d) art. 141 § 4 p.p.s.a., przez wadliwą konstrukcję uzasadnienia i jego wewnętrzną sprzeczność będącą konsekwencją braku dostatecznego wyjaśnienia, czy skarżąca spółka spełnia kumulatywnie cztery przesłanki określone w art. 107 ust. 1 TfUE, dotyczące warunków niedozwolonej pomocy publicznej, co w konsekwencji skutkowało uznaniem art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. za niedozwoloną pomoc publiczną;
e) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a., przez jego niezastosowanie, w związku z art. 121 § 1 i art. 122, art. 180, art. 187 § 1 i art. 191 o.p., polegające na niedostrzeżeniu przez Sąd, że organy podatkowe naruszyły zasady postępowania w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy; tym samym Sąd błędnie przyjął za organem odwoławczym, że okoliczności faktyczne sprawy zostały dostatecznie wyjaśnione;
f) art. 151 p.p.s.a., przez oddalenie przez WSA w Krakowie skargi, w sytuacji gdy decyzja została wydana z naruszeniem prawa materialnego;
g) art. 2, art. 7, art. 32 ust. 1 i 2 oraz art. 64 ust. 1 i 2 Konstytucji RP, przez ich niezastosowanie, a przez to zaaprobowanie przez WSA w Krakowie działania organów podatkowych, które odmawiając skarżącej zwolnienia z podatku od nieruchomości przewidzianego ustawą, naruszają konstytucyjne zasady zaufania obywateli do państwa i stanowionego przez nie prawa, legalizmu, równego traktowania i niedyskryminacji oraz prawa własności i równej ochrony praw;
h) niewłaściwą ocenę co do zastosowania prawa materialnego, tj. art. 107 ust. 1 TfUE i art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., skutkującą arbitralnym uznaniem, że zwolnienie z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., w brzmieniu obowiązującym w latach 2017-2021, nie może znaleźć w przypadku skarżącej spółki zastosowania, gdyż stanowi niedozwoloną pomoc publiczną, o której mowa w art. 107 ust. 1 TFUE, w szczególności z uwagi na jego selektywny charakter.
2.2. Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie nie wniosło odpowiedzi na skargę kasacyjną.
3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
3.1. Skarga kasacyjna zawiera usprawiedliwione podstawy, ponieważ wyrok WSA w Krakowie nie odpowiada prawu i dlatego skarga kasacyjna podlega uwzględnieniu. Merytoryczna kwestia sporna w sprawie dotyczy uznania, czy zwolnienie przyznane na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. stanowi pomoc publiczną (pomoc państwa) i jako takie może obowiązywać bez notyfikowania i zatwierdzenia przez Komisję Europejską.
3.2. Dla rozstrzygnięcia zawisłego sporu kluczowy jest wyrok TSUE z 29.04.2025 r. w sprawie C-453/23, wydany w konsekwencji odpowiedzi na pytanie prejudycjalne zadane przez skład orzekający NSA postanowieniem z 19.04.2023 r, III FSK 3/22. Wyrokiem z 29.04.2025 r. Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej (Wielka Izba) w sprawie o sygn. C-453/23 (ECLI:EU:C:2025:285), orzekł, że "Artykuł 107 ust. 1 TfUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści".
Trybunał Sprawiedliwości w przytoczonym orzeczeniu przesądził wprawdzie zgodność – co do zasady – przewidzianej w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. ulgi podatkowej z art. 107 ust. 1 TfUE, to jednak posłużenie się w tym orzeczeniu zwrotem "nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle [...], stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści", prowadzi do wniosku, że Trybunał uwzględnia możliwość zaistnienia sytuacji, w których taka selektywna korzyść, zakłócająca lub mogąca zakłócać konkurencję wystąpi.
Potwierdzeniem tego toku rozumowania jest chociażby akapit 61 ww. wyroku, w którym wskazano, że do sądu odsyłającego należy zbadanie, czy art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., który zwalnia z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, może przyznawać selektywną korzyść przedsiębiorstwom korzystającym z tego zwolnienia w rozumieniu art. 107 ust. 1 TfUE. Gdyby sąd odsyłający doszedł do wniosku, że zwolnienie będące przedmiotem postępowania głównego przysparza selektywnej korzyści, nasunie się wówczas pytanie, czy zwolnienie to spełnia przesłankę wspomnianą w pkt 36 ww. wyroku Trybunału Sprawiedliwości, zgodnie z którą rozpatrywany środek musi zakłócać konkurencję lub grozić jej zakłóceniem (por. akapit 75 uzasadnienia ww. wyroku).
