Wyrok NSA z dnia 26 marca 2026, sygn. II FSK 841/23

Sygnatura: II FSK 841/23
Data orzeczenia: 26 marca 2026
Sąd: Naczelny Sąd Administracyjny (NSA)
Status: Prawomocne
Podatnik: spółka z o.o.

Streszczenie

S. sp. z o.o. prowadzi działalność w Specjalnej Strefie Ekonomicznej E. na podstawie trzech zezwoleń (z lat 2013, 2015, 2017) oraz decyzji o wsparciu z 2020 r. dotyczącej zwiększenia mocy produkcyjnych. Działalność jest prowadzona na różnych terenach objętych zezwoleniami i decyzją. Spółka wystąpiła o interpretację indywidualną, pytając, czy może prowadzić jedną wspólną ewidencję dla całej działalności zwolnionej z CIT i wykorzystywać limity pomocy publicznej w kolejności wydania dokumentów. Czy…

dla celów podatku dochodowego od osób prawnych Spółka może prowadzić jedną wspólną ewidencję dla działalności objętej zwolnieniem na podstawie zezwoleń strefowych i decyzji o wsparciu, oraz czy zwolnieniu podlega dochód w ten sposób, że najpierw wykorzystywany jest limit pomocy z zezwoleń, a po jego wyczerpaniu – z decyzji o wsparciu, zgodnie z datami ich wydania. Wojewódzki Sąd Administracyjny uchylił niekorzystną interpretację organu podatkowego, uznając, że organ z góry wykluczył możliwość łączenia dochodów bez zbadania, czy działalność jest prowadzona na tym samym obszarze. Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargi kasacyjne obu stron, stwierdzając ostatecznie, że Spółka ma prawo do prowadzenia jednej ewidencji i chronologicznego rozliczania pomocy, niezależnie od tego, czy zezwolenia i decyzja dotyczą różnych terenów, ponieważ obowiązujące przepisy nie nakazują oddzielnego ewidencjonowania ani rozliczania w ramach działalności zwolnionej, a art. 13 ust. 7 ustawy o wspieraniu nowych inwestycji wprost dopuszcza łączne rozliczanie pomocy z obu tytułów. W konsekwencji, stanowisko Spółki uznano za prawidłowe.

jeszcze 152 słowa

Pełne streszczenie po zalogowaniu

Streszczenie AI to nasza wartość dodana — zaloguj się lub załóż konto, aby zobaczyć pełną analizę.

Zaloguj się Wypróbuj za darmo

Sentencja

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz (sprawozdawca), Sędzia NSA Aleksandra Wrzesińska-Nowacka, Sędzia WSA (del.) Paweł Kowalski, Protokolant asystent sędziego Mateusz Siedlecki, po rozpoznaniu w dniu 26 marca 2026 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skarg kasacyjnych 1) S. sp. z o.o. z siedzibą w K., 2) Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Rzeszowie z dnia 14 marca 2023 r., sygn. akt I SA/Rz 5/23 w sprawie ze skargi S. sp. z o.o. z siedzibą w K. na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 3 listopada 2022 r., nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych 1) oddala skargę kasacyjną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, 2) oddala skargę kasacyjną S. sp. z o.o. z siedzibą w K., 3) zasądza od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz S. sp. z o.o. z siedzibą w K. kwotę 240 (słownie: dwieście czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

Uzasadnienie

1.1. Wyrokiem z 14 marca 2023 r., sygn. akt I SA/Rz 5/23, w sprawie ze skargi S.sp. z o.o. z siedzibą w K. (dalej: "Skarżący"; ,,Spółka" lub "Strona") na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: "Dyrektor KlS", "DKIS" lub "organ") z dnia 3 listopada 2022 r., w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie na podstawie art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) ustawy z 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j.: Dz. U. z 2022 r., poz. 329 ze zm., dalej: "p.p.s.a.") uchylił zaskarżoną interpretację. Tekst powyższego wyroku wraz z uzasadnieniem (oraz innych orzeczeń sądów administracyjnych przywołanych poniżej) dostępny jest w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych (zwana w skrócie "CBOSA", adres: https://orzeczenia.nsa.gov.pl).

1.2. Sąd pierwszej instancji przedstawił następujący stan faktyczny sprawy. Spółka prowadzi działalność gospodarczą na terenie Specjalnej Strefy Ekonomicznej E.(dalej: "SSE" lub "Strefa"). Na rzecz Spółki zostały wydane trzy zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie tej strefy: (1) zezwolenie z dnia 20 lutego 2013 r., (2) zezwolenie z dnia 15 października 2015 r., (3) zezwolenie z dnia 30 marca 2017 r. Spółka uzyskała również decyzję o wsparciu z dnia 26 sierpnia 2020 r. (dalej: "DoW") związaną z inwestycją polegającą na zwiększeniu mocy produkcyjnych zakładu, na mocy której Spółce udzielono wsparcia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie konkretnie wskazanych we wniosku działek położonych w województwie podkarpackim, powiecie miasto K., powiecie k. oraz w powiecie j. (W.). Spółka prowadzi działalność na: terenie Strefy na podstawie zezwoleń w odniesieniu do działalności w J. oraz K. oraz terenie wskazanym w DoW poprzez kompleks produkcyjny zlokalizowany w J., K. oraz działkach w W.. Wszystkie zezwolenia wskazują w swej treści, że dotyczą prowadzenia działalności gospodarczej na terenie Strefy.

