Szczegółowe regulacje w zakresie określenia właściwości miejscowej organu podatkowego znajdują się w art. 12 i art. 13 u.p.c.c. W niniejszej sprawie istotny jest przepis art. 12 ust. 1 pkt 2 u.p.c.c., zgodnie z którym organem podatkowym właściwym miejscowo w sprawach podatku od czynności cywilnoprawnych od umów, których przedmiotem są rzeczy znajdujące się na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej lub prawa majątkowe wykonywane w kraju, jest od przeniesienia własności rzeczy lub praw majątkowych, innych niż wymienione w pkt 1 (tj. nieruchomości, własnościowego spółdzielczego prawa do lokalu mieszkalnego, spółdzielczego prawa do lokalu użytkowego oraz wynikających z przepisów prawa spółdzielczego: prawa do domu jednorodzinnego i prawa do lokalu w małym domu mieszkalnym, prawa do miejsca postojowego w garażu wielostanowiskowym lub prawa użytkowania wieczystego), oraz od pozostałych umów - naczelnik urzędu skarbowego właściwy ze względu na miejsce zamieszkania lub siedzibę podatnika, a w przypadku gdy obowiązek zapłaty ciąży solidarnie na kilku podmiotach - naczelnik urzędu skarbowego właściwy ze względu na miejsce zamieszkania lub siedzibę jednego z tych podmiotów.
Właściwość miejscowa organu podatkowego jest ściśle powiązana z momentem dokonania czynności cywilnoprawnej. Zgodnie z art. 3 ust. 1 pkt 1 u.p.c.c. obowiązek podatkowy w przypadku umowy sprzedaży powstaje z chwilą dokonania czynności cywilnoprawnej. Tym samym właściwym miejscowo pozostaje urząd, który obejmował swoim działaniem obszar, w którym znajdowało się miejsce zamieszkania bądź siedziba podatnika w momencie zrealizowania transakcji. Późniejsza zmiana miejsca zamieszkania bądź siedziby podatnika dokonana po zrealizowaniu czynności cywilnoprawnej pozostaje bez wpływu na określenie właściwości urzędu skarbowego.
W sprawie nie było sporne, że mając na uwadze siedzibę skarżącej, właściwym miejscowo w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych od umów sprzedaży zawartych w okresie od 2 stycznia 2017 r. do 27 kwietnia 2017 r. był Naczelnik Urzędu Skarbowego Wrocław-[...], a od 28 kwietnia 2017 r. do 14 grudnia 2017 r. - Naczelnik Urzędu Skarbowego Wrocław-[...].
Nie było też sporne, że skarżąca w 2017 r. była objęta właściwością tzw. "wyspecjalizowanego urzędu skarbowego". Skarżąca została zaliczona do kategorii podatników obsługiwanych przez Naczelnika Dolnośląskiego Urzędu Skarbowego we Wrocławiu na podstawie przepisów ustawy z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych.
Zgodnie z art. 5 ust. 9 u.u.i.s. właściwość miejscową naczelników urzędów skarbowych i dyrektorów izb skarbowych określa się według terytorialnego zasięgu działania odpowiednio urzędu skarbowego i izby skarbowej, z uwzględnieniem ust. 9a. Z kolei zgodnie z art. 5 ust. 9a ww. ustawy, terytorialny zasięg działania określonego urzędu skarbowego wyłącznie w zakresie niektórych kategorii podatników, wykonywania niektórych zadań określonych w ust. 6 (w tym ustalanie lub określanie i pobór podatków oraz niepodatkowych należności budżetowych, jak również innych należności, na podstawie odrębnych przepisów, z wyjątkiem podatków i należności budżetowych, których ustalanie lub określanie i pobór należy do innych organów) może obejmować terytorialny zasięg działania innych urzędów skarbowych. W art. 5 ust. 9b tej ustawy wskazano kryteria, na podstawie których możliwe jest wyznaczenie terytorialnego zasięgu działania określonego urzędu skarbowego zgodnie z ust. 9a, zaś w art. 5 ust. 9c przewidziano delegację ustawową dla ministra właściwego do spraw finansów publicznych w porozumieniu z ministrem właściwym do spraw administracji publicznej do określenia, w drodze rozporządzenia, terytorialnego zasięgu działania oraz siedziby naczelników urzędów i dyrektorów izb skarbowych z uwzględnieniem zasady określonej w ust. 9a i 9b oraz potrzeby właściwego zorganizowania wykonywania zadań, zwłaszcza z zakresu poboru podatków oraz sprawnej obsługi podatnika. Zgodnie z pozycją nr 1 załącznika 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 19 listopada 2003 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib naczelników urzędów skarbowych i dyrektorów izb skarbowych (t.j. Dz.U. z 2013 r. poz. 1441) Naczelnik Dolnośląskiego Urzędu Skarbowego we Wrocławiu był właściwy na terenie województwa dolnośląskiego dla podatników określonych w art. 5 ust. 9b u.u.i.s.
