3. Odpowiedź na skargę kasacyjną.
W odpowiedzi na skargę kasacyjną, pełnomocnik Spółki wniósł o jej odrzucenie w trybie art. 58 § 1 pkt 2 w zw. z art. 193 p.p.s.a. z uwagi na naruszenie w toku składania skargi kasacyjnej przez organ odwoławczy art. 177 § 1 i art. 193 p.p.s.a. zw. z art. 54 § 1a-2, art. 49a p.p.s.a. w zw. z art. 16 ust. 1-2 ustawy z dnia 17 lutego 2005 r. o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne (Dz. U. z 2024 r. poz. 1557; dalej: "u.i.d.p.r.z.p.") i w zw. z § 6 ust. 1-2, § 7 ust. 1 i § 8 rozporządzenia Prezydenta RP z dnia 27 maja 2019 r. w sprawie szczegółowego sposobu oraz szczegółowych warunków przekazywania skargi wraz z aktami sprawy i odpowiedzią na skargę do sądu administracyjnego (dalej: "rozporządzenie o warunkach przekazywania skargi"), poprzez wniesienie skargi kasacyjnej w formie papierowej, pomimo, że organ reprezentowany przez jego etatowego pracownika zobligowany był do wniesienia jej, i przekazania wraz z aktami sprawy, wyłącznie w formie elektronicznej, na skutek czego skarga kasacyjna nie została wniesiona w terminie 30 dni od dnia doręczenia organowi wyroku w formie przewidzianej przepisami prawa;
- oraz alternatywnie, na wypadek nieuwzględnienia przez sąd kasacyjny (lub WSA) żądania oznaczonego powyżej, pełnomocnik Spółki wniósł o: oddalenie skargi kasacyjnej organu odwoławczego w całości na podstawie art. 184 p.p.s.a. oraz zasądzenie na rzecz Spółki od organu odwoławczego zwrotu kosztów postępowania wg norm przepisanych, w tym kosztów zastępstwa procesowego. Jednocześnie wniósł o rozpoznanie skargi kasacyjnej organu na rozprawie.
Pismem z 14 października 2025 r. pełnomocnik Spółki wniósł uzupełnienie i usystematyzowanie argumentacji przedstawionej w odpowiedzi na skargę kasacyjną organu.
4. Naczelny Sąd Administracyjny zważył co następuje:
4.1. Skarga kasacyjna jest dopuszczalna.
Odnosząc się w pierwszej kolejności do wniosku Spółki o odrzucenie skargi kasacyjnej SKO w Sieradzu, z uwagi na cyt. "wniesienie skargi kasacyjnej w formie papierowej, pomimo, że organ reprezentowany przez jego etatowego pracownika zobligowany był do wniesienia jej, i przekazania wraz z aktami sprawy, wyłącznie w formie elektronicznej", należy stwierdzić, że wniosek ten jest niezasadny.
Wbrew twierdzeniom pełnomocnika Spółki, SKO w Sieradzu nie było zobowiązane do wniesienia skargi kasacyjnej w formie elektronicznej. W szczególności nie wynika to z przywołanych w odpowiedzi na skargę kasacyjną przepisów art. 177 § 1 i art. 193 p.p.s.a. zw. z art. 54 § 1a-2, art. 49a p.p.s.a. w zw. z art. 16 ust. 1-2 u.i.d.p.r.z.p. i w zw. z § 6 ust. 1-2, § 7 ust. 1 i § 8 rozporządzenia o warunkach przekazywania skargi. Przepis art. 177 p.p.s.a. wskazuje jedynie na pośredni tryb wnoszenia skargi kasacyjnej (za pośrednictwem sądu, który wydał zaskarżony wyrok lub postanowienie) oraz termin do jej wniesienia. Przepis art. 193 p.p.s.a. daje podstawę do odpowiedniego stosowania w postępowaniu przed Naczelnym Sądem Administracyjnym przepisów postępowania przed wojewódzkim sądem administracyjnym, o ile nie ma przepisów szczególnych. Przepisy art. 54 § 1a-2 p.p.s.a., wskazują, że skargę w formie dokumentu elektronicznego wnosi się do elektronicznej skrzynki podawczej tego organu. Organ zaś przekazuje skargę sądowi wraz z kompletnymi i uporządkowanymi aktami sprawy i odpowiedzią na skargę, w postaci papierowej lub elektronicznej, w terminie trzydziestu dni od dnia jej otrzymania. Przepis art. 49a p.p.s.a. stanowi natomiast, że sąd potwierdza wniesienie pisma w formie dokumentu elektronicznego do swojej elektronicznej skrzynki podawczej przez przesłanie urzędowego poświadczenia odbioru w rozumieniu ustawy z dnia 17 lutego 2005 r. o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne, na wskazany przez wnoszącego adres elektroniczny. Szczegółowe zasady wnoszenia skarg oraz przesyłania akt sprawy w formie elektronicznej, uregulowane zostały w § 6 ust. 1-2, § 7 ust. 1 i § 8 rozporządzenia o warunkach przekazywania skargi.
