Organ wskazał, że w aktach sprawy znajduje się przedłożona przez skarżącą kopia zaświadczenia lekarskiego ZUS ZLA seria ZR Nr [...] wystawiona [...] sierpnia 2021 r. wskazująca niezdolność do pracy od [...] sierpnia 2021 r. do [...] września 2021 r. Zwolnienie lekarskie wpłynęło do organu pierwszej instancji [...] września 2021 r. Natomiast postanowieniem z [...] września 2021 r., Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w T. wyznaczył Stronie siedmiodniowy termin do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Postanowienie zostało odebrane [...] września 2021 r. przez męża skarżącej - G. F.. W dacie wydania zaskarżonej decyzji (4 października 2021 r.) Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w T. nie posiadał wiedzy, że skarżąca dalej przebywa na zwolnieniu lekarskim. Kserokopia zwolnienia lekarskiego ZUS ZLA seria ZR Nr [...] wystawiona [...] września 2021 r. wskazująca niezdolność do pracy od [...] września 2021 r. do [...] października 2021 r. wpłynęła do organu pierwszej instancji w dniu [...] października 2021 r., a zatem po wydaniu zaskarżonej decyzji.
Organ zaznaczył, że długotrwała choroba podatnika nie może uniemożliwiać organowi podatkowemu prowadzenie i zakończenie postępowania podatkowego. Podatnik mając świadomość swojej choroby i możliwość jej przedłużenia, dokładając należytej staranności powinien ustanowić pełnomocnika do działania w jego imieniu. Dyrektor wskazał, że skarżąca ustanowiła pełnomocnika pocztowego - G. F., który odbierał kierowaną do niej korespondencję w siedzibie urzędu pocztowego. Okoliczność zatem podnoszona w uzasadnieniu odwołania dotycząca pozbawienia skarżącej udziału w postępowaniu prowadzonym przed Naczelnikiem Drugiego Urzędu Skarbowego w T., w ocenie organu odwoławczego, nie znajduje uzasadnienia. Ponadto organ zauważył, że zgromadzony w sprawie materiał dowodowy stanowił dokumentację, którą skarżąca znała. Jednocześnie zaznaczył, że z akt sprawy wynika, iż na zwolnieniu lekarskim skarżąca przebywała do [...] października 2021 r. Zatem mogła w toku prowadzonego postępowania odwoławczego przedłożyć prowadzoną ewidencję dla podatku od towarów i usług (wraz z fakturami VAT) za przedmiotowe okresy rozliczeniowe, o której mowa w wezwaniu organu pierwszej instancji z [...] sierpnia 2021 r. W toku prowadzonego postępowania odwoławczego Skarżąca nie skorzystała także z prawa do zapoznania się ze zgromadzonym w sprawie materiałem dowodowym.
Reasumując, w ocenie organu odwoławczego, za bezpodstawne należało uznać zarzuty skarżącej dotyczące naruszenia przez organ pierwszej instancji art. 122 i art. 123 § 1 Ordynacji podatkowej poprzez wydanie zaskarżonej decyzji na jeden dzień przed wyznaczeniem terminu rozprawy przed Wojewódzkim Sądem Administracyjnym w Bydgoszczy w sprawie I SA/Bd 274/21 oraz niezapewnieniu czynnego udziału w postępowaniu - w związku z przebywaniem na zwolnieniu lekarskim, bowiem nie znajdują uzasadnienia w treści powołanych przepisów.
W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej zakończenie postępowania podatkowego prowadzonego przez Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w T. zaskarżoną decyzją z [...] października 2021 r., nastąpiło zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej. Zdaniem organu odwoławczego, całkowicie niezrozumiałe jest także stanowisko skarżącej, dotyczące nieuwzględnienia przez organ pierwszej instancji wniosku z [...] sierpnia 2021 r. o zawieszenie postępowania podatkowego w niniejszej sprawie.
