W tych okolicznościach sąd podzielił stanowisko organu co do tego, że wskazany w dokumentach CMR przewóz z Polski do Czech w rzeczywistości nie miał miejsca. W sytuacji jednoznacznego ustalenia, że sprzedany przez spółkę towar nie dotarł do wskazanego na nich odbiorcy w Czechach, sąd przyjął, że dokumenty przewozowe CMR, dołączone do faktur sprzedaży na rzecz spółki V., mające dokumentować wewnątrzwspólnotową dostawę towaru nie stanowią dowodu na okoliczność wywozu towaru z kraju i dostarczenia go do wskazanego nabywcy - spółki V. w Czechach. Nie odzwierciedlają one faktycznego przewozu na wskazanej trasie (miejsca załadunku w Polsce do miejsca rozładunku w Czechach), wskazanymi w nich środkami transportu. Spółka z kolei nie zaoferowała innych dowodów, które mogłyby potwierdzić tę istotną okoliczność.
W ocenie sądu, materiał dowodowy zdecydowanie daje podstawy do przyjęcia, że spółka nie dochowała należytej staranności, najpierw przy weryfikacji kontrahenta, a następnie w zakresie pozyskania wiedzy co do tego, że towar opuszczał terytorium Polski. Zastrzeżenia budzi przede wszystkim rzetelność weryfikacji dokumentów CMR.
Uznając ustalenia dokonane w sprawie przez organ za zasadne, logiczne i prawidłowe, sąd nie stwierdził zasadności zarzutów skargi naruszenia przepisów art. 42 ust. 1 w zw. z ust. 3 i oraz ust. 11 u.p.t.u.
Sąd w pełni podzielił stanowisko organu, zgodnie z którym jeżeli sprzedaż odbywała się na zasadach ex-works, co w praktyce oznacza, że możliwość przedstawienia dowodu opuszczenia terytorium kraju uzależniona jest w całości od dokumentów, jakie dostawca uzyska od nabywcy, to nie zwalnia to dostawcy z obowiązku działania w dobrej wierze i z najwyższą starannością.
W tych okolicznościach sąd podzielił stanowisko organu, że Spółka wiedziała lub powinna była mieć uzasadnione podejrzenia, że czeski nabywca nie jest ostatecznym odbiorcą towaru. Standardy należytej staranności wymagały w tej sprawie od spółki wiedzy, jak faktycznie przebiegała przedmiotowa transakcja, gdzie i jak trafił towar. Tymczasem Spółka, zamierzając skorzystać z 0%-towej stawki VAT warunkowanej faktem wywozu towaru z kraju zaniechała jakichkolwiek prób ustalenia, czy przewoźnik wskazany na dokumencie CMR był rzeczywistym realizatorem usługi transportowej, w żaden sposób nie weryfikowała pojazdów, które miały być wykorzystane przez nabywcę do transportu towaru ani tras przewozu towarów.
W ocenie sądu, organ prawidłowo podważył prawdziwość twierdzeń Spółki, że kierowca odbierający śrutę w porcie był kontrolowany co najmniej kilka razy pod kątem danych, które zostały dostarczone przez podmiot uprawniony. Logicznym jest, że gdyby tak było, przy wydawaniu towaru stwierdzono by niezgodność danych osoby odbierającej towar (kierowcy) z danymi osoby, które przekazywała spółka do portu. Wszak z bezspornych ustaleń wynika, że kierowcy wskazani na dokumentach CMR faktycznie nie odbierali towaru w porcie i nie przewozili go do Czech. Wobec tych ustaleń prawidłowo uznał organ, że Spółka, dokonując sprzedaży towarów, które znajdowały się w magazynach w porcie, faktycznie nie sprawowała kontroli nad obrotem towarem, nie uczestniczyła w wydawaniu towaru i jego transporcie, całkowicie pozostawiając to w sferze działań nabywcy.
Nie budziła wątpliwości sądu prawidłowość rozumowania organu który wskazuje, że okoliczności towarzyszące zawieranym transakcjom: niesprawdzenie faktycznej siedziby kontrahenta, składanie zamówień drogą telefoniczną lub mailową, nieuczestniczenie w załadunku i rozładunku towaru, wydawanie nabywcy towaru w imieniu Spółki przez spedytora danego magazynu na podstawie przesłanych informacji, które uprzednio otrzymano od kontrahenta - winny skłonić skarżącą do weryfikacji dokumentów CMR w zakresie faktycznej dostawy towaru do Czech. Skutki braku podjęcia tych działań obciążają stronę skarżącą, jako podmiot doświadczony na rynku i znający realia handlu. Sąd zauważył, że – wbrew sugestiom pełnomocnika Spółki – fakt posiadania procedur w grupie wskazuje na wiedzę o oszustwach podatkowych również w branży paszowej.
