Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
2.1. Skarga kasacyjna podlega oddaleniu.
Stosownie do art. 182 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny może rozpoznać na posiedzeniu niejawnym skargę kasacyjną od postanowienia wojewódzkiego sądu administracyjnego kończącego postępowanie w sprawie. Znajdując podstawę do zastosowania powołanego przepisu, Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznał skargę kasacyjną na posiedzeniu niejawnym, nie uwzględniając przy tym wniosku strony skarżącej o rozpoznanie sprawy na rozprawie.
2.2. Istota rozpoznawanej sprawy sprowadza się do tego, czy czynność dotycząca zawiadomienia podatnika o niespełnieniu przez niego warunków do opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek, stanowi czynność z zakresu administracji publicznej, o których mowa w art. 3 § 2 pkt 4 p.p.s.a. i tym samym podlega kontroli sądów administracyjnych. Stosownie do treści art. 3 § 1 p.p.s.a. sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Zakres tej kontroli sprecyzowany został w art. 3 § 2 p.p.s.a., zgodnie z którym kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na: 1) decyzje administracyjne; 2) postanowienia wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także na postanowienia rozstrzygające sprawę co do istoty; 3) postanowienia wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie, z wyłączeniem postanowień wierzyciela o niedopuszczalności zgłoszonego zarzutu oraz postanowień, przedmiotem których jest stanowisko wierzyciela w sprawie zgłoszonego zarzutu; 4) inne niż określone w pkt 1 – 3 akty lub czynności z zakresu administracji publicznej dotyczące uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa, z wyłączeniem aktów lub czynności podjętych w ramach postępowania administracyjnego określonego w ustawie z dnia 14 czerwca 1960 r. – Kodeks postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2025 r. poz. 1691), postępowań określonych w działach IV, V i VI ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111), postępowań, o których mowa w dziale V w rozdziale 1 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2025 r. poz. 1131, 1423, 1820 i 1863), oraz postępowań, do których mają zastosowanie przepisy powołanych ustaw; 4a) pisemne interpretacje przepisów prawa podatkowego wydawane w indywidualnych sprawach, opinie zabezpieczające i odmowy wydania opinii zabezpieczających, opinie w sprawie opodatkowania wyrównawczego, opinie zabezpieczające w sprawie opodatkowania wyrównawczego i odmowy wydania opinii zabezpieczających w sprawie opodatkowania wyrównawczego; 4b) opinie, o których mowa w art. 119zzl § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa, i odmowy wydania tych opinii; 5) akty prawa miejscowego organów jednostek samorządu terytorialnego i terenowych organów administracji rządowej; 6) akty organów jednostek samorządu terytorialnego i ich związków, inne niż określone w pkt 5, podejmowane w sprawach z zakresu administracji publicznej; 7) akty nadzoru nad działalnością organów jednostek samorządu terytorialnego; 8) bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania w przypadkach określonych w pkt 1 – 4 lub przewlekłe prowadzenie postępowania w przypadku określonym w pkt 4a; 9) bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania w sprawach dotyczących innych niż określone w pkt 1 – 3 aktów lub czynności z zakresu administracji publicznej dotyczących uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa podjętych w ramach postępowania administracyjnego określonego w ustawie z dnia 14 czerwca 1960 r. – Kodeks postępowania administracyjnego oraz postępowań określonych w działach IV, V i VI ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa oraz postępowań, do których mają zastosowanie przepisy powołanych ustaw.
Ponadto sądy administracyjne orzekają także w sprawach sprzeciwów od decyzji wydanych na podstawie art. 138 § 2 ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. – Kodeks postępowania administracyjnego (art. 3 § 2a p.p.s.a.) oraz w sprawach, w których przepisy ustaw szczególnych przewidują sądową kontrolę, i stosują środki określone w tych przepisach (art. 3 § 3 p.p.s.a.).