Organ wskazał, że pismem z [...] sierpnia 2021 r. skarżąca zwróciła się z wnioskiem o zawieszenie postępowania podatkowego prowadzonego przez Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w T. w sprawie rozliczenia podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia 2016 r. do listopada 2016 r. Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w T. postanowieniem z [...] sierpnia 2021 r. odmówił zawieszenia wszczętego wobec skarżącej postępowania podatkowego w sprawie rozliczenia podatku od towarów i usług za okres od stycznia 2016 r. do listopada 2016 r. P. z [...] września 2021 r. w ustawowym terminie skarżąca złożyła zażalenie na ww. postanowienie. Jednak całkowicie pomija fakt, że ww. zażalenie nie zostało przez skarżącą podpisane. Zdaniem organu, strona pomija także okoliczność, że nie usunęła braku podpisu w wyznaczonym przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej wezwaniu z [...] października 2021 r., co skutkowało pozostawieniem bez rozpatrzenia przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej wniesionego zażalenia z [...] września 2021 r.
W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej nie jest także zasadna argumentacja skarżącej, dotycząca podejmowania wobec niej "ewentualnych czynności egzekucyjnych", które będą rodziły odpowiedzialność odszkodowawczą Skarbu Państwa, bowiem nie ma wpływu na prawidłowość dokonanego przez organ pierwszej instancji rozstrzygnięcia.
Pismem z [...] marca 2022 r. skarżąca zaskarżyła decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z [...] lutego 2021 r. do tut. Sądu, wnosząc o jej uchylenie oraz uchylenie poprzedzającej ją decyzji organu pierwszej instancji. Ponadto Strona wniosła o dopuszczenie dowodów z dokumentów w postaci: zwolnień lekarskich za okres od [...] sierpnia 2021 r. do [...] grudnia 2021 r., na okoliczność stanu uniemożliwiającego wzięcie czynnego udziału w postępowaniu podatkowym; tytułów wykonawczych, na podstawie których prowadzona jest przeciwko skarżącej egzekucja administracyjna z tytułu podatku od towarów i usług za okres od stycznia do listopada 2016 r., na okoliczność wszczęcia egzekucji i egzekwowania od skarżącej należności stwierdzonych zaskarżoną decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z [...] lutego 2022 r.; postanowienia Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z [...] grudnia 2021 r., wraz z uzasadnieniem, na okoliczność stanowiska tego organu w przedmiocie przedawnienia zobowiązania podatkowego w niniejszej sprawie zaprezentowanego w sprawie o nadanie rygoru natychmiastowej wykonalności decyzji organu pierwszej instancji w niniejszej sprawie.
Zaskarżonej decyzji skarżąca zarzuciła naruszenie przepisów, które Jej zdaniem miały wpływ na wynik sprawy:
1) art. 120 O.p. w zw. z art. 152 § 1 p.p.s.a - przez wydanie zaskarżonej decyzji na podstawie decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z [...] lutego 2021 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za 2015 r., pomimo iż wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy w sprawie I SA/Bd 274/21 z [...] października 2021 r - przedmiotowa decyzja DIAS została w całości uchylona, a tym samym nie wywołuje żadnych skutków prawnych, w tym ustaleniu wysokości nadpłaty w podatku od towarów i usług na koniec 2015 r.;
2) art. 123 § 1 O.p. - przez niezapewnienie skarżącej czynnego udziału w sprawie przed wydaniem zaskarżonej decyzji, wobec istniejących przeszkód związanych ze stanem zdrowia, o którym Skarżąca informowała organ podatkowy, a który był potwierdzony zwolnieniami lekarskimi;
3) art. 121 O.p. - przez naruszenie zasady zaufania do organów podatkowych, polegające na wszczęciu w połowie 2021 r. postępowania podatkowego dotyczącego podatku od towarów i usług za rok 2016 i wydaniu zaskarżonej decyzji bez rozważenia wszystkich okoliczności sprawy i ograniczeniu się jedynie na przyjęciu domniemań związanych z prawdziwością i zasadnością decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z [...] lutego 2021 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za rok 2015 r., która została uchylona i zaniechaniu zebrania całego materiału dowodowego, w tym m. in. dokumentów, o które skarżąca była wzywana - dotyczących sprzedaży w 2016 r, a zwłaszcza ewidencji VAT zakupu i sprzedaży oraz wszystkich faktur zakupu i sprzedaży za okres od stycznia 2016 r. do listopada 2016 r.;
4) art. 122 O.p. - przez naruszenie zasady prawdy obiektywnej, tj. zaniechania wszystkich istotnych ustaleń mających znaczenie dla wydania zaskarżonej decyzji i celowym wydaniem zaskarżonej decyzji na dzień poprzedzający wydanie wyroku WSA w Bydgoszczy w sprawie I SA/Bd 274/21 z [...] października 2021 r. - uchylającego decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z [...] lutego 2021 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za rok 2015 r.;
5) art. 70 § 1 O.p. w zw. z art. 15 zzr ust. 1 ustawy CO\/ID-19 - przez uznanie, że zaskarżona decyzja została wydana przed upływem terminu przedawnienia wobec zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego;
6) art. 70 § 4 O.p. - przez jego niezasadne zastosowanie i uznanie, że wszczęcie i prowadzenie egzekucji na podstawie decyzji Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w T. z [...] października 2021 r. wydanej na podstawie uchylonej przez WSA w Bydgoszczy (wyrok sygn. akt I SA/Bd 274/21 z [...] października 2021 r.) - decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z [...] lutego 2021 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za rok 2015 r, zaopatrzonej następnie postanowieniem tego organu z [...] października 2021 r. w rygor natychmiastowej wykonalności przerywa bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie.