Sąd stwierdził, że w sprawie nie doszło do naruszenia art. 122 w zw. z art. 187 § 1 w zw. z art. 188 o.p. poprzez niepodjęcie niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego, w tym nieuwzględnienie wniosków dowodowych, składanych przez spółkę o przesłuchanie świadków P.K., A.N., M.M. i A.K., prowadzące w szczególności do braku ustalenia rzeczywistej drogi transportu i przekazywania posiadania śruty sojowej i rzepakowej sprzedanej przez Spółkę na rzecz V. oraz do poczynienia błędnych ustaleń w zakresie standardów należytej staranności stosowanych przez Spółkę.
Zdaniem sądu, organy ustaliły przede wszystkim w oparciu o dowody z zeznań właścicieli i użytkowników pojazdów, których numery rejestracyjne zostały wskazane na dokumentach CMR, że towar nie wyjechał do Czech. Z punktu widzenia możności stosowania stawki 0% w związku z WDT nie jest istotna rzeczywista droga transportu, a jedynie to, czy nastąpił wywóz towarów z terytorium kraju. Przeprowadzone dowody pozwoliły ustalić, że wywóz taki nie nastąpił, a więc również nie miało miejsca przekazanie posiadania śruty na rzecz V.. Odnośnie wniosków dowodowych o przesłuchanie świadków P.K., A.N., M.M. i A.K., organ, odmawiając przeprowadzenia tych dowodów zasadnie wskazał, że okoliczności powołane w żądaniu podatnika, mające być przedmiotem dowodów zostały już stwierdzone innymi dowodami (postanowienie DIAS z 26 marca 2020 r.).
W ocenie sądu również nie doszło w sprawie do naruszenia art. 121 § 1 o.p. Trudno z owej zasady wywodzić, jak chce tego skarżąca, że w sytuacji, gdy organ za wcześniejszy okres prowadzi kontrolę podatkową, w wyniku której nie dokonuje ustaleń w danym podatku potwierdzając prawidłowość stosowania stawki VAT, to takich ustaleń nie może dokonać kontrolując okres późniejszy, nawet gdy dotyczy to transakcji z tym samym podmiotem. Sąd nie podzielił stanowiska spółki, że organy naruszyły zasadę zaufania, kwestionując prawo spółki do zastosowania stawki VAT 0% do dostaw dokonywanych na rzecz V. w okresie wrzesień-grudzień 2013 r., w sytuacji, gdy w protokole kontroli podatkowej z 8 maja 2013 r., podsumowującym kontrolę rozliczeń Spółki w zakresie VAT za luty 2013 r., ten sam organ który wydał decyzję I instancji potwierdził prawidłowość stosowania stawki VAT 0% oraz dokonywał zwrotu nadwyżki podatku za inne okresy rozliczeniowe, w sytuacji gdy nadwyżka ta wynikała m.in. z transakcji spółki z V..
Niezasadny okazał się również zarzut naruszenia art. 181 w zw. z art. 192
w zw. z art. 122 o.p. poprzez przyjmowanie dowolnych ustaleń z innych postępowań, prowadzących do naruszenia zasady bezpośredniości postępowania podatkowego poprzez uniemożliwienie Spółce wypowiedzenia się co do całości zgromadzonego materiału dowodowego oraz prawa strony do czynnego udziału w postępowaniu poprzez udostępnienie jej zanonimizowanej wersji dokumentów. Sąd potwierdził stanowisko organu, że w niniejszej sprawie wyłączenie jawności części dokumentów nie skutkowało całkowitym wyłączeniem tych dokumentów z akt sprawy. Po wyłączeniu danych ma ona możliwość zapoznania się z zanonimizowanymi wersjami wyłączonych dokumentów. Tym samym zapewniony został skarżącej stosowny dostęp do akt sprawy, z jednoczesnym zachowaniem ochrony interesu publicznego.
Po rozpatrzeniu skargi kasacyjnej Spółki, Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 11 grudnia 2025 r. sygn. akt I FSK 1820/24 uchylił zaskarżony wyrok
w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Białymstoku.
W pierwszej kolejności sąd kasacyjny stwierdził, że trafny jest zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r., poz. 143 dalej: "p.p.s.a") w zw. z art. 134 § 1 p.p.s.a. w zw. z art. 233 § 1 pkt 1 i art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) o.p. w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 o.p. podnoszący instrumentalne wszczęcie postępowania karnego w celu bezpodstawnego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego i wydania decyzji. Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził przy tym, że najistotniejszym uchybieniem sądu jest to, że pominął on w ogóle kwestię przedawnienia oraz podstaw zawieszenia biegu jego terminu, mimo że przedmiotowa sprawa dotyczy rozliczenia VAT za okresy od września do grudnia 2013 r., a decyzja organu pierwszej instancji została wydana 9 grudnia 2019 r., a drugiej 26 marca 2020 r.
