W skardze konstytucyjnej z 31 stycznia 2009 r. skarżąca zarzuciła sprzeczność z art. 2, art. 32 ust. 1 i art. 78 Konstytucji
– art. 10 ust. 2 pkt 5a ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 1999 r. Nr 54, poz. 572, ze zm.;
dalej: ustawa o kontroli skarbowej) w brzmieniu wprowadzonym ustawą z dnia 7 czerwca 2002 r. o zniesieniu Generalnego Inspektora
Celnego, o zmianie ustawy o kontroli skarbowej oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2002 r. Nr 89, poz. 804),
obowiązującym od 1 lipca 2002 r. do 31 sierpnia 2003 r., zmienionym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich
Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek
organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. Nr 137, poz. 1302) – w części, w jakiej
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej mógł „upoważnić inspektora w tym inspektora będącego Dyrektorem Urzędu Skarbowego do
wydania decyzji lub wyniku kontroli w jego imieniu”.
Skarga konstytucyjna została wniesiona w oparciu o następujący stan faktyczny i prawny. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej
w Łodzi otrzymał upoważnienie od Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej do podpisania niżej wymienionych decyzji. Decyzją
z 17 lutego 2006 r. (nr KS-8/8570/KS-2017, BM6-4853/z/109/w/2005/Ech) Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej odmówił stwierdzenia
nieważności decyzji z 30 września 2003 r. (nr V/502/D-47/0974/99-03) w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne
miesiące od marca do grudnia 1999 r. i od stycznia do marca 2000 r. (tym samym utrzymał w mocy swoją decyzję z 12 czerwca
2003 r., nr V 502/D-32/0974/99-03) i stwierdził, że decyzja ta nie narusza prawa i została wydana przez właściwy organ kontroli
skarbowej, czyli Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z upoważnienia Generalnego