4. Powyższy wyrok organ zaskarżył w całości skargą kasacyjną, zarzucając na podstawie art. 173 § 1 i § 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r.- Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm. - zwanej dalej: P.p.s.a.) naruszenie:
1) art. 5 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2021 r. poz. 1540 ze zm., dalej: O.p.) w zw. z art. 5a pkt 28 lit. c) w zw. z art. 30a ust. 1 pkt 4 w zw. z ust. 6a oraz art. 41 ust. 4e) u.p.d.o.f. (w wersji z Dz. U. z 2021 r. poz. 1128 ze zm. przez błędną wykładnię i w konsekwencji niewłaściwą ocenę co do zastosowania przepisu prawa i przyjęcie, że spółka komandytowa jako płatnik podatku dochodowego od osób fizycznych z tytułu wypłaty zaliczek na poczet zysku komplementariusza, nie jest zobowiązana do poboru podatku od tychże wypłaconych w trakcie roku podatkowego zaliczek, gdyż do obliczenia wysokości podatku konieczne jest określenie wysokości podatku dochodowego spółki, który będzie znany po zakończeniu roku podatkowego, gdyż wtedy dopiero skonkretyzuje się zobowiązanie podatkowe podatnika, podczas gdy wypłacając komplementariuszowi w trakcie roku podatkowego zaliczki na poczet zysku, spółka nie ma obowiązku pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego, o którym mowa w art. 30a ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.f.
W skardze kasacyjnej zawarto wnioski o uchylenie w całości zaskarżonego wyroku i rozpoznanie skargi przez jej oddalenie, ewentualnie o uchylenie w całości zaskarżonego wyroku i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Sądowi pierwszej instancji a także zasądzenie na rzecz organu interpretacyjnego zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego, w tym kosztów zastępstwa procesowego, nieprzeprowadzanie rozprawy.
. W odpowiedzi na skargę kasacyjną Spółka podtrzymała swoje dotychczasowe stanowisko w sprawie i wniosła o oddalenie skargi kasacyjnej, zasądzenie od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego, w tym kosztów zastępstwa procesowego, nieprzeprowadzanie rozprawy.
Wobec zgodnego wniosku stron sprawę skierowano na posiedzenie niejawne.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Skarga kasacyjna nie ma usprawiedliwionych podstaw i dlatego podlega oddaleniu.
5. Jak wskazał Sąd pierwszej instancji – sporne zagadnienie było wielokrotnie przedmiotem wypowiedzi Naczelnego Sądu Administracyjnego (np. wyrok NSA z dnia 8 października 2025 r., II FSK 95/23, gdzie podobne pytania jak w niniejszej sprawie zadała spółka komandytowa).
Istota sporu sprowadza się do ustalenia, czy spółka komandytowa jako płatnik, wypłacając komplementariuszowi w trakcie roku podatkowego zaliczkę na poczet zysku, zobowiązana jest w tym samym roku do pobrania zryczałtowanego podatku dochodowego od osób fizycznych. Jeżeli zaś taki obowiązek istnieje, to w jaki sposób powinna zostać obliczona wysokość tego podatku. Należy stwierdzić, że stanowisko Sądu pierwszej instancji, jak i wspierająca je argumentacja, są prawidłowe i nie naruszają wskazanych w skardze kasacyjnej przepisów prawa materialnego.
