Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że przedstawiona w zaskarżonym wyroku argumentacja jest błędna. Odnosząc się do zagadnienia prawidłowości zastosowania przez organ wobec skarżącej spółki stawek, o których mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., należy ocenić, w jakim zakresie wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 24 lutego 2021 r. o sygn. SK 39/19 rzutuje na ocenę przesłanki "związania gruntu z prowadzoną działalnością gospodarczą" w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l. W tej kwestii Naczelny Sąd Administracyjny wypowiadał się już wielokrotnie, także w odniesieniu do tego samego podatnika i analogicznych realiów faktycznych (zob. wyroki NSA: z 4 marca 2021 r., III FSK 895/21, z 15 grudnia 2021 r., III FSK 4061/21; z 3 marca 2022 r., III FSK 2719/21; z 26 maja 2022 r., III FSK 131/22; z 18 października 2022 r., III FSK 1860/21; z 6 czerwca 2023 r., III FSK 890-893/22 oraz III FSK 970/22; III FSK 2719/21; z 15 czerwca 2023 r., III FSK 1137/22, III FSK 96/23, III FSK 1138/22, III FSK 97/23; z 22 czerwca 2023 r., III FSK 1402/22; z 12 lipca 2023 r., III FSK 239/23 i III FSK 250/23; z 6 grudnia 2023 r., III FSK 487/23). Skład orzekający w niniejszej sprawie podziela stanowisko wyrażone w przywołanych orzeczeniach, uznając zarazem za celowe przywołanie przytoczonej w ich treści argumentacji.
Przypomnienia wymaga, że przed wydaniem przez Trybunał wyroku z 24 lutego 2021 r. w orzecznictwie dominował pogląd, że wszystkie budynki, budowle i grunty będące w posiadaniu przedsiębiorcy lub innego podmiotu prowadzącego działalność gospodarczą, z wyjątkami przewidzianymi w art. 1a ust. 2a u.p.o.l., są związane z prowadzeniem działalności gospodarczej. Sam fakt posiadania przez przedsiębiorcę budynku, budowli lub gruntu skutkować musiał uznaniem tych kategorii za związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (tytułem przykładu: wyroki NSA z 1 lipca 2014 r. o sygn. II FSK 1349/14 czy z 23 czerwca 2015 r. o sygn. II FSK 1398/13). Pewną modyfikację w podejściu do problemu związania gruntu lub budynku z prowadzoną działalnością gospodarczą przyniósł wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 12 grudnia 2017 r. o sygn. SK 13/15. Trybunał zwrócił w jego treści uwagę, że "(...) samo prowadzenie działalności gospodarczej przez osobę fizyczną nie jest relewantne dla opodatkowania gruntu stawką podatkową od gruntów związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej (...)".
Choć przywołany wyrok dotyczył problemu opodatkowania podatkiem od nieruchomości osoby fizycznej jako współposiadacza gruntu związanego z prowadzeniem działalności gospodarczej, w literaturze wyrażono pogląd, że ma on także duże znaczenie dla opodatkowania nieruchomości należących do innych podmiotów. Jeżeli bowiem podstawą orzeczenia Trybunału było założenie konieczności oddzielania w przypadku osób fizycznych majątku osobistego od majątku związanego z prowadzeniem działalności gospodarczej, to w niektórych przypadkach zbliżony podział może być przeprowadzony również u innych podmiotów. Chodzi o podmioty, które co do zasady zostały utworzone w celu prowadzenia działalności gospodarczej, ale część ich majątku z taką działalnością nie jest związana (np. spółki z o.o. prowadzące obok typowej działalności gospodarczej również działalność rolniczą), oraz podmioty, które co do zasady nie są przedsiębiorcami, ale w pewnym zakresie mogą wykonywać działalność gospodarczą (zob. L. Etel, R. Dowgier, G. Liszewski, B. Pahl, Podatki i opłaty lokalne. Komentarz, Warszawa 2020, teza 30 komentarza do art. 1a u.p.o.l.).
