W skardze konstytucyjnej z 14 kwietnia 2005 r. skarżący zakwestionował zgodność z Konstytucją art. 139 ust. 1 ustawy z dnia
16 marca 2001 r. o Biurze Ochrony Rządu (dalej: ustawa o BOR). Zaskarżonemu przepisowi skarżący zarzucił niezgodność z art.
2, art. 32, art. 60, a także z art. 45 ust. 1 i art. 77 ust. 2 w zw. z art. 31 ust. 3 Konstytucji. Zdaniem skarżącego zaskarżony
przepis, przewidujący uznanie z mocy prawa żołnierzy zawodowych, pełniących w dniu wejścia w życie ustawy o BOR służbę w Jednostce
Wojskowej Nr 1004 – Biuro Ochrony Rządu, za funkcjonariuszy BOR, narusza prawa podmiotowe skarżącego do służby publicznej
na jednakowych zasadach, zasady zaufania obywatela do państwa i stanowionego prawa, jak również prawo do sądu. Istota takiej
niezgodności polegać ma – zdaniem skarżącego – na wyłączeniu spraw ze stosunków służbowych o charakterze administracyjno-prawnym
żołnierzy zawodowych z zakresu właściwości organów administracji publicznych, wydających decyzje administracyjne, co w konsekwencji
pozbawia ich gwarancji proceduralnych w postępowaniu administracyjnym i sądowym.
Jako ostateczne orzeczenie, o którym mowa w art. 79 ust. 1 Konstytucji skarżący wskazał – wydany w sprawie jego skargi na
bezczynność Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji – wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 17 stycznia 2005
r. (sygn. akt OSK 1011/04). Na mocy tego orzeczenia uchylony został wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie
z dnia 6 kwietnia 2004 r. (sygn. akt II SAB/374/03), zaś sprawa przekazana została temu Sądowi do ponownego rozpoznania. W
uzasadnieniu orzeczenia Naczelnego Sądu Administracyjnego wskazano, że wprawdzie w art. 139 ust. 1 ustawy o BOR nie jest przewidziane
wydawanie decyzji administracyjnej, tym niemniej skoro organ I instancji odpowiedział na wniosek skarżącego pismem, a wniesione
od tego pisma „odwołanie” skarżącego przekazano do organu wyższego stopnia, to Wojewódzki Sąd Administracyjny, rozpoznając
skargę