W piśmie procesowym z dnia [...] maja 2022 r. skarżąca podtrzymała zawarte w skardze zarzuty i wnioski.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy wyrokiem z dnia [...] maja 2022 r., sygn. akt I SA/Bd 214/22 uchylił zaskarżoną decyzję. Sąd ten zauważył, że w wyniku wniesienia przez skarżącą skargi na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia [...] lutego 2021 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2015 r. WSA w Bydgoszczy wyrokiem z dnia [...] października 2021 r., sygn. akt I SA/Bd 274/21 uchylił zaskarżoną decyzję. Tym samym z obrotu prawnego została wyeliminowana ostateczna decyzja wydana przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej określająca nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy. Uchylenie decyzji ostatecznej dokonującej rozliczenia podatku od towarów i usług za grudzień 2015 r. ma ten skutek, że traci rację bytu ostateczna decyzja dotycząca podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do listopada 2015 r. Pierwsza z tych decyzji była bowiem podstawą wydania drugiej z wymienionych decyzji. Dodał, że w prawdzie w obrocie prawnym pozostaje decyzja Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...] z dna [...] września 2020 r. określająca sposób rozliczenia podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do grudnia 2015 r., jednakże fakt wydania nieostatecznej decyzji nie kreuje w sposób definitywny w toku instancji rozliczenia podatkowego. Sąd ten stwierdził, że opisana sytuacja prowadzi do wniosku, że w niniejszej sprawie zastosowanie miał art. 240 § 1 pkt 7 O.p.
Po rozpoznaniu skargi kasacyjnej organu Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia [...] maja 2025 r. uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Bydgoszczy. W uzasadnieniu wyroku NSA wskazał, że zapadłe rozstrzygnięcie jest konsekwencją wyroku NSA wydanego w sprawie I FSK 182/22. Podkreślił, że punktem odniesienia dla wspomnianego judykatu był wymiar podatku od towarów i usług, dokonany skarżącej za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2015 r. oraz legalność wyroku Sądu I instancji, zapadłego w sprawie o sygn. akt I SA/Bd 274/21. W następstwie ustaleń poczynionych w tamtej sprawie NSA nie zgodził się z zapatrywaniem WSA na materię instrumentalności wszczęcia postępowania w sprawie karnej skarbowej. Zdaniem NSA było to na tyle istotne, że przez wskazany wzgląd – konieczność zbadania tej kwestii przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej skutkowała uchyleniem zaskarżonej decyzji przez Sąd I instancji, orzekający w sprawie I SA/Bd 274/21.
W piśmie procesowym z dnia [...] września 2025 r. skarżąca ustosunkowując się do treści pism organu z 12 i [...] lipca 2021 r. podniosła, że organ na trzech stronach "wypisał pozorne czynności tylko po to aby stworzyć iluzoryczne pierwsze wrażenie, że urząd nie był bierny w tym postępowaniu, podczas gdy faktycznie był". Skarżąca wskazała, że w przedmiotowej sprawie, po wszczęciu postępowania karnego skarbowego aktywność organu prowadzącego dochodzenie sprowadzała się do pozyskania materiału dowodowego zebranego w toku postępowania podatkowego. Dodała, że powodem zawieszenia dochodzenia było wskazanie, że wynik postępowania miał istotne znaczenie dla prawidłowej oceny stanu faktycznego w niniejszej sprawie, a zatem w jej ocenie czynności w postepowaniu karno-skarbowym w przedmiotowej sprawie sprowadzały się do oczekiwania na wynik działań w prowadzonym postępowaniu podatkowym, tj. oczekiwano na termin wydania decyzji VAT a następnie oczekiwano czy zostanie złożona skarga i dopiero po jej złożeniu przedstawiono Skarżącej zarzuty.