Wymaga podkreślenia, że według Trybunału Sprawiedliwości nie trzeba wykazywać rzeczywistego zakłócenia konkurencji, lecz jedynie zbadać, czy środek ten może zakłócać konkurencję (akapit 76 uzasadnienia ww. wyroku). To do sądu odsyłającego należy dokonanie oceny, czy zwolnienie to w świetle jego ogólnych cech zakłóca konkurencję lub grozi jej zakłóceniem, bez konieczności badania przez ten sąd indywidualnej sytuacji każdego przedsiębiorstwa (akapit 79 uzasadnienia ww. wyroku).
3.3. Mając na uwadze powyższe wskazania wyroku Trybunału Sprawiedliwości z 29.04.2025 r. w sprawie C-453/23, skład orzekający NSA w sprawie o sygn. III FSK 1020/23 postanowieniem z 2.09.2025 r. postanowił na podstawie art. 187 § 1 p.p.s.a. przedstawić do rozstrzygnięcia składowi siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego budzące poważne wątpliwości zagadnienie prawne następującej treści: Czy sformułowanie ustawowe zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., zgodnie z którym "zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym", stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017-2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia cały obszar tych gruntów, czy też ich część, która została faktycznie zajęta pod infrastrukturę kolejową?
W dniu 8.12.2025 r. Naczelny Sąd Administracyjny podjął w sprawie o sygn. III FPS 3/25 następującą uchwałę: Sformułowanie zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., zgodnie z którym "zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym", stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017-2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia jedynie tych części gruntu, które zostały zajęte pod budynki i budowle tworzące infrastrukturę kolejową (usytuowane na obszarze kolejowym)".
W ww. uchwale za usprawiedliwiony został uznany pogląd, że objęcie całej działki ewidencyjnej gruntu zwolnieniem podatkowym, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., oznacza przyznanie beneficjentom zwolnienia od podatku selektywnej korzyści, mogącej zakłócać konkurencję, w sytuacji gdy tylko na fragmencie tego gruntu zlokalizowane (posadowione) zostały budynki lub budowle zaliczane do infrastruktury kolejowej udostępnianej przewoźnikom kolejowym, jest ona w całości zaliczana do gruntów przedsiębiorcy związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej, w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l., a inni przedsiębiorcy dysponujący, jako podatnicy podatku od nieruchomości, podobnymi gruntami, lecz pozbawionymi infrastruktury kolejowej, obowiązani są uiszczać podatek od całego gruntu wg najwyższych stawek.
W analizowanym kontekście istotne jest pojęcie drogi kolejowej, która obejmuje zasadniczo budowle (tor lub tory), a inne elementy (budynki, grunty) o tyle, o ile są one z nimi funkcjonalnie połączone. Element funkcjonalny odnieść należy także do gruntów wskazanych w pkt 12 załącznika nr 1 do u.t.k. "Grunty, oznaczone jako działki ewidencyjne, na których znajdują się elementy wymienione w pkt 1-11" stanowią zatem infrastrukturę kolejową wtedy, gdy zgodnie z wprowadzeniem do załącznika nr 1 do u.t.k. "tworzą część linii kolejowej, bocznicy kolejowej lub innej drogi kolejowej, lub są przeznaczone do zarządzania nimi, obsługi przewozu osób lub rzeczy, lub ich utrzymania" oraz te części gruntu, które są niezbędne do obsługi wskazanej infrastruktury kolejowej. Zasadny zatem jest wniosek, że uznanie w ustawie o transporcie kolejowym za element infrastruktury kolejowej całej działki ewidencyjnej gruntu, ze względu na to, że chociaż na ich części znajduje się infrastruktura kolejowa, bez względu na to, do jakich celów jest wykorzystywana pozostała ich część, nie przesądza o tym, czy faktycznie cała działka ewidencyjna będzie korzystała ze zwolnienia, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l.
