W oparciu o te zarzuty, autor skargi kasacyjnej wniósł o: uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania, a jeśli WSA w Gdańsku stwierdzi, że podstawy skargi kasacyjnej są oczywiście usprawiedliwione o uchylenie i ponowne rozpoznanie sprawy w ramach autokontroli wyroku. Wniósł także o zasądzenie na rzecz Spółki zwrotu kosztów sądowych, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych. Ponadto wniósł o rozpoznanie sprawy na rozprawie.
W odpowiedzi na skargę kasacyjną, pełnomocnik Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Gdańsku wniósł o jej oddalenie w całości oraz zasądzenie na rzecz organu kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych. Wniósł także o rozpatrzenie skargi kasacyjnej na rozprawie.
3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Skarga kasacyjna jest uzasadniona.
Główne zarzuty skargi kasacyjnej dotyczą przyjętego przez organy podatkowe oraz sąd pierwszej instancji stanowiska, że zwolnienie podatkowe, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., stanowi formę pomocy publicznej w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE.
Należy wskazać, że zagadnienie to było przedmiotem pytania prejudycjalnego, z którym Naczelny Sąd Administracyjny wystąpił do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej postanowieniem z 19 kwietnia 2023 r., III FSK 3/22.
W wyroku z 29 kwietnia 2025 r., C-453/23, Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej stwierdził, że: "Artykuł 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści".
Pomimo tego, że w sentencji tego wyroku został zastosowany tryb przypuszczający ("nie wydaje się, by"), to już w jego uzasadnieniu wyrażony został kategoryczny pogląd, że "z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd odsyłający (...) przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy o podatkach i opłatach lokalnych zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia." (pkt 74). W uzasadnieniu wyroku Trybunał przywołał zresztą fragmenty opinii Rzecznika Generalnego Juliane Kokott z 17 października 2024 r., w której wskazano, że państwa członkowskie w ramach przysługującej im autonomii podatkowej mogą w sposób zgodny z prawem realizować za pomocą podatków bezpośrednich, oprócz celu czysto budżetowego, jeden lub kilka innych celów, które stosownie do okoliczności stanowią razem cel właściwych ram odniesienia. Komisja dysponuje zaś szerokimi uprawnieniami dyskrecjonalnymi przy uznawaniu niektórych rodzajów pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym na podstawie art. 107 ust. 3 TFUE. Gdyby wykonywanie tych uprawnień miało obejmować wszelkie ogólne i abstrakcyjne zwolnienia podatkowe, istniałoby wówczas ryzyko, że ocena Komisji systematycznie zastępowałaby ocenę państw członkowskich w tej dziedzinie, a tym samym naruszałaby ich autonomię podatkową (pkt 51 i pkt 52 wyroku).
W uzasadnieniu ww. wyroku Trybunał Sprawiedliwości wskazał, że interwencje państw członkowskich w dziedzinach, które nie były przedmiotem harmonizacji w prawie Unii, takich jak dziedzina podatków bezpośrednich, nie są wyłączone z zakresu stosowania postanowień TFUE dotyczących kontroli pomocy państwa. Państwa członkowskie powinny zatem powstrzymać się od przyjmowania wszelkich środków podatkowych mogących stanowić pomoc państwa niezgodną z rynkiem wewnętrznym. Autonomia przyznana państwom członkowskim w dziedzinie podatków bezpośrednich oznacza także, że owe państwa mają możliwość dokonania kategoryzacji podatkowej, a w szczególności wprowadzenia zwolnień podatkowych, które uznają za najbardziej odpowiednie do realizacji zamierzonych przez nie celów leżących w interesie ogólnym, niezależnie od tego, czy cele te mają charakter podatkowy, czy też nie (pkt 48 i 51 wyroku).
W uzasadnieniu ww. wyroku Trybunał Sprawiedliwości wskazał również, że w celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać "niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów" w porównaniu z innymi, znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które można uznać za dyskryminacyjne (pkt 43). W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za "selektywny" należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli "normalny" system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie "pomocy państwa" nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się, w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (pkt 44).
Według Trybunału Sprawiedliwości, system prawny podatku od nieruchomości wynikający z polskiej ustawy o podatkach i opłatach lokalnych stanowi "normalny" system podatkowy, a w konsekwencji - ramy odniesienia mające zastosowanie w sprawie, której dotyczy pytanie prejudycjalne (pkt 62). Na ów system składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 ustawy u.p.o.l. wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63). Dalej zaś, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ww. ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii (pkt 66).
W rezultacie Trybunał Sprawiedliwości stwierdził, że przesłanka posiadania gruntu, budynku lub budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, nie wydaje się związana pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii w rozumieniu pkt 54 i 64 wyroku (pkt 65 i 66). Zdaniem Trybunału Sprawiedliwości wydaje się, że zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności. W konsekwencji wydaje się zatem, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności (pkt 67).
