Użyte w powołanym przepisie klauzule generalne - "znaczna szkoda" oraz "trudne do odwrócenia skutki" - powodują, że stosowanie tej instytucji procesowej wymaga dokonania przez sąd wartościowania, które w przypadku powołania się na niebezpieczeństwo wyrządzenia znacznej szkody polega na zestawieniu sytuacji majątkowej strony z prognozowanymi skutkami aktu lub czynności, których wstrzymania strona się domaga. Bez odniesienia rozmiarów przewidywanej szkody do konkretnych okoliczności kształtujących sytuację majątkową strony, nie sposób bowiem ocenić, czy grożąca szkoda ma istotnie kwalifikowany (tj. znaczny) charakter. Warto podkreślić, że przewidziana w art. 61 § 3 p.p.s.a. ochrona tymczasowa nie służy zabezpieczeniu strony przed jakimikolwiek skutkami wykonania zaskarżonego aktu, lecz jedynie przed skutkami bezpośrednio związanymi z jego wykonaniem, których ponadto nie można byłoby naprawić w razie ewentualnego uwzględnienia skargi. Chodzi więc o szkodę wyrządzoną wykonaniem konkretnego aktu, która nie będzie mogła być wynagrodzona przez późniejszy zwrot spełnionego (wyegzekwowanego) świadczenia ani też nie będzie możliwe przywrócenie rzeczy do pierwotnego stanu.
W orzecznictwie wielokrotnie podkreśla się, że podstawą badania zasadności wstrzymania wykonania decyzji lub aktu jest prawidłowo uzasadniony wniosek oraz zwraca się uwagę na obowiązki ciążące w tym zakresie na wnioskodawcy. Dla przykładu, w postanowieniu z 3 lipca 2014 r., II OZ 661/14, NSA stwierdził, że "obowiązek szczególnie wnikliwego uzasadnienia wniosku o wstrzymanie wykonania zaskarżonego aktu spoczywa na stronie skarżącej, tak aby przekonać sąd o zasadności zastosowania ochrony tymczasowej. Nie wystarcza przy tym jedynie złożenie wniosku, a nawet przytoczenie w jego uzasadnieniu okoliczności, które teoretycznie mogą pojawić się na etapie wykonywania orzeczenia. Jednocześnie brak uzasadnienia takiego wniosku nie jest brakiem, którego uzupełnienia winien żądać sąd". Z kolei w postanowieniu z 29 maja 2009 r., I FZ 148/09, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że w interesie strony leży takie sformułowanie wniosku o wstrzymanie wykonania aktu lub czynności, by powołane w nim okoliczności wskazywały na zajście w jej przypadku przesłanek z art. 61 § 3 p.p.s.a. oraz poparcie twierdzeń w tym zakresie stosownymi dokumentami. Nie jest bowiem wystarczające, by okoliczności przemawiające za wstrzymaniem wykonania występowały w sprawie - sąd musi mieć o nich wiedzę i możliwość jej zweryfikowania, a dostarczenie odpowiednich informacji i dokumentów w tym zakresie obciąża stronę.
Ocena wystąpienia przesłanek z art. 61 § 3 p.p.s.a. jest możliwa i w dużym stopniu zależy od argumentacji przedstawionej we wniosku. Strona oczekująca uwzględnienia wniosku o wstrzymanie wykonania decyzji, powinna przedstawić stosowne dokumenty, których analiza umożliwiłaby sądowi ocenę skutków wykonania określonego aktu w kontekście sytuacji majątkowej skarżącej. Sformułowany przez skarżącą wniosek zawierał jedynie lakoniczne stwierdzenie, że wykonanie decyzji spowoduje "ryzyko zaistnienia niepowetowanej szkody", bez wskazania, na czym konkretnie miałaby polegać ta szkoda ani w czym skarżąca upatruje jej wystąpienia. Ponadto skarżąca nie przedłożyła dokumentów uprawdopodobniających wystąpienie przesłanek wymienionych w art. 61 § 3 p.p.s.a. Tym samym uniemożliwiła sądowi ocenę czy na skutek wykonania decyzji powstanie szkoda, której rozmiary przekraczają zwykłe następstwa zapłaty, bądź też, że do odwrócenia skutku wykonania decyzji nie wystarczy zwrot wyegzekwowanej należności.
Z tych względów, na podstawie art. 184 w związku z art. 197 § 2 p.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny, orzekł jak w sentencji. Naczelny Sąd Administracyjny nie orzekł o kosztach postępowania zażaleniowego, ponieważ nie przewiduje tego art. 209 w związku z art. 203 i art. 204 p.p.s.a. Zwrot kosztów postępowania przed Naczelnym Sądem Administracyjnym przysługuje tylko w przypadkach wskazanych w art. 203 i art. 204 p.p.s.a., te zaś przepisy nie dotyczą zażaleń.