Przywołane regulacje procedury sądowoadministracyjnej dają możliwość składania skarg oraz skarg kasacyjnych w formie elektronicznej. W żadnym miejscu nie stanowią jednak o obowiązku zachowania takiej formy. Strona postępowania sądowoadministracyjnego, w tym również organ administracji publicznej, ma możliwość wyboru formy takiego pisma (papierowa lub elektroniczna).
Obowiązku złożenia przez SKO w Sieradzu skargi kasacyjnej w formie elektronicznej nie da się też wyinterpretować z treści art. 16 ust. 1 u.i.d.p.r.z.p. Przepis ten, w stanie prawnym którego sprawa dotyczy, stanowił, że podmiot publiczny, organizując przetwarzanie danych w systemie teleinformatycznym, jest obowiązany zapewnić możliwość przekazywania danych również w postaci elektronicznej przez wymianę dokumentów elektronicznych związanych z załatwianiem spraw należących do jego zakresu działania, wykorzystując informatyczne nośniki danych lub środki komunikacji elektronicznej. W piśmiennictwie wskazuje się, że regulacja ta nakłada na podmiot publiczny obowiązek zapewnienia możliwości przekazywania danych również (a więc nie wyłącznie lecz obok drogi tradycyjnej: przekazywania dokumentów papierowych osobiście lub pocztą tradycyjną) w postaci elektronicznej przez wymianę dokumentów elektronicznych związanych z załatwianiem spraw należących do ich zakresu działania, z wykorzystaniem informatycznych nośników danych lub środków komunikacji elektronicznej (G. Szopr, K. Wojsyk [w:] Cz. Martysz i in., Ustawa o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne. Komentarz, wyd. II, LEX 2015 - komentarz do art. 16). Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, w świetle art. 16 ust. 1 u.i.d.p.r.z.p., podmiot publiczny nie może odmówić przyjęcia kierowanej do niego korespondencji elektronicznej. Przepis ten nie zobowiązuje jednak podmiotu publicznego do stosowania formy elektronicznej w przypadku wysyłania własnej korespondencji do sądu administracyjnego. Z uwagi na brak obowiązku kontaktowania się z sądami administracyjnymi w postaci elektronicznej, organ ma wybór, co do postaci tej korespondencji (elektroniczna, papierowa) - por. postanowienie NSA z 12 marca 2020 r., II FZ 109/20.
Stanowiska Spółki o obowiązku złożenia przez organ administracji publicznej skargi kasacyjnej w formie elektronicznej, nie potwierdzają powołane przez nią orzeczenia sądów administracyjnych. W sprawie rozstrzygniętej postanowieniem NSA z 24 czerwca 2025 r., II FSK 672/25, spór dotyczył tego, czy skarga do sądu w formie elektrycznej może być wniesiona poprzez system e-Doręczenia z pominięciem skrzynki podawczej organu na platformie ePUAP. Sąd stwierdził, że w chwili obecnej jedyną drogą skutecznego wniesienia skargi w formie dokumentu elektronicznego jest wniesienie jej za pośrednictwem platformy ePUAP. Sąd nie wyraził natomiast poglądu o obowiązku wnoszenia skarg (skarg kasacyjnych) w formie elektronicznej (podobnie WSA w Łodzi w postanowieniu z 25 września 2025 r., II SA/Łd 426/25). Z kolei postanowienie NSA z 28 sierpnia 2025 r., II OPP 8/25, dotyczyło przewlekłości postępowania przed sądem pierwszej instancji. W tej sprawie NSA zauważył, że korespondencja z sądu mogła być prowadzona z uczestnikami postępowania w formie elektronicznej. Nie wskazał jednak, że istnieje obowiązek wnoszenia skarg (skarg kasacyjnych) w formie elektronicznej.