Pismem z dnia [...] października 2025 r. organ wniósł o przeprowadzenie dowodu uzupełniającego z pisma Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w T. z [...] października 2025 r. znak sprawy [...] oraz z postanowienia Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...] o przedstawieniu zarzutu z dna [...] października 2020 r., znak sprawy RKS [...].
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. z 2024r., poz. 1267), sądy administracyjne kontrolują prawidłowość zaskarżonych aktów administracyjnych, między innymi decyzji ostatecznych, przy uwzględnieniu kryterium ich zgodności z prawem. Decyzja podlega uchyleniu, jeśli sąd stwierdzi naruszenie prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania lub inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, o czym stanowi art. 145 § 1 pkt 1 lit. a–c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2024 r. poz. 935 ze zm., dalej: "p.p.s.a.") lub też naruszenie prawa będące podstawą stwierdzenia nieważności decyzji (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). W razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części (art. 151 p.p.s.a.).
Zgodnie z art. 190 p.p.s.a. Sąd, któremu sprawa została przekazana, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny. Nie można oprzeć skargi kasacyjnej od orzeczenia wydanego po ponownym rozpoznaniu sprawy na podstawach sprzecznych z wykładnią prawa ustaloną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny. Jak wyjaśnił Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 25 września 2024 r., III FSK 608/24, "w doktrynie wskazuje się, że art. 190 p.p.s.a. znajduje zastosowanie, gdy doszło do wydania orzeczenia, o którym mowa w art. 185 § 1 p.p.s.a., a mianowicie gdy zaszła konieczność ponownego rozpoznania sprawy przez wojewódzki sąd administracyjny. W takim wypadku sąd ten związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny, przez którą należy rozumieć ustalenie jednoznacznej normy na podstawie określonego przepisu prawa materialnego lub procesowego. Wykładnią prawa związany jest również Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznający skargę kasacyjną od wyroku wydanego w wyniku ponownego rozpatrzenia sprawy. Podkreśla się przy tym, że Naczelny Sąd Administracyjny w orzeczeniu kasatoryjnym może nie tylko przeprowadzić krytykę orzeczenia sądu pierwszej instancji w kontekście zarzutów skargi kasacyjnej, dokonując prawidłowej wykładni prawa na tle przyjętego przez sąd pierwszej instancji stanu faktycznego, ale także narzucić temu sądowi określony sposób postępowania, który wyeliminuje powstałe w toku rozpoznania sprawy uchybienia i wątpliwości (zob. szerzej: B. Dauter, komentarz do art. 190 p.p.s.a. [w:] B. Dauter, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, wyd. IX, WKP 2024). Podobnie w orzecznictwie wskazuje się, że związanie sądu administracyjnego pierwszej instancji wykładnią prawa dokonaną w sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny oznacza, że nie może on formułować nowych ocen prawnych, sprzecznych z wyrażonym wcześniej poglądem, a zobowiązany jest do podporządkowania się mu w pełnym zakresie, nawet wówczas, gdy nie podziela wyrażonych w tym wyroku ocen. W doktrynie i orzecznictwie podkreśla się również, że wojewódzki sąd administracyjny może odstąpić od zawartej w orzeczeniu NSA wykładni prawa jedynie w wyjątkowych sytuacjach, gdy stan faktyczny sprawy ustalony w wyniku ponownego jej rozpoznania uległ tak zasadniczej zmianie, że do nowo ustalonego stanu faktycznego należy stosować przepisy prawa odmienne od wyjaśnionych przez NSA, jak również w przypadku, gdy przy niezmienionym stanie faktycznym sprawy, po wydaniu orzeczenia zmienił się stan prawny (zob. H. Knysiak- Sudyka, komentarz do art. 190 p.p.s.a. i przywołane tam orzecznictwo [w:] T. Woś, (red.), Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, wyd. VI, WK 2016). Odstąpienie od wiążącej wykładni przepisów prawa, o której mowa w art. 190 p.p.s.a. jest także możliwe w sytuacji, gdy po wydaniu przez Naczelny Sąd Administracyjny wyroku na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a., a przed ponownym rozpoznaniem sprawy przez wojewódzki sąd administracyjny, wydana została uchwała NSA, zawierająca odmienną wykładnię w tym samym zakresie, co wykładnia zamieszczona w wyroku uchylającym wyrok sądu pierwszej instancji. W takim przypadku również Naczelny Sąd Administracyjny przy rozpatrywaniu ponownej skargi kasacyjnej obowiązany jest - w związku z art. 269 § 1 p.p.s.a. - odstąpić od zastosowania art. 190 p.p.s.a., z uwagi na podjęcie uchwały przez NSA, zawierającej stanowisko dotyczące wykładni prawa odmienne od wyrażonego w poprzednim wyroku NSA, do którego to stanowiska zastosował się wojewódzki sąd administracyjny."
