Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Zażalenie nie zasługuje na uwzględnienie.
3. Stosownie do art. 230 § 1 p.p.s.a. od pism wszczynających postępowanie przed sądem administracyjnym w danej instancji pobiera się wpis stosunkowy lub stały. Pismami, o których mowa w § 1, są skarga, skarga kasacyjna, zażalenie oraz skarga o wznowienie postępowania (por. § 2). Zgodnie z art. 220 § 1 p.p.s.a. sąd nie podejmuje żadnej czynności na skutek pisma, od którego nie zostanie uiszczona należna opłata. W razie braku odnotowania wpisu przewodniczący wzywa wnoszącego pismo do jego uiszczenia w terminie siedmiu dni od dnia doręczenia wezwania, przy czym na mocy art. 220 § 3 p.p.s.a. w przypadku, gdy rzeczony brak fiskalny dotyczy skargi, bezskuteczny upływ wyznaczonego stronie terminu powoduje odrzucenie środka zaskarżenia.
Kwestię wysokości wpisów sądowych w sprawach sądowoadministracyjnych regulują przepisy wykonawcze zawarte w rozporządzeniu RM, którego § 1 pkt 1 - będący podstawą wydania zarządzenia objętego zaskarżeniem – przewiduje wpis stosunkowy zależy od wysokości należności pieniężnej objętej zaskarżonym aktem wynoszący dla wartości przedmiotu zaskarżenia do 10.000 zł - 4 % wartości przedmiotu zaskarżenia, nie mniej jednak niż 100 zł.
Z uwagi na fakt, że skarżący wystąpił ze skargą na rozstrzygnięcie organu odwoławczego bez wymaganego wpisu, co pozostaje okolicznością bezsporną w sprawie, zasadnie został wezwany do uregulowania opłaty. Kwota wskazana w zaskarżonym zarządzeniu odpowiada wysokości wpisu należnego od skargi na decyzję organu podatkowego przewidzianego w § 1 pkt 1 rozporządzenia RM. Niezależną od wskazanej regulacji pozostaje możność połączenia spraw w celu łącznego rozpoznania lub także rozstrzygnięcia na podstawie art. 111 p.p.s.a., jeżeli pozostają ze sobą w związku. Połączenie spraw ma charakter organizacyjny i nie powoduje powstania jednej nowej sprawy. Połączone sprawy zachowują nadal swoją odrębność i samodzielność. Jeżeli połączenie dotyczy także rozstrzygnięcia, sąd wydaje wprawdzie jeden wyrok, ale jest to jeden wyrok w znaczeniu formalnoprawnym w rozumieniu art. 132 p.p.s.a. wyłącznie co do formy orzeczenia, w znaczeniu materialnym natomiast zawierającym oddzielne rozstrzygnięcia co do każdej z połączonych spraw (skarg). Skorzystanie z takiego rozwiązania proceduralnego, wbrew twierdzeniom skarżącego, nie uzasadniałoby zmniejszenia obciążenia finansowego poprzez pobieranie jednej opłaty dla wszystkich spraw łącznie (jednego wpisu od skargi). W świetle przywołanych okoliczności zakwestionowane zarządzenia należało uznać za zgodne z prawem zarówno co do zasady, jak i wysokości.
Z tych względów Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 w zw. z art. 197 § 2 w zw. z art. 198 p.p.s.a. orzekł, jak w sentencji.