W licznych orzeczeniach wskazywano jednak, że nieruchomość znajdująca się w posiadaniu osoby prawnej będącej przedsiębiorcą podlega opodatkowaniu stawką wynikającą z jego związania z działalnością gospodarczą, nawet jeśli nie jest wykorzystywana do prowadzenia takiej działalności (wyrok NSA z 16 kwietnia 2020 r., sygn. akt II FSK 2320/19). Jedynym koniecznym warunkiem uznania nieruchomości za związaną z wykonywaniem działalności gospodarczej był sam fakt posiadania jej przez przedsiębiorcę (wyrok NSA z 8 stycznia 2020 r., sygn. akt II FSK 1414/19; wyrok NSA z 8 lipca 2020 r., sygn. akt II FSK 970/20).
Dopiero we wspomnianym wyroku z 24 lutego 2021 r. o sygn. SK 39/19 Trybunał Konstytucyjny wprost stwierdził, że "Art. 1a ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. z 2019 r. poz. 1170) rozumiany w ten sposób, że o związaniu gruntu, budynku lub budowli z prowadzeniem działalności gospodarczej decyduje wyłącznie posiadanie gruntu, budynku lub budowli przez przedsiębiorcę lub inny podmiot prowadzący działalność gospodarczą, jest niezgodny z art. 64 ust. 1 w związku z art. 31 ust. 3 i art. 84 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej.". Po wydaniu ostatniego z przywołanych orzeczeń jasne stało się, że sam fakt posiadania nieruchomości przez przedsiębiorcę, bez względu na jego status i formę organizacyjnoprawną (osoba fizyczna, prawna), nie jest wystarczający do uznania związku tej nieruchomości z prowadzoną działalnością gospodarczą. Pojawił się natomiast problem doprecyzowania "związku" nieruchomości z prowadzeniem działalności gospodarczej.
Zagadnienie znaczenia pojęcia "związania" nieruchomości z prowadzeniem działalności gospodarczej doczekało się doprecyzowania m. in. w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 15 grudnia 2021 r., sygn. akt III FSK 4061/21, gdzie wskazano, że związek ten, oprócz samego posiadania nieruchomości przez przedsiębiorcę lub inny podmiot prowadzący działalność gospodarczą, winien być oparty na faktycznym lub nawet potencjalnym wykorzystywaniu tej nieruchomości w działalności gospodarczej tego podmiotu. Grunty, budynki i budowle, które choćby pośrednio lub w ograniczonym zakresie służą prowadzeniu działalności gospodarczej, powinny być uznane ze związane z tą działalnością. W ustaleniu istnienia związku nieruchomości z prowadzoną działalnością gospodarczą przydatne mogą być przykładowo wprowadzenie nieruchomości do ewidencji środków trwałych, ujęcie wydatków na nabycie lub wytworzenie oraz utrzymanie w kosztach działalności gospodarczej. O istnieniu takiego związku może też świadczyć charakter rzeczy (np. budowli) wskazujący na jej gospodarcze przeznaczenie (wyroki NSA z 4 marca 2021 r., sygn. akt III FSK 895-898/21).
Naczelny Sąd Administracyjny orzekający w niniejszej sprawie podziela co do zasady te poglądy. Oceniając istnienie związku nieruchomości z prowadzeniem działalności gospodarczej, należy wziąć pod uwagę status podatnika i charakter jego działalności. Jest to szczególnie widoczne w przypadku osób fizycznych, u których obok sfery związanej z prowadzeniem działalności gospodarczej, w każdym przypadku można wyróżnić także sferę prywatną. Nieruchomość posiadana przez przedsiębiorcę będącego osobą fizyczną nie jest związana z prowadzoną działalnością gospodarczą, jeżeli można ją powiązać wyłącznie z jego sferą prywatną. Podobnie w przypadku osób prawnych, których działalność nie ma jednolitego charakteru, gdzie obok działalności gospodarczej występują również inne formy aktywności. Jeżeli w funkcjonowaniu danego podmiotu można wyodrębnić działalność gospodarczą, o której mowa art. 1a ust. 1 pkt 4 u.p.o.l., a także działalność, która nie spełnia tej definicji, to w świetle wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 24 lutego 2021 r., SK 39/19, sam fakt prowadzenia przez ten podmiot działalności gospodarczej nie uzasadnia twierdzenia, że wszystkie posiadane przez niego nieruchomości są związane z prowadzeniem działalności gospodarczej w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l. Przykładem podmiotów, których działalność nie ma jednolitego charakteru mogą być agencje państwowe, stowarzyszenia lub fundacje. Nie można wykluczyć, że w działalności także innych jednostek organizacyjnych da się wyodrębnić sferę działalności gospodarczej oraz sferę, która nie spełnia definicji działalności gospodarczej.
