a) braku zastosowania przez Dyrektora przepisów dotyczących przerwy w naliczaniu odsetek, które zgodnie z tezami wynikającymi z orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego o sygn. SK 2/10, mają zastosowanie do przewlekłej kontroli celno-skarbowej oraz
b) nieprawidłowego wskazania w tytule wykonawczym stawki odsetek, w odniesieniu do egzekwowanej należności w wysokości 16,5 %, podczas gdy miały miejsce zmiany oprocentowania w poszczególnych okresach za jakie naliczono odsetki,
były niezasadne, w sytuacji gdy, co potwierdza przedstawione przez Spółkę w toku postępowania orzecznictwo, jak również sama treść wyroku Trybunału Konstytucyjnego o sygn. SK 2/10, że przepis art. 54 § 1 pkt 7 o.p. ma również zastosowanie do kontroli celno-skarbowej uregulowanej w ustawie o KAS, a wadliwe określenie okresu za jaki należne są odsetki, oraz wysokości oprocentowania zaległości podatkowej, oznacza objęcie tytułem wykonawczym obowiązku nieistniejącego w części oraz niespełnienie przez ten tytuł wykonawczy warunków formalnych, co powinno skutkować uchyleniem przez WSA postanowienia Dyrektora oraz poprzedzającego go postanowienia Naczelnika na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a.;
3) art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 134 § 1 p.p.s.a, art. 135 p.p.s.a., poprzez bezzasadne oddalenie skargi, w sytuacji gdy zaskarżone postanowienie Dyrektora naruszało art. 124 § 2 k.p.a. w zw. z art. 7 k.p.a., art. 8 k.p.a., art. 9 k.p.a., art. 11 k.p.a. oraz art. 7 § 2 p.e.a. i art. 18 p.e.a., w stopniu które miało istotny wpływ na wynik sprawy z uwagi na fakt braku wyłączenia okresu za jaki należy nie naliczać odsetek za zwłokę, co w toku postępowania egzekucyjnego organ powinien wziąć pod uwagę z urzędu bowiem na mocy art. 7 § 2 p.e.a. egzekucja musi być prowadzona w sposób najmniej uciążliwy dla zobowiązanego, a zgodnie z art. 8 k.p.a. i art. 9 k.p.a. organ musi czuwać nad interesem stron postępowania i czuwać nad tym aby strona nie poniosła szkody, co powinno skutkować uchyleniem przez WSA postanowienia Dyrektora oraz poprzedzającego go postanowienia Naczelnika na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a.;
4) art. 141 § 4 p.p.s.a. w zw. z "art. 133 § 1 w zw. z art. 134 § 1", poprzez wadliwe uzasadnienie zaskarżonego wyroku, w tym niedostateczne wyjaśnienie podstawy rozstrzygnięcia, w szczególności poprzez brak wyczerpującego odniesienia się do zarzutów, argumentów i okoliczności podniesionych przez Spółkę w skardze, a także poprzez zastępowanie samodzielnych ustaleń WSA ustaleniami zawartymi w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia Dyrektora oraz poprzedzającym je postanowieniu Naczelnika, a przede wszystkim ogólnikowe odniesienie się do kluczowego zarzutu Skarżącej koncentrującego się na kwestii zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 o.p. do kontroli celno-skarbowej uregulowanej w ustawie o KAS w świetle tez wyrażonych w wyroku Trybunału Konstytucyjnego o sygn. SK 2/10, jak również wydanych na kanwie tego wyroku orzeczeń sądów administracyjnych, tj. wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 19 października 2022 r., sygn. akt [...] SA/[...], jak i wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Ł. z dnia 7 marca 2024 r. sygn. akt [...], ograniczające się do stwierdzenia, że przyjęcie przez sąd administracyjny, że przepis art. 54 § 1 pkt 7 o.p. znajduje zastosowanie również w postępowaniach kontrolnych oznaczałoby wkraczanie przez sąd w kompetencje władzy ustawodawczej (str. 9 wyroku), co świadczy o nie rozpoznaniu całości sprawy objętej granicami złożonej przez Spółkę skargi oraz o tym, że Sąd I instancji w istocie nie dokonał pełnej i wyczerpującej kontroli zaskarżonego postanowienia Dyrektora oraz poprzedzającego go postanowienia Naczelnika.