2.3. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego Sąd I instancji prawidłowo uznał, że zaskarżona czynność organu nie podlega kognicji sądu administracyjnego. W uzasadnieniu uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 4 lutego 2008 r. sygn. akt I OPS 3/07 stwierdzono, że o akcie lub czynności w rozumieniu art. 3 § 2 pkt 4 p.p.s.a., na który może być wniesiona skarga do sądu administracyjnego, można mówić wówczas, gdy akt (czynność) podjęty jest w sprawie indywidualnej, skierowany jest do oznaczonego podmiotu administrowanego, dotyczy uprawnienia lub obowiązku tego podmiotu, zaś samo uprawnienie lub obowiązek, którego akt (czynność) dotyczy, są określone w przepisie prawa powszechnie obowiązującego. W przepisie art. 3 § 2 pkt 4 p.p.s.a. nie chodzi o prawo do załatwienia sprawy w trybie postępowania administracyjnego, lecz o zindywidualizowane w przepisie prawa w odniesieniu do konkretnego podmiotu uprawnienie albo obowiązek, które może on wykonywać samodzielnie, korzystając w tym zakresie z ochrony prawnej. Źródłem tego uprawnienia są zatem przepisy prawa materialnego, a nie procesowego. Uwzględniając znaczenie konsekwencji wynikających z cech konstytuujących akty lub czynności, o których jest mowa w art. 3 § 2 pkt 4 p.p.s.a., nie sposób jest więc twierdzić, że zaskarżona czynność cechy te posiada, a co za tym idzie, że odpowiada wskazanej formule działania, która wymaga istnienia stosunku administracyjnego (wynikającego z niego uprawnienia lub obowiązku), którego źródłem jest wykonywana przez organ administracji norma prawna, stosunek ten kreujący. Czynność ta nie posiada cech rozstrzygnięcia sprawy administracyjnej ani w znaczeniu procesowym, ani materialnym. Pod pojęciem "sprawa administracyjna" rozumie się sprawę powstałą wskutek żądania udzielenia jednostce uprawienia albo wszczęcia z urzędu postępowania bezpośrednio w celu ograniczenia, cofnięcia uprawnienia administracyjnego lub nałożenia, zwolnienia, ograniczenia lub rozszerzenia obowiązku administracyjnego bądź potwierdzenia uprawnienia lub obowiązku, które wynikają z mocy samego prawa. Natomiast rozstrzygnięciem sprawy administracyjnej jest takie działanie organu administracji publicznej, które podejmowane jest bezpośrednio w celu wywołania skutku prawnego i wywołujące ten skutek przez bezpośrednie władcze ukształtowanie sytuacji prawnej jednostki bądź prawem wymagane potwierdzenie uprawnień lub obowiązków. Chociaż ze względu na użyte w art. 3 § 2 pkt 4 p.p.s.a. kryteria, trudno dokładnie scharakteryzować wymienioną w nim kategorię działań administracji publicznej, to z całą pewnością można jednak powiedzieć, że są to akty lub czynności, które: a) mają charakter władczy, chociaż nie mają charakteru decyzji lub postanowienia, te bowiem są zaskarżalne na podstawie art. 3 § 2 pkt 1 – 3 p.p.s.a.; b) są podejmowane w sprawach indywidualnych; c) mają charakter publicznoprawny, ponieważ tylko w tym zakresie działalność administracji została poddana kontroli sądów administracyjnych; d) dotyczą uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisu prawa, co oznacza, że musi istnieć ścisły i bezpośredni związek między działaniem (zaniechaniem określonego działania) organu administracji, a możliwością realizacji uprawnienia (obowiązku) wynikającego z przepisu prawa przez podmiot niepowiązany organizacyjnie z organem wydającym dany akt lub podejmującym daną czynność. W tej mierze szczególnego podkreślenia wymaga to, że akty lub czynności, o których mowa w art. 3 § 2 pkt 4 p.p.s.a. podejmowane są poza postępowaniem jurysdykcyjnym z właściwą mu formą decyzji lub postanowienia, co oznacza, że odpowiadają formule, nie tyle stosowania prawa, co jego wykonywania, a więc formule wykonawczej, która wyraża się w urzeczywistnianiu (realizacji) dyspozycji normy prawnej kreującej konkretny (a więc już istniejący) stosunek administracyjny i wynikające z niego uprawnienie lub obowiązek (por.: Z. Kmieciak, Glosa do uchwały składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 4 lutego 2008 r. sygn. akt I OPS 3/07, publ. OSP 2008, z. 5, poz. 51, s. 350 – 351).
2.4. Stanowisko to znajduje potwierdzenie w utrwalonym orzecznictwie sądów administracyjnych, w którym wskazuje się, że pisma organów administracji publicznej mające charakter informacyjny, nawet jeżeli zawierają ocenę sytuacji prawnej strony, nie stanowią aktów ani czynności podlegających zaskarżeniu do sądu administracyjnego, gdyż nie mają cech władczego rozstrzygnięcia i nie kształtują bezpośrednio sytuacji prawnej adresata. Ochrona praw podatnika realizowana jest w takim przypadku dopiero w ramach kontroli decyzji podatkowej wydanej w toku właściwego postępowania, w której organ w sposób wiążący określa jego sytuację prawnopodatkową. Do czasu wydania decyzji nie ma natomiast aktu, który w sposób władczy wyłączałby Skarżącą z opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek. Nie zmienia powyższej oceny fakt, że w treści zawiadomienia zawarto pouczenie o możliwości wniesienia skargi do sądu administracyjnego. Błędne pouczenie organu nie może kreować prawa do zaskarżenia aktu, który nie spełnia ustawowych przesłanek dopuszczalności skargi. Nie można zgodzić się z argumentacją skargi kasacyjnej, że zaskarżone pismo organu kształtuje sytuacją prawną Spółki, gdyż przesądza o braku możliwości zastosowania przez nią wybranej formy opodatkowania. Jak wyjaśniono powyżej pismo to ma wyłącznie charakter informacyjny i nie ma charakteru władczego.
2.5. Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 p.p.s.a. oddalił skargę kasacyjną.