W sprawie kontrola zaskarżonej decyzji nastąpiła po wydaniu przez Naczelny Sąd Administracyjny wyroku na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a. NSA orzeczeniem z [...] maja 2025 r., I FSK 1734/22, uchylił wyrok tut. Sądu z [...] maja 2022 r., I SA/Bd 214/22 i sprawę przekazał do rozpoznania. Związanie, jakie wynika z art. 190 p.p.s.a. odnosi się do wykładni przepisów prawa jakie stanowiły podstawę działania organów w przedmiocie rozliczenia w 2022 r. podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe od stycznia do listopada 2016 r. Zatem w sprawie istotnym pozostaje zarówno przedawnienie zobowiązania podatkowego, jak i rozliczenie merytoryczne.
Zgodnie z art. 70 § 1 O.p. zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Zatem wydanie decyzji w lutym 2022 r. mogło nastąpić w okolicznościach braku zobowiązania podatkowego (art. 59 § 1 pkt 9 O.p.), jednak organ powołał się na okoliczność wymienioną przez ustawodawcę w art. 70 § 4 O.p., a więc przerywającą bieg terminu przedawnienia. Jak ustalono organ w 2021 r. przeprowadził egzekucję i zastosował środek egzekucyjny w okolicznościach wymienionych w art. 70 § 4 O.p. Okoliczności tych skarżąca nie podważa na żadnym etapie postępowania skargowego, w szczególności nie składa takiego zarzutu w ramach skargi kasacyjnej, co czyni prawidłowym stanowisko organu w tej kwestii (s. 5 decyzji). Jedynie w jej ocenie naruszenie art. 70 § 4 O.p. nastąpiło przez jego niezasadne zastosowanie i uznanie, że wszczęcie i prowadzenie egzekucji na podstawie decyzji Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w T. z [...] października 2021 r. wydanej na podstawie uchylonej przez WSA w Bydgoszczy (wyrok I SA/Bd 274/21 z [...] października 2021 r.), decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z [...] lutego 2021 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za rok 2015 r., zaopatrzonej następnie postanowieniem tego organu z [...] października 2021 r. w rygor natychmiastowej wykonalności przerywa bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Jest to stanowisko oparte na błędnie ocenionym stanie faktycznym, gdyż decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z [...] lutego 2021 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za rok 2015 r. nie została ostatecznie (i prawomocnie) uchylona. Obecnie w obrocie znajduje się orzeczenie tut. Sądu z [...] października 2025 r., I SA/Bd 478/25, którym oddalono skargę na wymienioną przez skarżącą, decyzję.
Zatem skoro w 2021 r., a więc w czasie biegu terminu rozliczenia VAT za 2016 r., został on przerwany, a zgodnie z art. 70 § 4 O.p., biegnie na nowo od dnia następującego po dniu zastosowania środka, to wydanie decyzji w lutym 2022 r., nie narusza art. 70 § 1 O.p. i bez znaczenia dla sprawy pozostaje również przedstawiona w skardze interpretacja art. 70 § 1 O.p. w zw. z art. 15 zzr ust. 1 ustawy CO\/ID-19.
