W oparciu o te zarzuty, autor skargi kasacyjnej wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i oddalenie skargi, ewentualnie o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Gdańsku do ponownego rozpoznania. Wniósł także o zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa według norm przepisanych. Jednocześnie na podstawie art. 176 § 2 p.p.s.a. oświadczył, że zrzeka się rozprawy.
W odpowiedzi na skargę kasacyjną, pełnomocnik Spółki wniósł o jej oddalenie oraz o zwrot kosztów postępowania kasacyjnego na rzecz Spółki. Dodatkowo wniósł o przeprowadzenie rozprawy.
3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie.
Główne zarzuty skargi kasacyjnej dotyczą przyjętego przez sąd pierwszej instancji stanowiska, że zwolnienie podatkowe, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l., nie stanowi formy pomocy publicznej w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE.
Należy wskazać, że zagadnienie to było przedmiotem pytania prejudycjalnego, z którym Naczelny Sąd Administracyjny wystąpił do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej postanowieniem z 19 kwietnia 2023 r., III FSK 3/22.
W wyroku z 29 kwietnia 2025 r., C-453/23, Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej stwierdził, że: "Artykuł 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści".
Pomimo tego, że w sentencji tego wyroku został zastosowany tryb przypuszczający ("nie wydaje się, by"), to już w jego uzasadnieniu wyrażony został kategoryczny pogląd, że "z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd odsyłający (...) przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy o podatkach i opłatach lokalnych zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia." (pkt 74). W uzasadnieniu wyroku Trybunał przywołał zresztą fragmenty opinii Rzecznika Generalnego Juliane Kokott z 17 października 2024 r., w której wskazano, że państwa członkowskie w ramach przysługującej im autonomii podatkowej mogą w sposób zgodny z prawem realizować za pomocą podatków bezpośrednich, oprócz celu czysto budżetowego, jeden lub kilka innych celów, które stosownie do okoliczności stanowią razem cel właściwych ram odniesienia. Komisja dysponuje zaś szerokimi uprawnieniami dyskrecjonalnymi przy uznawaniu niektórych rodzajów pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym na podstawie art. 107 ust. 3 TFUE. Gdyby wykonywanie tych uprawnień miało obejmować wszelkie ogólne i abstrakcyjne zwolnienia podatkowe, istniałoby wówczas ryzyko, że ocena Komisji systematycznie zastępowałaby ocenę państw członkowskich w tej dziedzinie, a tym samym naruszałaby ich autonomię podatkową (pkt 51 i pkt 52 wyroku).
W uzasadnieniu ww. wyroku Trybunał Sprawiedliwości wskazał, że interwencje państw członkowskich w dziedzinach, które nie były przedmiotem harmonizacji w prawie Unii, takich jak dziedzina podatków bezpośrednich, nie są wyłączone z zakresu stosowania postanowień TFUE dotyczących kontroli pomocy państwa. Państwa członkowskie powinny zatem powstrzymać się od przyjmowania wszelkich środków podatkowych mogących stanowić pomoc państwa niezgodną z rynkiem wewnętrznym. Autonomia przyznana państwom członkowskim w dziedzinie podatków bezpośrednich oznacza także, że owe państwa mają możliwość dokonania kategoryzacji podatkowej, a w szczególności wprowadzenia zwolnień podatkowych, które uznają za najbardziej odpowiednie do realizacji zamierzonych przez nie celów leżących w interesie ogólnym, niezależnie od tego, czy cele te mają charakter podatkowy, czy też nie (pkt 48 i 51 wyroku).
W uzasadnieniu ww. wyroku Trybunał Sprawiedliwości wskazał również, że w celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać "niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów" w porównaniu z innymi, znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które można uznać za dyskryminacyjne (pkt 43). W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za "selektywny" należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli "normalny" system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie "pomocy państwa" nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się, w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (pkt 44).
Według Trybunału Sprawiedliwości, system prawny podatku od nieruchomości wynikający z polskiej ustawy o podatkach i opłatach lokalnych stanowi "normalny" system podatkowy, a w konsekwencji - ramy odniesienia mające zastosowanie w sprawie, której dotyczy pytanie prejudycjalne (pkt 62). Na ów system składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 ustawy u.p.o.l. wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63). Dalej zaś, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ww. ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii (pkt 66).
W rezultacie Trybunał Sprawiedliwości stwierdził, że przesłanka posiadania gruntu, budynku lub budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, nie wydaje się związana pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii w rozumieniu pkt 54 i 64 wyroku (pkt 65 i 66). Zdaniem Trybunału Sprawiedliwości wydaje się, że zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności. W konsekwencji wydaje się zatem, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności (pkt 67).