1.3. Na tle tak przedstawionego stanu faktycznego Spółka zadała następujące pytania: 1. Czy dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności na terenie SSE w oparciu o zezwolenia oraz działalności w oparciu o DoW, Spółka może prowadzić jedną wspólną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, prowadzonej na podstawie posiadanych w danym okresie zezwoleń oraz DoW? 2. Czy zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, prowadzonej na podstawie zezwoleń i DoW, w ten sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystywany jest limit dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwoleń, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z nich wynikający nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu strefowego zwolnieniem podatkowym, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczania z dostępnym limitem wynikającym z DoW - w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania? Spółka prezentując swoje stanowisko wskazała, że jej zdaniem można prowadzić jedną wspólną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, prowadzonej na podstawie posiadanych w danym okresie zezwoleń oraz DoW. dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności na terenie SSE w oparciu o zezwolenia i o DoW. Ponadto Skarżąca twierdziła, że zwolnieniu z podatku dochodowego powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej na terenie SSE, prowadzonej na podstawie zezwoleń i DoW, w ten sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystywany jest limit dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwoleń, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z nich wynikający nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu strefowego zwolnieniem podatkowym, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczania z dostępnym limitem wynikającym z DoW. Uzasadniając swoje stanowisko Wnioskodawca powołał się na przepisy art. 12 ust. 1 zd. 4 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (t.j.: Dz. U. z 2020 r., poz. 1670 ze zm.; dalej: "ustawa o SSE") oraz art. 17 ust. 1 pkt 34, art. 9 ust. 1, art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j.: Dz. U. z 2022 r., poz. 2587 ze zm., dalej: "u.p.d.o.p."). Jego zdaniem łączna interpretacja tych przepisów wskazuje, że podatnik zobowiązany jest do prowadzenia odrębnej ewidencji rachunkowej dla działalności opodatkowanej na zasadach ogólnych oraz działalności zwolnionej z podatku dochodowego, w sposób pozwalający na ustalenie wyniku z obu tych działalności, jeśli prowadzi zarówno działalność gospodarczą w ramach SSE i poza nią. Dalej powołując się na art. 13 ust. 7 ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (t.j.: Dz.U. z 2020 r., poz. 1752 ze zm., dalej: "u.w.n.i.") oraz art. 12 ust. 2 ustawy o SSE, Wnioskodawca wskazywał, że rozliczenie pomocy publicznej powinno nastąpić zgodnie z kolejnością przyznanych zezwoleń strefowych i decyzji o wsparciu, w związku z czym podatnik powinien prowadzić jedną łączną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu, tak by umożliwić chronologiczne rozliczanie pomocy. Zdaniem Spółki brak jest uregulowań prawnych, które bezpośrednio nakładałyby na przedsiębiorców strefowych obowiązek wydzielenia organizacyjnego działalności prowadzonej na podstawie różnych zezwoleń strefowych oraz decyzji o wsparciu, jak również samego wyodrębniania wyniku podatkowego, który został osiągnięty w ramach poszczególnych projektów inwestycyjnych, objętych odrębnymi zezwoleniami bądź decyzjami o wsparciu. W ocenie Spółki zasadnym jest prowadzenie odrębnej ewidencji rachunkowej dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności opodatkowanej na zasadach ogólnych oraz odrębnej ewidencji rachunkowej dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej na terenie SSE w oparciu o posiadane zezwolenia lub działalności prowadzonej w oparciu o DoW, przy czym ewidencja ta powinna być wspólna dla zezwoleń i DoW.

1.4. Zaskarżoną interpretacją Dyrektor KIS uznał stanowisko Spółki za nieprawidłowe. Organ wskazał, że przepisy art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a, ust.4 u.p.d.o.p., art. 12 i art. 16 ust. 1 ustawy o SSE ustanawiają podstawowe warunki korzystania z ulgi podatkowej z tytułu prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej działalności gospodarczej. Stosowanie tej ulgi jako wyjątku od reguły opodatkowania powinno zdaniem organu odbywać się w sposób ścisły zgodnie z wykładnią językową. Organ zauważył, że na podstawie u.w.n.i. został wprowadzony mechanizm wsparcia dla przedsiębiorców w postaci zwolnienia z podatku dochodowego z tytułu nowej inwestycji, do którego odwołuje się art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. DKIS stwierdził, że konstrukcja zwolnienia dotyczącego specjalnych stref ekonomicznych nie jest analogiczna do wsparcia przewidzianego dla podejmowania nowych inwestycji. Kwestionując stanowisko Spółki Organ odwołał się do objaśnień podatkowych Ministra Finansów z dnia 6 marca 2020 r. Na jej podstawie stwierdził, że podatnik uzyskujący dochody z działalności gospodarczej, w ramach której realizowana jest nowa inwestycja, określona w decyzji o wsparciu, powinien dokonać wyodrębnienia w ewidencji księgowej operacji gospodarczych dotyczących tej działalności. Analogicznemu wyodrębnieniu zdaniem Organu powinna podlegać ewidencja przychodów kosztów działalności prowadzonej na terenie SSE na podstawie wydanych zezwoleń. Koniecznym jest przede wszystkim prowadzenie ewidencji rachunkowej w taki sposób, aby odrębnie można było ustalić przychody, koszty, dochód/stratę uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE w ramach wydanego zezwolenia/zezwoleń i odrębnie w ramach DoW, zaś dochody uzyskane z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu. Organ zaznaczył, że dla działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, jak i dla działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, ustawodawca przewidział odrębne zwolnienia, odpowiednio w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p. Zdaniem DKIS jeśli dochody z obu powyższych źródeł zwolnionych miałyby być rozliczane łącznie, ustawodawca dałby temu podstawy w odpowiednich zapisach u.p.d.o.p. Według Organu przychodów z działalności prowadzonej na terenie SSE nie łączy się z przychodami osiągniętymi z nowej inwestycji, realizowanej na podstawie decyzji o wsparciu. Połączenie przychodów i kosztów w tym przypadku umożliwiałoby kompensowanie straty poniesionej na jednej działalności zwolnionej (gdyby taka wystąpiła) z dochodem z drugiej działalności objętej zwolnieniem. Pomimo, że rozliczenie pomocy publicznej według zaproponowanej przez Spółkę zasady byłoby zdaniem Organu możliwe, to nie można go uznać za prawidłowe. Dla właściwego zastosowania art. 13 ust. 6 u.w.n.i. należy według Organu zsumować wykorzystaną w danym roku podatkowym pomoc publiczną z nowej inwestycji z pomocą publiczną z działalności w SSE i tak ustaloną sumę potem trzeba uwzględnić w dostępnym limicie pomocy publicznej. Ostatecznie DKIS uznał zatem stanowisko Spółki za nieprawidłowe.

2.1. Na powyższą interpretację Spółka wniosła skargę, zarzucając:

I. naruszenie przepisów prawa materialnego tj.:

- art. 12 ust. 2 ustawy o SSE oraz art. 13 ust. 6 i 7 u.w.n.i. poprzez ich błędną wykładnię, a w konsekwencji niewłaściwą ocenę co do zastosowania, polegających na braku uznania za prawidłowego stanowiska Spółki przewidującego możliwość prowadzenia jednej, wspólnej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, tj. wspólnej dla posiadanych w danym okresie zezwoleń i dla DoW oraz możliwości wykorzystywania najpierw limitu dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwoleń, a po ich wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z nich wynikający nie jest (nie będzie) wystarczający do objęcia całości dochodu strefowego zwolnieniem podatkowym, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana z dostępnym limitem wynikającym z DoW, w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania;

- naruszenie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. oraz art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p., w zw. z art. 12 ust. 1, ust. 2 i art. 16 ust. 1 ustawy o SSE w związku z art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p. w zw. z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. w zw. z art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 u.p.d.o.p., poprzez ich błędną wykładnię polegającą na uznaniu, że brak jest możliwości prowadzenia jednej, wspólnej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, tj. wspólnej dla zezwoleń oraz DoW oraz możliwości wykorzystywania najpierw limitu dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwoleń, a po ich wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z nich wynikający nie jest (nie będzie) wystarczający do objęcia całości dochodu strefowego zwolnieniem podatkowym, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana z dostępnym limitem wynikającym z DoW, w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania;

II. naruszenie przepisów postępowania, tj. art. 14c § 1 i 2 ustawy z dn. 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz. U. z 2021 r. poz. 1540 ze zm., dalej: "O.p."), poprzez brak szczegółowego uzasadnienia prawnego oceny stanowiska, jak i uzasadnienia prawnego odmiennego stanowiska organu.

