Uzasadnienie
Wyrokiem z dnia 9 kwietnia 2025 r., sygn. I SA/Wr 759/24, Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu po rozpoznaniu skargi A S.A. z siedzibą w W. (dalej jako: "Spółka") na postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 21 sierpnia 2024 r., nr 0114-KDIP2-1.4010.552.2018.6.JS/MR1/PP, w przedmiocie stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej, uchylił zaskarżone postanowienie i poprzedzające je postanowienie tego organu z dnia 19 czerwca 2024 r., nr 0114-KDIP2-1.4010.552.2018.5.JS/MR1, oraz orzekł o kosztach postępowania.
Tekst wskazanego wyroku wraz z uzasadnieniem (a także innych orzeczeń sądów administracyjnych przywołanych poniżej) dostępny jest w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych pod adresem: http://orzeczenia.nsa.gov.pl.
Zaskarżony wyrok zapadł w następujących okolicznościach faktycznych i prawnych.
W dniu 8 marca 2019 r. Dyrektor KIS wydał interpretację indywidualną nr 0114-KDIP2-1.4010.552.2018.2JS, w której uznał stanowisko Spółki w zakresie ustalenia czy:
1. prace realizowane przez Spółkę w ramach projektów spełniają definicję działalności badawczo-rozwojowej, która uprawnia do skorzystania z ulgi, o której mowa w art. 18d ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (pytanie nr 1):
a) w części dotyczącej zadań realizowanych w ramach prac polegających na wdrożeniu zmierzającym do komercjalizacji projektu, modułu, funkcjonalności - za nieprawidłowe;
b) w części dotyczącej działalności badawczo-rozwojowej, o której mowa w art. 4a pkt 26- 28 ustawy - za prawidłowe;
2. za koszty kwalifikowane (w myśl art. 18d ust. 1 pkt 1 i la) należy uznać należności ze stosunku pracy w myśl art. 12 ust. 1 oraz art. 13 pkt 8 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (pytanie nr 2):
a) w części, w której pracownicy/współpracownicy faktycznie wykonują zadania w ramach realizacji prac B+R - za prawidłowe;
b) w części, w której pracownicy/współpracownicy faktycznie nie wykonują zadań w ramach realizacji prac B+R, lecz wykonują zadania polegające na wdrożeniu zmierzającym do komercjalizacji projektu, modułu, funkcjonalności - za nieprawidłowe;
3. za koszty kwalifikowane w myśl art. 18d ust. 3 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych należy uznać odpisy od środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, wykorzystywanych w ramach prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej (pytanie nr 2) - za prawidłowe.
Minister Finansów wydał interpretację ogólną z dnia 13 lutego 2024 r., nr DD8.8203.1.2021, dotyczącą możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika.
Dyrektor KIS stwierdził wygaśnięcie ww. interpretacji indywidualnej z dnia 8 marca 2019 r., z uwagi na niezgodność z interpretacją ogólną Ministra Finansów z dnia 13 lutego 2024 r.
Organ odwołał się do treści art. 14e § 3 i art. 14e § 1a pkt 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2023 r. poz. 2383, dalej jako: "o.p."), wskazując, że przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują ani zmiany, ani wygaszania interpretacji w części i w przypadku, gdy interpretacja w części jest niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów, należy ją wygasić w całości. Dotyczy to wygaszania wszystkich interpretacji indywidualnych. Organ podatkowy podkreślił, że w sytuacji gdy stan faktyczny (zdarzenie przyszłe) przedstawiony we wniosku odpowiada zagadnieniu będącemu przedmiotem interpretacji ogólnej wydanej w takim samym stanie prawnym, a rozstrzygnięcie co do zakresu oraz sposobu stosowania przepisów prawa podatkowego w interpretacji indywidualnej jest niezgodne, nawet w niewielkiej części z interpretacją ogólną, to zachodzi podstawa do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w tym trybie, a obowiązujące przepisy nie dają podstaw do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jedynie w części. Szef KAS może zmienić interpretację, jeśli stwierdzi jej nieprawidłowość (w domyśle nieprawidłowa jest cała interpretacja, choćby nawet w części organ interpretacyjny miał rację), a jego decyzja poprzedzona jest analizą wniosku wnioskodawcy oraz analizą i weryfikacją interpretacji wydanej przez organ interpretacyjny. Wobec tego, w sytuacji gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zakresów, a jeden z nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej – interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości. Odnosząc się do argumentów Spółki, iż nie zadała ona pytania o możliwość zaliczenia do kosztów kwalifikowanych wynagrodzeń pracowników i współpracowników za czas nieobecności w pracy, Dyrektor KIS wskazał, że co prawda pytanie nr 2 wniosku dotyczące zaliczenia kosztów projektów ponoszonych przez Spółkę do kosztów ulgi było ogólne, to jednak kwestia ta znalazła swój wyraz w stanie faktycznym wniosku, a następnie stała się przedmiotem oceny organu zawartej w uzasadnieniu interpretacji indywidualnej.