Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy zważył, co następuje.
Zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. z 2024 r. poz. 1267), sądy administracyjne kontrolują prawidłowość zaskarżonych aktów administracyjnych, między innymi postanowień ostatecznych, przy uwzględnieniu kryterium ich zgodności z prawem. Postanowienie podlega uchyleniu, jeśli sąd stwierdzi naruszenie prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa będące podstawą wznowienia postępowania lub inne naruszenie prawa mogące mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - Dz.U. z 2026 r. poz. 143; dalej także jako: "p.p.s.a." – lub też naruszenie prawa będące podstawą stwierdzenia nieważności postanowienia - art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.).
Na wstępie należy zauważyć, że Sąd rozpoznał niniejszą sprawę na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym. Zgodnie z treścią art. 119 pkt 3 p.p.s.a. sąd może rozpoznać sprawę w trybie uproszczonym, gdy przedmiotem skargi jest postanowienie wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę co do istoty oraz postanowienie wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie. W kontrolowanej sprawie zaistniała przesłanka do rozpoznania sprawy w trybie uproszczonym. Przedmiot skargi kwalifikował sprawę do kategorii, o jakich mowa w art. 119 pkt 3 p.p.s.a. Rozpoznanie sprawy w trybie uproszczonym na podstawie tego przepisu jest przy tym niezależne od woli stron (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 11 czerwca 2019 r., sygn. akt II OSK 1867/17). Zgodnie z art. 120 p.p.s.a. w trybie uproszczonym sąd rozpoznaje sprawy na posiedzeniu niejawnym w składzie trzech sędziów. Z powyższych względów nie zachodziły podstawy do przeprowadzenia rozprawy.
Oceniając zaskarżone postanowienie z punktu widzenia jego zgodności z prawem stwierdzić należy, że nie narusza ono prawa w stopniu nakazującym wyeliminowanie go z obrotu prawnego. Przedmiotem kontroli tut. Sądu jest postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej wydane w sprawie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości z tytułu podatku od towarów i usług na należność główną i odsetki za zwłokę za wskazane okresy.
Z akt sprawy wynika, że Naczelnik Trzeciego Urzędu Skarbowego w B. postanowieniem z dnia [...] sierpnia 2025 r. dokonał zaliczenia wpłaty Spółki z dnia [...] października 2024 r. w wysokości [...] zł na poczet zaległości z tytułu podatku od towarów i usług za sierpień 2021 r. zostały naliczone od następnego dnia po dniu, w którym upłynął termin płatności, tj. od [...] września 2021 r. do dnia dokonania wpłaty, tj. do [...] października 2024 r.
Po rozpatrzeniu zażalenia, zaskarżone postanowienie zostało utrzymane w mocy przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej postanowieniem z dnia [...] listopada 2025 r.
Nie zgadzając się z wydanym rozstrzygnięciem Spółka zarzuciła brak podstaw do naliczania odsetek od zaległości podatkowej, z uwagi na wcześniejsze stwierdzenie i zwrócenie nadpłaty w podatku od towarów i usług, czym organ utwierdził podatnika co do prawidłowości sposobu rozliczenia podatku od towarów i usług, następnie zakwestionowanego w toku kontroli podatkowej. W tym kontekście w skardze wskazano, że w przedmiocie zaliczenia stwierdzonych nadpłat Naczelnik Trzeciego Urzędu Skarbowego w B. wydał postanowienie z dnia [...] września 2022 r., w którym dokonał zaliczenia nadpłaty podatku wynikającej ze skorygowanej przez spółkę deklaracji za styczeń i luty 2021 r. na poczet zaległości podatkowej w podatku od towarów i usług za grudzień 2021 r. W ocenie Skarżącej, okoliczność ta została pominięta przez organ a ma zasadnicze znaczenie w sprawie. Zdaniem Spółki, w świetle art. 14m w zw. z art. 121 § 1 O.p. istniały podstawy do uznania, że nie było podstaw do naliczania odsetek od powstałych zaległości od dnia [...] września 2021 r. do dnia zapłaty [...] października 2024 r.