Powyższe rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 19 listopada 2003 r. obowiązywało do 28 lutego 2017 r. Następnie w art. 11 ust. 4 uKAS przewidziano, że w odniesieniu do niektórych kategorii podatników i płatników o istotnym znaczeniu gospodarczym lub społecznym, w szczególności wykonujących określony rodzaj działalności gospodarczej lub osiągających określoną wysokość przychodu netto w rozumieniu przepisów o rachunkowości, zadania mogą być wykonywane przez naczelnika urzędu skarbowego innego niż właściwy miejscowo.
Od 1 marca 2017 r. do 31 grudnia 2020 r. obowiązywało rozporządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 24 lutego 2017 r. w sprawie niektórych podatników i płatników, w odniesieniu do których zadania są wykonywane przez naczelnika urzędu skarbowego innego niż właściwy miejscowo (Dz.U. z 2017 r. poz. 437 ze zm.). Rozporządzenie to wydano na podstawie art. 11 ust. 6 uKAS. Określało ono kategorię podatników z siedzibą w województwie dolnośląskim, w odniesieniu do których zadania były wykonywane przez Dolnośląski Urząd Skarbowy we Wrocławiu jako urząd inny niż właściwy miejscowo według zasad ogólnych.
Stosownie do § 7 ww. rozporządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 24 lutego 2017 r. w przypadku podatników, dla których przed dniem wejścia w życie niniejszego rozporządzenia właściwym naczelnikiem urzędu skarbowego był naczelnik urzędu skarbowego wyznaczony w zakresie niektórych kategorii podatników, właściwym pozostaje ten naczelnik urzędu skarbowego. Ponadto w § 8 tego rozporządzenia wskazano kryteria zaliczenia w 2018 r. do kategorii, o której mowa w § 2 ust. 1 pkt 7 lit. a, a więc podatników i płatników, o istotnym znaczeniu gospodarczym lub społecznym, w odniesieniu do których zadania są wykonywane przez naczelnika urzędu skarbowego innego niż właściwy miejscowo, a które w roku podatkowym osiągnęły przychód netto ze sprzedaży towarów, wyrobów i usług o równowartości w walucie polskiej co najmniej 5 mln euro. Natomiast w § 8 ust. 3 przewidziano warunki wyłączenia w roku 2019 z tej kategorii podatników, tj. na podstawie danych za 2016 r. i 2017 r., a w przypadku gdy rok podatkowy nie pokrywa się z rokiem kalendarzowym na podstawie danych za ostatni rok podatkowy, który zakończył się w odpowiednio w 2016 r. i 2017 r.
Powyższe przepisy wprowadzały tzw. wyspecjalizowane organy podatkowe do załatwiania wszystkich spraw podatników (spełniających określone warunki), w tym obowiązków podatnika podatku od czynności cywilnoprawnych. Określenie przez ustawodawcę cech podmiotów, które uzasadniają objęcie ich szczególną właściwością miejscową miało wymiar wyłącznie praktyczny, w sensie zapewnienia lepszej obsługi podatkowej tych podmiotów oraz skuteczniejszego wyegzekwowania dyscypliny podatkowej tych podmiotów, nie wpływało natomiast na ich sytuację prawną. Wyspecjalizowane urzędy skarbowe są bowiem organami podatkowymi równorzędnego szczebla z innymi urzędami. Przepisy u.u.i.s. i uKAS nie modyfikowały właściwości rzeczowej organów podatkowych, a jedynie właściwość miejscową. Tzw. duże urzędy skarbowe, zgodnie z terytorialnym zasięgiem ich działania, załatwiały wszystkie sprawy podatkowe podatników określonych w art. 5 ust. 9b u.u.i.s., o ile spełniali oni kryteria przewidziane w ustawie, które określały zarówno wymogi objęcia ich szczególną właściwością miejscową, jak i przesłanki wyłączenia z tej kategorii podatników.
Jak ustalono, spółka spełniła warunki, o których stanowi art. 5 ust. 9a u.u.i.s. i została od 1 stycznia 2013 r. zaliczona do podatników, w odniesieniu do których, zadania były wykonywane przez naczelnika urzędu skarbowego innego niż właściwy miejscowo, tj. podatników pozostających we właściwości naczelnika wyspecjalizowanego urzędu skarbowego. Natomiast wyłączenie spółki z kategorii podatników "obsługiwanych" przez Naczelnika Dolnośląskiego Urzędu Skarbowego we Wrocławiu, na podstawie § 8 pkt 3 rozporządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 24 lutego 2017 r., nastąpiło 31 grudnia 2018 r.
Tym samym w 2017 r., czyli w czasie gdy dokonywano czynności cywilnoprawnych, których dotyczy wniosek o zwrot nadpłat z 12 stycznia 2023 r., adres siedziby spółki pozostawał w obszarze właściwości miejscowej dwóch kategorii naczelników urzędów skarbowych, tj.: Naczelnika Urzędu Skarbowego Wrocław [...] (do 27 kwietnia 2017 r.) i Naczelnika Urzędu Skarbowego Wrocław-[...] (od 28 kwietnia 2017 r.), jako naczelników urzędu skarbowego ogólnie (zasadniczo) właściwego miejscowo ("zwykłego") oraz Naczelnika Dolnośląskiego Urzędu Skarbowego we Wrocławiu, jako naczelnika urzędu wyspecjalizowanego ("specjalnego").