Jednocześnie co istotne, "związanie gruntu, budynku lub budowli z prowadzeniem działalności gospodarczej" w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l. jest pojęciem szerszym od pojęcia "zajęcie (gruntu) na prowadzenie działalności gospodarczej", którym ustawodawca posłużył się w art. 2 ust. 2 oraz art. 5 ust. 1 pkt 2 lit. b) i c) u.p.o.l. Związanie gruntu z działalnością gospodarczą nie musi oznaczać jego zajęcia na prowadzenie działalności gospodarczej. Oznacza to, że dla wykazania istnienia związku nieruchomości z działalnością gospodarczą, z zastrzeżeniem ustawowych wyłączeń, nie jest konieczne jego faktyczne wykorzystywanie (zajęcie) do prowadzenia działalności gospodarczej.
Odnosząc przywołane uwagi ogólne do okoliczności faktycznych rozpoznawanej sprawy, należy stwierdzić, że spółka bezspornie jest przedsiębiorcą prowadzącym działalność gospodarczą w rozumieniu art. 1a ust 1 pkt 4 u.p.o.l. Zakres tej działalności jest szeroki i obejmuje między innymi dzierżawę, kupno i sprzedaż nieruchomości. Bezspornym pozostaje nadto, że posiadane przez spółkę nieruchomości, w tym również grunty pod zlikwidowanymi liniami kolejowymi wchodzą w skład przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 55¹ ustawy z dnia 23 kwietnia 1964 r. - Kodeks cywilny (t.j. Dz.U. z 2022 r. poz. 1360 ze zm.). Bez wątpienia likwidacja linii kolejowej na spornych gruntach uniemożliwia wykorzystanie ich do działalności związanej z transportem kolejowym, co jednocześnie nie przesądza automatycznie o utracie związku tych nieruchomości z działalnością gospodarczą. Mogą one być wykorzystywane w działalności handlowej lub usługowej (sprzedaż lub dzierżawa nieruchomości). Przede wszystkim zaś stanowią składnik majątkowy przedsiębiorstwa przeznaczony do prowadzenia działalności gospodarczej. Już tylko te okoliczności powodują związanie gruntów z prowadzoną działalnością gospodarczą. Z powyższego jednoznacznie wynika, że w realiach przedmiotowej sprawy spełnione są kryteria pozwalające na uznanie spornych gruntów za związane z działalnością gospodarczą spółki. Związek spornych gruntów z działalnością gospodarczą nie wynika zatem z samego faktu ich posiadania przez spółkę. Spółka nie wykazała przy tym innego niż gospodarczy obszaru swej aktywności, z którym można byłoby powiązać sporne nieruchomości.
W konsekwencji należy stwierdzić, że słusznie organ zarzucił w skardze kasacyjnej, że sąd pierwszej instancji błędnie zinterpretował art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l. w kontekście wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 24 lutego 2021 r., SK 39/19 oraz ustalonych prawidłowo realiów faktycznych sprawy, bowiem brak było podstaw do uznania, że sporne nieruchomości nie mogą być wykorzystane do działalności gospodarczej z trwałych i obiektywnych przyczyn. Niemożność wykonywania usług w zakresie transportu kolejowego nie pozbawia tych gruntów związku z działalnością gospodarczą spółki. Zatem zarzuty naruszenia art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l. oraz art. 5 ust. 1 pkt 1 lit. a) w zw. z art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l. okazały się zasadne. Z tych powodów zaskarżony wyrok został uchylony.