Ponadto za zasadny sąd kasacyjny uznał zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. w zw. z art. 187 § 1 w zw. z art. 188 o.p. w zw. z art. 122 o.p. poprzez nieuwzględnienie wniosków dowodowych składanych przez Spółkę
o przesłuchanie świadków P.K., A.N., M.H.
i A.K., gdyż naruszenie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Zdaniem sądu kasacyjnego okoliczności, na które miałyby zeznawać w niniejszej sprawie powyżej wskazane osoby zgodnie z wnioskiem dowodowym strony, nie można uznać za niemogące mieć znaczenia dla wyniku sprawy, zarówno w sferze poczynienia w sprawie prawidłowych ustaleń faktycznych, jak również w zakresie oceny zebranego w sprawie materiału dowodowego.
Reasumując NSA stwierdził, że w ponownie prowadzonym postępowaniu sąd pierwszej instancji powinien uwzględnić wskazania zawarte w niniejszym wyroku co do rozpatrzenia skuteczności zawieszenia biegu terminu przedawnienia w oparciu o art. 70 § 6 pkt 1 o.p. i w zależności od posiadanych w tym zakresie dowodów w aktach sprawy i ewentualnie poczynionych ustaleń w granicach art. 106 § 3 p.p.s.a. i art. 134 § 1 p.p.s.a., rozstrzygnąć prawidłowość zastosowania przez organ odwoławczy art. 70 § 6 pkt 1 o.p.
W przypadku stwierdzenia, że dysponuje stosownymi informacjami i uznania, że przepis art. 70 § 6 pkt 1 o.p. dawał organom prawo do dalszego procedowania z uwagi na zawieszenie biegu terminu przedawnienia, sąd kasacyjny zalecił sądowi pierwszej instancji przy ponownym rozpoznaniu sprawy wziąć pod uwagę wskazania co do naruszenia przez organ odwoławczy art. 188 o.p. w zw. z art. 187 § 1 i art. 122 o.p. i ocenić wpływ tego uchybienia na wynik rozpoznawanej sprawy.
W odpowiedzi na wezwanie tut. sądu z 11 czerwca 2026 r. Prokuratura Okręgowa w Suwałkach pismem z 19 czerwca 2026 r. poinformowała, że śledztwo w sprawie [...] przeciwko J.K. oraz 21 innym podejrzanym o czyny z art. 258 § 1 ustawy z 6 czerwca 1997 r.- Kodeks karny, dalej: "k.k.", art. 299 § 1 i 5 k.k., art. 271 § 1 i 3 k.k., art. 61 § 1 ustawy z 10 września
1999 r. – Kodeks karny skarbowy, dalej: "k.k.s.", art. 62 § 2 k.k.s., art. 56 § 1 k.k.s. i inne, zostało zakończone aktem oskarżenia sporządzonym w dniu 14 stycznia
2025 r. Wskazała, że przedmiotowa sprawa zawisła przed Sądem Okręgowym we Wrocławiu III Wydział Kamy (sygn. akt [...]). Jednocześnie w załączeniu przesłała kopię postanowienia z 17 marca 2015 r. o wszczęciu śledztwa w sprawie [...].
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku zważył, co następuje.
Skarga okazała się zasadna.
Przede wszystkim sąd zauważa, że sprawa skarżącej Spółki w przedmiocie podatku od towarów i usług za wrzesień, październik, listopad i grudzień 2013 r. już po raz trzeci jest rozpoznawana przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku. Wyrokiem z 19 sierpnia 2020 r. sygn. akt I SA/Bk 509/20 WSA w Białymstoku uchylił decyzję DIAS z 26 marca 2020 r. oraz poprzedzającą jej wydanie decyzję Naczelnika PUS z 9 grudnia 2019 r. Na skutek skargi kasacyjnej DIAS, Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 11 stycznia 2024 r. sygn. akt I FSK 1574/20 uchylił powyższy wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Białymstoku. Wyrokiem z 3 lipca 2024 r. sygn. akt I SA/Bk 208/24 WSA w Białymstoku, ponownie rozpoznając niniejszą sprawę oddalił w całości skargę Spółki na decyzję DIAS z 26 marca 2020 r. Po rozpatrzeniu skargi kasacyjnej Spółki, NSA wyrokiem z 11 grudnia 2025 r. sygn. akt I FSK 1820/24 uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Białymstoku.
Należy zauważyć, że stosownie do art. 190 p.p.s.a. sąd, któremu sprawa została przekazana, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez NSA. Nie można oprzeć skargi kasacyjnej od orzeczenia wydanego po ponownym rozpoznaniu sprawy na podstawach sprzecznych z wykładnią prawa ustaloną w tej sprawie przez NSA.
