Powołane rozporządzenie 2015/1589 definiuje w art. 1 takie pojęcia, jak: (a) "pomoc", która oznacza każdy środek spełniający wszystkie kryteria ustanowione w art. 107 ust. 1 TfUE; (b) "nowa pomoc", która oznacza każdą pomoc, czyli programy pomocowe i pomoc indywidualną, która nie jest pomocą istniejącą, włącznie ze zmianami istniejącej pomocy; (c) "pomoc indywidualna", która oznacza pomoc, która nie jest przyznawana na podstawie programu pomocowego oraz podlegającą obowiązkowi zgłoszenia pomoc przyznawaną na podstawie programu pomocowego; (d) "pomoc niezgodna z prawem", która oznacza nową pomoc, wprowadzoną w życie z naruszeniem art. 108 ust. 3 TfUE.
W art. 2 rozporządzenia 2015/1589, w nawiązaniu do art. 108 ust. 3 TfUE, nałożono na zainteresowane państwo członkowskie obowiązek zgłoszenia Komisji Europejskiej w odpowiednim czasie wszelkich planów przyznania nowej pomocy. Jeżeli zatem państwo członkowskie Unii Europejskiej zamierza ustanowić taką pomoc ("nową pomoc"), to zdaniem WSA w Rzeszowie, musi co do zasady przestrzegać przewidzianych w tych przepisach obowiązku uprzedniego (prewencyjnego) zgłoszenia tej pomocy Komisji oraz obowiązku powstrzymania się od jej wprowadzenia w życie dopóty, dopóki procedura, której ta pomoc podlega, nie doprowadzi do wydania decyzji końcowej, a pomoc przyznana z jego naruszeniem jest niezgodna z prawem.
Sąd pierwszej instancji wskazał, że ustawa z 16.11.2016 r. o zmianie ustawy o transporcie kolejowym oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. poz. 1923) nie została zgłoszona Komisji Europejskiej do procedury uprzedniej konsultacji. Rodzi to dla państwa członkowskiego określone skutki, wynikające z TfUE i rozporządzenia 2015/1589. Rzeczpospolita Polska nie realizowała procedury określonej w art. 108 ust. 3 TfUE oraz art. 2 rozporządzenia 2015/1589. Wobec tego, z uwagi na art. 108 ust. 3 zdanie trzecie TfUE, państwo członkowskie nie może wprowadzać w życie projektowanych środków, dopóki procedura ta nie doprowadzi do wydania decyzji końcowej. Według art. 3 rozporządzenia 2015/1589, pomocy podlegającej obowiązkowi zgłoszenia zgodnie z art. 2 ust. 1 nie wprowadza się w życie do czasu podjęcia przez Komisję decyzji zezwalającej na taką pomoc lub do czasu uznania takiej decyzji Komisji za podjętą. Wskazanie organu interpretacyjnego o niemożności zrealizowania przez spółkę uprawnienia wynikającego z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. ma zatem legalną podstawę prawną.
4.2. Zdaniem WSA w Rzeszowie organ interpretacyjny, dokonując prawnopodatkowej oceny przedstawionego zdarzenia przyszłego, był zatem uprawniony do powołania się bezpośrednio na przepisy UE, zarówno na art. 107 i 108 TfUE, jak i na klauzulę zawieszającą, o której mowa w art. 3 rozporządzenia 2015/1589, ponieważ zidentyfikowana materia dotyczyła zagadnienia selektywnej, nowej pomocy publicznej, udzielanej przez państwo członkowskie przedsiębiorcy, czyli materii przekazanej do kompetencji UE w ramach zagadnień związanych z ochroną wspólnego rynku i konkurencyjności przedsiębiorstw. Ani organ interpretacyjny, ani Sąd w ramach sprawowanej kontroli, nie dokonują oceny zgodności środków pomocowych z rynkiem wewnętrznym, która wchodzi w zakres wyłącznych kompetencji Komisji. Sądy krajowe są natomiast uprawnione do stwierdzenia, czy dany środek krajowy należy sklasyfikować jako pomoc publiczną w rozumieniu Traktatu.
