W skardze konstytucyjnej z 16 września 2008 r. zakwestionowana została zgodność z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej art.
174 pkt 1 i 2 oraz art. 176 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U.
Nr 153, poz. 1270, ze zm.; dalej: p.p.s.a.). Skarżąca spółka wskazuje, że zaskarżone przepisy w zakresie, w jakim uniemożliwiają
dokonanie przez Naczelny Sąd Administracyjny oceny pierwszej podstawy skargi kasacyjnej, w tym wykładni przepisu prawa materialnego
i jego subsumpcji ze stanem faktycznym sprawy w przypadku nieskutecznego zakwestionowania ustaleń faktycznych, naruszyły konstytucyjną
zasadę państwa prawa, prawo do sądu i rzetelnego procesu oraz zasadę swobody działalności gospodarczej.
Skarżąca spółka kwestionuje także art. 7 ust. 1 pkt 4 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz.
U. Nr 9, poz. 31, ze zm.; dalej: u.p.o.l.). Wskazuje, że zaskarżony przepis naruszył konstytucyjną „zasadę równości wobec
prawa państwa prawa”, prawo do sądu i rzetelnego procesu, a także regułę nakładania podatków w przepisach rangi ustawowej
w zakresie, w jakim: (a) „publiczny transport kolejowy” – to inny zakres działań niż ogół czynności związanych z korzystaniem,
zarządzaniem i utrzymaniem infrastruktury kolejowej, wykonywany z zachowaniem rygorów ustawy z dnia 27 czerwca 1997 r. o transporcie
kolejowym (Dz. U. Nr 96, poz. 591, ze zm.), w sposób dostępny i przeznaczony dla wszystkich uprawnionych podmiotów (przewoźników);
(b) „publiczny transport kolejowy” – to na gruncie przepisów regulujących podatek od nieruchomości, funkcja w procesie transportu
kolejowego właściwego dla przewoźnika, a nie zarządu kolei; (c) „wykorzystywanie” na potrzeby – to wykorzystywanie oceniane
z punktu widzenia innych podmiotów niż zarząd kolei; (d) wykorzystywanie „wyłącznie” – to zaprzeczenie korzystania z infrastruktury
również przez zarząd kolei, w ramach posiadanych koncesji, zgodnie z obowiązującymi w tym okresie przepisami.