Na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. skarżąca zarzuciła Sądowi pierwszej instancji naruszenie przepisów postępowania, tj.:
1) art. 141 § 4 p.p.s.a. przez niedostateczne i niepełne wyjaśnienie podstawy prawnej rozstrzygnięcia, przejawiające się: (a) w braku analizy i wskazania rodzaju selektywności zwolnienia z podatku od nieruchomości w kontekście przepisowo pomocy publicznej, (b) w niewyjaśnieniu w jaki sposób zastosowanie zwolnienia z podatku od nieruchomości może wpływać na wymianę handlową i zakłócać konkurencję oraz (c) w przywoływaniu orzecznictwa TSUE niezwiązanego z rozpoznawaną sprawą;
2) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. w związku z art. 7 Konstytucji RP oraz art. 120 o.p. przez ich niewłaściwe zastosowanie tj. nieuchylenie zaskarżonej decyzji w sytuacji, w której zaskarżona decyzja została wydana z naruszeniem zasady legalizmu i praworządności przejawiającym się w odmowie zastosowania art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. bez wyraźnej ku temu podstawy prawnej, to jest w sytuacji, w której: (a) zdaniem organu zostały spełnione przesłanki zwolnienia określone w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., a jednocześnie (b) brak jest podstawy prawnej do odmowy przez organ podatkowy stwierdzenia nadpłaty z uwagi na istnienie pomocy publicznej (za taką podstawę nie może być uznany art. 3 rozporządzenia 2015/1589);
3) art. 151 p.p.s.a. w związku z art. 7 Konstytucji RP oraz art. 120 o.p. przez jego niewłaściwe zastosowanie, tj. oddalenie skargi w sytuacji, w której zaskarżona decyzja została wydana z naruszeniem zasad legalizmu i praworządności przejawiającym się w odmowie zastosowania art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. bez wyraźnej ku temu podstawy prawnej, to jest w sytuacji, w której: (a) zdaniem organu zostały spełnione przesłanki zwolnienia określone w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., a jednocześnie (b) brak jest podstawy prawnej do odmowy przez organ podatkowy stwierdzenia nadpłaty z uwagi na istnienie pomocy publicznej (za taką podstawę nie może być uznany art. 3 rozporządzenia 2015/1589);
4) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. w związku z art. 217 Konstytucji RP oraz art. 120, art. 121 § 1 o.p. przez ich niewłaściwe zastosowanie, tj. oddalenie skargi w sytuacji, w której z ustawy podatkowej, która w polskim porządku prawnym jest podstawą do nakładania obowiązków podatkowych, nie wynika dla podatnika zakaz stosowania zwolnienia podatkowego określonego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l.
5.2. Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Gdańsku nie wniosło odpowiedzi na skargę kasacyjną.
5.3. Postanowieniem z 26.04.2023 r. Naczelny Sąd Administracyjny, działając na podstawie art. 125 § 1 pkt 1 p.p.s.a., zawiesił toczące się w niniejszej sprawie postępowanie kasacyjne do czasu rozstrzygnięcia pytań prejudycjalnych zawisłych przed Trybunałem Sprawiedliwości Unii Europejskiej, zawartych w postanowieniu NSA z 19.04.2023 r. o sygn. III FSK 3/22. Sprawa została zarejestrowana pod sygnaturą C-453/23.
5.4. Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w wyroku z 29.04.2025 r. zapadłym w sprawie C-453/23 rozstrzygnął pytania prejudycjalne, zatem ustała przyczyna zawieszenia niniejszego postępowania. W konsekwencji Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem z 27.05.2025 r., wydanym na podstawie art. 128 § 1 pkt 4 w związku z art. 193 p.p.s.a., postanowił podjąć zawieszone postępowanie kasacyjne.
6. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
6.1. Skarga kasacyjna zawiera usprawiedliwione podstawy, ponieważ wyrok WSA w Gdańsku nie odpowiada prawu i dlatego skarga kasacyjna podlega uwzględnieniu. W rozpoznawanej sprawie skarżąca sformułowała zarówno zarzuty naruszenia prawa materialnego, jak i przepisów postępowania. Przy czym wypada zauważyć, że zarzuty kasacyjne naruszenia prawa materialnego oraz przepisów postępowania są zasadniczo powtórzeniem zarzutów sformułowanych w skardze do WSA w Gdańsku.
