Wyrok NSA z dnia 03 czerwca 2025, sygn. II FSK 61/25

W wywiedzionej od powyższego wyroku skardze kasacyjnej Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wniósł o jego uchylenie w całości i orzeczenie co do istoty sprawy, względnie przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Białymstoku oraz o zasądzenie kosztów postępowania.

Na podstawie art. 174 pkt 2 P.p.s.a. zrzucił naruszenie art. 146 § 1 i art. 145 § 1 pkt 1 lit. c oraz art. 151 P.p.s.a. w związku z:

- art. 14b § 1 O.p. przez uwzględnienie skargi i uchylenie interpretacji w rezultacie nieudzielania odpowiedzi na pytania skarżącej oznaczone we wniosku nr 3-5 oraz do części pytania nr 6 w zakresie dotyczącym wskaźnika nexus, tym samym brak wydania interpretacji podatkowej w pełnym zakresie objętym złożonym wnioskiem, a w konsekwencji uznanie przez Sąd, że odmowa odpowiedzi na te pytania była przedwczesna i nieuzasadniona;

- art. 120, art. 121 § 1, art. 14h oraz art. 14n § 4 pkt 2 i § 5 O.p. przez naruszenie zasady praworządności, zasady zaufania do organów podatkowych oraz utrwalonej praktyki interpretacyjnej poprzez brak skrupulatnego odniesienia się (lub wyjaśnienia) dlaczego w sprawach w której stan faktyczny zawarty we wniosku odpowiadał analogicznym stanom faktycznym, w których działalność podatników uznawana była za działalność badawczo-rozwojową, organ orzekł w sposób odmienny do innych interpretacji indywidualnych oraz wyroków sądów administracyjnych;

- art. 14c § 1 i § 2 oraz art. 14e § 1, art. 14b § 1 i art. 121 § 1 O.p. przez uwzględnienie skargi skarżącej, uchylenie zaskarżonej interpretacji na skutek uznania przez Sąd, że organ nienależycie rozpoznał zdarzenie przedstawione we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, tj. niezgodnie ze stanowiskiem przedstawionym przez skarżącą, albowiem pominął istotne wyjaśnienia złożone we wniosku o wydanie interpretacji, które dowodzą, że skarżąca prowadzi działalność badawczo-rozwojową, jak również nie uwzględnił utrwalonego orzecznictwa w rzeczonej materii;

- art. 14n § 4 pkt 1 i art. 14b § 1 O.p. przez nieuwzględnienie przez organ objaśnień podatkowych z dnia 15.07.2019 r. w sprawie IP BOX - PIT wydanych przez Ministra Finansów w zakresie interpretacji definicji działalności badawczo-rozwojowej w zakresie autorskiego programu komputerowego oraz kosztów uwzględnianych przy obliczaniu wskaźnika nexus.

Ponadto na podstawie art. 174 pkt 1 P.p.s.a. zarzucił naruszenie art. 4a pkt 26 i pkt 28 w związku z art. 24d ust. 2 pkt 8 u.p.d.o.p. przez błędną wykładnię polegająca na uznaniu, że:

- w toku działań skarżącej dochodzi do twórczego i systematycznego wykorzystywania zasobów wiedzy przez skarżącą poprzez tworzenie założeń (pomysłów) nowych modułów i funkcjonalności programu komputerowego, a które są realizowane w ramach prac wykonywanych przez zewnętrznego programistę na podstawie zawartej umowy, co finalnie jest działalnością badawczo-rozwojowa w rozumieniu wymienionej ustawy, podczas gdy zdaniem organu rozwój i ulepszanie programu komputerowego poprzez zlecenie wykonania (według pomysłów i koncepcji skarżącej) prac w tym zakresie podwykonawcy - zewnętrznemu programiście, nie stanowią działalności badawczo-rozwojowej; działalność Spółki nie ma charakteru twórczego, a w konsekwencji prawo autorskie do tak ulepszanego i rozwijanego programu komputerowego nie stanowi kwalifikowanego prawa własności intelektualnej;

