W skardze kasacyjnej podlegającej rozpoznaniu w niniejszej sprawie Skarżąca podniosła w pierwszym z zarzutów naruszenie przepisów prawa materialnego przez ich niewłaściwą wykładnię oraz nieprawidłowe zastosowanie, tj. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) ustawy o podatkach i opłatach lokalnych w zw. z art. 4 pkt 1 u.t.k. w zw. z art. 107 ust. 1 i art. 108 ust. 1, 2 i 3 TFUE poprzez bezpodstawne uznanie, że w odniesieniu do posiadanych przez spółkę gruntów, przez które przebiega infrastruktura kolejowa w rozumieniu przepisów u.t.k., nie może mieć zastosowania zwolnienie z opodatkowania podatkiem od nieruchomości, z uwagi na ocenę, że przyznanie zwolnienia stanowiłoby niedozwoloną pomoc publiczną, a w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie art. 107 ust. 1 TFUE w zw. z art. 108 ust. 1, 2 i 3 TFUE, które wynika również z błędnej ich wykładni, bowiem w rozpatrywanej sprawie nie występował podmiot powołujący się na bezpośredni skutek zakazu przyznawania pomocy, o którym mowa w art. 108 ust. 3, a zatem brak było podstaw do bezpośredniego zastosowania art. 108 ust. 3 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej.
Ponadto w zarzutach naruszenia przepisów prawa materialnego Skarżąca podniosła naruszenie:
b) art. 113 TFUE, bowiem zgodnie z tym przepisem podatek od nieruchomości jako podatek majątkowy nie jest objęty dyrektywami harmonizacyjnymi; harmonizacją objęte są tylko podatki obrotowe, akcyza i inne podatki pośrednie w zakresie, w jakim harmonizacja ta jest niezbędna do zapewnienia, ustanowienia i funkcjonowania rynku wewnętrznego oraz uniknięcia zakłóceń konkurencji; w pozostałym zakresie państwa członkowskie zachowują swobodę polityki fiskalnej i sposobu ustalania obciążeń podatkowych;
c) art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. w związku z art. 7 ustawy z dnia 2 kwietnia 1997 r. Konstytucja Rzeczypospolitej Polskiej (Dz. U. z 1997 r., Nr 78, poz. 483) oraz art. 120 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2021 r. poz. 1540), poprzez bezpodstawną odmowę zastosowania powszechnie obowiązujących przepisów prawa;
d) dokonanie błędnej i niedozwolonej wykładni prawotwórczej przepisu art. 7 ust. 1 lit. a) u.p.o.l. poprzez sformułowanie dodatkowych, niewynikających z przedmiotowego przepisu przesłanek (związanych z pomocą publiczną) koniecznych do zwolnienia infrastruktury kolejowej z opodatkowania podatkiem od nieruchomości.
Naczelny Sąd Administracyjny zauważa, że zagadnienie dotyczące kwalifikowania zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., w ramach pomocy publicznej było przedmiotem rozstrzygnięcia wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 29 kwietnia 2025 r. C-453/23, (zob. www.eur-lex.europa.eu, Dz.U.UE.C.2025/3242).
W wyroku tym Trybunał Sprawiedliwości uznał, że artykuł 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści.
Przy czym należy jednakowoż zauważyć, że Trybunał Sprawiedliwości, stwierdzając, że przedmiotowe zwolnienie określone w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia, wskazał także na dokonywanie weryfikacji przez sąd odsyłający. Trybunał bowiem w punkcie 74 uzasadnienia stwierdził, że: "W konsekwencji, z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd odsyłający, z całości powyższych rozważań wynika, że przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) ustawy o podatkach i opłatach lokalnych zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia.".
Trzeba równocześnie zauważyć, że dokonując wykładni tego zwolnienia podatkowego, z uwzględnieniem przesłanek wynikających z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., w stanie adekwatnym do rozpoznawanej sprawy, nie sposób pominąć tego, że prawodawca w konstrukcji tego zwolnienia posługuje się stosunkowo szerokim sformułowaniem normatywnym, tj. "grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym". Biorąc zatem pod uwagę wskazany kształt normatywny tego zwolnienia, w odniesieniu do kluczowych w rozpoznawanej sprawie gruntów, chodzi o takie grunty, które jedynie wchodzą w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przywołanych regulacji z zastosowaniem warunku dotyczącego udostępniania infrastruktury kolejowej przewoźnikom kolejowym. Ustawodawca nie wypowiada się zatem wprost w kwestii zakresu gruntów, które w pewnym uproszczeniu pozostają w określonej relacji do tej infrastruktury w takim sensie, że relacja ta ma uzasadniać przyjęcie danego obszaru tych gruntów jako podlegającego zwolnieniu podatkowemu. Godzi się bowiem zauważyć, że w stanie prawnym obowiązującym do końca 2016 r., na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. normodawca zwalniał od podatku od nieruchomości budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym oraz zajęte pod nie grunty, jeżeli zarządca infrastruktury jest obowiązany do jej udostępniania licencjonowanym przewoźnikom kolejowym. We wskazanym stanie prawnym, ustawodawca zatem wprost wskazywał na grunty zajęte pod budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej.
