Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
Odnosząc się do skargi kasacyjnej wniesionej przez Spółkę należy podkreślić, że w niniejszej sprawie zaskarżono wyrok uwzględniający skargę. Z treści pisemnych motywów wyroku wynika jednak, że Sąd I instancji poza uwzględnieniem zarzutów podniesionych w skardze dostrzegł z urzędu okoliczności, które nie zostały uwzględnione przez organy podatkowe w zaskarżonych decyzjach, nie były także przedmiotem zarzutów skargi. Sąd I instancji nakazał organom podatkowym w toku ponownie prowadzonego postępowania ich zbadanie, co w ocenie Spółki narusza jej interes prawny.
Z uwagi na treść art. 153 p.p.s.a. ocena prawna zawarta w uzasadnieniu wyroku jest wiążąca dla organu ponownie rozpoznającego sprawę, jak i sądu. Dlatego też należy uznać, że strona skarżąca ma interes prawny w zaskarżeniu wyroku uchylającego decyzję organu odwoławczego. Jednakże przepisy ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, nie przewidują możliwości wnoszenia skargi kasacyjnej od uzasadnienia wyroku sądu pierwszej instancji. W przypadku, gdy strona nie zgadza się z częścią uzasadnienia wyroku wojewódzkiego sądu administracyjnego może je zakwestionować tylko wyłącznie poprzez zaskarżenie całego orzeczenia (por. postanowienie Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 marca 2006 r. I FSK 750/05, ONSAiWSA 2006, Nr 5, poz. 126). W takiej sytuacji, weryfikując zasadność przesłanek rozstrzygnięcia, na których oparł się wojewódzki sąd administracyjny, Naczelny Sąd Administracyjny może orzec na podstawie art. 184 in fine p.p.s.a., taką skargę kasacyjną wprawdzie oddalając, ale weryfikując motywy rozstrzygnięcia pierwszoinstancyjnego, w tym - wyrażoną w nim ocenę prawną oraz wskazania co do dalszego postępowania (wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 3 października 2017 r., II FSK 2331/15, CBOSA).
Jak wynika z uzasadnienia zaskarżonego wyroku Sąd I instancji ocenił, że stan faktyczny ustalony w sprawie mieści się w zakresie zastosowania zwolnienia podatkowego, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. poprzez co uwzględnił zarzuty skargi. Jednocześnie Sąd I instancji dostrzegł i stwierdził, że w realiach kontrolowanej sprawy orzeczenie o zasadności zwolnienia z opodatkowania jest przedwczesne z uwagi na brak poczynienia przez organy podatkowe obu instancji rozważań czy zwolnienie to stanowi, w przypadku skarżącej, niedozwoloną pomoc publiczną.
Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że uwzględnienie przez sąd administracyjny I instancji w obszarze wydanego orzeczenia okoliczności, które nie były przedmiotem zarzutów skargi nie stanowi naruszenia prawa. Sąd administracyjny zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a. rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a. Innymi słowy sąd ma nie tylko prawo ale i obowiązek wyjść poza zarzuty i wnioski skargi jeżeli dostrzeże uchybienia prawa, które w skardze nie zostały zawarte. Sądowi nie wolno natomiast uczynić przedmiotem rozpoznania legalności innej sprawy administracyjnej niż ta, w której wniesiono skargę.
Zgodnie z art. 122 p.p.s.a. sąd rozpoznający sprawę w trybie uproszczonym może przekazać sprawę do rozpoznania na rozprawie. Przekazanie sprawy do rozpoznania na rozprawie jest uprawnieniem a nie obowiązkiem sądu, któremu ustawodawca, w omawianej kwestii, pozostawił całkowitą swobodę nie wskazując żadnych kryteriów, którymi powinien kierować się stosując art. 122 p.p.s.a. Celem regulacji zawartej w art. 122 p.p.s.a. było stworzenie możliwości wyeliminowania tych wszystkich przypadków, w których skierowanie sprawy do rozpoznania w postępowaniu uproszczonym było, z różnych powodów, wadliwe.
Zatem w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego uwzględnienie przez sąd I instancji w motywach rozstrzygnięcia okoliczności, które nie były podnoszone przez stronę w skardze nie może stanowić o naruszeniu art. 122 p.p.s.a.
Merytoryczna kwestia sporna w sprawie dotyczy uznania, czy zwolnienie przyznane na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. stanowi pomoc publiczną (pomoc państwa) i jako takie, może obowiązywać bez notyfikowania i zatwierdzenia przez Komisję Europejską. Dla rozstrzygnięcia zawisłego sporu kluczowy jest wyrok TSUE z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23, wydany w konsekwencji odpowiedzi na pytanie prejudycjalne zadane przez skład orzekający NSA postanowieniem z 19 kwietnia 2023 r. w sprawie III FSK 3/22.
Wyrokiem z 29 kwietnia 2025 r. Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej (Wielka Izba) w sprawie o sygn. C-453/23 (ECLI:EU:C:2025:285), dotyczącej skarżącej orzekł, że "Artykuł 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści".