Na podstawie powyższych zarzutów Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej interpretacji.

2.2. W odpowiedzi na skargę Dyrektor KIS wniósł o jej oddalenie.

2.3. Wojewódzki Sąd Administracyjny uchylając zaskarżoną interpretację zauważył, że przedmiot sporu w niniejszej sprawie stanowił przede wszystkim sposób ewidencjonowania przychodów z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń strefowych oraz z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu nowej inwestycji. Sąd podzielił stanowisko wyrażone w wyroku NSA z dnia 15 lutego 2022 r., o sygn. akt II FSK 1233/19 i wskazał, że podstawą do korzystania ze wsparcia jest zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej w ramach strefy, a każdorazowo takie zezwolenie odnosi się do konkretnej strefy. Sąd zaznaczył także, że wsparcie takie jest udzielane w konkretnym celu, zaś pomoc publiczna jest realizowana w kolejności wydanych zezwoleń. Oznacza to, że dla ustawodawcy nie jest obojętnym w jakim celu i w jakim czasie zostanie zrealizowana pomoc publiczna, a zatem możliwość jej rozliczania powinna być związana z konkretną (daną, jak mówi przepis) strefą. Sąd stwierdził, że tego rodzaju konstatacja powinna obejmować również sytuacje, w których przedsiębiorca prowadzi działalność gospodarczą w oparciu zarówno o zezwolenie strefowe, jak decyzję o wsparciu nowej inwestycji, ale odnoszących się do różnego obszaru. Także w przypadku u.w.n.i. Sąd zauważył, że cel, dla którego udzielone jest wsparcie i sposób jego realizacji determinuje kwestię przyznania tego wsparcia. W przypadku obu tych zwolnień, stanowiących faktycznie różne źródła preferencji, nie jest obojętne jakiego obszaru dotyczą. Dlatego też nie jest właściwe przenoszenie pomocy publicznej do działalności prowadzonej na różnych obszarach, do czego w gruncie rzeczy prowadziłaby metodologia zaproponowana przez Skarżącą. Dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania (zezwolenie strefowe i decyzja o wsparciu nowej inwestycji) nie powinny zdaniem Sądu podlegać łączeniu, jeżeli prowadzone są na różnych obszarach. W ocenie Sądu analiza porównawcza przepisów ustanawiających oba zwolnienia w obrębie art. 17 ust. 1 u.p.d.o.p. pozwala zauważyć, że ustawodawca zdecydował się na wprowadzenie odrębnego uregulowania zwolnienia w związku z decyzją o wsparciu, wprowadzając nową jednostkę redakcyjną (pkt 34a) zamiast zmodyfikować istniejący już pkt 34, co oznacza, że pomimo pewnych podobieństw mechanizmu działania, wykazują one także pewne odmienności, natomiast model wskazywany przez Skarżącą opiera się na unifikacji bez względu na warunki, w jakich występują. Sąd wskazywał także na przepis art. 17 ust. 4 u.p.d.o.p., który stanowi, że zwolnienia podatkowe, o których mowa w ust. 1 pkt 34 i 34a, przysługują podatnikowi wyłącznie odpowiednio z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie określonym w zezwoleniu lub z tytułu dochodów uzyskanych z realizacji nowej inwestycji na terenie określonym w decyzji o wsparciu. Zdaniem Sądu literalnie określa on, że nie mogą być łączone dochody uzyskane z działalności prowadzonej na terenie, który nie pokrywa się z terenem wskazanym czy to w zezwoleniu czy to decyzji o wsparciu. Wobec tego istnieją przeszkody prawne w łączeniu pomocy publicznej udzielonej na podstawie zezwoleń na prowadzenie działalności na terenie różnych SSE. Potwierdza to także treść art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p. Zdaniem Sądu nieprawidłową była ocena Organu, według której w każdym wypadku, gdy przedsiębiorca posiada zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oraz decyzję o wsparciu nowej inwestycji, to dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu. Każdorazowo Organ powinien zweryfikować czy działalność w oparciu o zezwolenie strefowe i decyzję o wsparciu nowej inwestycji prowadzona jest na tym samym obszarze. Kwestionując każdorazowo możliwość łączenia przez przedsiębiorcę dochodu z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie zezwolenia strefowego oraz decyzji o wsparciu nowej inwestycji Organ zdaniem Sądu błędnie zinterpretował przywołane przepisy.

3.1. Na powyższe orzeczenie pełnomocnik Spółki wniósł skargę kasacyjną zaskarżając je w całości i zarzucając mu:

I. na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. naruszenie przepisów postępowania mające istotny wpływ na wynik sprawy, tj. art. 141 § 4 zdanie pierwsze p.p.s.a. poprzez sporządzenie wadliwego uzasadnienia wyroku, polegającego na:

(i) braku przedstawienia należytego i wystarczającego uzasadnienia stanowiska Sądu w zakresie uznania, że możliwość rozliczania pomocy publicznej powinna być związana z konkretną, daną strefą, które to stanowisko stanowiło podstawę uznania przez Sąd, że gdy przedsiębiorca prowadzi działalność gospodarczą w oparciu zarówno o zezwolenie (zezwolenia) strefowe, jak i decyzję o wsparciu, ale odnoszące się do różnego obszaru, przepisy podatkowe przewidują obowiązek wyodrębnienia dochodów podlegających zwolnieniu,

(ii) braku przedstawienia merytorycznej analizy argumentacji Spółki przedstawionej w skardze na zaskarżoną interpretację, która odnosiła się m. in. do art. 16 ust. 1 ustawy o SSE, zgodnie z którą ww. artykuł nie odnosi się do sposobu rozliczania pomocy publicznej, a jedynie stanowi, że konkretne zezwolenie udzielane jest na prowadzenie działalności na terenie danej strefy.