5. Stanowiska stron w postępowaniu przed Naczelnym Sądem Administracyjnym.
5.1. Skargę kasacyjną od ww. wyroku WSA w Rzeszowie do Naczelnego Sądu Administracyjnego (uzupełnioną pismami z 4.04.2023 r. oraz 31.07.2025 r.) wniosła skarżąca (reprezentowana przez pełnomocnika – doradcę podatkowego), która zaskarżyła ten wyrok w całości. Wnosząc o rozpoznanie sprawy na rozprawie, sformułowała również wniosek o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i rozpoznanie skargi przez uchylenie zaskarżonej interpretacji, ewentualnie o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania przez Sąd pierwszej instancji, a także zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego.
5.1.1. Na podstawie art. 174 pkt 1 p.p.s.a. skarżąca zarzuciła Sądowi pierwszej instancji naruszenie prawa materialnego, tj.:
1) art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. w związku z art. 4 pkt 1 u.t.k., załącznikiem nr 1 do ustawy o transporcie kolejowym, art. 107 ust. 1 oraz art. 108 ust. 1, 2 i 3 TfUE przez błędną wykładnię tych przepisów i uznanie, że posiadane przez skarżącą grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym (art. 4 pkt 1 u.t.k. w związku z załącznikiem nr 1 do u.t.k.), które mają być udostępniane licencjonowanemu przewoźnikowi kolejowemu, nie są zwolnione z opodatkowania podatkiem od nieruchomości dla infrastruktury kolejowej (art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l.) z uwagi na ocenę, że przyznanie zwolnienia stanowiłoby niedozwoloną pomoc publiczną (art. 107 ust. 1 TfUE w związku z art. 108 ust. 1, 2 i 3 TfUE), co doprowadziło do niewłaściwego zastosowania tych przepisów, podczas gdy zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. nie spełnia kryteriów pomocy publicznej, a jego wprowadzenie nie musiało być notyfikowane do Komisji Europejskiej;
2) art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. w związku z art. 4 pkt 1 u.t.k., załącznikiem nr 1 do ustawy o transporcie kolejowym, art. 7 Konstytucji oraz art. 120 o.p. przez błędną wykładnię tych przepisów, co doprowadziło do odmowy zastosowania powszechnie obowiązujących przepisów, tj. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w związku z przepisami ustawy o transporcie kolejowym, a także wbrew zawartej w art. 7 Konstytucji zasadzie praworządności, zgodnie z którą organy władzy publicznej działają na podstawie i w granicach prawa, odzwierciedlonej również wprost w art. 120 o.p., w konsekwencji czego doszło do niewłaściwego zastosowania (braku zastosowania) tych przepisów;
3) art. 1 lit. a i c oraz art. 3 rozporządzenia 2015/1589 w związku z art. 6 ust. 2 u.p.p.p. oraz art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. przez ich błędną wykładnię i w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie polegające na przyjęciu, że należało odmówić skarżącej zastosowania zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w związku z uznaniem, że przepis ten stanowi program pomocowy, który powinien podlegać notyfikacji przez Komisję, co jest rezultatem błędnej wykładni art. 1 lit. a i c oraz art. 3 rozporządzenia 2015/1589, art. 6 ust. 2 u.p.p.p. i przesłanek niedozwolonej pomocy publicznej z art. 107 ust. 1 TfUE, podczas gdy zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. nie spełnia kryteriów pomocy publicznej, a jego wprowadzenie nie musiało być notyfikowane do Komisji Europejskiej.
5.1.2. Na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. skarżąca zarzuciła Sądowi pierwszej instancji naruszenie przepisów postępowania, tj.: art. 146 § 1 i art.151 p.p.s.a. przez oddalenie skargi, podczas gdy interpretacja powinna była zostać uchylona jako wydana z naruszeniem prawa materialnego.