W uzasadnieniu ww. wyroku Trybunał Sprawiedliwości - powołując się obszernie na dotychczasowe orzecznictwo - wskazał, że interwencje państw członkowskich w dziedzinach, które nie były przedmiotem harmonizacji w prawie Unii, takich jak dziedzina podatków bezpośrednich, nie są wyłączone z zakresu stosowania postanowień TFUE dotyczących kontroli pomocy państwa. Państwa członkowskie powinny zatem powstrzymać się od przyjmowania wszelkich środków podatkowych mogących stanowić pomoc państwa niezgodną z rynkiem wewnętrznym. Autonomia przyznana państwom członkowskim w dziedzinie podatków bezpośrednich oznacza także, że owe państwa mają możliwość dokonania kategoryzacji podatkowej, a w szczególności wprowadzenia zwolnień podatkowych, które uznają za najbardziej odpowiednie do realizacji zamierzonych przez nie celów leżących w interesie ogólnym, niezależnie od tego, czy cele te mają charakter podatkowy, czy też nie (pkt 48 i 51 wyroku).
W uzasadnieniu ww. wyroku Trybunał Sprawiedliwości również wskazał, że w celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać "niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów" w porównaniu z innymi, znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które można uznać za dyskryminacyjne (pkt 43). W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za "selektywny" należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli "normalny" system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie "pomocy państwa" nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się, w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (pkt 44).
Według Trybunału Sprawiedliwości, system prawny podatku od nieruchomości wynikający z polskiej ustawy o podatkach i opłatach lokalnych stanowi "normalny" system podatkowy, a w konsekwencji - ramy odniesienia mające zastosowanie w sprawie, której dotyczy pytanie prejudycjalne (pkt 62). Na ów system składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 ustawy u.p.o.l. wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63). Dalej zaś, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) ww. ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii (pkt 66).
W rezultacie Trybunał Sprawiedliwości stwierdził, że przesłanka posiadania gruntu, budynku lub budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, nie wydaje się związana pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii w rozumieniu pkt 54 i 64 wyroku (pkt 65 i 66). Zdaniem Trybunału Sprawiedliwości wydaje się, że zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności. W konsekwencji wydaje się zatem, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności (pkt 67).
W nawiązaniu do rozstrzygnięcia i argumentacji Trybunału Sprawiedliwości, należy zaakcentować, że zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. ma charakter ogólny i abstrakcyjny i nie powinno być uznane za niedozwoloną, selektywną pomoc publiczną, a przepisy dotyczące tegoż zwolnienia nie naruszają art. 107 ust. 1 TFUE. W zwolnieniu tym próżno doszukiwać się przesłanek opierających się na dyskryminujących parametrach lub uzależniających przyznanie zwolnienia od szczególnych cech przedsiębiorców będących jej beneficjentami. Ponadto, skoro zwolnienie skierowane jest do nieokreślonego kręgu adresatów, a możliwość skorzystania z niego przewidziana jest bez ograniczeń dla każdego, co jednocześnie wyklucza stwierdzenie, by było skierowane do zindywidualizowanego kręgu przedsiębiorców, sektora, regionu czy prowadzących konkretną działalność, to zasadniczo może ono dotyczyć niezliczonych stanów faktycznych, zaś dostęp do zwolnienia ma każdy przedsiębiorca, który korzysta z transportu kolejowego przy użyciu posiadanej bocznicy kolejowej. Bez znaczenia pozostaje również to, jakimi środkami finansowymi dysponują potencjalni beneficjenci. Zwolnienie to skierowane jest przy tym nie tylko do przedsiębiorców, ale do każdego podatnika, niezależnie od tego, czy prowadzi działalność gospodarczą. Zwolnienie to opiera się zatem na neutralnym kryterium, dalekim od wykorzystywania parametrów dyskryminujących. Jednocześnie omawiana instytucja, poza celem/funkcją fiskalną, wypełnia również cel o charakterze środowiskowym, polegający na motywowaniu przedsiębiorstw do remontowania nieczynnych bocznic i do korzystania z transportu kolejowego, który nie powoduje emisji dwutlenku węgla (CO2) i jest bezpieczniejszy niż transport drogowy.
Konkludując, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że Sąd I instancji błędnie nakazał organom podatkowym analizę możliwości skorzystania przez Spółkę ze zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w kontekście rozważań czy zwolnienie to stanowi w przypadku skarżącej niedozwoloną pomoc publiczną.
Odnosząc się do zarzutu naruszenia art. 135 w zw. z art. 141 § 4 w zw. z art. 138 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że zarzut ten jest chybiony. Będąca przedmiotem oceny w ramach niniejszej sprawy (III FSK 1491/22) skarga kasacyjna została wywiedziona od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z 29 czerwca 2022 r., sygn. akt I SA/Wr 81/22. W sentencji tego wyroku Sąd orzekł, że "uchyla w całości zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Wójta Gminy Złotoryja z dnia 1 czerwca 2021 r., nr [...]". Zatem sentencja wyroku jest zgodna z przywołaną w uzasadnieniu wyroku podstawą prawną.
Mając powyższe na uwadze Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 in fine p.p.s.a. orzekł jak w sentencji.
Bogusław Woźniak Jacek Brolik Jacek Pruszyński