II. na podstawie art. 174 pkt 1 p.p.s.a. naruszenie prawa materialnego, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj.: art. 12 ust. 2 ustawy o SSE oraz art. 13 ust. 6 i 7 u.w.n.i. oraz art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. oraz art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p., w związku z art. 12 ust. 1 ustawy o SSE w zw. z art. 12 ust. 2 ustawy o SSE w zw. z art. 16 ust. 1 ustawy o SSE w zw. z art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p. w zw. z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. w związku z art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 u.p.d.o.p. poprzez ich błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że istnieje podstawa prawna, która nakłada na przedsiębiorców obowiązek dokonywania wydzielania organizacyjnego działalności prowadzonej na podstawie zezwoleń i decyzji o wsparciu, jak również wyodrębniania wyniku podatkowego osiągniętego w ramach poszczególnych projektów inwestycyjnych, objętych różnymi zezwoleniami czy DoW, w przypadku gdy przedsiębiorca prowadzi działalność gospodarczą w oparciu o zezwolenie (zezwolenia) strefowe, jak i decyzję o wsparciu, ale odnoszące się do różnych obszarów.

Mając na uwadze powyższe zarzuty, Spółka wniosła na podstawie art. 188 p.p.s.a. o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i rozpoznanie skargi poprzez uchylenie zaskarżonej interpretacji; względnie na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a. uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania WSA w Rzeszowie oraz o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych.

3.2. Na wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego skargę kasacyjną wniósł także pełnomocnik Organu zaskarżając je w całości i zarzucając mu naruszenie przepisów:

1) postępowania mające istotny wpływ na wynik sprawy (art. 174 pkt 2 p.p.s.a.), tj. art. 141 § 4 p.p.s.a., art. 57a p.p.s.a. i art. 146 § 1 p.p.s.a. poprzez błędne uzasadnienie, niedostateczne wyjaśnienie motywów rozstrzygnięcia, przyjęcie błędnych przesłanek, brak powiązania stwierdzonego naruszenia przepisów prawa materialnego z odpowiednimi obowiązkami/uprawnieniami podatkowymi, przez co także wyrok nie poddaje się kontroli instancyjnej, ponadto Sąd I instancji stwierdził, że poglądy obu stron są błędne ponieważ w sprawie przyjąć należy jako decydujące kryterium obszaru i jednolitości zarządzającego, w sytuacji gdy Skarżąca takiego poglądu/sposobu naruszenia prawa (który mógłby znaleźć ewentualne uznanie) w zarzutach nie wyraziła - przez co Sąd I instancji wyszedł poza zakres zaskarżenia, a w konsekwencji uchylił zaskarżoną interpretację w sytuacji braku uzasadnionych podstaw;

2) prawa materialnego (art. 174 pkt 1 p.p.s.a.), tj.:

- art. 13 ust. 7 w zw. z art. 13 ust. 6 oraz art. 13 ust. 8 u.w.n.i. oraz art. 12 ust. 2 w zw. z art. 12 ust. 3 ustawy o SSE poprzez ich błędną wykładnię, a w konsekwencji niewłaściwą ocenę co do zastosowania, na skutek uznania przez Sąd, że "nie można się zatem zgodzić z twierdzeniem organu interpretacyjnego, że w każdym wypadku (poza wyjątkiem wskazanym przez Sąd), gdy przedsiębiorca (podatnik) posiada zezwolenie (zezwolenia) na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oraz decyzję o wsparciu nowej inwestycji, dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu. Przedmiotem badania organu powinno być podstawowe kryterium wyznaczające obowiązki ewidencyjne przedsiębiorcy dysponującego obydwoma źródłami zwolnienia z podatku dochodowego określonymi w art. 17 ust. 1 pkt 34 i pkt 34a u.p.d.o.p., to jest czy działalność w oparciu o zezwolenie (zwolnienia) strefowe i decyzję o wsparciu nowej inwestycji prowadzona jest na tym samym obszarze, zarządzanym przez tego samego zarządzającego", podczas gdy w przedmiotowej sprawie przyjąć należało, iż Skarżąca nie ma możliwość prowadzenia jednej, łącznej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, tj. wspólnej dla wszystkich zezwoleń oraz decyzji o wsparciu, tym samym przyjąć również należało, że Skarżąca ma obowiązek odrębnego rozliczania pomocy publicznej w przypadku posiadania zezwoleń - zgodnie z kolejnością ich wydania oraz odrębnego rozliczania pomocy publicznej w przypadku posiadania decyzji o wsparciu, również zgodnie z kolejnością wydanych decyzji;

- art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. oraz art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. w zw. z art. art. 12 ust. 2 i 3 ustawy o SSE w związku z art. 16 ust. 1 ustawy o SSE w zw. z art. 13 ust. 7 w zw. z art. 13 ust. 6 oraz art. 13 ust. 8 u.w.n.i. w zw. z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p., poprzez ich błędną wykładnię polegającą na możliwości prowadzenia przez Skarżącą jednej, łącznej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego wszystkich od osób prawnych, tj. wspólnej dla zezwoleń oraz decyzji o wsparciu, oraz, że nie ma obowiązku odrębnego rozliczania pomocy publicznej w przypadku posiadania zarówno zezwoleń oraz decyzji o wsparciu, podczas gdy w sprawie należało przyjąć, że w sytuacji, gdy przedsiębiorca posiada zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oraz decyzję o wsparciu nowej inwestycji, dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu.

Mając powyższe na uwadze, Organ wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i oddalenie skargi, ewentualnie o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu.

3.3. Na rozprawie w dniu 26 marca 2026 r. pełnomocnik Spółki wniósł o oddalenie skargi kasacyjnej Organu i zasądzenie kosztów postepowania.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

4.1. Obie skargi kasacyjne nie zasługują na uwzględnienie, ponieważ zaskarżony wyrok mimo błędnego uzasadnienia odpowiada prawu.

4.2. Przedmiotem sporu jest ewidencjonowanie przychodów z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń strefowych oraz z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu nowej inwestycji, a w tle także sposobu rozliczania dostępnej pomocy publicznej przysługującej w związku z zezwoleniami strefowymi oraz decyzją o wsparciu nowej inwestycji. Skarżąca podkreśla, że zgadza się z WSA w zakresie w jakim stwierdził, że gdy przedsiębiorca (podatnik) posiada zezwolenie (zezwolenia) na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oraz decyzję o wsparciu nowej inwestycji, dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania podlegają łączeniu. W ocenie Spółki słuszna jest również sentencja wyroku, polegająca na uchyleniu zaskarżonej interpretacji. Rozstrzygnięcie tego zagadnienia nastąpiło jednak w konsekwencji uznania w pierwszej kolejności przez Sąd pierwszej instancji, że gdy przedsiębiorca prowadzi działalność gospodarczą w oparciu zarówno o zezwolenie (zezwolenia) strefowe, jak i decyzję o wsparciu nowej inwestycji, ale odnoszące się do różnego obszaru, czyli przyjmując stanowisko Sądu meriti, gdy nowa inwestycja prowadzona jest poza obszarem danej SSE (zatem również gdy występuje rozbieżność co do obszarów wskazanych w zezwoleniach i decyzjach o wsparciu, w których przedsiębiorca prowadzi działalność na podstawie zezwolenia (zezwoleń) strefowego, to stanowisko Sądu a quo co do łącznego i chronologicznego rozliczania nie ma zastosowania, z czym Spółka się nie zgadza.