5.2. W odpowiedzi na skargę kasacyjną organ interpretacyjny wniósł o jej oddalenie i zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego.
5.3. Postanowieniem z 19.04.2023 r. Naczelny Sąd Administracyjny postanowił na podstawie art. 267 TfUE skierować do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej następujące pytania prejudycjalne:
1) "Czy w świetle art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) zakłóca lub grozi zakłóceniem konkurencji przyznanie przez kraj członkowski adresowanej do wszystkich przedsiębiorców ulgi podatkowej, takiej jak w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. z 2019 r. poz. 1170 ze zm.), polegającej na zwolnieniu od podatku od nieruchomości gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym?
2) Czy w przypadku odpowiedzi pozytywnej na pytanie 1 przedsiębiorca, który skorzystał ze zwolnienia od podatku na podstawie ww. przepisu krajowego, wprowadzonego bez zachowania wymaganej procedury, określonej w art. 108 ust. 3 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) w związku z art. 2 Rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589 z dnia 13 lipca 2015 r. ustanawiającego szczegółowe zasady stosowania art. 108 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (tekst jednolity) (Tekst mający znaczenie dla EOG), Dz. U. UE L 248/9 z 24.09.2015 r., jest zobowiązany do zapłaty zaległego podatku wraz z odsetkami?".
W punkcie 2 sentencji Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 124 § 1 pkt 5 p.p.s.a. postanowił zawiesić postępowanie w sprawie do czasu rozstrzygnięcia przedstawionych wyżej pytań prejudycjalnych. Sprawa została zarejestrowana pod sygn. C-453/23.
5.4. Postanowieniem z 11.06.2025 r. Naczelny Sąd Administracyjny podjął zawieszone postępowanie kasacyjne.
6. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
6.1. Skarga kasacyjna zawiera usprawiedliwione podstawy, ponieważ wyrok WSA w Rzeszowie nie odpowiada prawu i dlatego skarga kasacyjna podlega uwzględnieniu. W rozpoznawanej sprawie skarżąca sformułowała zarówno zarzuty naruszenia prawa materialnego, jak i przepisów postępowania. Przy czym wypada zauważyć, że zarzuty kasacyjne naruszenia prawa materialnego oraz przepisów postępowania są zasadniczo powtórzeniem zarzutów sformułowanych w skardze do WSA w Rzeszowie.
6.2. Chybiony jest zarzut naruszenia zarówno art. 151 p.p.s.a., według którego w razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części, jak również art. 146 § 1 p.p.s.a., w myśl którego Sąd uwzględniając skargę uchyla interpretację. Przepisy te określane są mianem "przepisów wynikowych", które nie mogą stanowić samoistnej podstawy skargi kasacyjnej. Przepisy art. 151 oraz art. 146 § 1 p.p.s.a. określają jedynie sposób rozstrzygnięcia danej sprawy. Błędne oddalenie skargi albo uchylenie interpretacji samo w sobie nie polega na błędnym zastosowaniu i tym samym na naruszeniu art. 151 albo art. 146 § 1 p.p.s.a. Stanowi ono skutek błędu popełnionego na etapie poprzedzającym, a mianowicie na etapie kontroli zaskarżonego aktu z punktu widzenia jego zgodności z przepisami prawa, które wojewódzki sąd administracyjny stosował lub powinien był zastosować jako normatywne wzorce kontroli legalności tego aktu (normę dopełnienia). Błędne rozstrzygnięcie jest więc jedynie następstwem błędu podstawowego, polegającego na wadliwym wykonaniu funkcji kontrolnej, o której mowa w art. 1 § 2 p.u.s.a. W związku z tym zarzutowi naruszenia zarówno art. 151 p.p.s.a., jak i art. 146 § 1 p.p.s.a towarzyszyć powinno powiązanie go z konkretnymi przepisami prawa materialnego lub przepisami postępowania, w odniesieniu do których wykazywane ich naruszenie przez wojewódzki sąd administracyjny polegałoby na wadliwym przeprowadzeniu przez sąd kontroli ich zastosowania oraz wykładni przez organ administracji, który wydał zaskarżony akt (zob. np. wyrok NSA z 17.05.2024 r., III OSK 1052/24).