Za powierzchnię, która związana jest z preferowaną przez prawodawcę funkcją/przeznaczeniem (jest zajęta na obiekty budowlane wchodzące w skład infrastruktury kolejowej), uznać należy grunty, na których zlokalizowane zostały obiekty wymienione w pkt 1-11 załącznika nr 1 do u.t.k., powiększone o obszar koniecznej obsługi tychże obiektów, jak też części gruntu, które z uwagi na istniejącą infrastrukturę kolejową nie mogą być wykorzystane ze względów prawnych do realizacji innych celów. Powierzchnia ta niekoniecznie zatem odpowiadać musi faktycznym granicom geodezyjnym działki gruntu. Kluczowe znaczenie dla ustalenia obszaru gruntów zajętych na infrastrukturę kolejową w powyżej przedstawionym znaczeniu, mogą mieć takie dowody, jak mapy sporządzone przez uprawnionego geodetę z wyraźnym wskazaniem linii odgraniczających te części działki, które wykorzystywane są na preferowany cel podatkowy. Kwestia ta zresztą będzie musiała być w analogiczny sposób rozwiązana w ramach aktualnego stanu prawnego, tj. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., w brzmieniu obowiązującym od 1.01.2022 r.
Zdaniem składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego, jeżeli części gruntu, na których zlokalizowana jest infrastruktura kolejowa, nie pokrywają się z granicami działek określonymi w ewidencji gruntów i budynków, z ulgi podatkowej, o której mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., może korzystać ta część działki, która wiąże się z realizacją preferowanego celu podatkowego. W razie wątpliwości, o zakresie zwolnienia przesądza stan faktyczny.
3.4. Konkludując, Naczelny Sąd Administracyjny w rozpatrywanej obecnie sprawie stoi na stanowisku, że skarżąca błędnie została pozbawiona możliwości skorzystania ze zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. Organy podatkowe, a w ślad za nimi Sąd pierwszej instancji w sposób nieuzasadniony przyjęli, że ww. zwolnienie ma charakter pomocy publicznej poprzez przyznawanie selektywnej korzyści oraz zakłócenie konkurencji, co doprowadziło organ interpretujący do błędnego wniosku, że pomoc w tej formie nie może być, zgodnie z klauzulą zawieszającą, stosowana. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, zachodziła możliwość dokonania oceny ww. zwolnienia z podatku od nieruchomości w kontekście przesłanek pomocy publicznej w postępowaniu związanym z wydaniem interpretacji indywidualnej, z uwzględnieniem przedstawionego stanu faktycznego i właściwych ram prawnych. Jak podkreślone zostało w ww. uchwale, jeżeli części gruntu, na których zlokalizowana jest infrastruktura kolejowa, nie pokrywają się z granicami działek określonymi w ewidencji gruntów i budynków, z ulgi podatkowej, o której mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., może korzystać ta część działki, która wiąże się z realizacją preferowanego celu podatkowego, zaś w razie wątpliwości o zakresie zwolnienia przesądza stan faktyczny.
3.5. W świetle ww. argumentacji Naczelny Sąd Administracyjny uwzględnił zarzuty skargi kasacyjnej dotyczące naruszenia ww. przepisów prawa materialnego. Skoro zarzuty naruszenia przepisów prawa materialnego, sformułowane przez skarżącą w skardze kasacyjnej, są trafne, to w konsekwencji zasadne są także będące ich pochodną zarzuty naruszenia przepisów postępowania.
W sytuacji gdy istota sprawy została dostatecznie wyjaśniona, działając na podstawie art. 188 i art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny uchylił w całości zaskarżony wyrok oraz kwestionowaną decyzję organu odwoławczego.
O kosztach postępowania sądowego (za dwie instancje) orzekł na podstawie art. 200, art. 203 pkt 1 oraz art. 205 § 2 w związku z art. 207 § 2 i art. 209 p.p.s.a., dokonując miarkowania zwrotu kosztów zastępstwa procesowego w postępowaniu kasacyjnym. Niniejsza sprawa o sygn. III FSK 1020/23 została rozpoznana wraz z innymi sprawami skarżącej (zob. wyroki NSA z 12.03.2026 r.: III FSK 1021/23, III FSK 1022/23 oraz III FSK 1023/23), w której wystąpiły analogiczne stany faktyczne i prawne, a także w której sporządzono zasadniczo tożsame skargi oraz skargi kasacyjne. Zważywszy na nakład pracy, jaki w związku z tym obciążał pełnomocnika skarżących, Naczelny Sąd Administracyjny uznał za uzasadnione, na podstawie art. 207 § 2 p.p.s.a., częściowe odstąpienie od zasądzenia należnego wynagrodzenia doradcy podatkowego w postępowaniu kasacyjnym.
sędzia WSA (del.) Agnieszka Olesińska sędzia NSA Stanisław Bogucki sędzia NSA Bogusław Woźniak