Bezzasadny jest natomiast podniesiony w skardze kasacyjnej organu zarzut naruszenia art. 153 p.p.s.a. Uzasadniając go powołano się na to, że wskazania sądu co do dalszego postępowania są, najogólniej rzecz biorąc, błędne. Tego rodzaju argumentacja nie może jednak uczynić zasadnym zarzutu naruszenia samego art. 153 p.p.s.a. Przepis ten stanowi, że ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie.
Przede wszystkim przepis ten - sam w sobie, bez powiązania z innymi regulacjami - może ewentualnie naruszyć tylko organ lub sąd, który jest związany oceną prawną i/lub wskazaniami co do dalszego postępowania, tj. ten, do kogo takie wytyczne są adresowane i kto jest nimi związany na zasadzie art. 153 p.p.s.a. Nie może tego przepisu naruszyć sąd, który takich wskazań udziela, poprzez to, że wskazania te są, zdaniem autora zarzutu, merytorycznie niewłaściwe. Do sądu udzielającego wskazań odnosi się przepis art. 141 § 4 p.p.s.a., który wskazuje, jakie elementy powinno zawierać uzasadnienie wyroku. Tak czy inaczej jednak, ani powołanym w skardze kasacyjnej zarzutem naruszenia samego tylko art. 153 p.p.s.a. (bez powiązania z innymi przepisami), ani też zarzutem naruszenia samego art. 141 § 4 p.p.s.a. (również bez powiązania z innymi przepisami) nie można skutecznie podważyć merytorycznej poprawności stanowiska sądu i udzielonych przez niego wskazań co do dalszego postępowania. Art. 153 p.p.s.a. użyty w tej sprawie jako podstawa kasacyjna jest chybiony jeszcze z jednego powodu. Mianowicie, zgodnie z art. 174 p.p.s.a. podstawę skargi kasacyjnej może stanowić (pkt 2) zarzut naruszenia przepisów postępowania, o ile zostanie wykazane, że "uchybienie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy". Przez wynik sprawy należy rozumieć wynik ukształtowany tym rozstrzygnięciem, które kwestionowane jest danym zarzutem - nie zaś przyszłe rozstrzygnięcie organu podatkowego czy sądu, które ma lub może zapaść na dalszych etapach postępowania. Innymi słowy nie chodzi o "wynik" rozumiany pro futuro, lecz o to rozstrzygnięcie, które właśnie zapadło. Tymczasem zarzutu naruszenia art. 153 p.p.s.a. w skardze kasacyjnej nie uzasadniono (co zresztą oczywiste) wskazując jego wpływ na treść zaskarżonego wyroku. Niezasadność zarzutu naruszenia art. 153 p.p.s.a. nie przekreśla jednak omówionej wyżej wadliwości wyroku, polegającej na naruszeniu przepisów prawa materialnego, która skutkowała uchyleniem wyroku.
Uznając sprawę za dostatecznie wyjaśnioną Naczelny Sąd Administracyjny kierując się treścią art. 188 p.p.s.a. nie poprzestał na uchyleniu zaskarżonego wyroku, lecz rozpoznał skargę i zadecydował o jej oddaleniu. Zarzuty stawiane w skardze do WSA odnoszące się do meritum sporu były bezzasadne, co wynika z przedstawionej wyżej oceny Naczelnego Sądu Administracyjnego odnoszącej się do zarzutów naruszenia prawa materialnego, podniesionych w skardze kasacyjnej. W rezultacie, wbrew stanowisku WSA uznać należało, że zaskarżona decyzja nie narusza art. 122 i art. 187 § 1 O.p., ponieważ organ oparł się na wystarczającym materiale dowodowym, który dawał dostateczne podstawy do zajęcia stanowiska przez pryzmat art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l. rozumianego w zgodzie z wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z 24 lutego 2021 r., SK 39/19. Z zebranego materiału dowodowego organ wyprowadził prawidłowe wnioski co do związania spornych gruntów z działalnością gospodarczą, nie naruszając art. 191 O.p. i w konsekwencji nie naruszając art. 1a ust. 1 pkt 3 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. Z tych samych powodów nie miało miejsca zarzucane w skardze naruszenie przez organ art. 180 § 1, 187 § 1, 191 O.p w zw. z art. 190 ust. 1 Konstytucji RP, przez nieuwzględnienie wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 24 lutego 2021 r., sygn. akt SK 39/19 przez przyjęcie, że samo posiadanie gruntu przez przedsiębiorcę jest warunkiem wystarczającym do opodatkowania.