Kluczowe znaczenie w sprawie ma fakt utraty przez skarżącą od 1 stycznia 2019 r. statusu podatnika, wobec którego zadania wykonuje "wyspecjalizowany" urząd skarbowy z uwagi na odpadnięcie szczególnych kryteriów (obniżenie przychodu poniżej ustawowego progu), które powodowały objęcie właściwością tego organu. Jak wskazano powyżej, właściwość miejscowa wyspecjalizowanego urzędu dotyczy wyłącznie podmiotów, które należą do kategorii podatników wyszczególnionych w przepisach rozporządzenia, a wcześniej u.u.i.s. Wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłat w podatku od czynności cywilnoprawnych został złożony 12 stycznia 2023 r., a więc w czasie, gdy spółka nie należała już do kategorii podatników pozostających we właściwości Naczelnika Dolnośląskiego Urzędu Skarbowego we Wrocławiu. Skoro spółka utraciła taki status, to urzędem skarbowym właściwym do procedowania w sprawie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych jest tzw. "zwykły" urząd skarbowy właściwy dla siedziby spółki w momencie dokonywania czynności cywilnoprawnej. W związku z tym, że spółka, ze względu na jej siedzibę, w okresie do 27 kwietnia 2017 r. pozostawała we właściwości miejscowej Naczelnika Urzędu Skarbowego Wrocław [...], a w okresie od 28 kwietnia 2017 r. - Naczelnika Urzędu Skarbowego Wrocław-[...], Dyrektor Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu zasadnie uznał, że w świetle art. 12 ust. 1 pkt 2 u.p.c.c. - organami podatkowymi właściwymi miejscowo w sprawie wniosku strony są właśnie te organy, tj. naczelnicy "zwykłego" urzędu skarbowego (ogólnie właściwego) - Wrocław [...] i Wrocław-[...] i będący właściwymi miejscowo ze względu na siedzibę podatnika w czasie, gdy dokonywane były czynności. Wskazane organy były co do zasady właściwe miejscowo dla spółki, a tylko ze względu na spełnianie kryteriów szczególnych, została ona zaliczona w tym czasie do takiej kategorii podatników, która pozostawała we właściwości innego niż właściwy miejscowo organ, tj. wyspecjalizowanego organu. Po ustaniu tych przesłanek, z dniem 1 stycznia 2019 r. skarżąca "wróciła" do właściwości "zwykłego urzędu skarbowego".
W związku z tym należy podzielić stanowisko, że skoro ogólnie właściwym miejscowo dla spółki w czasie dokonywania czynności cywilnoprawnych były: Naczelnik Urzędu Skarbowego Wrocław-[...], a następnie Naczelnik Urzędu Skarbowego Wrocław-[...], a obecnie spółka nie spełnia kryteriów włączających ją do właściwości wyspecjalizowanego Naczelnika Dolnośląskiego Urzędu Skarbowego we Wrocławiu, to nie ma podstaw do stwierdzenia, aby inny naczelnik urzędu skarbowego, niż właściwy miejscowo stosownie do art. 12 ust. 1 pkt 2 u.p.c.c., był właściwy do rozpoznania jej wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłat w podatku od czynności cywilnoprawnych.
Z tych względów nie zasługują na uwzględnienie zarzuty dotyczące naruszenia art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 12 ust. 1 pkt 2 u.p.c.c. w zw. z art. 5 ust. 9a u.u.i.s. w zw. z art. 11 ust. 4 i ust. 6 uKAS w zw. z § 6, § 7 i § 8 pkt 3 rozporządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 24 lutego 2017 r., jak też zarzut niewłaściwej wykładni art. 12 ust. 1 pkt 2 u.p.c.c. w zw. z § 6, § 7 i § 8 pkt 3 ww. rozporządzenia.
W świetle przedstawionych okoliczności organ odwoławczy prawidłowo przyjął, że postanowienie Naczelnika Dolnośląskiego Urzędu Skarbowego we Wrocławiu wydane zostało z naruszeniem przepisów o właściwości, co skutkowało koniecznością jego uchylenia w całości i przekazania sprawy do rozpatrzenia Naczelnikowi Urzędu Skarbowego Wrocław-[...] w zakresie umów sprzedaży zawartych w okresie od dnia 2 stycznia 2017 r. do 27 kwietnia 2017 r. oraz Naczelnikowi Urzędu Skarbowego Wrocław-[...] w zakresie umów sprzedaży zawartych w okresie od 28 kwietnia 2017 r. do 14 grudnia 2017 r.
Z tych wszystkich względów skarga kasacyjna podlega oddaleniu, o czym Naczelny Sąd Administracyjny orzekł na podstawie art. 184 p.p.s.a.
O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 1, art. 205 § 2, art. 207 § 1 i art. 209 p.p.s.a., a także § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a) w zw. z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U. z 2023 r. poz. 1935).
sędzia del. WSA Anna Sokołowska sędzia NSA Paweł Borszowski sędzia NSA Jacek Pruszyński