Analizując więc zakres tego zwolnienia ustawowego w podatku od nieruchomości nie sposób pominąć tego, że jest to jeden z elementów konstrukcji podatku, który jest kwalifikowany w doktrynie jako zwolnienie systemowe, a zatem wyłączające pewne podmioty z opodatkowania lub zawężające zakres przedmiotowy opodatkowania (R. Mastalski, Prawo podatkowe, Warszawa 2019, s. 54.). Nie wskazanie zatem przez prawodawcę sposobu doprecyzowania tego zwolnienia systemowego może powodować istotne obawy o zachowanie właściwej relacji pomiędzy tym elementem konstrukcji prawnej podatku a przedmiotem opodatkowania odnoszącym się do gruntu stosownie do art. 2 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. Nie może bowiem dochodzić do sytuacji, gdy poprzez ustalenie zakresu zwolnienia podatkowego gruntów z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. w rezultacie dojdzie do pominięcia ustawowego określenia, odnoszącego się do przedmiotu opodatkowania zgodnie z art. 2 ust. 1 pkt 1 tej ustawy. Przedmiot opodatkowania określony ustawowo stanowi bowiem wyjściowy element konstrukcji podatku.
Godzi się przy tym zauważyć, że zagadnienie dotyczące zakresu zastosowania tego zwolnienia jest podejmowane w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego. W wyroku z 13 lutego 2020 r., sygn. akt II FSK 2187/18 Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że w stanie prawnym od 01.01.2017 r. zwolnieniu na gruncie art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. podlega powierzchnia całej działki ewidencyjnej, nawet jeżeli tylko w części jest zajęta przez infrastrukturę kolejową. Podobnie stanowisko przyjął Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 22 kwietnia 2022 r., sygn. akt III FSK 506/21, stwierdzając, że zwolnieniu na gruncie art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. podlega powierzchnia całej działki ewidencyjnej, nawet jeżeli tylko w części jest zajęta przez infrastrukturę kolejową.
Z kolei w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 20 sierpnia 2025 r., sygn. akt III FSK 3/22, wydanym już po wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 29 kwietnia 2025 r. C-453/23, przyjęto, że tylko wówczas, gdy z ustalonego stanu faktycznego jednoznacznie wynika, że wymieniony w nim preferowany podatkowo obiekt budowlany zajmuje grunt obejmujący całą działkę geodezyjną, dopuszczalne jest objęcie takiej działki zakresem zwolnienia od podatku od nieruchomości jako infrastruktury kolejowej, spełniającej kryteria z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. Ujęcie w załączniku nr 1 poz. 12 ustawy o transporcie kolejowym "gruntów oznaczonych jako działki ewidencyjne, na których znajdują się elementy wymienione w pkt 1-11", w powiązaniu z regulacją art. 2 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. oraz w związku z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., a także art. 2 ust. 3 pkt 4 tej ustawy, nie pozwala zatem na przyjęcie, że w każdym przypadku taka działka ewidencyjna będzie w całości objęta zwolnieniem albo wyłączeniem z opodatkowania podatkiem od nieruchomości (zob. również uchwała siedmiu sędziów NSA z 29.09.2021 r., sygn. akt III FPS 1/21, wyrok NSA z 21.06.2023 r., sygn. akt III FSK 1111/22).
Oznacza to zatem, że zagadnienie dotyczące zakresu gruntów podlegających temu zwolnieniu jest kluczowe z punktu widzenia możliwości jego zastosowania w stanie prawnym adekwatnym dla rozpoznawanej sprawy. Ma ono bowiem nie tylko uzasadnienie w wykładni językowej zwrotów użytych w konstrukcji art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., ale także uzasadnienie systemowe, tj. z uwzględnieniem relacji pomiędzy przedmiotem opodatkowania dotyczącym gruntów a zwolnieniem ustawowym.
Nie sposób bowiem pominąć tego, że w treści tej regulacji stanowiącej podstawę zwolnienia podatkowego normodawca wskazuje m.in. na grunty, które kwalifikuje poprzez warunek, iż wchodzą w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym. Odesłanie do infrastruktury kolejowej a zatem również do zał. Nr 1 do u.t.k. nakazuje uwzględnić elementy infrastruktury kolejowej określone w tym załączniku, a zatem nie tylko te, które odnoszą się do przedmiotowych kabli TKM (pkt 5 zał.), ale także wskazanie w poz. 12 gruntów, oznaczonych jako działki ewidencyjne, na których znajdują się elementy wymienione w pkt 1-11. Przy czym konieczne staje się stwierdzenie, czy treść tego odesłania w ramach zwolnienia podatkowego, jako elementu konstrukcji podatku pozwala na zastosowanie określenia z poz. 12 załącznika do u.t.k., tj. gruntów oznaczonych jako działki ewidencyjne, z pominięciem art. 2 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., czyli regulacji kluczowej, tj. przedmiotu opodatkowania odnoszącego się do gruntów. Godzi się bowiem podkreślić, że w ramach sformułowania odnoszącego się do gruntów jako przedmiotu opodatkowania, normodawca nie posługuje się dodatkowym doprecyzowaniem, poprzez wskazanie na pojęcie działki ewidencyjnej. Stąd też rozważenia wymaga, czy w ramach ustalenia zakresu zwolnienia podatkowego istnieje możliwość oparcia się wyłącznie na sformułowaniu z poz. 12 zał. do u.t.k., z pominięciem kluczowego wyrażenia art. 2 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. W konsekwencji Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 187 § 1 p.p.s.a. postanowił odroczyć rozpoznanie sprawy i przedstawić do rozstrzygnięcia składowi siedmiu sędziów tego Sądu zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości, tj.:
"czy sformułowanie ustawowe zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (tj. Dz. U. z 2017 r., poz. 1785 ze zm.), zgodnie z którym "zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym", stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017–2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia cały obszar tych gruntów, czy też ich część, która została faktycznie zajęta pod infrastrukturę kolejową?".