Co do kwestii nieobjętych zarzutami skargi kasacyjnej, a podnoszonych w skardze do WSA, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że istotnie SKO wbrew dyspozycji art. 200 § 1 O.p. nie wyznaczyło stronie siedmiodniowego terminu na wypowiedzenie się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Należy jednak zgodzić się z sądem pierwszej instancji, że niewykonanie przez organ podatkowy obowiązku wynikającego z art. 200 § 1 O.p. stanowi wprawdzie naruszenie prawa mogące – w konkretnych okolicznościach - mieć wpływ na wynik sprawy, należy jednak rozważyć, czy w realiach rozpoznawanej sprawy uchybienie to rzeczywiście mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a tylko takie uchybienie stanowi podstawę do uchylenia decyzji w świetle art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. W tym przypadku Naczelny Sąd Administracyjny nie dopatrzył się istotnego wpływu naruszenia na wynik sprawy. Postępowanie odwoławcze toczyło się od sierpnia 2023 r. do maja 2024 r. Skarżąca przez ten czas mogła zgłaszać wnioski dowodowe i przedkładać dowody. Uczyniła to jednak dopiero na etapie skargi do sądu administracyjnego. Nie sposób uznać, aby niewyznaczenie terminu na wypowiedzenie się w sprawie zebranego materiału dowodowego (art. 200 § 1 O.p.) uniemożliwiło wcześniejsze przedłożenie tych dowodów. SKO w decyzji odniosło się do materiału dowodowego zgromadzonego w toku postępowania przed organem pierwszej instancji, który był znany Skarżącej i nie uległ zmianie. Ewentualny wniosek "o przeprowadzenie rozprawy przed SKO w Bydgoszczy" – co podniesiono na s. 3 skargi do WSA - dotyczył niewłaściwego organu, ponieważ właściwe było SKO w Gdańsku, a nie w Bydgoszczy. Z tych powodów Naczelny Sąd Administracyjny uznaje, że naruszenie art. 200 § 1 O.p. nie mogło mieć istotnego wpływu na wynik sprawy.
W skardze do WSA postawiono również zarzut braku materialnoprawnej podstawy do opodatkowania, gdyż – jak wskazano w skardze - uchwała Nr [...] Rady Miejskiej D. z dnia [...] w sprawie określenia wysokości stawek podatku od nieruchomości ([...]), powołana w decyzji określającej, na mocy § 3 uchwały nr [...] z dnia [...] w sprawie określenia wysokości stawek od podatku od nieruchomości ([...]), utraciła moc i w dacie wydawania decyzji pierwszoinstancyjnej nie obowiązywała. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego zarzut braku podstawy materialnoprawnej do wydania decyzji jest bezzasadny. Uchwała Nr [...] Rady Miejskiej D. z dnia [...] utraciła moc z dniem 1 stycznia 2020 r., kiedy to weszła w życie nowa uchwała – uchwalona [...] nr [...] w sprawie określenia wysokości stawek od podatku od nieruchomości. Data wejścia w życie nowej uchwały, co pociąga za sobą m.in. uchylenie poprzednio obowiązującej (zgodnie z §3), wynika z § 5 tej uchwały. Rozpoznawana sprawa dotyczy roku 2019, w którym obowiązywała uchwała Nr [...] Rady Miejskiej D. z dnia [...] To, że następnie utraciła moc – i stało się to przed datą orzekania przez organy podatkowe o wysokości podatku za rok 2019 - nie wpływa na możliwość a nawet konieczność jej stosowania do sytuacji nią objętych, tj. do zobowiązań podatkowych za rok 2019.