Obowiązek pobrania zryczałtowanego podatku od wypłat zysku komplementariuszowi przez spółkę komandytową jako płatnika nałożony został w art. 41 ust. 4e u.p.d.o.f. Jednoznacznie wynika z niego, że pobór zryczałtowanego podatku powinien nastąpić z uwzględnieniem zasad określonych w art. 30a ust. 6a-6e. Ustawodawca wprost zatem wskazał w jaki sposób płatnik powinien obliczyć podatek. Nie wymaga szerszego uzasadnienia, że aby pobrać podatek od podatnika, płatnik powinien wcześniej dokonać jego prawidłowego obliczenia. Wobec powyższego spółka komandytowa chcąc pobrać zryczałtowany podatek od wypłat komplementariuszowi udziału w zysku, powinna go wyliczyć z uwzględnieniem zasad przewidzianych w powyższym przepisie. Jak wynika z art. 30a ust. 6a u.p.d.o.f. zryczałtowany podatek obliczony zgodnie z ust. 1 pkt 4, od przychodów uzyskiwanych przez komplementariusza z tytułu udziału w zyskach spółki, o której mowa w art. 5a pkt 28 lit. c), pomniejsza się o kwotę odpowiadającą iloczynowi procentowego udziału komplementariusza w zysku tej spółki i podatku należnego od dochodu tej spółki, obliczonego zgodnie z art. 19 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, za rok podatkowy, z którego przychód z tytułu udziału w zysku został uzyskany. Naczelny Sąd Administracyjny w pełni podziela pogląd Sądu pierwszej instancji, że wykładnia językowa omawianego przepisu daje jednoznaczne rezultaty i brak jest podstaw do sięgania po inne rodzaje wykładni. Zasadnie stwierdzono w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku, że art. 30a ust. 6a u.p.d.o.f. nie tylko zawiera sformułowanie "podatku należnego" ale także "podatku za rok podatkowy". Podatek należny w odniesieniu do roku podatkowego oznacza, że ustawodawca przyjął, iż odliczenie od zryczałtowanego podatku naliczonego od przychodu komplementariusza z tytułu udziału w zysku podatku należnego zapłaconego przez Spółkę odnosi się do roku podatkowego, z którego przychód z tytułu udziału w zysku został uzyskany. Skoro art. 30a ust. 6a u.p.d.o.f. odnosi się do podatku należnego obliczonego według art. 19 u.p.d.o.p., to znaczy, że chodzi wyłącznie o zaliczenie na poczet podatku zryczałtowanego od przychodów komplementariusza z tytułu udziału w zysku podatku dochodowego od osób prawnych mającego odzwierciedlenie, czy też wynikającego z zeznania rocznego. Wobec tego jeżeli do obliczenia wysokości podatku od komplementariusza, zgodnie z art. 30a ust. 6a u.p.d.o.f., konieczne jest poznanie wysokości podatku należnego, to obowiązek podatkowy komplementariusza powstały z chwilą wypłaty mu zaliczki na poczet udziału w zyskach, przekształci się w zobowiązanie podatkowe w momencie obliczenia dochodu tej spółki na podstawie art. 19 u.p.d.o.p. Dopiero wówczas znana będzie wysokość podatku do zapłaty przez komplementariusza. W konsekwencji w tym momencie płatnik będzie mógł zrealizować swój obowiązek w postaci obliczenia podatku, zaś w dalszej kolejności pobrania go i wpłacenia właściwemu organowi podatkowemu. Tylko w taki sposób płatnik zrealizuje wynikający z art. 41 ust. 4e u.p.d.o.f. obowiązek pobrania podatku z uwzględnieniem zasad określonych w art. 30a ust. 6a-6e u.p.d.o.f. Wypłacając komplementariuszom w trakcie roku podatkowego zaliczki na poczet zysku, spółka komandytowa nie ma obowiązku pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego, o którym mowa w art. 30a ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.f. Ustawodawca w zakresie tego podatku nie wprowadził obowiązku pobierania zaliczek przez płatnika, zaś obliczenie wysokości podatku powinno odbywać się według zasad określonych w art. 30a ust. 6a u.p.d.o.f. Jest to natomiast możliwe dopiero po obliczeniu podatku należnego spółki komandytowej za rok podatkowy, z którego przychód z tytułu udziału w zysku został uzyskany. Taki sposób odczytania wzajemnej relacji pomiędzy art. 41 ust. 4e a art. 30a ust. 1 pkt 4 oraz 6a-6e u.p.d.o.f. odpowiada prezentowanemu przez Spółkę zamiarowi projektodawcy, zmierzającemu do zakazu podwójnego opodatkowania zysku komplementariusza spółki komandytowej. Wprowadzenie do art. 41 ust. 4e u.p.d.o.f. sformułowania, że pobór podatku ma następować przez płatnika z uwzględnieniem zasad określonych w art. 30a ust. 6a-6e oznacza, że zamiar projektodawcy znalazł odzwierciedlenie w tekście ustawy podatkowej. Ustawodawca nie wprowadził w przypadku zaliczkowej wypłaty zysku komplementariuszowi, obowiązku pobierania przez Spółkę komandytową zaliczek na podatek. Powyższa wykładnia mających zastosowanie w sprawie przepisów prawa podatkowego prowadzi do wniosku, że stanowisko Sądu pierwszej instancji było prawidłowe.
6. Skarga kasacyjna podlega oddaleniu na postawie art. 184 P.p.s.a. O zasądzeniu zwrotu kosztów postępowania orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2, art. 205 § 2, art. 209 P.p.s.a.