W nawiązaniu do rozstrzygnięcia i argumentacji zawartej w przywołanym wyroku TSUE, w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego wyrażony został pogląd, który w całości podziela skład orzekający w niniejszej sprawie, że zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. ma charakter ogólny i abstrakcyjny i nie powinno być uznane za niedozwoloną, selektywną pomoc publiczną, a przepisy dotyczące tegoż zwolnienia nie naruszają art. 107 ust. 1 TFUE. W zwolnieniu tym próżno doszukiwać się przesłanek opierających się na dyskryminujących parametrach lub uzależniających przyznanie zwolnienia od szczególnych cech przedsiębiorców będących jej beneficjentami. Ponadto, skoro zwolnienie skierowane jest do nieokreślonego kręgu adresatów, a możliwość skorzystania z niego przewidziana jest bez ograniczeń dla każdego, co jednocześnie wyklucza stwierdzenie, by było skierowane do zindywidualizowanego kręgu przedsiębiorców, sektora, regionu czy prowadzących konkretną działalność, to zasadniczo może ono dotyczyć niezliczonych stanów faktycznych, zaś dostęp do zwolnienia ma każdy przedsiębiorca, który korzysta z transportu kolejowego przy użyciu posiadanej bocznicy kolejowej. Bez znaczenia pozostaje również to, jakimi środkami finansowymi dysponują potencjalni beneficjenci. Zwolnienie to skierowane jest przy tym nie tylko do przedsiębiorców, ale do każdego podatnika, niezależnie od tego, czy prowadzi działalność gospodarczą. Zwolnienie to opiera się zatem na neutralnym kryterium, dalekim od wykorzystywania parametrów dyskryminujących. Jednocześnie omawiana instytucja, poza celem/funkcją fiskalną, wypełnia również cel o charakterze środowiskowym, polegający na motywowaniu przedsiębiorstw do remontowania nieczynnych bocznic i do korzystania z transportu kolejowego, który nie powoduje emisji dwutlenku węgla (CO2) i jest bezpieczniejszy niż transport drogowy. Nie ma zatem podstaw do stwierdzenia, że sporne zwolnienie przyznaje selektywną korzyść przedsiębiorcom będącym jego beneficjentami. Skoro dla uznania danego środka za "pomoc państwa" konieczne jest kumulatywne spełnienie czterech przesłanek, to stwierdzenie, że nie spełniono przesłanki przyznania selektywnej korzyści niweczy cel badania przesłanki zakłócenia lub zagrożenia zakłócenia konkurencji. Wobec uznania, że omawiane zwolnienie nie spełnia warunków "pomocy państwa", wykluczona zostaje również konieczność badania obowiązku notyfikacji zwolnienia (zob. wyroki NSA: z 6 sierpnia 2025 r., III FSK 1126/22; z 20 sierpnia 2025 r., III FSK 3/22).
Z tego względu niezasadne są zarzuty skargi kasacyjnej dotyczące naruszenia art. 107 ust. 1 oraz art. 108 ust. 3 TFUE oraz art. 2 ust. 1 i art. 3 rozporządzenia Rady oraz art. 3 ustawy z dnia 30 kwietnia 2004 r. o postępowaniu w sprawach dotyczących pomocy publicznej (punkt 1 i 2).
Niezasadny jest także zarzut skargi kasacyjnej dotyczący błędnej wykładni art. 87 ust. 2 Konstrukcji. Co prawda w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku sąd przywołał całą treść art. 87 Konstytucji, to jednak nie dokonywał wykładni art. 87 ust. 2 i nie stosował tego przepisu jako wzorca sądowej kontroli zaskarżonej decyzji. Przepis ten stanowi, że źródłami powszechnie obowiązującego prawa Rzeczypospolitej Polskiej są na obszarze działania organów, które je ustanowiły, akty prawa miejscowego. Powstały w tej sprawie spór nie dotyczył odmowy zastosowania aktu prawa miejscowego, lecz przepisu rangi ustawowej, tj. art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. w kontekście art. 107 i art. 108 TFUE.
Za częściowo zasadny można natomiast uznać zarzut niewłaściwego zastosowania art. 91 ust. 1 i 3 Konstytucji, w zakresie w jakim sąd pierwszej instancji wywodził brak uprawnień organów podatkowych do dokonywania ocen, czy zwolnienie, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. stanowi dopuszczalną pomoc publiczną w rozumieniu art. 107 ust. 1 oraz art. 108 ust. 3 TFUE. Rację ma autor skargi kasacyjnej, że od 1 maja 2004 r. częścią krajowego porządku prawnego są przepisy Unii Europejskiej. W myśl art. 91 ust. 3 Konstytucji RP, stosowanego wespół z art. 8 ust. 2 Konstytucji RP, jeżeli wynika to z ratyfikowanej przez Rzeczpospolitą Polską umowy konstytuującej organizację międzynarodową, prawo przez nią stanowione jest stosowane bezpośrednio, mając pierwszeństwo w przypadku kolizji z ustawami. W związku z tym organ podatkowy, o ile zidentyfikowany problem prawny wykracza poza problematykę ustawodawstwa krajowego oraz wymaga ocen i interpretacji na poziomie prawa unijnego, nie narusza zasad praworządności odwołując się przy wydaniu decyzji do prawa unijnego.
Błędne i w dużej części niejasne w tym zakresie stanowisko sądu pierwszej instancji nie miało jednak wpływu na wynik tej sprawy. W kluczowej kwestii sąd prawidłowo bowiem przyjął, że przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia.
Mając powyższe na uwadze Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 in fine p.p.s.a. orzekł o oddaleniu skargi kasacyjnej.
O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2, art. 205 § 2 i 4, art. 207 § 1, art. 209 p.p.s.a., a także § 2 ust. 2 pkt 1 w zw. z § 2 ust. 1 pkt 1 lit. e rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r., poz. 1687). Na podstawie art. 207 § 2 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny ograniczył wysokość opłaty za zastępstwo prawne do kwoty 1350 zł, mając na uwadze rozpoznanie na jednej rozprawie czterech spraw z udziałem tego samego pełnomocnika Spółki, w których zostały złożone jednorodne odpowiedzi na skargi kasacyjne (III FSK 1414/22, III FSK 1424/22, III FSK 1425/22 i III FSK 1426/22).
SWSA(del.) Anna Sokołowska SNSA Krzysztof Winiarski SNSA Wojciech Stachurski