4.3. Przede wszystkim zgodzić się należy z tym, że Skarżącej przysługuje uprawnienie do prowadzenia jednej, wspólnej ewidencji i chronologicznego (kolejnego) wykorzystania dostępnych limitów i to nie tylko w ramach jednej Specjalnej Strefy Ekonomicznej. Literalna treść art. 12 ust. 2 ustawy o SSE wskazuje na to, że ma on zastosowanie do zezwoleń, o których mowa w art. 16 ust.1 ustawy o SSE. Podstawą do korzystania z pomocy publicznej, udzielanej zgodnie z ustawą, jest zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie danej strefy, uprawniające do korzystania z pomocy publicznej, zwane dalej "zezwoleniem". Każde zezwolenie odnosi się do konkretnej strefy, skoro ustawodawca wyraźnie wskazuje, że jest to zezwolenie na działanie na terenie danej strefy. Jak trafnie wskazano w wyroku NSA z 4 lipca 2023 r., sygn. akt II FSK 78/21 (publ. CBOSA), uregulowanie dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Tak więc prowadzenie jednej wspólnej ewidencji i chronologicznego rozliczania pomocy publicznej to zasady znajdujące zastosowanie w przypadku podatników dysponujących zezwoleniami strefowymi i decyzją o wsparciu, z zastrzeżeniem, że nie prowadzi on działalności również poza strefą i poza miejscem wskazanym w decyzji o wsparciu. Zapatrywanie to zostało podzielone również w wyroku NSA z 28 maja 2024 r., sygn. akt II FSK 1119/21 (publ. CBOSA). W konsekwencji Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że niekwestionowane jest prawo do prowadzenia jednej wspólnej ewidencji i chronologicznego rozliczania pomocy publicznej w przypadku posiadania kilku zezwoleń na działalność w strefie oraz decyzji o wsparciu niezależnie od tego, czy dotyczą one tej samej specjalnej strefy ekonomicznej.

4.4. Skarga kasacyjna DIAS zawiera zarówno zarzuty naruszenia przepisów postępowania, jak i naruszenia prawa materialnego. Co do zasady w takiej sytuacji w pierwszej kolejności należy odnieść się do podniesionych w skardze kasacyjnej zarzutów procesowych. Zasadniczym jednak spornym zagadnieniem w sprawie w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego była prawidłowa wykładnia przepisów prawa materialnego W związku z tym, że to prawidłowa wykładnia przepisów prawa materialnego determinowała rozstrzygnięcie w sprawie, w pierwszym rzędzie należy odnieść się do zarzutów naruszenia przepisów prawa materialnego. Nie ma racji skarżący kasacyjnie organ, że doszło do dokonania przez Sąd a quo błędnej wykładni przepisów prawa materialnego tj. art. 13 ust. 7 w zw. z art. 13 ust. 6 oraz art. 13 ust. 8 u.w.n.i. oraz art. 12 ust. 2 w zw. z art. 12 ust. 3 ustawy o SSE , art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. oraz art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. w zw. z art. art. 12 ust. 2 i 3 ustawy o SSE w związku z art. 16 ust. 1 ustawy o SSE w zw. z art. 13 ust. 7 w zw. z art. 13 ust. 6 oraz art. 13 ust. 8 u.w.n.i. w zw. z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. W pierwszej kolejności odnieść się należy do wywodzonego z tych przepisów przez organ obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji dla działalności objętej zezwoleniem i decyzją o wsparciu. Nie budzi wątpliwości, że koszty i przychody z działalności gospodarczej wykonywanej w ramach zezwolenia i decyzji nie są uwzględniane przy obliczaniu dochodu na zasadach ogólnych, co wprost wynika z art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 u.p.d.o.p. Obowiązek prowadzenia ewidencji rachunkowej, wynikający z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. zapewnić ma możliwość obliczenia dochodu (straty), kosztów uzyskania przychodów i obliczenie należnego podatku. Nie odnosi się on zatem do ewidencji dotyczącej przychodów i kosztów ich uzyskania, pochodzących ze źródeł, z których dochód podlega zwolnieniu. Nie ma zatem zastosowania do dochodów osiągniętych z działalności gospodarczej objętej zezwoleniem lub prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu. Nie budzi jednak wątpliwości, że ewidencję dotyczącą działalności prowadzonej w ramach zezwolenia lub na podstawie decyzji o wsparciu podatnik jest obowiązany prowadzić, aby możliwe było ustalenie zakresu i prawidłowości wykorzystania pomocy publicznej. Obowiązek taki można wyprowadzić z art. 12a ust. 1 ustawy o SSE oraz z art. 19 u.w.n.i. Przepisy te nakazują przedsiębiorcy prowadzenie ksiąg podatkowych, nie wymagają jednak, aby prowadzone one były odrębnie dla działalności prowadzonej na podstawie każdego zezwolenia i każdej decyzji o wsparciu. Nie wynika z nich także zakaz prowadzenia jednej ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu. Obowiązku takiego nie można wyprowadzić także z art. 17 ust. 4 u.p.d.o.p., zgodnie z którym zwolnienia podatkowe, o których mowa w ust. 1 pkt 34 i 34a, przysługują podatnikowi wyłącznie z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu. Przepis ten odnosi się do określenia przedmiotu zwolnienia (mają to być dochody uzyskane wyłącznie z działalności na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu), a nie do prowadzenia ewidencji lub sposobu rozliczania pomocy publicznej. Nie ma znaczenia w tym zakresie art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p. Nakazuje on organizacyjne wydzielenie działalności prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu od działalności gospodarczej prowadzonej przez tego przedsiębiorcę również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej określonym w zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, oraz określenie wielkość zwolnienia w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu. Również zatem ten przepis nie odnosi się do prowadzenia ewidencji dotyczącej działalności, której dochód objęty jest zwolnieniem, a jedynie wskazuje na obowiązek wydzielenia organizacyjnie takiej jednostki i uwzględniania tylko jej kosztów i przychodów przy obliczaniu wielkości pomocy publicznej. Nie można także wyprowadzić obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwoleń i na podstawie decyzji o wsparciu z art. 12 ust. 2 ustawy o SSE i art. 13 ust. 6 u.w.n.i. Oba te przepisy nie odnoszą się do sposobu dokumentowania przychodów i kosztów ich uzyskania, a do sposobu rozliczenia pomocy publicznej (jej wielkości i właściwego wykorzystania, zgodnie z zezwoleniem albo decyzją o wsparciu). Jednocześnie art. 12 ust. 2 ustawy o SSE i art. 13 ust. 6 u.w.n.i nakazują wykorzystanie pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydawania zezwolenia lub decyzji o wsparciu, jeżeli w odniesieniu do danego przedsiębiorcy wydano więcej niż jedno zezwolenie lub decyzję o wsparciu. Nie nakazują one jednak rozdzielnego jej obliczenia i wykorzystywania pomocy przyznanej odrębnie na podstawie różnych zezwoleń lub decyzji równolegle, ale sekwencyjnie, według kolejności ich wydania. Po wejściu w życie u.w.n.i. zezwolenia na działanie w SSE zachowały ważność w zakresie i przez czas w nich określony (art. 40 ust. 2 u.w.n.i). Możliwe zatem było prowadzenie działalności gospodarczej przez jednego przedsiębiorcę na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu, a nadto dotyczyć one mogły tego samego rodzaju działalności i na tym samym terenie (np. poprzez zwiększenie zdolności produkcyjnej zakładu – art. 2 pkt 1 lit. a u.w.n.i). Ustawodawca zachował zasadę, przyjętą w odniesieniu do przedsiębiorców prowadzących działalność tylko na podstawie więcej niż jednego zezwolenia albo tylko na podstawie więcej niż jednej decyzji o wsparciu, stanowiąc w art. 13 ust. 7 u.w.n.i, że w przypadku gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej na podstawie decyzji o wsparciu oraz na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy o SSE, dla rozliczenia łącznej pomocy publicznej przyznanej temu przedsiębiorcy przepis ust. 6 stosuje się odpowiednio. Odpowiednio zatem należy stosować zasadę o rozliczeniu pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania zezwoleń i decyzji o wsparciu. Przepis ten potwierdza prawidłowość tezy, że w takim przypadku nie ma potrzeby prowadzenia dwóch odrębnych ewidencji. Mimo odmiennych zasad obliczania limitu pomocy publicznej udzielonej z tytułu działalności w SSE i na terenie objętym decyzją o wsparciu, sposób obliczania dochodu, który podlega zwolnieniu w ramach przyznanej pomocy publicznej jest taki sam. Nie budzi przy tym wątpliwości, że ewidencja prowadzona przez przedsiębiorcę ma pozwolić zarówno na określenie dochodu, jak i na przypisanie go do działalności prowadzonej na terenie SSE lub terenie objętym decyzją o wsparciu. W orzecznictwie przyjęto za prawidłowy pogląd, zgodnie z którym rozliczanie pomocy następuje zgodnie z chronologią wydanych zezwoleń, przy uwzględnieniu dochodu ustalanego łącznie z całej działalności gospodarczej prowadzonej przez podatnika na terenie specjalnej strefy ekonomicznej w oparciu o wszystkie posiadane przez niego zezwolenia, aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych zezwoleń, bez konieczności przyporządkowania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach (por. wyrok NSA z 14 czerwca 2023 r., o sygn. akt II FSK 2872/20. W wyroku z 19 lipca 2016 r., sygn. akt II FSK 1849/14 (publ. CBOSA), NSA stwierdził, że w przypadku, gdy podatnik prowadzi działalność gospodarczą na terenie jednej specjalnej strefy ekonomicznej (na obszarze jednego województwa) na podstawie kilku zezwoleń, to podatnikowi przysługuje prawo do sumowania przysługujących na ich podstawie limitów pomocy publicznej (niezależnie od zakresu przedmiotowego tych zezwoleń). Istotne jest bowiem wyłącznie to, aby zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. działalność prowadzona była w określonym miejscu (na terenie jednej SSE) i w ramach uzyskanego zezwolenia.