W odpowiedzi na skargę kasacyjną Dyrektor wniósł o jej oddalenie oraz o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
Pismem procesowym z dnia 6 listopada 2025 r. Skarżąca podtrzymując w całości zarzuty, twierdzenia i wnioski podniesione w skardze kasacyjnej, wniosła na podstawie art. 106 § 3 p.p.s.a. w zw. z art. 193 p.p.s.a. o przeprowadzenie dowodu uzupełniającego z dokumentu w postaci decyzji Naczelnika P. Urzędu Celno-Skarbowego z dnia 26 września 2025 r.
Naczelny Sąd Administracyjny, na rozprawie w dniu 13 listopada 2025 r., postanowił dopuścić dowód z decyzji dołączonej do wniosku z dnia 6 listopada 2025 r.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
Skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie.
Stosownie do art. 174 p.p.s.a. skargę kasacyjną można oprzeć na naruszeniu prawa materialnego przez błędną jego wykładnię lub niewłaściwe zastosowanie (pkt 1) albo naruszeniu przepisów postępowania, jeżeli uchybienie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy (pkt 2). Dopełnienie wymogu wskazania podstaw skargi kasacyjnej uregulowanych w powołanym art. 174 p.p.s.a. jest konieczne, ponieważ wyznacza granice skargi kasacyjnej, którymi jest związany Naczelny Sąd Administracyjny (art. 183 § 1 p.p.s.a.). Wyjątkiem są tu jedynie przesłanki nieważności postępowania, które Sąd bierze pod rozwagę z urzędu. Przed przystąpieniem do oceny zarzutów skargi kasacyjnej zbadano, czy nie zaistniała którakolwiek z przesłanek nieważności określonych w art. 183 § 2 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że w sprawie nie wystąpiła żadna z przyczyn nieważności, wskazywana w przywoływanym unormowaniu.
W niniejszej sprawie spór między Organem a Skarżącą koncentruje się na kwestii braku zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 o.p. w odniesieniu do kontroli celno-skarbowej, który to przepis chroni podatnika w ten sposób, że wprowadza okresy w których nie są naliczane odsetki za zwłokę od zobowiązań podatkowych, w sytuacji w której organy, prowadzą postępowanie w sposób przewlekły. WSA w zaskarżonym wyroku powtórzył za organami podatkowymi, że przepis ten odnosi się wyłącznie do postępowania podatkowego, a nie do kontroli celno-skarbowej, bowiem nie został on wymieniony w art. 94 ust. 1 ustawy o KAS. Tym samym WSA uznał, że żaden przepis prawa nie uprawnia do wyłączenia odsetek za zwłokę za okres obejmujący czas trwania kontroli celno-skarbowej, tj. okres od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej do dnia przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe. Powyższe, błędne w ocenie Skarżącej stanowisko, doprowadziło do bezpodstawnego naliczenia Spółce odsetek za zwłokę w znacznej kwocie i prowadzenia postępowania egzekucyjnego w stosunku do zobowiązania nieistniejącego w części.
Zgodnie z art. 54 § 1 pkt 7 o.p., nie nalicza się odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie trzech miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Zgodnie z poglądem dominującym w orzecznictwie sądów administracyjnych, celem tego przepisu jest zapobieganie przewlekłości postępowania, które mogłoby zapewniać organowi podatkowemu korzyści w postaci "zwiększonych" odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych.
Treść art. 54 § 1 pkt 7 o.p. nie wskazuje, jak trafnie też zauważono w skardze kasacyjnej, czy wynikająca z niego norma powinna znaleźć zastosowanie także do kontroli celno-skarbowej. Wskazać należy, że instytucja kontroli celno-karbowej określona w ustawie o KAS, obowiązującej od 1 stycznia 2017 r., zastąpiła instytucję postępowania kontrolnego określonego w uchylonej w dniu 1 marca 2017 r. ustawie o kontroli skarbowej. Zgodnie z brzmieniem art. 31 ust. 1 u.k.s., obowiązującym do dnia 30 czerwca 2010 r., w zakresie nieuregulowanym w ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się odpowiednio przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa, z wyłączeniem art. 54 i art. 290 § 3 tej ustawy, z zastrzeżeniem art. 14b ust. 1. Z brzmienia powyższego przepisu wynikało, że w przypadku postępowania kontrolnego nie znajdował zastosowania art. 54 o.p., w tym § 1 pkt 7 tego przepisu, który wyłączał naliczanie odsetek w przypadku braku rozstrzygnięcia sprawy podatkowej w ciągu trzech miesięcy.