- działalność badawczo-rozwojowa obejmuje rozwój i ulepszanie programów komputerowych, do których podatnikowi przysługuje autorskie prawo do programu komputerowego, nie ograniczając przy tym źródła (podstaw) uzyskania tego prawa, podczas gdy zdaniem organu ulepszanie i rozwój programu komputerowego, do którego autorskie prawa majątkowe skarżąca nabyła od podmiotu trzeciego będącego jego twórcą, nie stanowią działalności badawczo-rozwojowej;

- przepisy te powinny zostać zastosowane, gdyż kwalifikowany dochód z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej oblicza się z uwzględnieniem kosztów na nabycie wyników prac badawczo-rozwojowych związanych z kwalifikowanym prawem własności intelektualnej od podmiotu niepowiązanego w rozumieniu art. 11a ust. 1 pkt 3 u.p.d.o.p.;

- skoro skarżąca nabyła autorskie prawa majątkowe do programu komputerowego (program R.) oraz ponosi koszty zlecenia podwykonawcy prac programistycznych w zakresie ulepszenia i rozwoju programu komputerowego i nabywa autorskie prawa majątkowe do efektów tych prac, fakt ten nie pozwala na odmowę zakwalifikowania działalności skarżącej do działalności badawczo-rozwojowej i nie wyklucza możliwości skorzystania z tzw. ulgi IP BOX.

Skarżąca wniosła o oddalenie skargi kasacyjnej i zasądzenie kosztów postępowania.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

Skarga kasacyjna nie ma usprawiedliwionych podstaw i dlatego podlega oddaleniu.

Kluczowym zagadnieniem była ocena, czy Spółka może być uznana za prowadzącą działalność badawczo-rozwojową, jeśli sama nie wykonuje prac programistycznych, tylko zleca je podwykonawcy.

Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że prowadzenie działalności badawczo-rozwojowej nie wymaga samodzielnego wykonywania prac o charakterze technicznym i wykonawczym – zasadnicze znaczenie ma rola podatnika jako inicjatora, autora założeń i koordynatora prac, stwarzających możliwości rozwoju i powstania efektów twórczych. Z przedstawionego we wniosku stanu faktycznego (opisu zdarzenia przyszłego) wynika, że to skarżąca Spółka opracowuje koncepcje i założenia funkcjonalne systemu, kieruje całym procesem wytwarzania oprogramowania, posiada prawa autorskie do wszystkich elementów programu (na podstawie umów B2B, z pełnym przeniesieniem praw autorskich), systematycznie rozwija i wdraża nowe funkcje wspierające jej działalność gospodarczą. Wskazane działania są typowymi działaniami twórczymi i mieszczą się w definicji działalności badawczo-rozwojowej. W orzecznictwie sądów administracyjnych przyjmuje się, że bezpośredniość wykonywania prac badawczo-rozwojowych przez podatnika oznacza tyle, że nie ma dodatkowego innego podmiotu, za pośrednictwem którego podatnik wykonywałby swoją działalność. Często sam charakter prac badawczo-rozwojowych (czy nawet szerzej: przedsięwzięć w tym zakresie) wymaga współdziałania zespołowego, w ramach którego uczestniczy kilka lub nawet więcej podmiotów. Świadczą o tym chociażby legalne definicje działalności naukowej w art. 5a pkt 38-40 ustawy z dnia 26.07.1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (obecnie: Dz. U. z 2025 r., poz. 163), które najczęściej dotyczą działalności wykonywanej w powołanych do tego celu zespołach (wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 7.11.2023 r., II FSK 10/22 i z dnia 4.03.2025 r., II FSK 9/25). Spostrzeżenie to znajduje odpowiednie odniesienie także w relacjach kwalifikowanych w podatku dochodowym od osób prawnych.

Wątpliwe jest też twierdzenie organu interpretacyjnego, że zmiany wprowadzane do R. mają charakter adaptacyjny i nie zwiększają zasobów wiedzy. Opisane we wniosku o wydanie interpretacji prace realizowane przez Spółkę nie ograniczają się do "poprawek", ale obejmują projektowanie i wdrażanie zupełnie nowych funkcjonalności i rozwiązań, które nie istniały wcześniej, są dedykowane wyłącznie potrzebom Spółki, służą automatyzacji procesów i usprawnieniu działalności gospodarczej. Są to więc działania spełniające przesłanki twórczości, systematyczności i ukierunkowania na wykorzystanie wiedzy w celu tworzenia nowych zastosowań.

