Artykuł 9 pkt 2 u.p.c.c. stanowi, że zwalnia się od podatku sprzedaż własności gruntów, stanowiących gospodarstwo rolne w rozumieniu przepisów o podatku rolnym, wraz z będącymi ich częścią składową drzewami i innymi roślinami, pod określonymi warunkami, które zostały w sprawie spełnione. W przepisie tym wskazano jednocześnie, że zwolnienie to stanowi pomoc de minimis w rolnictwie, o której mowa w rozporządzeniu nr 1408/2013. W art. 3 ust. 2 tego rozporządzenia (w stanie prawnym mającym zastosowanie w niniejszej sprawie) przewidziane zostało, że całkowita kwota pomocy de minimis przyznanej przez państwo członkowskie jednemu przedsiębiorstwu nie może przekroczyć 20 000 euro w okresie trzech lat podatkowych. Z treści powołanych przepisów należy wyprowadzić wniosek, że przyznanie zwolnienia z opodatkowania możliwe jest wówczas, gdy zwolnienie to (po spełnieniu pozostałych warunków przewidzianych w art. 9 pkt 2 u.p.c.c.) nie będzie naruszało postanowień rozporządzenia nr 1408/2013.
Biorąc pod uwagę, że zasadniczym celem powyższego rozporządzenia, jest zakaz przyznawania przez państwo pomocy ponad określoną w nim kwotę, brak jest w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego przeszkód, aby dany podmiot uzyskał pomoc w wysokości, która kwocie tej odpowiada. WSA prawidłowo stwierdził, że nie sprzeciwiają się temu postanowienia rozporządzenia nr 1408/2013. Według zarówno art. 3 ust. 2, jak również art. 3 ust. 7 tego rozporządzenia, górny pułap przyznanej pomocy nie może przekraczać określonej wysokości. Jest to jedyna przeszkoda w uznaniu danej pomocy – w rozpoznawanej sprawie zwolnienia podatkowego – za pomoc de minimis, która za taką będzie uznana według omawianego rozporządzenia. Prawodawca unijny używa bowiem sformułowań "całkowita kwota pomocy" (art. 3 ust. 2) oraz "pułap określony w ust. 2" (art. 3 ust. 7), podając jednocześnie, że nie mogą one przekroczyć określonej kwoty. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego przemawia to za uznaniem, że w przepisach tych mowa jest o faktycznie mającej być przyznanej pomocy, nie zaś pomocy, jaka byłaby możliwa do przyznania. Jeżeli zatem możliwy zakres zwolnienia podatkowego przekracza kwotę określoną w rozporządzeniu nr 1408/2013, zwolnienie to może zostać udzielone jedynie do kwoty możliwej pomocy określonej w art. 3 ust. 2 powyższego rozporządzenia.
Za takim rozumieniem omawianej regulacji przemawia także wykładnia historyczna regulacji pomocy de minimis w rolnictwie. W poprzednio obowiązującym rozporządzeniu nr 1535/2007 wyraźnie wskazano, że "jeżeli łączna kwota pomocy przewidziana w ramach środka pomocy przekracza pułap, o którym mowa w akapicie pierwszym, nie może ona być objęta przepisami niniejszego rozporządzenia, nawet w odniesieniu do części pomocy nieprzekraczającej tego pułapu" (art. 3 ust. 2). Obecnie obowiązujące rozporządzenie nr 1408/2013, zastrzeżenia takiego nie wprowadza. Jest to zasadnicza i wyraźna różnica pomiędzy regulacjami poprzednio i obecnie obowiązującego rozporządzenia. Z powyższego wyprowadzić należy wniosek, że gdyby zamiarem prawodawcy unijnego było zakazanie udzielania pomocy de minimis w przypadku, gdy cała kwota możliwego zwolnienia podatkowego przekracza wartości określone w rozporządzeniu nr 1408/2013, to kwestię tę wyraźnie by uregulował, jak uczynił to w rozporządzeniu nr 1535/2007. Rozporządzenie nr 1408/2013 zmienia zatem zasady przyznawania pomocy w porównaniu z poprzednio obowiązującym rozporządzeniem 1535/2007, na co wskazuje porównanie treści adekwatnych przepisów.
Naczelny Sąd Administracyjny wskazuje także, że nie ma takiego przepisu prawa materialnego, który by zakazywał dokonywania częściowego zwolnienia podatkowego w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych. Wynik rozumowania argumentum a maiori ad minus jest jednoznaczny, tj. skoro limit pomocy de minimis ma postać maksymalnej kwoty, to dopuszczalne jest również udzielnie tej pomocy poniżej tego limitu (tej kwoty), a tym samym przyznanie zwolnienia do wysokości tego limitu. W sytuacji, gdy kwota podatku przewyższyłaby limit dla pomocy de minimis, wynikający z rozporządzenia nr 1408/2013, płatnik powinien obliczyć i pobrać podatek jedynie w kwocie nadwyżki nad limitem. Pomoc ta może zatem zostać udzielona do wysokości nieprzekraczającej tego limitu. Przy interpretacji zamieszczonego w treści tego przepisu sformułowania "nowa pomoc nie może być objęta przepisami niniejszego rozporządzenia" należy posłużyć się treścią pkt 8 preambuły do rozporządzenia nr 1408/2013, gdzie jednoznacznie potwierdzono, że "dla każdego przypadku nowej pomocy de minimis należy uwzględnić całkowitą kwotę pomocy de minimis przyznaną w ciągu danego roku podatkowego oraz dwóch poprzedzających lat podatkowych". Tym samym, gdy faktyczna kwota nowej pomocy (tu: zwolnienia podatkowego), nie doprowadzi do przekroczenia tak rozumianej całkowitej kwoty pomocy, czyli nie zostanie przekroczony jej maksymalny pułap, to nie ma przeszkód dla jej przyznania w tej wysokości (zob. wyrok NSA z 7 lipca 2020 r., sygn. akt II FSK 930/20, publ. CBOSA).