4.5. Naczelny Sąd Administracyjny podziela argumentację, że uregulowanie dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Świadczy o tym treść art. 13 ust. 7 u.w.n.i., regulującego sytuację, gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie wydanych zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu. Organ wskazuje, że odmienny wniosek można wyprowadzać z treści art. 13 ust. 8 u.w.n.i. Według tego przepisu rozliczenie pomocy publicznej przyznanej przedsiębiorcy na podstawie decyzji o wsparciu ma zastosowanie wyłącznie do decyzji, w ramach której rozpoczęto inwestycję, w oparciu o którą jest prowadzona działalność gospodarcza. Z tego przepisu wynika jedynie zakaz rozliczania pomocy publicznej z uwzględnieniem inwestycji, które nie są objęte decyzją o wsparciu obejmującą nową inwestycję w rozumieniu art. 2 pkt 1 u.w.n.i., w oparciu o którą jest prowadzona działalność gospodarcza. Przepis ten nie jest sprzeczny z art. 13 ust. 6 i art. 13 ust. 7 u.w.n.i. i nie pozbawia rzeczywistego, wcześniej omówionego, znaczenia tych przepisów. Organ nie kwestionował prawa prowadzenia jednej wspólnej ewidencji i chronologicznego rozliczania pomocy publicznej w przypadku posiadania kilku zezwoleń na działalność w strefie. Organ nie zauważa jednak, że wywód w tym zakresie stanowił punkt wyjścia do dalszych wniosków, a mianowicie, że takie same zasady znajdą zastosowanie w przypadku podmiotu dysponującego zezwoleniami strefowymi i decyzją o wsparciu, z zastrzeżeniem, że nie prowadzi on działalności również poza strefą i poza miejscem wskazanym w decyzji o wsparciu. Dokonując wykładni unormowania z art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. w brzmieniu obowiązującym przed i po 31 grudnia 2021 r. należy zauważyć, że przepis ten w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2021 r. przewidywał zwolnienie całości dochodu z działalności objętej decyzją o wsparciu, czyli obejmował dochody zarówno z dotychczasowej działalności, jak i z nowej inwestycji, o ile były to dochody z działalności określonej w decyzji o wsparciu. Zgodnie zaś z zapisem obowiązującym od 1 stycznia 2022 r. zwolnieniem objęte są dochody podatników z działalności gospodarczej osiągnięte z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu i uzyskane na terenie określonym w tej decyzji. Nowelizacja art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. dokonana począwszy od 1 stycznia 2022 r., mocą której przepis ten otrzymał następujące brzmienie: "Wolne od podatku są dochody podatników, z zastrzeżeniem ust. 4-6d, z działalności gospodarczej osiągnięte z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. z 2020 r. poz. 1752), i uzyskane na terenie określonym w tej decyzji o wsparciu, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami", miała charakter normatywny (por. np. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 3 sierpnia 2023 r., sygn. akt II FSK 199/21, publ. CBOSA). Wcześniejsza treść art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. nie wskazuje, aby zamiarem ustawodawcy było uzależnienie przyznania zwolnienia od wykazania istnienia ścisłych związków pomiędzy dotychczasową a nową inwestycją (por. np. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 21 czerwca 2023 r., sygn. akt II FSK 61/21). o wsparciu i podnoszoną zasadą ochrony praw nabytych i pewności prawa. Z tych powodów na podstawie art.184 p.p.s.a. należało oddalić skargę kasacyjną organu podatkowego jako całkowicie nieuzasadnioną.

