowania i wykładni prawa podatkowego w przedstawionym przez stronę stanie faktycznym sprawy. To, że przedstawiony stan faktyczny może odnosić się do przyszłości i zdarzeń przyszłych powoduje, że każdorazowo jest stanem hipotetycznym. Podatnik zadaje pytanie, jakie konsekwencje podatkowe miałoby jego działanie, gdyby takowego się podjął. W związku z powyższym, organy podatkowe w istocie nie stosują przepisów prawa podatkowego, których wyjaśnienia treści domaga się wnioskodawca, a jedynie wskazują, czy dany przepis znajduje lub nie zastosowanie w opisanych we wniosku okolicznościach. Organ interpretacyjny nie może prowadzić postępowania dowodowego odnośnie do stanu faktycznego opisanego we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, należy stwierdzić, że organ nie ma również kompetencji do uzupełniania elementów stanu faktycznego (zdarzenia przyszłego) wskazanego we wniosku, poprzez domniemywanie jakie inne zdarzenia będą towarzyszyć przedstawionemu zdarzeniu przyszłemu. Postępowanie interpretacyjne nie daje podstaw prawnych do uzależnienia wydania interpretacji indywidualnej od rekonstrukcji przez organ interpretacyjny ciągu zdarzeń, zachowań wnioskodawcy, których on sam nie przedstawia jako stan faktyczny.
Ten podany stan faktyczny jest "wiążący" dla organu interpretacyjnego. Nie można bowiem dokonywać weryfikacji podanych okoliczności faktycznych ani ich w jakikolwiek sposób modyfikować. Specyfika postępowania w sprawie wydania interpretacji indywidualnej polega więc m.in. na tym, że organ wydający interpretację niejako "porusza się" tylko i wyłącznie w ramach stanu faktycznego przedstawionego przez wnioskodawcę oraz wyrażonej przez niego oceny prawnej. Zadanie organu interpretacyjnego zawężone jest do analizy okoliczności podanych we wniosku. Organ wydający interpretację jest niejako związany zakresem problemu prawnego, jaki strona przedłoży we wniosku. W konsekwencji opis stanu faktycznego/zdarzenia przyszłego zawarty we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej jest wiążący zarówno dla organu interpretacyjnego, a także dla sądu administracyjnego kontrolującego taki akt administracyjny.
Stanowisko powyższe jest obecnie ugruntowane w orzecznictwie sądów administracyjnych (zob. np. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z 18 grudnia 2020 r., sygn. akt II FSK 2482/18; z 31 marca 2021 r., sygn. akt I FSK 480/18; z 23 września 2021 r., sygn. akt I FSK 1383/19; z 13 października 2021 r., I FSK 1898/18; z 19 maja 2022 r, sygn. akt II FSK 1567/20).
Jedyną dopuszczalną ingerencją organu podatkowego w opisany przez wnioskodawcę stan faktyczny jest uznanie go za niewyczerpujący, co stanowi brak formalny wniosku o interpretację, podlegający uzupełnieniu w trybie art. 169 § 1 O.p. (zob. np. wyrok NSA z 21 stycznia 2016 r., sygn. akt I FSK 1915/14).
W trybie żądania uzupełnienia braków formalnych pisma, jakim jest wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej, organ podatkowy może żądać jedynie uzupełnienia wniosku o takie elementy, bez których nie jest możliwa ocena, czy stanowisko przedstawione we wniosku i ocena prawna są prawidłowe czy też błędne. Elementy te organ podatkowy powinien precyzyjnie wskazać w wezwaniu, wyjaśniając dlaczego ich brak uniemożliwia wydanie interpretacji indywidualnej.
Jeżeli przedstawiony przez podatnika stan faktyczny pozwala na udzielenie odpowiedzi na sformułowane pytanie należy to uczynić. Jeżeli zaś nie pozwala, to należy wezwać o dalsze niezbędne informacje, lecz odnoszące się do okoliczności faktycznych i prawnych związanych z wnioskiem, czego dotyczy art. 14b § 2 i § 3 O.p. Takie wskazania wypływają z przepisów art. 14h w zw. z art. 169 § 1 O.p.
W ocenie organu pytanie zawarte we wniosku dotyczy przepisów niepodatkowych, do interpretacji których Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej nie jest uprawniony.
W tym miejscu należy podkreślić, że definicję przepisów prawa podatkowego zawiera art. 3 pkt 2 O.p., a są nimi przepisy ustaw podatkowych. W judykaturze ukształtowało się stanowisko, że w przypadku indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego wąskie rozumienie tych przepisów zniweczyłoby cel, jakiemu ta interpretacja służy. Wówczas niezbędne jest przeprowadzenie wykładni przepisów, które w definicji z art. 3 pkt 2 O.p. się nie mieszczą. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego nie tylko w ustawach podatkowych uregulowano kwestie, od których zależy opodatkowanie i jego wysokość, zaś pod pojęciem prawa podatkowego należy rozumieć wszelkie normy prawne, które regulują elementy konstrukcyjne, czyli przedmiotowe i podmiotowe podatku, a zatem także normy prawne nie znajdujące się w ustawach podatkowych (por. np. wyrok NSA z 28 czerwca 2017 r., sygn. akt II FSK 1603/15, publ. CBOSA). Podobne stanowisko, co do konieczności przeprowadzenia wykładni przepisów nie mieszczących się w definicji przepisów prawa podatkowego, zawartej w art. 3 pkt 2 O.p., a niezbędnych do wydania indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego Naczelny Sąd Administracyjny przedstawił w wielu innych swoich orzeczeniach (por. np. wyroki NSA: z 5 listopada 2019 r., sygn. akt II FSK 1122/19; z 15 marca 2017 r., sygn. akt II FSK 475/15; z 14 listopada 2014 r., sygn. akt II FSK 2524/12; z 27 listopada 2013 r., sygn. akt II FSK 27/12; z 28 czerwca 2012 r., sygn. akt I FSK 1465/11; publ. CBOSA). Sąd w składzie orzekającym w rozpatrywanej sprawie powyższy pogląd prawny w pełni podziela.