Biorąc powyższe pod uwagę należy stwierdzić, że skarga kasacyjna organu, złożona w formie papierowej, jest dopuszczalna.
4.2 Skarga kasacyjna jest uzasadniona.
Istota powstałego w tej sprawie sporu, odzwierciedlona treścią zarzutów kasacyjnych, sprowadza się do odpowiedzi na pytanie, czy zapłata podatku przez Spółkę, dokonana 26 października 2018 r. (według sądu pierwszej instancji 24 października 2018 r.) na podstawie wcześniejszej decyzji organu podatkowego, skutkuje wygaśnięciem w całości zobowiązania podatkowego Spółki na podstawie art. 59 § 1 pkt 1 o.p., a tym samym także niemożnością wydania zaskarżonej w tej sprawie decyzji SKO w Sieradzu z 27 grudnia 2023 r.
Zajmując takie stanowisko, sąd pierwszej instancji odwołał się do uchwały pełnej Izby Finansowej z 29 września 2014 r., II FPS 4/13, z której stwierdzono, że w świetle art. 70 § 1 i art. 208 § 1 oraz art. 233 § 1 pkt 2 lit. a o.p. (...) w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 września 2005 r., po upływie terminu przedawnienia nie jest dopuszczalne prowadzenie postępowania podatkowego i orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego, które wygasło przez zapłatę (art. 59 § 1 pkt 1 o.p.). W związku z tym sąd stwierdził, że sporne w tej sprawie zobowiązanie nie może zatem wygasnąć w późniejszym terminie, przedłużonym o 1.681 dni, wskutek toczącego się postępowania sądowoadministracyjnego, w wyniku którego termin przedawnienia uległ wydłużeniu o wskazaną liczbę dni.
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, sąd pierwszej instancji błędnie zinterpretował treść przywołanej uchwały, a w rezultacie dokonał też błędnej wykładni art. 59 § 1 pkt 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 2 oraz art. 70 § 7 pkt 2 o.p.
Należy przypomnieć, że uchwałę NSA z 29 września 2014 r., II FPS 4/13, poprzedzała uchwała siedmiu sędziów NSA z 3 grudnia 2012 r., I FPS 1/12. Uchwała ta, jak wynika z jej uzasadnienia, zapadła w związku istniejącymi w praktyce wątpliwościami, czy wygaśnięcie zobowiązania podatkowego na skutek jego zapłaty stwarza taki stan, że organ podatkowy nabywa prawo do wydawania decyzji bez żadnych ograniczeń czasowych (por. np. wyroki NSA: z 26 marca 2010 r., II FSK 1716/08 oraz z 2 sierpnia 2012 r., II FSK 97/11, a także wyrok siedmiu sędziów NSA z 28 czerwca 2010 r., I FPS 5/09). Rozstrzygając te wątpliwości skład siedmiu sędziów NSA stwierdził, że "W świetle art. 70 § 1 i art. 208 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (...), w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 r., po upływie terminu przedawnienia nie jest dopuszczalne prowadzenie postępowania podatkowego i orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego, które wygasło przez zapłatę (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej)." W uzasadnieniu tej uchwały wyjaśniono, że po upływie terminu przedawnienia wierzyciel podatkowy nie może skutecznie domagać się od dłużnika zachowania wynikającego z treści zobowiązania zawiązanego pomiędzy nimi. Wyrażono też pogląd, że nastąpienie jednego ze zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 pkt 1-9 o.p. wyklucza możliwość wygaśnięcia zobowiązania podatkowego z pozostałych przyczyn. Nie może bowiem ponownie wygasnąć zobowiązanie podatkowe, które już wygasło. W uzasadnieniu tej uchwały wyraźnie jednak zaznaczono, że: cyt. " (...) zobowiązanie podatkowe, stosownie do art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, wygaśnie