Kwestia zgodności powyższej regulacji z Konstytucją RP też była przedmiotem analizy Trybunału Konstytucyjnego, który w wyroku z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt: SK 2/10 (Dz.U. z 2011 r., Nr 240, poz. 1239) orzekł, że art. 31 u.k.s., w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz.U. Nr 137, poz. 1302) w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ordynacja podatkowa jest niezgodny z art. 84 w zw. z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej.
W pisemnych motywach uzasadnienia Trybunał Konstytucyjny wyraził pogląd, że przyjęta w kwestionowanej regulacji zasada naliczania odsetek za zwłokę także za okres zabezpieczenia wykonania zobowiązania podatkowego na mieniu podatnika, gdy uzyskane z zabezpieczenia środki finansowe są zaliczane na poczet zaległości podatkowych, oraz za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji także wtedy, gdy nie została ona doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, stawia podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej w gorszej sytuacji w porównaniu z sytuacją prawną podatników kontrolowanych przez organy podatkowe, w stosunku do których odsetki nie są za wymienione okresy naliczane.
Zdaniem Trybunału Konstytucyjnego różnicowanie, w kwestionowanym przepisie, sytuacji prawnej podatników w zależności od tego, jaki organ ich kontroluje, jest nieuzasadnione i musi być uznane za arbitralny wybór ustawodawcy. Kwestionowana regulacja tym samym stawia w gorszej sytuacji podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej, pozbawiając ich prawa nienaliczania odsetek za okres trwającego na ich majątku zabezpieczenia zobowiązania podatkowego. W ocenie Trybunału nie ma bowiem podstaw do stwierdzenia, że zróżnicowanie takie było uzasadnione koniecznością realizacji ważnego interesu publicznego.
Za uzasadniony interes publiczny Trybunał Konstytucyjny uznał egzekwowanie danin publicznych przez administrację podatkową za pomocą przewidzianych przez prawo, jak najbardziej efektywnych, ale także proporcjonalnych, środków. Trybunał Konstytucyjny zwrócił jednocześnie uwagę, że cel, jakim jest pobranie podatku, nie może przy okazji naruszać innych wartości konstytucyjnych, ponieważ ich realizacja również służy dobru wspólnemu, jakim jest Rzeczpospolita Polska.
W uzasadnieniu zaskarżonego wyroku, Sąd I instancji zajął stanowisko, że przywołany przez Skarżącą wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10, z którego Skarżąca wywodzi przysługujące jej uprawnienia, zapadł w innym stanie prawnym i tym samym nie znajduje zastosowania w przedmiotowej sytuacji. WSA w swojej argumentacji wskazuje, że: "Nie ma więc obecnie podstawy do tego, aby zapisy art. 54 § 1 pkt 7 o.p. rozciągać na czas trwania kontroli celno-skarbowej. Odstąpienie od naliczania odsetek za czas trwania postępowania kontrolnego wymagałaby zmiany ustawodawczej. Przyjęcie przez sąd administracyjny, że wskazany przepis art. 54 § 1 pkt 7 o.p. znajduje zastosowanie również w 11 postępowaniach kontrolnych oznaczałoby wkraczanie przez sąd w kompetencje władzy ustawodawczej, co należy uznać za niedopuszczalne." (str. 8 i 9 wyroku).
Jak słusznie zwrócił uwagę autor skargi kasacyjnej, uznanie za prawidłowe stanowiska, zgodnie z którym organy prowadzące kontrolę celno-skarbową mogą bez żadnych konsekwencji i ograniczeń czasowych prowadzić kontrolę celno-skarbową i naliczać za jej okres odsetki od zaległości prowadzi do nieuprawnionej korzyści po stronie Skarbu Państwa, kosztem majątku podatnika, w postaci zwiększonej kwoty odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych oraz narusza wskazane w niniejszej skardze kasacyjnej normy konstytucyjne.
Za powyższym sposobem interpretacji art. 54 § 1 pkt 7 o.p. przemawiają także względy celowościowe związane z realizacją określonej w art. 125 § 1 o.p. zasady szybkości postępowania, którą na mocy art. 94 ust. 1 pkt 2 ustawy o KAS stosuje się także do kontroli celno-skarbowej. Jak wynika z ww. art. 125 § 1 o.p., organy podatkowe powinny działać w sprawie wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do jej załatwienia.