6.3. Merytoryczna kwestia sporna w sprawie dotyczy uznania, czy zwolnienie przyznane na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. stanowi pomoc publiczną (pomoc państwa) i jako takie, może obowiązywać bez notyfikowania i zatwierdzenia przez Komisję Europejską. Dla rozstrzygnięcia zawisłego sporu kluczowy jest wyrok TSUE z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23, wydany w konsekwencji odpowiedzi na cytowane wyżej pytanie prejudycjalne zadane przez skład orzekający NSA w niniejszej sprawie.
Wyrokiem z 29.04.2025 r. Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej (Wielka Izba) w sprawie o sygn. C-453/23 (ECLI:EU:C:2025:285), dotyczącej skarżącej orzekł, że "Artykuł 107 ust. 1 TfUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści".
W sentencji ww. wyroku został zastosowany wprawdzie tryb przypuszczający, jednakże już w uzasadnieniu tego wyroku Trybunał Sprawiedliwości wyraził kategorycznie pogląd, w którym przyjął, że - z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd odsyłający- przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia (pkt 74). Nawiązując do tezy ww. wyroku Trybunału Sprawiedliwości i odnosząc się do użytego w polskim tłumaczeniu zwrotu "nie wydaje się, by", celowe jest także sięgnięcie do tekstu pierwotnego, który został przygotowany w języku francuskim. Oryginalne brzmienie tezy wyroku w języku francuskim, to: "L’article 107, paragraphe 1, TFUE doit être interprété en ce sens qu’une législation d’un État membre qui exonère de l’impôt foncier les terrains, bâtiments et constructions faisant partie de l’infrastructure ferroviaire, lorsque celle-ci est mise à la disposition des transporteurs ferroviaires, n’apparaît pas comme étant une mesure qui procure un avantage sélectif aux bénéficiaires de cette exonération". Tezę ww. wyroku Trybunału Sprawiedliwości sporządzonej w języku francuskim można zatem nieco inaczej tłumaczyć niż w opublikowanej na stronach Trybunału Sprawiedliwości wersji polskiej, tj. w ten sposób, że: art. 107 ust. 1 TfUE należy interpretować w ten sposób, iż przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle stanowiące część infrastruktury kolejowej, gdy infrastruktura ta jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, nie wydają się być środkiem przyznającym selektywną korzyść beneficjentom tego zwolnienia. Taka wersja tłumaczenia nadaje trochę inny i bardziej zdecydowany sens wypowiedzi Trybunału Sprawiedliwości, a także bardziej nawiązuje do stanowiska rzecznik generalnej Juliane Kokott z 17.10.2024 r. (ECLI:EU:C:2024:898).
W uzasadnieniu swojego wyroku Trybunał Sprawiedliwości przywołał zresztą fragmenty opinii rzecznik generalnej Juliane Kokott z 17.10.2024 r. (ECLI:EU:C:2024:898), w której wskazała ona w pkt 33, że państwa członkowskie w ramach przysługującej im autonomii podatkowej mogą w sposób zgodny z prawem realizować za pomocą podatków bezpośrednich, oprócz celu czysto budżetowego, jeden lub kilka innych celów, które stosownie do okoliczności stanowią razem cel właściwych ram odniesienia. Komisja dysponuje zaś szerokimi uprawnieniami dyskrecjonalnymi przy uznawaniu niektórych rodzajów pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym na podstawie art. 107 ust. 3 TfUE. Gdyby wykonywanie tych uprawnień miało obejmować wszelkie ogólne i abstrakcyjne zwolnienia podatkowe, istniałoby wówczas ryzyko, że ocena Komisji systematycznie zastępowałaby ocenę państw członkowskich w tej dziedzinie, a tym samym naruszałaby ich autonomię podatkową (pkt. 51 i 52 wyroku).