Związanie sądu administracyjnego w rozumieniu art. 190 p.p.s.a. oznacza, że nie może on formułować nowych ocen prawnych sprzecznych z wyrażonym poglądem NSA, lecz zobowiązany jest do podporządkowania się orzeczeniu w pełnym zakresie oraz konsekwentnego reagowania w razie stwierdzenia braku zastosowania się do wskazań w zakresie dalszego postępowania przed organami administracji publicznej. Przyjmuje się, że "związanie wykładnią prawa" oznacza wykładnię przepisów prawa materialnego i procesowego, prawidłowości korzystania z uznania administracyjnego, jak i kwestii zastosowania określonego przepisu prawa jako podstawy do wydania właśnie takiej decyzji. Przez ocenę prawną rozumie się wyjaśnienie istotnej treści przepisów prawnych i sposobu ich stosowania w rozpoznawanej sprawie, zaś wskazania co do dalszego postępowania stanowią z reguły konsekwencje oceny prawnej. Dotyczą one sposobu działania w toku ponownego rozpoznania sprawy i mają na celu wskazanie kierunku, w którym powinno zmierzać przyszłe postępowanie dla uniknięcia wadliwości w postaci np. braków w materiale dowodowym lub innych uchybień procesowych (por. wyrok WSA w Gliwicach z 24 czerwca 2024 r. I SA/Gl 562/24; powoływane orzeczenia sądów administracyjnych dostępne w CBOSA, http://orzeczenia.nsa.gov.pl).
Jest to istotne, ponieważ NSA w wydanym w niniejszej sprawie orzeczeniu
z 11 grudnia 2025 r., I FSK 1820/24 stwierdził naruszenia, które powinny zostać wzięte pod uwagę przy orzekaniu na tym etapie.
Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 11 grudnia 2025 r. sygn. akt I FSK 1820/24 uznał za zasadny zarzut złożonej przez Spółkę skargi kasacyjnej, że sąd I instancji pominął kwestię przedawnienia oraz podstawy zawieszenia biegu jego terminu, mimo że przedmiotowa sprawa dotyczy rozliczenia VAT za okresy od września do grudnia 2013 r., a decyzja organu pierwszej instancji została wydana 9 grudnia 2019 r., a drugiej 26 marca 2020 r. Ponadto stanowisko organu odwoławczego w przedmiocie odmowy przeprowadzenia wnioskowanych przez Spółkę dowodów NSA uznał za naruszające art. 188 o.p. Zdaniem sądu kasacyjnego okoliczności, na które miałyby zeznawać w niniejszej sprawie powyżej wskazane osoby zgodnie z wnioskiem dowodowym strony, nie można uznać za niemogące mieć znaczenia dla wyniku sprawy, zarówno w sferze poczynienia w sprawie prawidłowych ustaleń faktycznych, jak również w zakresie oceny zebranego w sprawie materiału dowodowego.
W pierwszej kolejności sąd odniesie się do kwestii przedawnienia oraz podstaw zawieszenia biegu jego terminu, gdyż przedmiotowa sprawa dotyczy rozliczenia VAT za okresy od września do grudnia 2013 r., a decyzja organu pierwszej instancji została wydana 9 grudnia 2019 r., a drugiej 26 marca 2020 r. Zagadnienie przedawnienia sąd rozważy także w aspekcie instrumentalności wszczęcia postępowania karnego. Rozpatrując skuteczność zawieszenia biegu terminu przedawnienia sąd posłuży się argumentacją zawartą w wyroku WSA w Poznaniu z 19 września 2024 r. sygn. akt I SA/Po 332/24.
Bezsporne w sprawie jest, że postanowieniem z 17 marca 2015 r. Prokuratura Okręgowa w Suwałkach wszczęła śledztwo (sygn. akt [...]). Wobec powyższego Naczelnik Podlaskiego Urzędu Skarbowego w Białymstoku, pismem
nr 2071-SKK.802.3.2018 z 19 września 2018 r., którego odbiór pełnomocnik Spółki potwierdził w dniu 20 września 2018 r., natomiast Spółka w dniu 24 września
2018 r., poinformował stronę skarżącą o zawieszeniu z dniem 17 marca 2015 r. biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za okres od stycznia 2012 r. do grudnia 2014 r. (k. 1908-1911, tom IX).
Zgodnie art. 70 § 1 o.p. zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Stosownie do postanowień art. 70c o.p., organ podatkowy właściwy w sprawie zobowiązania podatkowego, z którego niewykonaniem wiąże się podejrzenie popełnienia przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, zawiadamia podatnika o nierozpoczęciu lub zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w przypadku, o którym mowa w art. 70 § 6 pkt 1 o.p., najpóźniej z upływem terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 70 § 1 o.p., oraz o rozpoczęciu lub dalszym biegu terminu przedawnienia po upływie okresu zawieszenia.
Konieczne jest w tym miejscu wskazanie, że aktualna treść wyżej wymienionego przepisu jest wynikiem wyroku TK z 17 lipca 2012 r. sygn. akt P 30/11 (dostępny pod adresem bazy CBOSA). W powołanym wyroku TK stwierdził, że art. 70 § 6 pkt 1 o.p. w brzmieniu nadanym przez art. 1 pkt 58 ustawy z 12 września
2002 r. o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz. U. Nr 169, poz. 1387 oraz z 2007 r. Nr 221, poz. 1650), w zakresie, w jakim wywołuje skutek w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w związku z wszczęciem postępowania karnego lub postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym to postępowaniu podatnik nie został poinformowany najpóźniej z upływem terminu wskazanego w art. 70 § 1 o.p., jest niezgodny z zasadą ochrony zaufania obywatela do państwa i stanowionego przez nie prawa wynikającą z art. 2 Konstytucji RP.