Odnosząc te uwagi do rozpoznawanej sprawy należy stwierdzić, że Sąd pierwszej instancji zasadnie stwierdził, iż w jej realiach brak było podstaw do wydania postanowienia o pozostawieniu wniosku bez rozpoznania. Słusznie bowiem Sąd pierwszej instancji uznał, że wprawdzie definicja prac rozwojowych określona w art. 4a pkt 28 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nawiązuje do ustawy – Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, to jednak poprzez zdefiniowanie tego pojęcia za pomocą odesłania do jego rozumienia opisanego w przepisach innej, niepodatkowej ustawy - ustawodawca inkorporował to pojęcie do ustaw podatkowych, przez co stało się ono integralną częścią tych aktów prawnych, a w konsekwencji przepisami prawa podatkowego w rozumieniu art. 3 pkt 2 O.p.
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego dokonana przez organ interpretacyjny analiza wniosku o wydanie interpretacji w zakresie wezwania do uzupełnienia jego braków w trybie art. 169 § 1 O.p. była błędna. Biorąc pod uwagę charakter i zadania interpretacji podatkowej trudno uznać stanowisko organu podatkowego za prawidłowe, ponieważ prowadziłoby ono do podważenia sensu wydawania interpretacji podatkowych, jeśli sam wnioskodawca ma udzielić odpowiedzi na zadane organowi pytanie.
Z tego powodu stwierdzenie organu o braku odpowiedzi skarżącej odnoszącej się do pytania, na które oczekiwała odpowiedzi od organu interpretacyjnego, w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjne świadczy o tym, że to organ uchylił się od ustosunkowania się przedstawionego stanu faktycznego (do tego uzupełnionego przez skarżącą), domagając się od niej odpowiedzi na postawione we wniosku pytania. Wobec tego domaganie się przez organ podatkowy przeformułowania pytania przez skarżącą, pod rygorem pozostawienia wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej bez rozpatrzenia, było nieprawidłowe i pozostające w sprzeczności z ideą wydawania interpretacji podatkowych.
Wezwanie do sprecyzowania wniosku nie może prowadzić do żądania, aby to sam wnioskodawca przesądził rzeczoną kwestię, o którą zapytał, lecz jedynie do sprecyzowania danych faktycznych dotyczących prowadzonej działalności niezbędnych do ich oceny w kontekście definicji owej działalności.
Następnie na gruncie obowiązujących przepisów należało ocenić ten rodzaj działalności skarżącej, a pozostawienie wniosku bez rozpoznania dopuszczalne byłoby tylko w przypadku, jeśli wnioskodawca nie przedstawiłby wystarczających okoliczności faktycznych dla dokonania oceny. Skoro skarżąca dokładnie opisała swoją działalność oraz prace prowadzone w ramach umowy [...], to organ miał obowiązek udzielić odpowiedzi na przedstawioną wątpliwość. Od takiej oceny jednak się uchylił, co stanowi naruszenie art. 14b § 3 O.p.
Podsumowując Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że w rozpoznawanej sprawie organ interpretacyjny nie miał podstaw, aby wzywać stronę w trybie art. 169 § 1 O.p. do precyzowania informacji i przeformułowania uprzednio zadanego pytania. Elementy te zostały już wyczerpująco przedstawione we wniosku stosownie do art. 14b § 3 O.p. Organ był zaś zobowiązany do oceny stanu faktycznego/zdarzenia przyszłego oraz udzielenia odpowiedzi merytorycznej dotyczącej wątpliwości prawnych skarżącej. W trybie art. 169 § 1 w zw. z art. 14h O.p. organ nie mógł żądać od podatnika ubiegającego się o interpretację indywidualną, aby we własnym zakresie rozstrzygnął kwestię kwalifikacji prac prowadzonych w ramach umowy [...] rozumieniu art. 4a pkt 28 u.p.d.o.p.
Tym samym uznać należy, że w rozpoznawanej sprawie doszło do naruszenia przepisów art. 14b § 3, art. 14c § 1, art. 14g § 1, art. 169 § 4 O.p. w związku z art. 14h, co prawidłowo dostrzegł Sąd pierwszej instancji i w związku z tym zasadnie uchylił postanowienia w przedmiocie pozostawienia wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej bez rozpatrzenia, wydane przez organ w obydwu instancjach.
Mając na uwadze powyższe i uznając, że wyrok Sądu pierwszej instancji nie narusza prawa w zarzucanym mu w rozpoznawanej skardze kasacyjnej zakresie, Naczelny Sąd Administracyjny działając na podstawie art. 184 p.p.s.a. oddalił skargę kasacyjną
O kosztach postępowania kasacyjnego Sąd orzekł na podstawie art. 209 w zw. z art. 204 pkt 2 i art. 205 § 2 i § 4 tej ustawy.