Brak naliczania odsetek za zwłokę po upływie 3 miesięcy od zainicjowania kontroli celno-skarbowej stanowi w istocie dodatkowy czynnik motywujący organ administracji publicznej do sprawnego i szybkiego załatwienia sprawy podatkowej. Tym samym, zastosowanie art. 54 § 1 pkt 7 o.p. do kontroli celno-skarbowej sprzyja realizacji jednej z zasad ogólnych postępowania, tj. zasady szybkości postępowania prowadzonego przez organ administracji podatkowej.
Jakkolwiek sama literalna wykładnia art. 54 § 1 pkt 7 o.p. mogłaby godzić w wartości konstytucyjne wskazane w wyroku TK, to w tym kontekście zasadnym jest przy zastosowaniu art. 54 § 1 pkt 7 o.p. także do kontroli celno-skarbowej – uregulowanej w ustawie o KAS od 1 stycznia 2017 r. wzięcie pod uwagę wykładni dokonanej z uwzględnieniem unormowań konstytucyjnych, jak również względów celowościowych.
Za zasadny w związku z tym uznać należy zarzut naruszenia przepisów postępowania, w tym m.in. zarzut naruszenia art. 151 p.p.s.a., art. 134 § 1 p.p.s.a. i art. 135 p.p.s.a., poprzez bezzasadne oddalenie skargi, w sytuacji gdy zaskarżone postanowienie Dyrektora zostało wydane z naruszeniem art. 54 § 1 pkt 7 o.p. w zw. z art. 94 ust. 1 ustawy o KAS oraz art. 6 i art. 7, art. 8 i art. 9 k.p.a. oraz art. 33 § 2 pkt 1 p.e.a. w zw. z art. 33 § 1 p.e.a. w zw. z art. 29 § 1 p.e.a. w zw. z art. 27 § 1 pkt 3 p.e.a. oraz art. 59 § 1 pkt 1 i pkt 3 p.e.a. w zw. z art. 7 § 2 p.e.a. i art. 7a § 1 p.e.a. Trafny okazał się także zarzut naruszenia art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 134 § 1 p.p.s.a, art. 135 p.p.s.a., poprzez bezzasadne oddalenie skargi, w sytuacji gdy zaskarżone postanowienie Dyrektora naruszało art. 124 § 2 k.p.a. w zw. z art. 7 k.p.a., art. 8 k.p.a., art. 9 k.p.a., art. 11 k.p.a. oraz art. 7 § 2 p.e.a. i art. 18 p.e.a.
Podsumowując, przy ponownym rozpoznaniu sprawy WSA uwzględniając przedstawione powyżej stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego, rozważy czy odsetki od zaległości podatkowej Skarżącej powinny być naliczane za okres trwania kontroli celno-skarbowej. Naczelny Sąd Administracyjny nie rozstrzygając powyższej kwestii, zwraca jedynie uwagę, że zgodnie z ugruntowanym stanowiskiem judykatury, wadliwe określenie okresu za jaki należne są odsetki oraz wysokości odsetek, w tym oprocentowania zaległości podatkowej, oznacza objęcie tytułem wykonawczym obowiązku nieistniejącego w części (zob. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 3 listopada 2020 r., sygn. akt II FSK 1749/18). Dla rozważenia powyższej kwestii, Sąd I instancji weźmie pod uwagę także fakt, że Naczelny Sąd Administracyjny na rozprawie w dniu 13 listopada 2025 r., postanowił dopuścić jako dowód w rozpatrywanej sprawie decyzję dołączoną do pisma procesowego z dnia 6 listopada 2025 r.
W tym stanie rzeczy, Naczelny Sąd Administracyjny uznał skargę kasacyjną jako zasługującą na uwzględnienie i stosując przepisy art. 185 p.p.s.a., oraz będąc związany wnioskami i uzasadnieniem skargi kasacyjnej, poprzez treść art. 183 § 1 p.p.s.a., orzekł o jej uwzględnieniu.
O kosztach postanowiono na podstawie art. 203 pkt 1 p.p.s.a.
s. Agnieszka Olesińska s. Jacek Pruszyński s. Sławomir Presnarowicz (spr.)