Podkreślić także należy, że zawieszenie biegu terminu przedawnienia następuje z mocy prawa i związane jest wyłącznie z czynnością zawiadomienia o wszczętym w określonym dniu postępowania o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, a nie z tym jaki skutek owe zawiadomienie wywołuje i kto o tym skutku zawiadamia. Te elementy są kwestią wtórną dla samego biegu terminu przedawnienia. Istotny jest natomiast moment zawiadomienia o przypadku określonym w art. 70 § 6 pkt 1 o.p. oraz to, że zawiadomienie takie musi dotrzeć do podatnika (por. wyrok NSA z 17 marca 2017 r. sygn. akt I FSK 1643/15). W uchwale podjętej w składzie siedmiu sędziów z 18 czerwca 2018 r. NSA podkreślił, że uzyskanie przez podatnika wiedzy na temat wszczęcia postępowania karnoskarbowego jest jedynym - w świetle art. 70 § 6 pkt 1 o.p. - warunkiem wystąpienia skutku zawieszenia terminu przedawnienia z mocy prawa (sygn. akt I FPS 1/18). Zdaniem NSA, zawiadomienie podatnika dokonane na podstawie art. 70c o.p. informujące, że z określonym co do daty dniem, na skutek przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 o.p. nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego podatnika za wskazany okres rozliczeniowy, jest wystarczające do stwierdzenia, że nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia tego zobowiązania na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 wyżej wymienionej ustawy. W uzasadnieniu uchwały NSA zwrócił m.in. uwagę, że przywołanie w treści zawiadomienia kierowanego do podatnika w trybie art. 70c o.p. jednostki odpowiedniego przepisu o.p., tj. art. 70 § 6 pkt 1, w którym tkwi przyczyna wywołująca zawieszenie biegu terminu przedawnienia w postaci wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, pozwala uznać, że wynikające z powołanego wyżej wyroku TK standardy konstytucyjne, wymagane do osiągnięcia przewidzianego w art. 70 § 6 pkt 1 o.p. skutku w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, zostaną zrealizowane. Zdaniem NSA nie powinno mieć zatem decydującego znaczenia, czy przyczyna stanowiąca o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zostanie przedstawiona w zawiadomieniu w trybie art. 70c o.p. w postaci przywołania właściwej tej przyczynie jednostki redakcyjnej o.p. (art. 70 § 6 pkt 1), czy w postaci przekazanej wprost informacji o wszczęciu postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe. Przywołanie art. 70 § 6 pkt 1 o.p. w ramach zawiadomienia kierowanego w trybie art. 70c o.p. oznacza, że podatnik uzyskuje wiedzę, że jego zobowiązanie podatkowe nie ulegnie przedawnieniu z upływem terminu wynikającego z art. 70 § 1 o.p. Taki przekaz daje także informację na temat okoliczności (przyczyny) wywołującej skutek w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Nie jest to zatem przekaz nieskonkretyzowany. NSA podkreślił, że zawiadomienie podatnika dokonane na podstawie art. 70c o.p. informujące, że z określonym co do daty dniem "na skutek przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 o.p." nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego podatnika za wskazany okres rozliczeniowy, może być zatem postrzegane jako minimum czyniące zadość przywołanemu wyżej standardowi konstytucyjnemu. W ten sposób podatnik uzyskuje bowiem wiedzę, że według organu podatkowego, jego zobowiązanie podatkowe nie ulegnie przedawnieniu z powodu przyczyny tkwiącej w art. 70 § 6 pkt 1 o.p., czyli właśnie ze względu na wszczęcie postępowania dotyczącego podejrzenia popełnienia przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego związanego z niewykonaniem tego zobowiązania. Od momentu zatem powiadomienia podatnika o fakcie zawieszenia biegu terminu przedawnienia na skutek wystąpienia przyczyny opisanej w art. 70 § 6 pkt 1 o.p., przestaje po stronie podatnika istnieć stan niepewności co do tego, czy jego zobowiązanie podatkowe się przedawniło, czy nie.
Kluczowe znaczenie dla oceny przedawnienia, jak wskazał NSA w wyroku z 11 grudnia 2025 r. sygn. akt I FSK 1820/24, ma uchwała NSA z 24 maja 2021 r.,
I FPS 1/21. W uchwale tej stwierdzono, że ocena przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c o.p. mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji.
Podkreślić należy, że przepis art. 269 § 1 p.p.s.a. nie pozwala żadnemu składowi sądu administracyjnego rozstrzygnąć sprawy w sposób sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w uchwale powiększonego składu NSA. Skład, który nie podziela takiego stanowiska, może jedynie ponownie przedstawić dane zagadnienie odpowiedniemu składowi powiększonemu.