Wskazać należy, że podstawę prawną wydania zaskarżonego postanowienia stanowił art. 62 § 1 O.p. W myśl tego przepisu prawa, jeżeli na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe z różnych tytułów, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet podatku zgodnie ze wskazaniem podatnika, a w przypadku braku takiego wskazania - na poczet zobowiązania podatkowego o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zobowiązań podatkowych podatnika. W przypadku gdy na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe, których termin płatności upłynął, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności we wskazanym przez podatnika podatku, a w przypadku braku takiego wskazania lub braku zaległości podatkowej we wskazanym podatku - na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości podatkowych podatnika. Jak wskazuje się w orzecznictwie, postanowienie o zaliczeniu wpłaty na poczet zaległości podatkowej jest aktem formalnym, nieprzesądzającym o istnieniu zaległości podatkowej lecz informującym o sposobie zaliczenia wpłaty stosownie do unormowania art. 62 § 1 i § 3 O.p. Dokonując zaliczenia wpłaty podatku na poczet zaległości podatkowych organ podatkowy w tym postępowaniu nie jest uprawniony do weryfikacji prawidłowości złożonych przez podatnika deklaracji, jak również rozstrzygnięć określających wysokość zobowiązań (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 26 października 2017 r., sygn. akt II FSK 2660/15). Jak stanowi art. 62 § 4 O.p. w sprawie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowych, odsetek za zwłokę oraz kosztów upomnienia organ podatkowy, na wniosek podatnika, wydaje postanowienie, na które służy zażalenie. Z tego względu skutki zaliczenia dokonanej wpłaty następują także wtedy, gdy postanowienie o zaliczeniu nie zostanie wydane. W dalszej kolejności podkreślić należy, że w świetle art. 51 § 1 O.p. zaległością podatkową jest podatek niezapłacony w terminie płatności. Od zaległości podatkowej – zgodnie z art. 53 § 1 i § 4 O.p. – naliczane są odsetki za zwłokę od dnia następnego po upływie terminu płatności do dnia zapłaty podatku. Zatem odsetki za zwłokę naliczane są z mocy prawa, albowiem stanowią one automatyczny (ex lege) skutek powstania zaległości podatkowej. Natomiast, jak stanowi art. 55 § 2 O.p., jeżeli dokonana wpłata nie pokrywa kwoty zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę, wpłatę tę zalicza się proporcjonalnie na poczet kwoty zaległości podatkowej oraz kwoty odsetek za zwłokę w stosunku, w jakim, w dniu wpłaty, pozostaje kwota zaległości podatkowej do kwoty odsetek za zwłokę. Przepis ten reguluje proporcjonalny sposób zaliczania dokonanej wpłaty.
Powoływane przez Spółkę postanowienie Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego w B. z dnia [...] września 2022 r., w którym dokonał zaliczenia nadpłaty podatku wynikającej ze skorygowanej deklaracji za styczeń i luty 2021 r. na poczet zaległości podatkowej w podatku od towarów i usług, zostało wydane na podstawie art. 76 § 1 oraz art. 76a § 1 i 2 O.p. Zgodnie z art. 76 § 1 O.p. nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych. Z kolei z art. 76a § 1 O.p. wynika, że w sprawach zaliczenia nadpłaty na poczet zaległych oraz bieżących zaległości podatkowych wydaje się postanowienie, na które służy zażalenie. W przypadku zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowych przepisy art. 55 § 2 oraz art. 62 § 1 stosuje się odpowiednio.