Nie można zatem zasadnie twierdzić, że rozporządzenie nr 1408/2013 wprowadza zakaz udzielania pomocy de minimis do części konkretnego środka pomocy, lecz wymaga ono jedynie, aby pomoc ta nie przekraczała określonej wartości (w rozpatrywanej sprawie równowartości 20 000 euro). W takim zaś przypadku, zwolnienie od opodatkowania przewidziane w art. 9 pkt 2 u.p.c.c. należy odczytywać w ten sposób, że po spełnieniu warunków określonych w pierwszej części przepisu, zwolnienie ma zastosowanie do kwoty nieprzekraczającej limitu określonego w rozporządzeniu nr 1408/2013. W konsekwencji, jeżeli wysokość zwolnienia przekroczyłaby tę kwotę, nadwyżka nie jest objęta zwolnieniem podatkowym.
Taka konstrukcja zwolnienia, czyli wskazanie limitu kwotowego, została wyraźnie przewidziana przez ustawodawcę. Nie można zatem zgodzić się z Dyrektorem Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku, że treść tych przepisów (tu: art. 9 pkt 2 u.p.c.c. i art. 3 ust. 7 i art. 3 ust. 2 rozporządzenia nr 1408/2013) jasno wskazuje, że jeżeli udzielenie pomocy de minimis spowodowałoby przekroczenie limitów określonych w rozporządzeniu Komisji, wówczas zakaz udzielenia pomocy de minimis dotyczyłby całej kwoty pomocy, a nie tylko nadwyżki ponad limit określony w rozporządzeniu. Ustawodawca przez odwołanie się do rozporządzenia nr 1408/2013, które jak wyżej wskazano, zakazuje jedynie udzielania pomocy ponad określony pułap, uregulował tę kwestię w ten sposób, że zwolnienie podatkowe nie może przekroczyć określonej w odrębnym akcie prawnym kwoty.
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, bez wpływu na wynik sprawy pozostaje również pominięcie przez Sąd opinii Komisji Europejskiej przedstawionej w piśmie z 9 listopada 2020 r. jako niewiążącej. Z art. 249 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską wynika, iż w celu wykonania swych zadań oraz na warunkach przewidzianych w Traktacie, Parlament Europejski wspólnie z Radą, Rada i Komisja uchwalają rozporządzenia i dyrektywy, podejmują decyzje, wydają zalecenia i opinie. Rozporządzenie ma zasięg ogólny. Wiąże w całości i jest bezpośrednio stosowane we wszystkich Państwach Członkowskich. Dyrektywa wiąże każde Państwo Członkowskie, do którego jest kierowana, w odniesieniu do rezultatu, który ma być osiągnięty, pozostawia jednak organom krajowym swobodę wyboru formy i środków. Decyzja wiąże w całości adresatów, do których jest kierowana. Natomiast zalecenia i opinie nie mają mocy wiążącej. Ich celem jest wyrażenie stanowiska lub też wysunięcie postulatu w danej dziedzinie. Warto w tym miejscu odnotować, że z treści pisma z 9 listopada 2020 r. wynika, że służby Komisji wezwały Polskę do zgłoszenia pomocy udzielonej w następstwie wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. akt II FSK 456/18 celem oceny jego zgodności z rynkiem wewnętrznym. Z akt sprawy, jak również z wiedzy posiadanej przez Sąd z urzędu (wyrok NSA z 13 maja 2025 r., sygn. akt III FSK 1575/23) nie wynika, że Polska do ww. wezwania się ustosunkowała.
Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że nie jest zasadny zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 122 o.p. Argumentacja uzasadniająca zdaniem Sądu I instancji ocenę, że zaskarżona decyzja narusza art. 122 o.p. zawarta została na str. 9 – 11 uzasadnienia zaskarżonego wyroku. Sąd I instancji dostrzegł, że: organ podatkowy pominął istotną okoliczność faktyczną zaistniałą w rozpatrywanej sprawie, którą było przeprowadzenie tego samego dnia i objęcie jednym aktem notarialnym dwóch transakcji sprzedaży, przeprowadzonych pomiędzy różnymi podmiotami i w odniesieniu do różnych nieruchomości (działek). W uzasadnieniu omawianego zarzutu skargi kasacyjnej poprzestano na stwierdzeniu, że organ opisał i uwzględnił w swoim rozstrzygnięciu wszystkie elementy stanu faktycznego mające istotne znaczenie dla sprawy tj. (...). Nie mniej Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku nie zakwestionował zasadności stwierdzonego przez Sąd I instancji uchybienie, stąd ocena tego zarzutu wymyka się merytorycznej kontroli Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Mając powyższe na uwadze Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 185 p.p.s.a. oddalił skargę kasacyjną.
Bogusław Woźniak Sławomir Presnarowicz Jolanta Sokołowska