w całości tylko wówczas, gdy podatnik wpłaci podatek w takiej samej lub w wyższej kwocie niż wynikająca ze zobowiązania podatkowego powstałego z mocy prawa. W takiej sytuacji zobowiązanie podatkowe ustaje; termin przedawnienia zobowiązania podatkowego nie biegnie dalej. Odmienna sytuacja zachodzi, gdy podatnik wpłaca kwotę podatku mniejszą niż rzeczywista wysokość zobowiązania podatkowego. W tym wypadku następuje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części uregulowanej, natomiast w pozostałym zakresie zobowiązanie nadal trwa: dalej biegnie termin przedawnienia w stosunku do pozostałej, nieuregulowanej części zobowiązania podatkowego." Skład siedmiu sędziów NSA zauważył również, że w przypadku zobowiązania podatkowego powstającego z mocy prawa (art. 21 § 1 pkt 1 o.p.), rzeczywista jego wielkość nie jest pewna. "W związku z tym nie wiadomo, czy zobowiązanie podatkowe wygasło w całości lub w części, a zatem czy pozostaje zobowiązanie podatkowe w pewnym zakresie. Dlatego organ podatkowy jest uprawniony do weryfikacji samoobliczenia podatnika. Sytuacja zmienia się po upływie terminu określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, ponieważ nie ma już żadnych wątpliwości, że zobowiązanie wygasło w całości."
Stanowiska tego nie zmieniła uchwała całej izby NSA z 29 września 2014 r., II FPS 4/13, na którą w tej sprawie powołał się sąd pierwszej instancji. Należy przypomnieć, że uchwała ta zapadła w następstwie postanowienia NSA z 19 czerwca 2013 r., II FSK 513/13, w którym skład orzekający nie podzieli poglądu wyrażonego w uchwale NSA z 3 grudnia 2012 r., I FPS 1/12. W uchwale z 29 września 2014 r., II FPS 4/13, NSA w istocie powtórzył tezę uchwały z 3 grudnia 2012 r., I FPS 1/12.
Zdaniem składu orzekającego w niniejszej sprawie, z obydwu przywołanych uchwał nie wynika, że zapłata podatku na podstawie deklaracji podatkowej lub wcześniejszej decyzji organu podatkowego, wyklucza możliwość orzekania o wysokości tego zobowiązania podatkowego w okresie kiedy nie upłynął jeszcze termin jego przedawnienia. Przeciwnie, jak wskazał NSA w uchwale z 3 grudnia 2012 r., I FPS 1/12, zobowiązanie podatkowe wygaśnie w całości tylko wówczas, gdy podatnik wpłaci podatek w prawidłowej wysokości. Gdy jednak podatnik wpłaca kwotę podatku mniejszą niż rzeczywista (obiektywnie istniejąca) zobowiązanie podatkowe wygasa tylko w części uregulowanej, natomiast w pozostałym zakresie zobowiązanie nadal trwa, dalej biegnie termin przedawnienia w stosunku do pozostałej, nieuregulowanej części zobowiązania podatkowego. Należy również powtórzyć, że w przypadku zobowiązania podatkowego powstającego z mocy prawa (art. 21 § 1 pkt 1 o.p.), rzeczywista jego wielkość nie jest pewna, w związku z tym nie wiadomo, czy zobowiązanie to wygasło w całości lub w części. Dlatego organ podatkowy jest uprawniony do orzekania o wysokości tego zobowiązania podatkowego do czasu upływu terminu przedawnienia. Tak też należy interpretować treść uchwały NSA z 29 września 2014 r., II FPS 4/13. Nie bez przyczyny w sentencji tej uchwały stwierdzono, że "(...)po upływie terminu przedawnienia nie jest dopuszczalne prowadzenie postępowania podatkowego i orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego, które wygasło przez zapłatę (...)". Dopóki więc nie upłynął termin przedawnienia zobowiązania podatkowego, może być ono przedmiotem weryfikacji w postępowaniu podatkowym.