W ww. uchwale podkreślono m.in., że sądy administracyjne pierwszej instancji w ramach zakreślonych przez art. 134 § 1 p.p.s.a. mają obowiązek badać czy proceduralna czynność wszczęcia postępowania karnego skarbowego w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie została wykorzystana tylko w celu nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Przeprowadzenie takiego badania jest w istocie możliwe na gruncie sprawy podatkowej. Dopiero w świetle wszechstronnej analizy okoliczności konkretnej sprawy podatkowej, związanych najczęściej ze zbliżającym się upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, podejmowanymi wcześniej w postępowaniu podatkowym czynnościami dowodowymi i aktywnością prowadzącego je organu podatkowego, można ustalić czy instytucji wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie wykorzystano jedynie do instrumentalnego wywołania skutku w postaci nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Taki wniosek może potwierdzić fakt wszczęcia tego postępowania w sytuacji gdy z oczywistego braku przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych (por. art. 1 k.k.s.) lub istnienia negatywnych przesłanek procesowych, wymienionych w art. 17 § 1 k.p.k., jasne jest już w momencie wydania postanowienia, że cele postępowania karnego skarbowego nie będą mogły być zrealizowane. O braku woli realizowania celów postępowania karnego skarbowego, a tym samym sztucznym wykorzystaniu instrumentu z tego postępowania do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, może świadczyć również brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania. W uzasadnieniu wskazanej uchwały stwierdzono również, że w przypadkach wątpliwych, w szczególności wówczas gdy moment wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, jest bliski dacie przedawnienia zobowiązania podatkowego, wyjaśnienie tej kwestii powinno znaleźć odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji podatkowej, stosownie do art. 210 § 4 o.p. Taka informacja jest konieczna aby z jednej strony zagwarantować podatnikowi, że postępowanie podatkowe jest prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, zgodnie z art. 121 § 1 tej ustawy. Z drugiej zaś jej zamieszczenie umożliwi następnie dokonanie oceny prawidłowości zastosowania tej instytucji przez sąd administracyjny kontrolujący akt wydany przez organ podatkowy.
Sąd w składzie rozstrzygającym niniejszą sprawę podziela wyrażony w judykaturze na tle ww. uchwały NSA pogląd, według którego, z zawartych w tej uchwale wytycznych daje się odczytać ogólną dyrektywę postępowania, w świetle której instrumentalność wszczęcia postępowania karnego skarbowego, tj. jego bezpośredni związek z intencją zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, powinna mieć charakter oczywisty, niewątpliwy. O tę kwalifikację siłą rzeczy trudno w sytuacji, gdy przychodzi do oceny okoliczności faktycznych konkretnego postępowania, zwłaszcza że mamy tu do czynienia z wyznaczeniem faktów prawotwórczych w sposób ocenny (szerzej o takowych por. J. Wróblewski, Sądowe stosowanie prawa, W. 1988, s. 179 i n.). Czas wszczęcia procedury karnoskarbowej, czy też aktywność organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania, stanowią w tym zakresie jedynie ogólne wskazówki o charakterze niekonkluzywnym. Naturalnie nie jest to równoznaczne z brakiem możliwości uznania, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego miało charakter instrumentalny. Taka sytuacja ma np. miejsce wobec "niepodjęcia w ramach wszczętego postępowania karnego skarbowego żadnych czynności dowodowych", czy "braku jakiejkolwiek aktywności organu w ramach tego postępowania" (tak WSA w Warszawie w wyroku z 30 stycznia 2023, III SA/Wa 1895/22,i powołane tam orzecznictwo).
Jak wskazał ponadto NSA w wyroku z 29 września 2022 r. sygn. akt I FSK 226/22, w świetle wszechstronnej analizy okoliczności konkretnej sprawy podatkowej, związanych najczęściej ze zbliżającym się upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, podejmowanymi wcześniej w postępowaniu podatkowym czynnościami dowodowymi i aktywnością prowadzącego je organu podatkowego, można ustalić, czy instytucji wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo (wykroczenie) skarbowe nie wykorzystano jedynie do instrumentalnego wywołania skutku w postaci nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Taki wniosek może potwierdzić fakt wszczęcia tego postępowania w sytuacji, gdy z oczywistego braku przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych (por. art. 1 k.k.s.) lub istnienia negatywnych przesłanek procesowych, wymienionych w art. 17 § 1 k.p.k., jasne jest już w momencie wydania postanowienia, że cele postępowania karnego skarbowego nie będą mogły być zrealizowane. O braku woli realizowania celów postępowania karnego skarbowego, a tym samym sztucznym wykorzystaniu instrumentu z tego postępowania do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, może świadczyć również brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania (wyrok NSA z 8 kwietnia 2022 r., sygn. akt II FSK 1420/21).