W nawiązaniu do rozstrzygnięcia i argumentacji zawartej w przywołanym wyroku TSUE, w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego wyrażony został pogląd, który w całości podziela skład orzekający w niniejszej sprawie, że zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. ma charakter ogólny i abstrakcyjny i nie powinno być uznane za niedozwoloną, selektywną pomoc publiczną, a przepisy dotyczące tegoż zwolnienia nie naruszają art. 107 ust. 1 TFUE. W zwolnieniu tym próżno doszukiwać się przesłanek opierających się na dyskryminujących parametrach lub uzależniających przyznanie zwolnienia od szczególnych cech przedsiębiorców będących jej beneficjentami. Ponadto, skoro zwolnienie skierowane jest do nieokreślonego kręgu adresatów, a możliwość skorzystania z niego przewidziana jest bez ograniczeń dla każdego, co jednocześnie wyklucza stwierdzenie, by było skierowane do zindywidualizowanego kręgu przedsiębiorców, sektora, regionu czy prowadzących konkretną działalność, to zasadniczo może ono dotyczyć niezliczonych stanów faktycznych, zaś dostęp do zwolnienia ma każdy przedsiębiorca, który korzysta z transportu kolejowego przy użyciu posiadanej bocznicy kolejowej. Bez znaczenia pozostaje również to, jakimi środkami finansowymi dysponują potencjalni beneficjenci. Zwolnienie to skierowane jest przy tym nie tylko do przedsiębiorców, ale do każdego podatnika, niezależnie od tego, czy prowadzi działalność gospodarczą. Zwolnienie to opiera się zatem na neutralnym kryterium, dalekim od wykorzystywania parametrów dyskryminujących. Jednocześnie omawiana instytucja, poza celem/funkcją fiskalną, wypełnia również cel o charakterze środowiskowym, polegający na motywowaniu przedsiębiorstw do remontowania nieczynnych bocznic i do korzystania z transportu kolejowego, który nie powoduje emisji dwutlenku węgla (CO2) i jest bezpieczniejszy niż transport drogowy. Nie ma zatem podstaw do stwierdzenia, że sporne zwolnienie przyznaje selektywną korzyść przedsiębiorcom będącym jego beneficjentami. Skoro dla uznania danego środka za "pomoc państwa" konieczne jest kumulatywne spełnienie czterech przesłanek, to stwierdzenie, że nie spełniono przesłanki przyznania selektywnej korzyści niweczy cel badania przesłanki zakłócenia lub zagrożenia zakłócenia konkurencji. Wobec uznania, że omawiane zwolnienie nie spełnia warunków "pomocy państwa", wykluczona zostaje również konieczność badania obowiązku notyfikacji zwolnienia (zob. wyroki NSA: z 6 sierpnia 2025 r., III FSK 1126/22; z 20 sierpnia 2025 r., III FSK 3/22).
Z tego względu w pełni zasadny jest zarzuty skargi kasacyjnej dotyczący naruszenia art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w zw. z art. 107 ust. 1 i art. 108 ust. 1, 2 i 3 TFUE. Wbrew stanowisku organów oraz sądu pierwszej instancji, zwolnienie, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., nie ma selektywnego charakteru, a przez to nie stanowi pomocy publicznej w rozumieniu art. 107 ust.1 TFUE.
Za błędnie skonstruowany, a przez to chybiony należy uznać zarzut naruszenia art. 146 § 1 p.p.s.a. w zw. z art. 120 i art. 121 § 1 o.p. Przepis art. 146 § 1 p.p.s.a. stanowi podstawę do uchylenia przez sąd aktu lub czynności, o których mowa w art. 3 § 2 pkt 4-4b p.p.s.a. W tej sprawie przedmiotem zaskarżenia nie był żaden z tych aktów ani żadna z tych czynności, lecz decyzja administracyjna, o której mowa w art. 3 § 2 pkt 1 p.p.s.a. Stąd też sąd pierwszej instancji nie mógł zastosować art. 146 § 1 p.p.s.a.
Przedwczesnym jest wypowiadanie się w kwestii naruszenia art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w zakresie zwolnienia z podatku całych działek ewidencyjnych, na których znajdują się elementy infrastruktury kolejowej. Z uzasadnienia zaskarżonego wyroku wynika, że zarówno sąd pierwszej instancji, jak i SKO w Gdańsku, nie odnosili się zarzutów dotyczących objęcia zwolnieniem całej działki ewidencyjnej. Organ odwoławczy uznał, że odmowa zastosowania w sprawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. czyni bezprzedmiotowym analizowanie przesłanek zawartych w tymże przepisie. Do kwestii tej organ będzie zatem zobowiązany odnieść się przy ponownym rozpoznaniu tej sprawy.
Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 188 oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. w zw. z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. w zw. z art. 107 ust. 1 TFUE, orzekł o uchyleniu w całości zaskarżonego wyroku oraz uchyleniu w całości zaskarżonej decyzji SKO w Gdańsku.
O kosztach postępowania sądowego (za dwie instancje) orzeczono na podstawie art. 203 pkt 1, art. 205 § 2, art. 207 § 1, art. 209 p.p.s.a., a także § 14 ust. 1 pkt 1 lit. a w zw. z § 2 pkt 7 oraz § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2023 r., poz. 1935). Na podstawie art. 206 i art. 207 § 2 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny ograniczył wysokość opłaty za zastępstwo prawne do połowy stawek za pierwszą i drugą instancję, mając na uwadze rozpoznanie na jednej rozprawie trzech spraw z udziałem tego samego pełnomocnika Spółki, w których zostały złożone jednorodne skargi oraz skargi kasacyjne (III FSK 1301/22, III FSK 1302/22, III FSK 1303/22).
SWSA(del.) Anna Sokołowska SNSA Krzysztof Winiarski SNSA Wojciech Stachurski