Przyjęcie odmiennej koncepcji prowadziłoby do trudnych do zaakceptowania wniosków, że zapłata zobowiązania podatkowego w wysokości wynikającej z deklaracji podatkowej uniemożliwiałaby organowi podatkowemu możliwość jego weryfikacji mimo, że nie płynął jeszcze termin przedawniania tego zobowiązania . Podobnie zapłata zobowiązania podatkowego w wysokości wynikającej z decyzji organu podatkowego, wykluczałaby możliwość merytorycznej weryfikacji takiej decyzji poprzez zmianę wysokości tego zobowiązania. Tymczasem nawet decyzje ostateczne mogą być weryfikowane w trybie nadzwyczajnym do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego (zob. np. art. 245 § 1 pkt 3 lit. b o.p.).
Z tych względów nie można zgodzić się z sądem pierwszej instancji, że dokonana przez Spółkę 24 października 2018 r. zapłata podatku, wynikającego z decyzji organu podatkowego, skutkowała niemożnością wydania przez SKO w Sieradzu decyzji z 27 grudnia 2023 r.
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, kluczowe znaczenie dla oceny prawa organu podatkowego do wydania zaskarżonej decyzji ma to, czy w dacie wydania tej decyzji upłynął termin przedawnienia zobowiązania podatkowego Spółki w podatku od nieruchomości za 2017 r. W tym zakresie należy przypomnieć, że zgodnie z art. 70 § 1 o.p., zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Jednocześnie ustawodawca określił przypadki, w których bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego ulega przerwaniu lub zawieszeniu. Jedną z okoliczności skutkujących zawieszeniem biegu terminu przedawnienia, na którą w tej sprawie powołuje się organ podatkowy, jest wniesienie skargi do sądu administracyjnego na decyzję dotyczącą tego zobowiązania (art. 70 § 6 pkt 2 o.p.). W tym przypadku, bieg terminu przedawnienia po zawieszeniu biegnie dalej, od dnia następującego po dniu doręczenia organowi podatkowemu odpisu orzeczenia sądu administracyjnego, ze stwierdzeniem jego prawomocności (art. 70 § 7 pkt 2 o.p.). W tej sprawie sąd pierwszej instancji powinien zatem zweryfikować stanowisko organu podatkowego o "wydłużeniu" terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, biorąc pod uwagę dotychczasowy przebieg tego postępowania, w tym zawisłość sprawy przez sądami administracyjnymi. Dopiero powyższe pozwoli na ocenę, czy organ miał możliwość wydania zaskarżonej decyzji. Tego w tej sprawie zabrakło.
Podsumowując, słuszne okazały się zarzuty skargi kasacyjnej dotyczące naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. w zw. z art. 135 p.p.s.a. w zw. z art. 59 § 1 oraz w zw. z art. 70 § 6 pkt 2 w zw. z art. 70 § 7 pkt 2 o.p., a także w zw. z art. 145 § 3 p.p.s.a. oraz w zw. z art. 208 § 1 o.p.
Nie można natomiast zgodzić się z autorem skargi kasacyjnej, że zaskarżony wyrok narusza art. 153 w zw. z art. 170 p.p.s.a., co miałoby polegać na pominięciu przez sąd pierwszej instancji wskazań co do dalszego postępowania wyrażonych w tej samej sprawie przez ten WSA w Łodzi w wyroku z 18 maja 2023 r., I SA/Łd 288/23 oraz Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 11 stycznia 2023 r., III FSK 1455/21. Z treści tych wyroków nie wynika, że wydające je sądy oceniały kwestię przedawnienia spornego zobowiązania podatkowego. Z samego faktu wydania tych wyroków po terminie, który w tej sprawie przyjął sąd jako graniczny do orzekania przez organy podatkowe, nie wynika ocena prawna sprawy, która wiąże organy oraz inne sądy (art. 153 p.p.s.a.).
Mając powyższe na uwadze Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a. uchylił w całości zaskarżony wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Łodzi.
O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 203 pkt 2, art. 205 § 2, art. 207 § 1, art. 209 p.p.s.a., a także § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a w zw. z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2023 r., poz. 1935).
SNSA Wojciech Stachurski SNSA Paweł Borszowski SNSA Dominik Gajewski