W uzasadnieniu ww. wyroku Trybunał Sprawiedliwości - powołując się obszernie na dotychczasowe orzecznictwo - wskazał, że interwencje państw członkowskich w dziedzinach, które nie były przedmiotem harmonizacji w prawie Unii, takich jak dziedzina podatków bezpośrednich, nie są wyłączone z zakresu stosowania postanowień TfUE dotyczących kontroli pomocy państwa. Państwa członkowskie powinny zatem powstrzymać się od przyjmowania wszelkich środków podatkowych mogących stanowić pomoc państwa niezgodną z rynkiem wewnętrznym. Autonomia przyznana państwom członkowskim w dziedzinie podatków bezpośrednich oznacza także, że owe państwa mają możliwość dokonania kategoryzacji podatkowej, a w szczególności wprowadzenia zwolnień podatkowych, które uznają za najbardziej odpowiednie do realizacji zamierzonych przez nie celów leżących w interesie ogólnym, niezależnie od tego, czy cele te mają charakter podatkowy, czy też nie (pkt 48 i 51 wyroku).
W uzasadnieniu ww. wyroku Trybunał Sprawiedliwości również wskazał, że w celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TfUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać "niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów" w porównaniu z innymi, znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które można uznać za dyskryminacyjne (pkt 43). W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za "selektywny" należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli "normalny" system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie "pomocy państwa" nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się, w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (pkt 44).
Według Trybunału Sprawiedliwości, system prawny podatku od nieruchomości wynikający z polskiej ustawy o podatkach i opłatach lokalnych stanowi "normalny" system podatkowy, a w konsekwencji - ramy odniesienia mające zastosowanie w sprawie, której dotyczy pytanie prejudycjalne (pkt 62). Na ów system składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 ustawy u.p.o.l. wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63). Dalej zaś, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ww. ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii (pkt 66).
W rezultacie Trybunał Sprawiedliwości stwierdził, że przesłanka posiadania gruntu, budynku lub budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, nie wydaje się związana pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii w rozumieniu pkt 54 i 64 wyroku (pkt 65 i 66). Zdaniem Trybunału Sprawiedliwości wydaje się, że zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności. W konsekwencji wydaje się zatem, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności (pkt 67).
W nawiązaniu do rozstrzygnięcia i argumentacji Trybunału Sprawiedliwości, należy zaakcentować, że zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. ma charakter ogólny i abstrakcyjny i nie powinno być uznane za niedozwoloną, selektywną pomoc publiczną, a przepisy dotyczące tegoż zwolnienia nie naruszają art. 107 ust. 1 TfUE. W zwolnieniu tym próżno doszukiwać się przesłanek opierających się na dyskryminujących parametrach lub uzależniających przyznanie zwolnienia od szczególnych cech przedsiębiorców będących jej beneficjentami. Ponadto, skoro zwolnienie skierowane jest do nieokreślonego kręgu adresatów, a możliwość skorzystania z niego przewidziana jest bez ograniczeń dla każdego, co jednocześnie wyklucza stwierdzenie, by było skierowane do zindywidualizowanego kręgu przedsiębiorców, sektora, regionu czy prowadzących konkretną działalność, to zasadniczo może ono dotyczyć niezliczonych stanów faktycznych, zaś dostęp do zwolnienia ma każdy przedsiębiorca, który korzysta z transportu kolejowego przy użyciu posiadanej bocznicy kolejowej. Bez znaczenia pozostaje również to, jakimi środkami finansowymi dysponują potencjalni beneficjenci. Zwolnienie to skierowane jest przy tym nie tylko do przedsiębiorców, ale do każdego podatnika, niezależnie od tego, czy prowadzi działalność gospodarczą. Zwolnienie to opiera się zatem na neutralnym kryterium, dalekim od wykorzystywania parametrów dyskryminujących. Jednocześnie omawiana instytucja, poza celem/funkcją fiskalną, wypełnia również cel o charakterze środowiskowym, polegający na motywowaniu przedsiębiorstw do remontowania nieczynnych bocznic i do korzystania z transportu kolejowego, który nie powoduje emisji dwutlenku węgla (CO2) i jest bezpieczniejszy niż transport drogowy.