Jak wynika z akt sprawy, wszczęcie w dniu 17 marca 2015. śledztwa przez Prokuraturę Okręgową w Suwałkach było uzasadnione podejrzeniem popełnienia przestępstwa z art. 299 § 1 i 5 k.k. w zw. z art. 76 § 1 k.k.s. Z uzasadnienia postanowienia o wszczęciu śledztwa wynika, że reprezentanci firmy A. sp. zo. o., mogli podejmować czynności mające na celu utrudnienie stwierdzenia przestępnego pochodzenia środków pieniężny art. 299 § 1 i 5 k.k. pochodzących z korzyści związanych z popełnianiem czynów zabronionych związanych z wyłudzaniem podatku VAT w okresie od 2012 r. do 2014 r. i mogli wyrządzić szkodę Skarbowi Państwa na kwotę co najmniej 1.919.000 zł z tytułu uszczuplenia w podatku od towarów i usług. Z pisma Prokuratury Okręgowej w Suwałkach z 17 czerwca 2026 r. wynika także, że śledztwo w sprawie [...] przeciwko J.K. oraz 21 innym podejrzanym o czyny z art. 258 § 1 k.k., art. 299 § 1 i 5 k.k., art. 271 § 1 i 3 k.k., art. 61 § 1 k.k.s., art. 62 § 2 k.k.s., art. 56 § 1 k.k.s. i inne, zostało zakończone aktem oskarżenia sporządzonym w dniu 14 stycznia 2025 r.
Treść tego pisma wskazuje na bezpośredni związek ustaleń poczynionych w trakcie śledztwa na przebieg kontroli podatkowej i tym samym postępowania podatkowego prowadzonego przez Naczelnika PUS. Na tej podstawie organy podatkowe słusznie stwierdziły, że istnieje związek pomiędzy podejrzeniem popełnienia przestępstwa, a niewykonaniem zobowiązania podatkowego przez Spółkę.
Odnosząc te ustalenia do uchwały NSA z 24 maja 2021 r., I FPS 1/21 oraz do orzecznictwa tego sądu zapadłego po jej wydaniu, należy stwierdzić, że nie zaistniały okoliczności wskazujące na instrumentalny charakter wszczęcia postępowania karnego skarbowego. Po pierwsze, NSA wyjaśnił, że przy ocenie instrumentalności wszczęcia postępowania karnego skarbowego należy wziąć pod uwagę to, czy moment wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, jest bliski dacie przedawnienia zobowiązania podatkowego. Po drugie, NSA wskazał, że analiza okoliczności konkretnej sprawy winna uwzględniać podejmowane wcześniej w postępowaniu podatkowym czynności dowodowe. Po trzecie, wniosek o instrumentalnym wszczęciu postępowania może potwierdzić fakt wszczęcia tego postępowania w sytuacji, gdy z oczywistego braku przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych (por. art. 1 k.k.s.) lub istnienia negatywnych przesłanek procesowych, wymienionych w art. 17 § 1 k.p.k., jasne jest już w momencie wydania postanowienia, że cele postępowania karnego skarbowego nie będą mogły być zrealizowane. Po czwarte, o braku woli realizowania celów postępowania karnego skarbowego, a tym samym sztucznym wykorzystaniu instrumentu z tego postępowania do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, może świadczyć również brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania (wyrok NSA z 17 maja 2024 r., I FSK 299/24).
Mając na uwadze powyższe wskazania, po pierwsze nie sposób uznać, że w tej sprawie moment wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe był bliski dacie przedawnienia zobowiązania podatkowego. Z akt sprawy wynika, że postanowieniem Prokuratury Okręgowej w Suwałkach z 17 marca 2015 r. nastąpiło wszczęcie śledztwa w sprawie [...], zaś postanowieniem z 2 czerwca 2017 r. nr 2071-SPV.4103.26.2017.1 Naczelnik PUS wszczął z urzędu wobec skarżącej Spółki postępowanie podatkowe w sprawie rozliczenia podatku od towarów i usług za wrzesień, październik, listopad i grudzień 2013 r. Wszczęcie śledztwa nastąpiło zatem na ponad 26 miesięcy przed upływem terminu przedawnienia. W takiej sytuacji nie ma podstaw do twierdzenia, że moment wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe był bliski dacie przedawnienia zobowiązania podatkowego. Na bliskość tego rodzaju wskazywałoby wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe na kilka dni, ewentualnie kilka tygodni przed upływem biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, a nie jak w okolicznościach faktycznych tej sprawy na kilka czy kilkanaście miesięcy wcześniej.
Po drugie, nie ulega wątpliwości, że w dacie wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie istniał materiał dowodowy, który pozwalał na sformułowanie wniosków także w kontekście odpowiedzialności karnej lub karnej skarbowej. W szczególności podkreślić należy, że śledztwo było prowadzone w sprawie [...] przeciwko J.K. oraz 21 innym podejrzanym o czyny z art. 258 § 1 k.k., art. 299 § 1 i 5 k.k., art. 271 § 1 i 3 k.k., art. 61 § 1 k.k.s., art. 62 § 2 k.k.s., art. 56 § 1 k.k.s.