Orzeczenie WSA w Bydgoszczy z [...] października 2025 r., I SA/Bd 478/25, dotyczące rozliczenia 2015 r. ma dla niniejszej sprawy takie znaczenie, że obecnie rozliczenie merytoryczne konsekwentnie jest przedstawiane jako pokłosie rozliczenia VAT 2015 r. Jest to także podstawą rozważań i wniosków Naczelnego Sądu Administracyjnego z [...] maja 2025 r., I FSK 1734/22, który wyłożył (art. 190 p.p.s.a.), że przez wzgląd na konstrukcję podatku od towarów i usług, wskazane rozstrzygnięcie determinuje treść wyroku zapadłego w przedmiotowej sprawie. Jest tak, ponieważ wspomniana danina publiczna jest podatkiem od wartości dodanej, klasyfikowanym w nauce prawa podatkowego jako podatek obrotowy wielofazowy netto. Istotne jest przy tym to, że efekt opodatkowania przyrostu wartości towaru lub usługi (opodatkowania netto), w modelu podatku od towarów i usług przyjętym w Polsce osiąga się poprzez redukcję podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Jeżeli zaś wartość podatku naliczonego, w danym okresie rozliczeniowym jest wyższa niż podatek naliczony, w zależności od wyboru podatnika polega ona zwrotowi bezpośredniemu lub odliczeniu od podatku należnego w kolejnych przedziałach czasu służących wymiarowi podatku od towarów i usług. Tym samym oddziałuje ona na obciążenie podatkowe podatnika w następnych miesiącach lub kwartałach.
Nie wzbudza wątpliwości co do tego również treść decyzji tak organu drugiej jak i pierwszej instancji. Obecnie rozpoznawana sprawa dotyczy rozliczenia, gdzie jedynie innymi niż deklarowane przez podatnika wartościami, były te wyliczone w decyzji za poprzedni okres, tj. 2015 r. Decyzja ta została skontrolowana przez tut. Sąd właśnie w wyroku z [...] października 2025 r., I SA/Bd 478/25. Wyrokiem tym WSA oddalił skargę, co stosownie do art. 134 § 1 p.p.s.a. oznacza, że decyzja nie naruszała przepisów prawa w stopniu, o jakim mowa w art. 145 § 1 p.p.s.a. Zgodnie z tym przepisem Sąd uwzględniając skargę na decyzję lub postanowienie: 1) uchyla decyzję lub postanowienie w całości albo w części, jeżeli stwierdzi: a) naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, b) naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, c) inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W konsekwencji oznacza, że rozliczenie, na jakim oparto obecnie kontrolowaną decyzję jest prawidłowe i prawidłowym pozostaje rozliczenie dokonane na podstawie art. 99 ust. 12 ustawy o VAT, zgodnie z którym zobowiązanie podatkowe, kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1, przyjmuje się w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej, chyba że organ podatkowy określi je w innej wysokości. Innymi słowy, skoro została wydana ostateczna decyzja za wcześniejszy okres rozliczeniowy to decyzja, w której obniżono wysokość nadwyżki podatku naliczonego przeniesionego na następny okres, jest wyłącznie jej konsekwencją. Takie rozumowanie znajduje swoje uzasadnienie w treści przepisu art. 99 ust. 12 ustawy o VAT, który stanowi że zobowiązanie podatkowe, kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1, przyjmuje się w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej, chyba że organ podatkowy określi je w innej wysokości. Określenie różnicy w podatku do przeniesienia za dany okres rozliczeniowy stanowi bowiem element stanu faktycznego dotyczącego tego okresu i stanu faktycznego stanowiącego podstawę rozstrzygnięcia za następny okres (por. wyrok NSA z 7 marca 2025 r., I FSK 2159/21).
Bez wątpienia organ podatkowy nie rozstrzygał w niniejszej sprawie zagadnień merytorycznych, lecz dokonał na podstawie art. 99 ust. 12 ustawy o VAT matematycznego rozliczenia za miesiące 2016 roku. Zatem rozliczenie (okresów) za 2016 r. stanowi konsekwencję rozliczenia za poprzednie okresy rozliczeniowe, co usprawiedliwiało przyjęcie stosownie do art. 99 ust. 12 ustawy o VAT odmiennych kwot aniżeli zostały wykazane przez skarżącą w deklaracji dotyczącej (okresów) 2016 roku.