4.6. Odnosząc się natomiast do skargi kasacyjnej Spółki, to podzielić należy jej pogląd co do prowadzenia jednej ewidencji. Spółka nie zgadza się natomiast z uzasadnieniem wyroku Sądu meriti w którym stwierdził on, że istnieje podstawa prawna, która nakłada na przedsiębiorców obowiązek dokonywania wydzielenia organizacyjnego działalności prowadzonej na podstawie zezwoleń i decyzji o wsparciu jak również wyodrębnienia wyniku podatkowego osiągniętego w ramach poszczególnych projektów inwestycyjnych objętych różnymi zezwoleniami czy decyzją o wsparciu, ale odnoszące się do różnych obszarów. W ocenie Spółki obowiązujące przepis nie nakładają obowiązku wyodrębnienia organizacyjnego w odniesieniu do działalności zwolnionej na podstawie posiadanych zezwoleń i z tytułu decyzji o wsparciu. Sąd meriti podzielił pogląd Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 15 lutego 2022 r., sygn. akt II FSK 1233/19 zgodnie z którym według przyjętych w ustawie o SSE założeń nie jest (nie było) dla ustawodawcy obojętne, w jaki sposób i jak szybko będą realizowane cele, dla których utworzono strefę, przez podmioty uzyskujące zezwolenia na działanie właśnie w danej strefie. Możliwość rozliczania pomocy publicznej powinna zatem być związana z konkretną (daną, jak mówi przepis) strefą, a nie tylko z faktem położenia stref w jednym województwie, mającym ten sam poziom dopuszczalnej pomocy publicznej. Dopiero wejście w życie ustawy z 10 maja 2018 r. o wsparciu nowych inwestycji (Dz.U. z 2018 r. poz. 1162) zmieniło zasady przyznawania pomocy regionalnej. Jak wynika z uzasadnienia projektu tej ustawy (druk Sejmu VIII Kadencji nr 2307, publ. na stronie internetowej https://www.sejm.gov.pl/Sejm8.nsf/druk.xsp?nr=2307) wprowadzono nowy mechanizm udzielania przedsiębiorcom wsparcia w podejmowaniu nowych inwestycji na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, całkowicie odchodząc od ograniczeń terytorialnych dotyczących możliwości uzyskania wsparcia w formie zwolnienia od podatku dochodowego. W przeciwieństwie do rozwiązań przewidzianych w ustawie o SSE ograniczonych do inwestycji realizowanych w konkretnych lokalizacjach, o wsparcie przewidziane w ustawie będą mogli ubiegać się przedsiębiorcy z terenu całego kraju, niezależnie od miejsca prowadzonej działalności gospodarczej. Zgodnie z art. 1 tej ustawy przewidziane w niej narzędzie wsparcia będzie miało zastosowanie do nowych inwestycji realizowanych na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej z zachowaniem warunku przeznaczenia terenów. Ma to zlikwidować długotrwałą i obciążającą przedsiębiorcę i administrację publiczną procedurę zmiany granic SSE oraz ograniczenie obszarów, na których można było uzyskać wsparcie. Zmiana przepisów i cel wprowadzenia nowych rozwiązań wskazuje na to, że do jej wejścia w życie zwolnienie podatkowe, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., dotyczyło odrębnie dochodu uzyskiwanego w poszczególnych SSE, bez możliwości łączenia dochodu zwolnionego uzyskanego w różnych SSE i chronologicznie na podstawie zezwoleń wydawanych na działanie w więcej niż jednej strefie. Pogląd ten przeniósł następnie na sytuacje, gdy przedsiębiorca prowadzi działalność gospodarczą zarówno o zezwolenie (zezwolenia) strefowe jak i decyzję o wsparciu nowej inwestycji, ale odnoszących się do różnego obszaru, czyli, gdy nowa inwestycja prowadzona jest poza obszarem danej SSE, w której przedsiębiorca prowadzi działalność na podstawie zezwolenia. W tym zakresie należy wyjaśnić, że zgodnie z art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p. w przypadku prowadzenia przez przedsiębiorcę działalności gospodarczej również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej określonym w zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, działalność prowadzoną na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu wydziela się organizacyjnie, a wielkość zwolnienia określa się w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu. Ten element uzasadnienia nie może jednak przesadzać o skuteczności zarzutów skargi kasacyjnej dotyczących naruszenia art. 141 § 1 p.p.s.a., gdyż zgodnie z art. 174 pkt 2 p.p.s.a. naruszenie przepisów postępowania dla swej skuteczności powinno mieć istotny wpływ na wynik sprawy, czego nie można w sprawie stwierdzić. Przez "wpływ", o którym mowa na gruncie przywołanego przepisu, rozumieć należy istnienie związku przyczynowego pomiędzy uchybieniem procesowym stanowiącym przedmiot zarzutu skargi kasacyjnej, a zaskarżonym orzeczeniem sądu pierwszej instancji, który to związek przyczynowy nie musi być realny, jednak musi uzasadniać istnienie hipotetycznej możliwości odmiennego wyniku sprawy (por. np. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 lipca 2021 r., sygn. akt II GSK 1414/18 oraz z 19 listopada 2024 r., sygn. akt II FSK 295/22, publ. CBOSA). Sąd pierwszej instancji wskazał jaki stan faktyczny przyjmuje za podstawę rozstrzygnięcia i uzasadnił swoje stanowisko co do oceny zgodności z prawem ocenianej interpretacji, odnosząc się przy tym do poszczególnych zarzutów skargi. Okoliczność, że strona skarżąca kasacyjnie nie zgadza się z tak wydanym rozstrzygnięciem nie może natomiast stanowić podstawy do stawiania skutecznych – w rozumieniu art. 141 § 4 p.p.s.a. – zarzutów procesowych skargi kasacyjnej. Ewentualna wadliwość argumentacji bądź prezentowanie przez stronę innego poglądu niż wskazany w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku nie stanowi o naruszeniu art. 141 § 4 p.p.s.a. (por. m.in. wyrok NSA z 20 marca 2013 r., sygn. akt II FSK 2230/13). Zauważyć wypada, że w świetle art. 184 p.p.s.a. in fine skarga kasacyjna jest bezzasadna także wówczas, gdy samo orzeczenie jest zgodne z prawem, a błędne jest jedynie jego uzasadnienie. Dotyczy to np. przypadku, kiedy uzasadnienie prawidłowego orzeczenia jest błędne tylko w części (zob. wyrok NSA z 9 grudnia 2016 r., II OSK 682/15). Uwzględnienie zatem zarzutu naruszenia komentowanego przepisu może mieć miejsce wówczas, gdy wskazywana wada uzasadnienia jest na tyle poważna, że może to mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a samo uchybienie musi uniemożliwiać kontrolę instancyjną zaskarżonego wyroku (por. wyrok NSA z 26 maja 2017 r., sygn. akt I FSK 1741/15, publ. CBOSA).