Podkreślenia wymaga, że postanowienie, o którym mowa w art. 76a § 1 O.p. jedynie odzwierciedla i potwierdza wykonanie czynności rachunkowo-technicznej. Ma ono charakter formalny i samo w sobie nie przesądza ani o istnieniu zwrotu podatku, ani o istnieniu zaległości podatkowej, jednakże - skoro jego istotą jest zaliczenie nadpłaty na poczet zaległości podatkowej - to w momencie jego wydania te dwa elementy (nadpłata i zaległość) muszą istnieć. Postanowienie to ma doprowadzić do kompensaty wzajemnych wierzytelności. W tym znaczeniu wydanie tego postanowienia ma jedynie charakter techniczny, potwierdzający dokonanie zaliczenia określonej nadpłaty na oznaczoną zaległość podatkową z odsetkami za zwłokę. Stanowi ono dla podatnika informację o sposobie zaliczenia, co umożliwia mu kontrolę prawidłowości tej czynności, w tym przez zainicjowanie postępowania zażaleniowego (J. Rudowski w: S. Babiarz, B. Dauter, R. Hauser, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, A. Olesińska, Ordynacja podatkowa. Komentarz, Lex, Art. 76a). W postanowieniu tym przyjmuje się wysokość nadpłaty wynikającą z wniosku, zeznania (deklaracji), albo też z decyzji organu podatkowego. Nie ma podstaw do określania w nim wysokości nadpłaty (zob. L. Etel w: E. Bobrus-Nowińska, R. Dowgier, G. Liszewski, B. Pahl, P. Pietrasz, M. Popławski, W. Stachurski, K. Teszner, Ordynacja podatkowa. Komentarz aktualizowany, LEX/el. 2025, Art. 76a).
W świetle powyższego nie można podzielić poglądu Skarżącej, że wydając postanowienie z dnia [...] września 2022 r. i zaliczając - wynikającą ze skorygowanej deklaracji - nadpłatę na poczet zaległości podatkowej, organ utwierdził Spółkę w przeświadczeniu o poprawności przyjętego rozliczenia podatku od towarów i usług, jak i że przed dokonaniem zaliczenia organ pierwszej instancji przeprowadził postępowanie wyjaśniające, w toku którego zweryfikował poprawność złożonych korekt deklaracji podatkowych. Wskazać należy, że w postępowaniu w przedmiocie zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowej, dokonujący takiego zaliczenia organ nie jest uprawniony do weryfikowania prawidłowości złożonych przez podatnika deklaracji, z których konkretna nadpłata czy zaległość podatkowa wynikała. Nie określa – jak to już zaznaczono - wysokości nadpłaty. Stwierdza jedynie istnienie nadpłaty oraz istnienie zaległości podatkowej. Postanowienie wydane w tej sprawie informuje jedynie podatnika o sposobie rozliczenia konkretnych kwot (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 13 stycznia 2023 r., sygn. akt I FSK 1058/22). Postanowienie o zaliczeniu nadpłaty nie kreuje więc nowego stanu faktycznego i prawnego, a jedynie potwierdza wykonanie czynności o charakterze technicznym (rachunkowym). Nadanie postanowieniu o zarachowaniu takiego wyłącznie formalnego charakteru, jak dotychczas, stanowi ugruntowaną linię orzeczniczą sądów administracyjnych (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z dnia 4 marca 2021 r., sygn. akt III FSK 2475/21; z dnia 28 listopada 2019 r., sygn. akt I FSK 1463/17; z dnia 5 lipca 2018 r., sygn. akt I FSK 1278/16).
Z poglądem Skarżącej nie można zgodzić się także z tego względu, że treść korespondencji kierowanej przez organ pierwszej instancji do Spółki w czasie postępowania wyjaśniającego prowadzonego w związku ze złożoną korektą, świadczy o tym, że organ uznał dokonane przez Skarżącą rozliczenie za błędne, w następstwie czego została wszczęta kontrola podatkowa w celu prawidłowego określenia podatku od towarów i usług.