6.2. Chybiony jest zarzut naruszenia zarówno art. 151 p.p.s.a., według którego w razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części. Przepisy art. 151 oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. określają jedynie sposób rozstrzygnięcia danej sprawy. Błędne oddalenie skargi albo uchylenie zaskarżonej decyzji samo w sobie nie polega na błędnym zastosowaniu i tym samym na naruszeniu art. 151 albo art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. Stanowi ono skutek błędu popełnionego na etapie poprzedzającym, a mianowicie na etapie kontroli zaskarżonego aktu z punktu widzenia jego zgodności z przepisami prawa, które wojewódzki sąd administracyjny stosował lub powinien był zastosować jako normatywne wzorce kontroli legalności tego aktu (normę dopełnienia). Błędne rozstrzygnięcie jest więc jedynie następstwem błędu podstawowego, polegającego na wadliwym wykonaniu funkcji kontrolnej, o której mowa w art. 1 § 2 p.u.s.a. W związku z tym zarzutowi naruszenia zarówno art. 151 p.p.s.a., jak i art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. towarzyszyć powinno nie tylko powiązanie go z konkretnymi przepisami postępowania (w konkretnym przypadku z art. 120 o.p.), w odniesieniu do których wykazywane ich naruszenie przez wojewódzki sąd administracyjny polegałoby na wadliwym przeprowadzeniu przez sąd kontroli ich zastosowania oraz wykładni przez organ administracji, który wydał zaskarżony akt (zob. np. wyrok NSA z 17.05.2024 r., III OSK 1052/24), lecz również uzasadnienie tego zarzutu stosownie do art. 175 § 1 pkt 2 p.p.s.a., czego w rozpatrywanej sprawie nie uczyniono.
Kwestia zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. była wprawdzie przedmiotem rozbieżnego orzecznictwa polskich sądów administracyjnych, jednakże co do zasady rozstrzygnął je wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (Wielka Izba) z 29.04.2025 r. w sprawie o sygn. C-453/23 (ECLI:EU:C:2025:285). Naczelny Sąd Administracyjny nie podziela zarzutu, w którym skarżąca podnosi niewłaściwe zastosowanie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., odnosząc się do art. 2a o.p. Należy zauważyć, że w art. 2a o.p. chodzi o niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego, które rozstrzyga się na korzyść podatnika. Powyższa zasada jest jedną z dyrektyw wykładni prawa i ma zastosowanie wtedy, gdy interpretacja przepisu prawa przy zastosowaniu wszystkich jej kontekstów (językowego, systemowego, funkcjonalnego) nie daje zadowalających rezultatów. Do sposobu rozumienia (błędnej wykładni) art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. skarżąca nie sformułowała jednak zarzutu kasacyjnego.
6.3. Merytoryczna kwestia sporna w sprawie dotyczy uznania, czy zwolnienie przyznane na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. stanowi pomoc publiczną (pomoc państwa) i jako takie, może obowiązywać bez notyfikowania i zatwierdzenia przez Komisję Europejską. Dla rozstrzygnięcia zawisłego sporu kluczowy jest ww. wyrok TSUE z 29.04.2025 r. w sprawie C-453/23, wydany w konsekwencji odpowiedzi na pytanie prejudycjalne zadane przez skład orzekający NSA w sprawie III FSK 3/22.
Powyżej cytowanym wyrokiem Trybunał Sprawiedliwości orzekł, że "Artykuł 107 ust. 1 TfUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści".
W sentencji ww. wyroku został zastosowany wprawdzie tryb przypuszczający, jednakże już w uzasadnieniu tego wyroku Trybunał Sprawiedliwości wyraził kategorycznie pogląd, w którym przyjął, że - z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd odsyłający - przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia (pkt 74). Nawiązując do tezy ww. wyroku Trybunału Sprawiedliwości i odnosząc się do użytego w polskim tłumaczeniu zwrotu "nie wydaje się, by", celowe jest także sięgnięcie do tekstu pierwotnego, który został przygotowany w języku francuskim. Oryginalne brzmienie tezy wyroku w języku francuskim, to: "L’article 107, paragraphe 1, TfUE doit être interprété en ce sens qu’une législation d’un État membre qui exonère de l’impôt foncier les terrains, bâtiments et constructions faisant partie de l’infrastructure ferroviaire, lorsque celle-ci est mise à la disposition des transporteurs ferroviaires, n’apparaît pas comme étant une mesure qui procure un avantage sélectif aux bénéficiaires de cette exonération". Tezę ww. wyroku Trybunału Sprawiedliwości sporządzonej w języku francuskim można zatem nieco inaczej tłumaczyć niż w opublikowanej na stronach Trybunału Sprawiedliwości wersji polskiej, tj. w ten sposób, że: art. 107 ust. 1 TfUE należy interpretować w ten sposób, iż przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle stanowiące część infrastruktury kolejowej, gdy infrastruktura ta jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, nie wydają się być środkiem przyznającym selektywną korzyść beneficjentom tego zwolnienia. Taka wersja tłumaczenia nadaje trochę inny i bardziej zdecydowany sens wypowiedzi Trybunału Sprawiedliwości, a także bardziej nawiązuje do stanowiska rzecznik generalnej Juliane Kokott z 17.10.2024 r. (ECLI:EU:C:2024:898).