Naczelny Sąd Administracyjny nie dostrzegł też przesłanki do uchylenia zaskarżonej decyzji ze względu na podnoszone przez Stronę okoliczności dotyczące skażenia gruntu olejem kreozotowym. Sądowi znana jest okoliczność, iż szkodliwość tego środka została uznana przez Unię Europejską, która dyrektywą Komisji nr 2011/71/UE z dnia 26 lipca 2011 r. zmieniającą dyrektywę Parlamentu Europejskiego i Rady nr 98/8/WE włączyła kreozot jako substancję czynną do załącznika I do tej dyrektywy. Z przedłożonej przez Spółkę wraz ze skargą opinii sporządzonej przez prof. dr hab. M. B. wraz z wydrukiem odnośnie kreozotu, dotyczącej stosowania oleju kreozotowego do impregnowania drewna wynika, że tereny, na których znajdowały się wyroby drewniane impregnowane olejem kreozotowym z dużym prawdopodobieństwem uznać należy za tereny skażone, a ziemię z tych obszarów, po wcześniejszym określeniu zawartości szkodliwych substancji, poddać procesowi rekultywacji. Zastrzec jednak należy, że sporządzona ekspertyza zawierała uwagi natury ogólnej odnośnie do możliwego, szkodliwego oddziaływania kreozotu na grunt po zlikwidowanych torach (podkładach kolejowych). Nie wskazywała natomiast, że grunty objęte postępowaniem w niniejszej sprawie zostały nim skażone i to w stopniu, który uniemożliwia ich wykorzystanie.
Poglądu o skażeniu gruntów olejem kreozotem nie da się również wywieść ze sprzeciwu Wojewody Warmińsko-Mazurskiego – decyzji z dnia [...] wobec zamiaru wykonania robót rozbiórkowych polegających na demontażu nieczynnych torów, gdyż dotyczył on demontażu torów głównych, zasadniczych i szlakowych linii kolejowej nr [...] C. – S. – od 0,900 km do 46,470 km, zatem terenów obejmujących inne tereny gruntowe. Samo twierdzenie zaś, że "roboty rozbiórkowe nieczynnej linii kolejowej generują duże ilości toksycznych odpadów" nie jest tożsame ze stwierdzeniem o skażeniu przedmiotowych gruntów, które skutkowałoby zupełną ich eliminacją z możliwości wykorzystania przez Spółkę. Co do pisma Dyrektora Departamentu P. z dnia 21 sierpnia 2003 r. (nr [...]) należy podkreślić, iż jest to pismo sporządzone na tle ówcześnie obowiązującego stanu prawnego z przywołaniem wyroków sądowych zapadłych w minionym okresie. W treści wskazuje się, że "w przypadku gruntów wyłączenie nastąpi tylko w niektórych sytuacjach np. chemicznego, radioaktywnego lub bakteriologicznego skażenia gruntu, które uniemożliwi jego użytkowanie", co w przełożeniu na realia rozpoznawanej sprawy nie odnosi się wprost do gruntów stanowiących przedmiot sporu, a jedynie w sposób ogólny sygnalizuje o wyłączeniu gruntów w podanych niektórych sytuacjach. Z tych względów, sporne nieruchomości nie mogły być również uznane za niezdatne do prowadzenia działalności gospodarczej.
W skardze nadmieniono również, że na Skarżącej ciążą ustawowe obowiązki związane z obronnością, jednakże nie wskazano ani nie wykazano w toku postępowania podatkowego, aby grunty, co do opodatkowania których toczy się spór, były związane z zadaniami z zakresu obronności.