Wojewódzki Sąd Administracyjny prawidłowo stwierdził, że w uzasadnieniu interpretacji nie wyjaśniono w sposób przekonujący przesłanek, w oparciu o które organ interpretacyjny uznał, że skarżąca nie prowadzi działalności badawczo-rozwojowej. Słusznie również Sąd ten zauważył, że uzasadnienie interpretacji zawiera wewnętrzną sprzeczność: z jednej strony organ interpretacyjny wskazuje, że skarżąca nie jest zobowiązana do samodzielnego prowadzenia prac badawczo- rozwojowych, to jest może je prowadzić poprzez nabywanie wyników prac badawczo-rozwojowych od innych podmiotów (zgodnie z objaśnieniami Ministra Finansów z dnia 15.07.2019 r. w sprawie ulgi IP BOX), z drugiej zaś strony kwestionuje, że działalność badawczo-rozwojową prowadził podwykonawca, a nie Spółka. Również jednak w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego wykorzystanie podwykonawców nie wyklucza prowadzenia działalności badawczo-rozwojowej. Prace wykonywane przez zewnętrzne podmioty – jeśli są twórcze, innowacyjne, oparte na wiedzy – kwalifikują się do tej kategorii, o ile podatnik je koordynuje, ponosi za nie odpowiedzialność i na koniec wykorzystuje ich rezultaty w prowadzonej działalności. Trzeba też zauważyć, że organ interpretacyjny nie tylko nie uzasadnił w tym zakresie swojego stanowiska, lecz - jak słusznie zauważył Wojewódzki Sąd Administracyjny – nie zawarł jakiegokolwiek odniesienia się do podnoszonej przez skarżącą argumentacji w zakresie wypełnienia znamion działalności badawczo-rozwojowej, o której mowa w art. 4a pkt 26 u.p.d.o.p. W konsekwencji uchylił się też od merytorycznego rozstrzygnięcia kwestii stanowiącej istotę wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej.

Dodatkowo też zauważyć, że organ interpretacyjny niezasadnie przyjmuje, iż skoro Spółka nabyła autorskie prawa majątkowe do programu R., to nie może dokonywać jego dalszego ulepszania i rozwoju w ramach działalności badawczo-rozwojowej. Tymczasem ustawa wyraźnie dopuszcza rozwój istniejących praw własności intelektualnej, a nie tylko ich tworzenie. Spółka nabyła kwalifikowane prawo własności intelektualnej i rozwija je w ramach własnych projektów, mając pełnię praw autorskich, w tym do wersji zależnych. Każdy nowy moduł, zmiana funkcjonalna, ulepszenie – o ile ma charakter twórczy – stanowi rozwój kwalifikowanego prawa własności intelektualnej.

Przywołane przez Spółkę interpretacje przepisów prawa podatkowego dotyczyły m.in. kwalifikowania programu komputerowego jako kwalifikowanego prawa własności intelektualnej, jak również – pośrednio – zasad stosowania ulgi IP BOX, w tym warunków zastosowania wskaźnika nexus, nawet jeśli nie wszystkie bezpośrednio odnosiły się do metodyki obliczania dochodu. Niemniej nabycie praw majątkowych do efektów pracy programisty przez Spółkę spełnia wymogi wynikające z art. 24d ust. 4 pkt 2 u.p.d.o.p. i umożliwia zastosowanie wskaźnika nexus. Natomiast koszty prac zleconych podwykonawcy stanowią koszty ponoszone na nabycie wyników prac badawczo-rozwojowych od podmiotu niepowiązanego w zakresie kwalifikowanego IP.

