Uzasadnienie
Decyzją z dnia 18 lutego 2020r. Prezydent Miasta Włocławek, po rozpatrzeniu wniosku E. S.A. ("Spółka", "Strona", "Skarżąca") z dnia 24 grudnia 2018r. o zwrot nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2016r. w kwocie 95.658 zł, odmówił spółce zwrotu wnioskowanej nadpłaty i określił zobowiązanie w podatku od nieruchomości w wysokości jaka wynikała z poprzednio złożonej przez spółkę korekty deklaracji dla podatku od nieruchomości z dnia 22 października 2018r. Wniosek Spółki złożony został w trybie art. 74 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025r. poz. 111 ze zm. dalej: "O.p.") wraz z korektą deklaracji, w której pomniejszono wartość budowli podlegających opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości.
Po rozpatrzeniu odwołania, decyzją z dnia 2 października 2020 r. Samorządowe Kolegium Odwoławcze we Włocławku uchyliło pkt 2 decyzji dotyczący określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości za 2016 r. w kwocie 1.976.451 zł i umorzyło postępowanie w tym zakresie, w pozostałej części dotyczącej odmowy zwrotu nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2016 r. utrzymało zaskarżoną decyzję organu pierwszej instancji w mocy. Wyrokiem z dnia 12 stycznia 2021 r., I SA/Bd 731/20, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy oddalił wniesioną skargę. Rozpatrując wniesioną przez Spółkę skargę kasacyjną, Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 13 marca 2024 r., sygn. akt III FSK 3953/21, uchylił zaskarżony wyrok w całości oraz decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego we Włocławku z 2 października 2020 r.