W uzasadnieniu swojego wyroku Trybunał Sprawiedliwości przywołał zresztą fragmenty opinii rzecznik generalnej Juliane Kokott z 17.10.2024 r. (ECLI:EU:C:2024:898), w której wskazała ona w pkt 33, że państwa członkowskie w ramach przysługującej im autonomii podatkowej mogą w sposób zgodny z prawem realizować za pomocą podatków bezpośrednich, oprócz celu czysto budżetowego, jeden lub kilka innych celów, które stosownie do okoliczności stanowią razem cel właściwych ram odniesienia. Komisja dysponuje zaś szerokimi uprawnieniami dyskrecjonalnymi przy uznawaniu niektórych rodzajów pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym na podstawie art. 107 ust. 3 TfUE. Gdyby wykonywanie tych uprawnień miało obejmować wszelkie ogólne i abstrakcyjne zwolnienia podatkowe, istniałoby wówczas ryzyko, że ocena Komisji systematycznie zastępowałaby ocenę państw członkowskich w tej dziedzinie, a tym samym naruszałaby ich autonomię podatkową (pkt 51 i 52 wyroku).
W uzasadnieniu ww. wyroku Trybunał Sprawiedliwości - powołując się obszernie na dotychczasowe orzecznictwo - wskazał, że interwencje państw członkowskich w dziedzinach, które nie były przedmiotem harmonizacji w prawie Unii, takich jak dziedzina podatków bezpośrednich, nie są wyłączone z zakresu stosowania postanowień TfUE dotyczących kontroli pomocy państwa. Państwa członkowskie powinny zatem powstrzymać się od przyjmowania wszelkich środków podatkowych mogących stanowić pomoc państwa niezgodną z rynkiem wewnętrznym. Autonomia przyznana państwom członkowskim w dziedzinie podatków bezpośrednich oznacza także, że owe państwa mają możliwość dokonania kategoryzacji podatkowej, a w szczególności wprowadzenia zwolnień podatkowych, które uznają za najbardziej odpowiednie do realizacji zamierzonych przez nie celów leżących w interesie ogólnym, niezależnie od tego, czy cele te mają charakter podatkowy, czy też nie (pkt 48 i 51 wyroku).
W uzasadnieniu ww. wyroku Trybunał Sprawiedliwości również wskazał, że w celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TfUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać "niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów" w porównaniu z innymi, znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które można uznać za dyskryminacyjne (pkt 43). W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za "selektywny" należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli "normalny" system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie "pomocy państwa" nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się, w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (pkt 44).
Według Trybunału Sprawiedliwości, system prawny podatku od nieruchomości wynikający z polskiej ustawy o podatkach i opłatach lokalnych stanowi "normalny" system podatkowy, a w konsekwencji - ramy odniesienia mające zastosowanie w sprawie, której dotyczy pytanie prejudycjalne (pkt 62). Na ów system składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 ustawy u.p.o.l. wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63). Dalej zaś, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ww. ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii (pkt 66).
W rezultacie Trybunał Sprawiedliwości stwierdził, że przesłanka posiadania gruntu, budynku lub budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, nie wydaje się związana pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii w rozumieniu pkt 54 i 64 wyroku (pkt 65 i 66). Zdaniem Trybunału Sprawiedliwości wydaje się, że zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności. W konsekwencji wydaje się zatem, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności (pkt 67).
