1. W skardze konstytucyjnej złożonej do Trybunału Konstytucyjnego 21 kwietnia 2017 r. (data nadania) Sp. z o.o. (dalej: skarżąca,
podatnik) zakwestionowała zgodność art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a w związku z art. 86 ust. 1 i ust. 2 pkt 1 lit. a ustawy z
dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2016 r. poz. 710, ze zm.; dalej: ustawa podatkowa, ustawa o VAT)
z art. 64 ust. 1 Konstytucji.
2. Skarga konstytucyjna została wniesiona w związku z następującą sprawą. Organy kontroli skarbowej zakwestionowały prawo
skarżącej do odliczenia – w ramach prowadzonej działalności gospodarczej – podatku naliczonego wynikającego z faktur dokumentujących
wewnątrzwspólnotowe dostawy do Czech miału węglowego, węgla orzech i groszek. W ocenie organów faktury te nie dokumentowały
rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, co wypełniało wynikającą z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy podatkowej przesłankę
odmowy uznania prawa skarżącej do odliczenia podatku naliczonego na podstawie tych faktur za poszczególne miesiące 2009 r.
(decyzja Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z grudnia 2013 r.).
Dyrektor Izby Skarbowej w K. decyzją z kwietnia 2014 r. utrzymał w mocy decyzję organu podatkowego pierwszej instancji.
Wyrokiem z listopada 2014 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w G. (dalej: WSA) uwzględnił skargę podatnika i uchylił zaskarżoną
decyzję jako naruszającą prawo procesowe. W ocenie sądu, to organy podatkowe mają obowiązek podejmować niezbędne działania
w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy. Sąd uznał za nieuprawnione stwierdzenie, że skarżący
winien mieć świadomość oszukańczego charakteru transakcji, w których uczestniczył i nie dochował elementarnej staranności
kupieckiej w tym zakresie.
Naczelny Sąd Administracyjny (dalej: NSA) wyrokiem z listopada 2016 r. uchylił wyrok WSA w całości i oddalił skargę. W szczególności
podkreślił, że organy miały prawo zakwestionować skarżącej