4.7. Jak wynika już z wcześniejszych rozważań dotyczących bezzasadności skargi kasacyjnej Organu interpretującego podzielić należy zasadność zarzutów naruszenia prawa materialnego podniesionych w skardze kasacyjnej Spółki. Tym samym przyjąć należy, że Skarżąca nie jest zobowiązana do odrębnego ustalania osiągniętego dochodu lub poniesionej straty (za dany rok podatkowy) w odniesieniu do zezwoleń i co do decyzji o wsparciu, także w odniesieniu do różnych miejsc, na których prowadzi ona działalność na podstawie zezwolenia strefowego oraz decyzji o wsparciu. Zgodnie z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. podatnicy tego podatku są obowiązani do prowadzenia ewidencji rachunkowej, zgodnie z odrębnymi przepisami, w sposób zapewniający określenie wysokości dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy, a także do uwzględnienia w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych informacji niezbędnych do obliczenia wysokości odpisów amortyzacyjnych zgodnie z przepisami art. 16a-16m. Przy ustalaniu podstawy opodatkowania w podatku dochodowym od osób prawnych (jak i przy ustalaniu straty podatkowej) nie uwzględnia się przychodów i kosztów ze źródeł przychodów położonych na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej lub za granicą, jeżeli dochody z tych źródeł nie podlegają opodatkowaniu lub są wolne od podatku (art. 7 ust. 3 pkt 1, 2a i 3 u.p.d.o.p.). Na podstawie tego przepisu Skarżąca ma jedynie obowiązek wyodrębnić przychody i koszty z działalności, z której dochody są zwolnione z podatku. Przepisy nie nakładają jednak obowiązku prowadzenia odrębnej ewidencji w odniesieniu do przychodów i kosztów z działalności objętej zezwoleniami strefowymi i decyzją o wsparciu, ani zakazu wykorzystywania limitu pomocy zgodnie z kolejnością wydawanych zezwoleń i decyzji o wsparciu. Obowiązek taki istnieje, ale w przypadku prowadzenia przez przedsiębiorcę działalności gospodarczej również poza obszarem strefy lub objętym decyzją o wsparciu. W myśl z art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p., w przypadku prowadzenia przez przedsiębiorcę działalności gospodarczej również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej, określonym w zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, działalność prowadzoną na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu wydziela się organizacyjnie, a wielkość zwolnienia określa się w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu. Z przepisu tego wynika, że skoro podatnik prowadzi działalność na terenie strefy i poza tym na terenie określonym w decyzji o wsparciu, nie ma obowiązku wyodrębniania organizacyjnego, o którym mowa w powołanych przepisach, w odniesieniu do działalności zwolnionej na podstawie posiadanych zezwoleń i z tytułu decyzji o wsparciu. W orzecznictwie wyrażono prawidłowy pogląd, zgodnie z którym rozliczanie pomocy następuje zgodnie z chronologią wydanych zezwoleń, przy uwzględnieniu dochodu ustalanego łącznie z całej działalności gospodarczej prowadzonej przez podatnika na terenie specjalnej strefy ekonomicznej w oparciu o wszystkie posiadane przez niego zezwolenia, aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych zezwoleń, bez konieczności przyporządkowania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach (por. cytowany powyżej wyrok NSA o sygn. akt II FSK 2872/20). Uregulowanie dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Świadczy o tym treść art. 13 ust. 7 u.w.n.i., regulujący sytuację, gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie wydanych zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu. Odmiennego wniosku jak już wskazano nie można wyprowadzać z treści art. 13 ust. 8 u.w.n.i. Według tego przepisu rozliczenie pomocy publicznej przyznanej przedsiębiorcy na podstawie decyzji o wsparciu ma zastosowanie wyłącznie do decyzji, w ramach której rozpoczęto inwestycję, w oparciu o którą jest prowadzona działalność gospodarcza. Z tego przepisu wynika jedynie zakaz rozliczania pomocy publicznej z uwzględnieniem inwestycji, które nie są objęte decyzją o wsparciu obejmującą nową inwestycję w rozumieniu art. 2 pkt 1 u.w.n.i., w oparciu o którą jest prowadzona działalność gospodarcza. Przepis ten nie jest sprzeczny z art. 13 ust. 6 i art. 13 ust.7 u.w.n.i. i nie pozbawia rzeczywistego, wcześniej omówionego, znaczenia tych przepisów. Podkreślić jeszcze raz należy, że ewidencja prowadzona przez przedsiębiorcę ma pozwolić zarówno na określenie dochodu, jak i na przypisanie go do działalności prowadzonej na terenie SSE lub terenie objętym decyzją o wsparciu, czyli w zakresie obydwu zwolnień, o których stanowi art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34 a u.p.d.o.p.

4.8. Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny oddalił też skargę kasacyjną Spółki na podstawie art. 184 in fine p.p.s.a., gdyż orzeczenie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Rzeszowie mimo błędnego uzasadnienia odpowiada prawu. Jednocześnie wyrażenie przez Naczelny Sąd Administracyjny w uzasadnieniu wyroku innej oceny prawnej niż przez Sąd pierwszej instancji powoduje, iż ocena ta będzie wiążąca dla organu podatkowego tak, jak ocena prawna, o której mowa w art. 153 p.p.s.a.

4.9. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 p.p.s.a. zasądzając je na rzecz Spółki. Z uwagi na redakcję art. 204 pkt 1 i 2 p.p.s.a. brak było podstaw do zasądzenia zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego wywołanego skargą kasacyjną Skarżącej.

jeszcze 4825 słów

Przeczytaj pełną treść uzasadnienia

Widzisz ~30% uzasadnienia. Zaloguj się lub załóż konto, aby przeczytać całość.

Zaloguj się Wypróbuj za darmo

Szukasz podobnych spraw?

QuickMap AI przeszukuje 2,87 mln dokumentów podatkowych i zwraca dopasowane orzeczenia z analizą linii orzeczniczej.

Wypróbuj za darmo