2. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
2.1. Zażalenie nie zasługuje na uwzględnienie.
2.2. Sąd pierwszej instancji słusznie uznał, że sprzeciw skarżącej podlegał odrzuceniu jako wniesiony z uchybieniem terminu na podstawie art. 259 § 2 p.p.s.a.
Naczelny Sąd Administracyjny wskazuje, że stosownie do treści art. 259 § 1 p.p.s.a., od zarządzeń i postanowień referendarza sądowego strona albo adwokat, radca prawny, doradca podatkowy lub rzecznik patentowy mogą wnieść do właściwego wojewódzkiego sądu administracyjnego sprzeciw w terminie siedmiu dni od dnia doręczenia zarządzenia lub postanowienia. Sprzeciw wniesiony przez adwokata, radcę prawnego, doradcę podatkowego lub rzecznika patentowego wymaga uzasadnienia. Zgodnie zaś z § 2 ww. artykułu, § 2 sprzeciw wniesiony po terminie oraz sprzeciw, którego braki formalne nie zostały uzupełnione, a także sprzeciw wniesiony przez adwokata, radcę prawnego, doradcę podatkowego lub rzecznika patentowego, niezawierający uzasadnienia, sąd odrzuci na posiedzeniu niejawnym. Sformułowanie "odrzuca" wskazuje na obowiązek sądu administracyjnego odrzucenia sprzeciwu wniesionego po upływie terminu. Należy w tym miejscu podkreślić, że 7 – dniowy termin przewidziany na wniesienie sprzeciwu jest terminem ustawowym i sąd nie jest uprawniony do modyfikacji jego długości. Oznacza to, że w sytuacji złożenia sprzeciwu po terminie, sąd jest obowiązany go odrzucić.
2.3. Nie ma wątpliwości, że odpis zaskarżonego zarządzenia referendarza z 30 grudnia 2024 r. został prawidłowo doręczony skarżącym 17 stycznia 2025 r. wraz z pouczeniem, że na zarządzenie przysługuje sprzeciw do właściwego wojewódzkiego sądu administracyjnego w terminie 7 dni od dnia doręczenia zarządzenia, a sprzeciw wniesiony po upływie tego terminu zostanie odrzucony. Wobec czego termin do wniesienia sprzeciwu upływał 24 stycznia 2024 r. Skarżący – wbrew pouczeniom – nie złożyli sporządzonych sprzeciwów od zarządzenia referendarza sądowego do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu, a złożyli je w Centrum Obsługi Podatnika Urzędu Skarbowego w O.. Naczelnik Urzędu Skarbowego w O. przekazał je Dyrektorowi Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu, który następnie przekazał je sądowi pierwszej instancji. Wskazane sprzeciwy wpłynęły do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu w dniu 29 stycznia 2025 r., a zatem z uchybieniem siedmiodniowego terminu do ich wniesienia.
Należy podkreślić, że w sytuacji wniesienia pisma procesowego, które powinno być skierowane bezpośrednio do sądu, a w istocie złożone zostało za pośrednictwem organu, najwcześniejszą datą jaką można przyjąć za datę złożenia tego pisma jest data przesłania tego pisma przez organ do sądu. Stanowisko to jest już ugruntowane w orzecznictwie (zob. np. postanowienia NSA: z 14 kwietnia 2014 r., I OSK 889/15; z 1 grudnia 2021 r., II OZ 838/21; z 20 grudnia 2021 r., III FZ 821/21; z 11 stycznia 2022 r., I FZ 286/21; z 28 stycznia 2022 r., I OZ 599/21; z 17 marca 2022 r., II OZ 134/22). Zatem sprzeciwy podlegały odrzuceniu.
2.4. W związku z powyższym Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 w związku z art. 197 § 2 p.p.s.a. postanowił jak w sentencji.