Nadto wypada zwrócić uwagę, że przedmiotem opodatkowania w rozumieniu art. 2 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. jest grunt. Z tej perspektywy jego powierzchnia winna wyznaczać zarówno podstawę opodatkowania od nieruchomości, jak i wyłączenie i zwolnienie z tej daniny, w takim zakresie, w jakim ten grunt jest faktycznie związany (zajęty) na prowadzenie preferowanej przez prawodawcę działalności gospodarczej. Tylko wówczas, gdy z ustalonego stanu faktycznego jednoznacznie wynika, że wymieniony w nim preferowany podatkowo obiekt budowlany zajmuje grunt obejmujący całą działkę geodezyjną, dopuszczalne jest objęcie takiej działki zakresem zwolnienia od podatku od nieruchomości jako infrastruktury kolejowej, spełniającej kryteria z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. Ujęcie w załączniku nr 1 poz. 12 ustawy o transporcie kolejowym "gruntów oznaczonych jako działki ewidencyjne, na których znajdują się elementy wymienione w pkt 1-11", w powiązaniu z regulacją art. 2 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. oraz w związku z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., a także art. 2 ust. 3 pkt 4 tej ustawy, nie pozwala zatem na przyjęcie, że w każdym przypadku taka działka ewidencyjna będzie w całości objęta zwolnieniem albo wyłączeniem z opodatkowania podatkiem od nieruchomości (zob. również uchwała siedmiu sędziów NSA z 29.09.2021 r., III FPS 1/21, wyrok NSA z 21.06.2023 r., III FSK 1111/22). Wbrew stanowisku wyrażonym w wyroku NSA z 6.08.2025 r., III FSK 1126/22, Trybunał Sprawiedliwości w ww. wyroku nie oceniał przy tym zakresu ww. zwolnienia dla gruntów, tj. czy objęto nim działki ewidencyjne wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, a nie wyłącznie fragmenty gruntów zajęte przez bocznice kolejowe.
Konkludując, Naczelny Sąd Administracyjny stoi na stanowisku, że skarżąca błędnie została pozbawiona możliwości skorzystania ze zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. Organ interpretacyjny w sposób nieuzasadniony przyjął, że ww. zwolnienie ma charakter pomocy publicznej poprzez przyznawanie selektywnej korzyści oraz zakłócenie konkurencji, co doprowadziło organ interpretujący do błędnego wniosku, że pomoc w tej formie nie może być, zgodnie z klauzulą zawieszającą, stosowana. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego zachodziła możliwość dokonania oceny ww. zwolnienia z podatku od nieruchomości w kontekście przesłanek pomocy publicznej w postępowaniu związanym z wydaniem interpretacji indywidualnej, z uwzględnieniem przedstawionego stanu faktycznego i właściwych ram prawnych. Potwierdza to w szczególności fakt, że ww. wyrok Trybunału Sprawiedliwości zapadł w następstwie pytania prejudycjalnego, z którym Naczelny Sąd Administracyjny wystąpił w rozpatrywanej sprawie dotyczącej interpretacji przepisów prawa podatkowego.
6.3. W konsekwencji Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 188 i art. 146 § 1 p.p.s.a. uchylił w całości zaskarżony wyrok oraz zaskarżoną interpretację indywidualną. O kosztach postępowania sądowego postanowił w oparciu o art. 200, art. 203 pkt 1 i art. 205 § 2 p.p.s.a. w związku z art. 209 p.p.s.a. W toku ponownego postępowania organ interpretacyjny winien uwzględnić ocenę prawną dokonaną w niniejszym uzasadnieniu.
sędzia NSA Paweł Borszowski sędzia NSA Krzysztof Winiarski sędzia NSA Stanisław Bogucki