Przechodząc do zarzutów naruszenia prawa procesowego Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, za niezasadny należy uznać zarzut naruszenia art. 146 § 1 w związku z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c oraz art. 151 P.p.s.a. i art. 14b § 1 O.p. Niezależnie już od okoliczności, że przytoczone w zarzucie jako podstawy kasacyjne przepisy P.p.s.a. mają charakter wynikowy, to jest ich stosowanie lub niestosowanie uzależnione jest i wynika z oceny zasadności zarzutów merytorycznych, omawiany zarzut oparty jest także na błędnym założeniu, że organ interpretacyjny nie był zobowiązany do odpowiedzi na pytania Spółki oznaczone numerami 3–5 oraz 6 (częściowo) wskutek uznania, że działalność Spółki w zakresie objętym zagadnieniem interpretacyjnym nie ma charakteru badawczo-rozwojowego. Skoro jednak Wojewódzki Sąd Administracyjny prawidłowo przyjął, że takie podejście jest wadliwe, prawidłowe było też przytoczenie jako podstawy prawnej rozstrzygnięcia sądowoadministracyjnego także art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a.

Nietrafiony jest także zarzut naruszenia art. 146 § 1 w związku z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c oraz art. 151 P.p.s.a. w związku z art. 14c § 1 i § 2 oraz art. 14e § 1, art. 14b § 1 i art. 121 § 1 O.p. Nieodniesienie się do istotnych wyjaśnień zawartych we wniosku o interpretację świadczy bowiem o niekompletności wydanej interpretacji, a tym samym o naruszeniu wymienionych w zarzucie przepisów O.p., co słusznie skonstatował Wojewódzki Sąd Administracyjny. Dotyczy to także pominięcia odniesienia się do innych interpretacji indywidualnych oraz orzeczeń sądów administracyjnych, dotyczących analizowanej problematyki. Brak uwzględnienia podobnych wypowiedzi interpretacyjnych i orzeczniczych narusza zasadę zaufania do organów podatkowych, wyrażoną w art. 121 § 1 O.p., a także zasadę równego traktowania podatników. Zasadnie też Wojewódzki Sąd Administracyjny wskazuje, że organ interpretacyjny był zobowiązany do uwzględnienia objaśnień podatkowych Ministra Finansów z dnia 15.07.2019 r., dotyczących preferencji IP BOX, a uchybienie temu obowiązkowi stanowi naruszenie art. 14c § 1 O.p.

Odnosząc się do zarzutu naruszenia art. 141 § 4 P.p.s.a. należy wskazać, że jest to przepis proceduralny, regulujący wymogi uzasadnienia wyroku sądu administracyjnego. Uzasadnienie zaskarżonego wyroku w rozpoznawanej sprawie zawiera wszystkie elementy, o których mowa w powołanym przepisie, a w szczególności zawiera podstawę prawną rozstrzygnięcia i jej wyjaśnienie. Pozwala ono na ustalenie przesłanek, jakimi kierował się Wojewódzki Sąd Administracyjny podejmując zaskarżone orzeczenie, a także przeprowadzenie kontroli instancyjnej orzeczenia przez sąd kasacyjny. Zarazem błędne jest upatrywanie naruszenia tego przepisu w przyjęciu przez sąd określonego kierunku rozstrzygnięcia, który zwalcza strona wnosząca skargę kasacyjną – kwestionowanie merytorycznego stanowiska sądu winno odbywać się przez formułowanie innych zarzutów, opartych na innych podstawach kasacyjnych, co organ interpretacyjny zresztą uczynił.

W podsumowaniu Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że skarga kasacyjna wobec jej bezzasadności podlega oddaleniu na podstawie art. 184 P.p.s.a.

O zwrocie kosztów postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 P.p.s.a. oraz stosowanego odpowiednio § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a w związku z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22.10.2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2023 r., poz. 1935), zasądzając od organu administracji publicznej na rzecz skarżącej kwotę 480 zł. tytułem opłaty za sporządzenie i wniesienie odpowiedzi na skargę kasacyjną oraz udział w rozprawie przed Naczelnym Sądem Administracyjnym radcy prawnego, który nie prowadził sprawy w pierwszej instancji.

SWSA (del.) SNSA SNSA

Alicja Polańska Tomasz Zborzyński (spr.) Tomasz Kolanowsk