W nawiązaniu do rozstrzygnięcia i argumentacji Trybunału Sprawiedliwości, należy zaakcentować, że zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. ma charakter ogólny i abstrakcyjny i nie powinno być uznane za niedozwoloną, selektywną pomoc publiczną, a przepisy dotyczące tegoż zwolnienia nie naruszają art. 107 ust. 1 TfUE. W zwolnieniu tym próżno doszukiwać się przesłanek opierających się na dyskryminujących parametrach lub uzależniających przyznanie zwolnienia od szczególnych cech przedsiębiorców będących jej beneficjentami. Ponadto, skoro zwolnienie skierowane jest do nieokreślonego kręgu adresatów, a możliwość skorzystania z niego przewidziana jest bez ograniczeń dla każdego, co jednocześnie wyklucza stwierdzenie, by było skierowane do zindywidualizowanego kręgu przedsiębiorców, sektora, regionu czy prowadzących konkretną działalność, to zasadniczo może ono dotyczyć niezliczonych stanów faktycznych, zaś dostęp do zwolnienia ma każdy przedsiębiorca, który korzysta z transportu kolejowego przy użyciu posiadanej bocznicy kolejowej. Bez znaczenia pozostaje również to, jakimi środkami finansowymi dysponują potencjalni beneficjenci. Zwolnienie to skierowane jest przy tym nie tylko do przedsiębiorców, ale do każdego podatnika, niezależnie od tego, czy prowadzi działalność gospodarczą. Zwolnienie to opiera się zatem na neutralnym kryterium, dalekim od wykorzystywania parametrów dyskryminujących. Jednocześnie omawiana instytucja, poza celem/funkcją fiskalną, wypełnia również cel o charakterze środowiskowym, polegający na motywowaniu przedsiębiorstw do remontowania nieczynnych bocznic i do korzystania z transportu kolejowego, który nie powoduje emisji dwutlenku węgla (CO2) i jest bezpieczniejszy niż transport drogowy.
Konkludując, Naczelny Sąd Administracyjny stoi na stanowisku, że skarżąca błędnie została pozbawiona możliwości skorzystania ze zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. Organ odwoławczy w sposób nieuzasadniony przyjął, co Sąd pierwszej instancji zaaprobował, że ww. zwolnienie ma charakter pomocy publicznej przez przyznawanie selektywnej korzyści oraz zakłócenie konkurencji, co doprowadziło organ podatkowy do błędnego wniosku, że pomoc w tej formie nie może być, zgodnie z klauzulą zawieszającą, stosowana. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego zachodziła możliwość dokonania oceny ww. zwolnienia z podatku od nieruchomości w kontekście przesłanek pomocy publicznej w postępowaniu podatkowym dotyczącym podatku od nieruchomości, z uwzględnieniem przedstawionego stanu faktycznego i właściwych ram prawnych. Potwierdza to w szczególności fakt, że ww. wyrok Trybunału Sprawiedliwości zapadł w następstwie pytania prejudycjalnego, z którym Naczelny Sąd Administracyjny wystąpił w sprawie dotyczącej interpretacji art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w świetle art. 107 ust. 1 i art. 108 ust. 3 TfUE.
6.4. W konsekwencji Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 188 p.p.s.a. uchylił w całości zaskarżony wyrok i rozpoznał skargę, a w konsekwencji jej rozpoznania na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. uchylił w całości zaskarżoną decyzję SKO w Gdańsku. O kosztach postępowania sądowego postanowił w oparciu o art. 200, art. 203 pkt 1 i art. 205 § 2 p.p.s.a. w związku z art. 209 p.p.s.a.
W toku ponownego postępowania organ podatkowy winien uwzględnić ocenę prawną dokonaną w niniejszym uzasadnieniu, jednocześnie mając na uwadze, że przy ponownym rozpoznaniu sprawy winien dokonać wykładni przepisu zwolnienia z uwzględnieniem, że przedmiotem opodatkowania w rozumieniu art. 2 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. jest grunt. Z tej perspektywy jego powierzchnia winna wyznaczać zarówno podstawę opodatkowania od nieruchomości, jak i wyłączenie i zwolnienie z tej daniny, w takim zakresie, w jakim ten grunt jest faktycznie związany (zajęty) na prowadzenie preferowanej przez prawodawcę działalności gospodarczej (zob. wyrok NSA z 20.08.2025 r., III FSK 3/22).
Podkreślenia wymaga, że wbrew stanowisku wyrażonym w wyroku NSA z 6.08.2025 r., III FSK 1126/22, Trybunał Sprawiedliwości w wyroku z 29.04.2025 r., C-453/23, nie oceniał zakresu ww. zwolnienia dla gruntów, tj. czy objęto nim działki ewidencyjne wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, a nie wyłącznie fragmenty gruntów zajęte przez bocznice kolejowe. Stwierdził tylko, że z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd odsyłający, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia. Kwestie powyższe będą w międzyczasie przedmiotem rozpoznania przez skład siedmiu sędziów NSA, który zajmie stanowisko wobec pytania zawartego w postanowieniu NSA z 2.09.2025 r., III FSK 1020/23, czy sformułowanie ustawowe zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., zgodnie z którym "zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym", stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017-2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia cały obszar tych gruntów, czy też ich część, która została faktycznie zajęta pod infrastrukturę kolejową?
sędzia NSA Paweł Borszowski sędzia NSA Stanisław Bogucki sędzia NSA Sławomir Presnarowicz