Skarżąca nie wykazuje innego stanu faktycznego (art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 O.p.), niż przyjęty, a ten nie budzi wątpliwości mając na względzie akta sprawy. Nie ma racji zarzucając naruszenie art. 121 O.p. Przepis art. 121 § 1 O.p. wyraża zasadę zaufania do organów podatkowych, która jest jedną z ogólnych zasad wymiaru podatków. Zasada ta nakazuje organom podatkowym wykonywanie obowiązków w taki sposób, który budzi zaufanie stron postępowania. Regulacja ta zawiera klauzulę generalną odsyłającą do uzasadnianej aksjologicznie oceny działania organów podatkowych. Pojęcie zaufania do organów podatkowych powinno mieścić się w zbiorze wartości właściwych z punktu widzenia oczekiwań społecznych wobec administracji podatkowej. Za postępowanie budzące zaufanie należy uznać postępowanie prowadzone dokładnie i rzetelnie, to jest z należytą dbałością o każdy istotny w sprawie szczegół, a także wyjaśniające wszystkie kwestie prawne. Niepoprawne merytorycznie jest postępowanie, w którym sprawy podatnika rozstrzygane są przy wykorzystaniu instrumentów nieuregulowanych przepisami prawa powszechnie obowiązującego i nieznanych stronie. Obowiązek dokładnego wyjaśnienia treści żądania strony dotyczy jedynie tych żądań, które mogą mieć znaczenie dla zastosowania przepisów prawa podatkowego w konkretnej sprawie (A. Hanusz, Kontrola sądowoadministracyjna stosowania zasady zaufania do organów podatkowych, "Państwo i Prawo" 2013/8, s. 20-35).
Organ nie naruszył zasady zaufania do organów podatkowych. Wszczęcie w połowie 2021 r. postępowania podatkowego dotyczącego podatku od towarów i usług za rok 2016 i wydanie zaskarżonej decyzji oparło się o rozważenie wszystkich okoliczności mających znaczenie dla tej konkretnej sprawy. Ograniczenie się do decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z [...] lutego 2021 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za rok 2015 r., ma swe uzasadnienie w art. 99 ust. 12 ustawy o VAT. Decyzja ta nie została ostatecznie uchylona, a zaniechanie zebrania dokumentów, wskazywanych przez skarżącą ma swe wytłumaczenie w tym, że organ nie oparł się o okoliczności z nich wynikające. Organy podatkowe mają wprawdzie obowiązek gromadzenia i uzupełniania materiału dowodowego, ale jedynie do momentu uzyskania pewności w zakresie stanu faktycznego sprawy, tj. stwierdzenia, że stan ten podpada pod hipotezę określonej normy prawnej o charakterze materialnoprawnym. W zaskarżonej decyzji, dane inne niż wynikające z decyzji za 2015 r., miały swe źródło (bezspornie) w deklaracjach składanych przez skarżącą, która nie podważa, że sprzedaż w 2016 r., ewidencje VAT zakupu i sprzedaży oraz faktury zakupu i sprzedaży za okres od stycznia 2016 r. do listopada 2016 r.; odzwierciedlały jej rzeczywiste działania. Tym samy nie naruszono art. 123 § 1 O.p., tak jak ujmuje to skarżąca, tj. przez niezapewnienie jej czynnego udziału w sprawie przed wydaniem zaskarżonej decyzji. W świetle ustaleń, jakie poczynił organ i jakie to ustalenia posłużyły rozstrzygnięciu, należy wskazać, że uczestnictwo to było wystarczające. Skarżąca nie wskazuje na żadne okoliczności, które wskazywałyby na jakikolwiek możliwy wpływ na wynik sprawy obecności, o jaką zabiega.
W konsekwencji skarżąca nie ma racji zarzucając naruszenie art. 120 O.p. w zw. z art. 152 § 1 p.p.s.a. Jak wcześniej wskazano wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy w sprawie I SA/Bd 274/21 z [...] października 2021 r. został skontrolowany w wyższe instancji, a NSA uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Bydgoszczy (orzeczenie z [...] maja 2025 r., I FSK 182/22). W sprawie ponownie rozstrzygnięto przywołanym wcześniej wyrokiem z [...] października 2025 r., I SA/Bd 478/25.
Na koniec odnosząc się do uzasadnienia wyroku NSA z 9 maja 2025 r., I FSK 1734/22, WSA dopuścił dowód z dokumentów przedłożonych przez organ na okoliczność braku instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego i doszedł do przekonania, że okoliczność ta została zbadana i była istotna dla rozliczenia 2015 r. Została dokonana przez tut. Sąd w wyroku z [...] października 2025 r., I SA/Bd 478/25.
Dlatego też obecnie Sąd uznał, że skargę należy oddalić na podstawie art. 151 p.p.s.a.