W świetle powyższego cała argumentacja Skarżącej zmierzająca do wykazania, że nie może ponosić negatywnych konsekwencji działania organu podatkowego, gdyż naruszałoby to zasadę prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organu podatkowego, nie zasługuje na uwzględnienie. Nieuzasadnione jest też powoływanie się przez Spółkę dla wykazania swoich racji na regulacje zawarte w art. 75 § 4 O.p. oraz w art. 52 § 1 pkt 2 i § 3 O.p., gdyż wydając postanowienie z dnia z dnia [...] września 2022 r. organ w ogóle tych przepisów nie stosował. Podstawę prawną wydania tego postanowienie stanowił – jak to już wskazano – art. 76 § 1 oraz art. 76a § 1 i 2 O.p. W postanowieniu tym organ w trybie bezdecyzyjnym (gdy prawidłowość skorygowanej deklaracji nie budzi wątpliwości), wynikającym z art. 75 § 4 O.p., nie aprobował zwrotu nadpłaty.
Wbrew też twierdzeniom Spółki, organ nie naruszył art. 56b pkt 1 O.p., który przewiduje podwyższoną stawkę odsetek w wysokości 150%, stosowaną do zaległości w podatku od towarów i usług w przypadku zaniżenia zobowiązania podatkowego, zawyżenia kwoty nadpłaty lub zwrotu podatku ujawnionych przez organ podatkowy w toku kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Powyższy przepis jest jednoznaczny, a użyty zwrot "stosuje się" nie budzi wątpliwości interpretacyjnych. W przypadku zatem bezspornej w sprawie okoliczności, że zaległość w podatku od towarów i usług za sierpień 2021 r. powstała na skutek zaniżenia zobowiązania podatkowego ujawnionego w toku kontroli podatkowej, organ był zobligowany do zastosowania odsetek w podwyższonej wysokości.
Nieuprawniony jest także zarzut naruszenia art. 62 § 1 O.p., poprzez nieprawidłowe zarachowanie dokonanych wpłat na poczet odsetek od zaległości podatkowych za okres od dnia zaliczenia nadpłaty podatku do dnia doręczenia protokołu kontroli podatkowej, w którym zakwestionowano prawidłowość rozliczenia podatku w sposób uprzednio przyjęty za prawidłowy w toku postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty podatku. Po raz kolejny należy podkreślić, że postępowaniu w przedmiocie zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowej organ nie określa wysokości nadpłaty. Wydane w tym przedmiocie postanowienie ma jedynie charakter techniczny (rachunkowy). Prawidłowość dokonanego przez Spółkę rozliczenia podatkowego została zweryfikowana w toku kontroli podatkowej, w wyniku której Skarżąca po raz kolejny złożyła korektę deklaracji za sierpień 2021 r. Prawidłowo również dokonaną wpłatę organ zaliczył proporcjonalnie, stosownie do art. 55 § 2 O.p., na poczet zaległości podatkowej i kwoty odsetek za zwłokę naliczanych do dnia dokonania wpłaty.
Nietrafny jest także zarzut naruszenia przez organ art. 14k § 1 i § 3 oraz art. 14m § 1 O.p., gdyż postanowienia o zaliczeniu nadpłaty na poczet zaległości podatkowych nie można uznać za interpretację indywidualną i nie stosuje się do niego przepisów dotyczących interpretacji podatkowych. Z powyższych względów zaskarżone rozstrzygnięcie nie narusza również zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych.
Końcowo nie można też zgodzić się ze Spółką, że organ pominął okoliczność wydania postanowienia z dnia [...] września 2022 r., gdyż w zaskarżonym postanowieniu wprost stwierdzono (str. 5), że postanowienie o zaliczeniu nadpłaty na poczet zaległości podatkowych odzwierciedla i potwierdza wykonanie czynności rachunkowo-technicznej i nie świadczy o prawidłowości rozliczeń.
Wobec niezasadności podniesionych w skardze zarzutów i mając na uwadze, że zaskarżone postanowienie nie narusza prawa, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. oddalił skargę.
Orzeczenia, których sygnatury przywołano w uzasadnieniu dostępne są na stronie internetowej orzeczeń sądów administracyjnych: http://orzeczenia.nsa.gov.pl
J. Ziołek T. Wójcik L. Kleczkowski