Odnosząc się do podniesionego w uzupełnieniu skargi zarzutu naruszenia art. 21 § 3 O.p. z uwagi na wydanie wyłącznie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, w przypadku gdy przepisy nakładają na organ podatkowy obowiązek wydania decyzji określającej oraz odmowę stwierdzenia nadpłaty, kiedy organ nie znajduje podstawy do uznania nadpłaty, należy wyjaśnić, co następuje. Postępowanie zakończone niniejszym wyrokiem zostało wszczęte z urzędu postanowieniem Burmistrza z 23 lutego 2023 r. o wszczęciu postępowania podatkowego w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości Spółki za 2019 r. Organ podatkowy w związku ze złożonymi deklaracjami na podatek od nieruchomości za lata 2017-2022 powziął wątpliwość, czy Spółka miała prawo do zastosowania stawki dla gruntów pozostałych w podatku od nieruchomości w odniesieniu do gruntów zlikwidowanego odcinka linii kolejowej nr [...] M. - M. Postępowanie to zaowocowało wydaniem przez Burmistrza decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego spółki z 27 czerwca 2023r. (k. 552 akt adm.). Skarżąca w treści uzupełnienia skargi podała, ze podstawą prawną decyzji określającej organu pierwszej instancji był art. 21 § 1 i 3 O.p. Jej zdaniem podstawa prawna jest prawidłowa, ale w przypadku wystąpienia przez Skarżącą z wnioskiem o zwrot nadpłaty za rok 2019 połączonym z korektą deklaracji za ten rok prawidłowe procedowanie obu organów zdaniem Skarżącej wymagało, aby po określeniu wysokości zobowiązania podatkowego ustosunkować się merytorycznie do złożonego przed wszczęciem postępowania podatkowego wniosku o stwierdzenie nadpłaty poprzez zawarcie w decyzji odmowy jej stwierdzenia.
Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza jednak, że formalnie rzecz biorąc to postępowanie, co do którego obecnie wypowiada się Naczelny Sąd Administracyjny, nie toczyło się z wniosku Spółki, lecz zostało wszczęte z urzędu przez Burmistrza. Jak wynika z treści przytoczonego postanowienia oraz decyzji Burmistrza przedmiotem tego postępowania nie było rozstrzygnięcie o zasadności wniosku Spółki. Naczelny Sąd Administracyjny dostrzega to, że do akt sądowych sprawy o sygn. I SA/Gd 490/24 zakończonej zaskarżonym skargą kasacyjną wyrokiem został przy piśmie pełnomocnika z 12 września 2024 r. (k. 72) złożony wniosek Spółki z dnia 2 kwietnia 2021 r. o stwierdzenie nadpłaty, dotyczący podatku od nieruchomości za lata 2016 – 2020. Naczelny Sąd Administracyjny nie twierdzi, że wniosek taki mógł pozostać bez odpowiedzi, a jedynie to, że kwestia sygnalizowana w zarzucie naruszenia art. 21 § 3 O.p., leży poza granicami tej sprawy w rozumieniu art. 134 § 1 p.p.s.a. Dlatego też zarzut naruszenia art. 21 § 3 O.p. należy ocenić jako chybiony.
W skardze do WSA zarzucono również naruszenie m.in. art. 141 § 4 i art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a., które to przepisy – będąc przepisami procedury obowiązującej przed sądami administracyjnymi – nie mogły być naruszone przez organy podatkowe. Dlatego też oparty na nich zarzut podniesiony zanim sąd podjął jakiekolwiek rozstrzygnięcie, jest chybiony.
Reasumując, żaden z zarzutów podniesionych w skardze do WSA nie był zasadny, natomiast z omówionych wyżej powodów zasadna okazała się skarga kasacyjna organu, toteż Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 188 w zw. z art. 151 p.p.s.a. orzekł jak w pkt 1 i 2 wyroku. O kosztach postępowania sądowego w pkt 3 wyroku na wniosek organu rozstrzygnięto w oparciu o art. 203 pkt 2 p.p.s.a. w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a Na koszty te (w sumie 9133 zł) złożyły się: wpis od skargi kasacyjnej (1033 zł) oraz wynagrodzenie profesjonalnego pełnomocnika reprezentującego SKO (8100 zł).
s. Agnieszka Olesińska s. Jolanta Sokołowska s. Wojciech Stachurski