Po trzecie, z okoliczności faktycznych sprawy nie wynika, by w dacie wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe brak było przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych (por. art. 1 k.k.s.) lub istniały negatywne przesłanki procesowe, wymienione w art. 17 § 1 k.p.k. Nie można zatem stwierdzić, że już w momencie wydania postanowienia o wszczęciu postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe cele postępowania karnego skarbowego nie mogły być zrealizowane.
Po czwarte, brakowi woli realizowania celów postępowania karnego skarbowego, a tym samym sztucznym wykorzystaniu instrumentu z tego postępowania do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, sprzeciwiają się wymienione wyżej czynności organu prowadzącego postępowanie karne przygotowawcze.
Reasumując sąd stwierdził, że w przedmiotowej sprawie nie doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego. Nie ma uzasadnionych podstaw do przyjęcia, że w postępowaniu karnym przygotowawczym nie podjęto żadnych czynności procesowych, zmierzających do ustalenia odpowiedzialności karnej podejrzanych. Jak wynika z pisma Prokuratury Okręgowej w Suwałkach z 17 czerwca 2026 r. śledztwo w sprawie [...] zostało zakończone aktem oskarżenia sporządzonym w dniu 14 stycznia 2025 r. Analiza czynności związanych z wszczęciem postępowania karnego nie wykazała, aby odbyło się ono w warunkach nadużycia prawa.
Skoro, jak to zostało wyżej wykazane, art. 70 § 6 pkt 1 o.p. dawał organom prawo do dalszego procedowania z uwagi na zawieszenie biegu terminu przedawnienia, sąd ponownie rozpoznając sprawę jest obowiązany wziąć pod uwagę wskazania NSA w wydanym w niniejszej sprawie orzeczeniu z 11 grudnia 2025 r. sygn. akt I FSK 1820/24, co do naruszenia przez organ odwoławczy art. 188 o.p. w zw. z art. 187 § 1 i art. 122 o.p. i ocenić wpływ tego uchybienia na wynik rozpoznawanej sprawy.
Skład orzekający obecnie w sprawie, po dokonaniu ponownej kontroli zaskarżonego rozstrzygnięcia przy uwzględnieniu wskazań sądu kasacyjnego, doszedł do przekonania, że zaskarżona decyzja narusza prawo i powinna zostać wyeliminowana z obrotu prawnego. Zdaniem sądu, DIAS w toku postępowania dopuścił się naruszenia art. 188 o.p. w zw. z art. 122 o.p. i art. 187 § 1 o.p. poprzez działanie polegające na niepodjęciu wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego ustalenia i wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, z zapewnieniem w sposób prawidłowy prawa do obrony strony.
Sąd stwierdził, że nieuwzględnienie wniosków dowodowych składanych przez Spółkę o przesłuchanie świadków P.K., A.N., M.H. i A.K., mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Z akt sprawy wynika, że DIAS postanowieniem z 26 marca 2020 r. odmówił przeprowadzenia dowodu z zeznań świadków:
1) P.K., dyrektora finansowego grupy K. od 2013 r.,
2) A.N., dyrektora marketingu grupy K. od 2010 r.,
3) M.H., głównego księgowego grupy K.,
4) A.K., dyrektora finansowego grupy K. w latach 2010-2013,
- w szczególności na okoliczność nawiązania i przebiegu relacji handlowych pomiędzy spółką a V., sposobu dokumentowania zamówień, obiegu dokumentów, standardów należytej staranności w branży paszowej, procedur dotyczących weryfikacji kontrahentów stosowanych przez spółkę i grupę K..
Organ wskazał, że okoliczności powołane w żądaniu podatnika, mające być przedmiotem dowodów zostały już stwierdzone innymi dowodami. Okoliczność nawiązania i przebiegu relacji handlowych pomiędzy spółką a V., sposób dokumentowania zamówień, obieg dokumentów, procedur dotyczących weryfikacji kontrahentów stosowanych przez spółkę i grupę K. zostały ustalone na podstawie zeznań świadków: M.Z., M.K., M. G., H. T. i K.K..
Powyższe stanowisko organu odwoławczego w przedmiocie odmowy przeprowadzenia wnioskowanych przez Spółkę dowodów stanowi naruszenie art. 188 o.p. Zdaniem sądu okoliczności, na które miałyby zeznawać w niniejszej sprawie powyżej wskazane osoby zgodnie z wnioskiem dowodowym strony, nie można uznać za niemogące mieć znaczenia dla wyniku sprawy, zarówno w sferze poczynienia w sprawie prawidłowych ustaleń faktycznych, jak również w zakresie oceny zebranego w sprawie materiału dowodowego.
W ocenie sądu fakt, że okoliczność nawiązania i przebiegu relacji handlowych pomiędzy skarżącą Spółką aspółką V., sposób dokumentowania zamówień, obieg dokumentów, procedur dotyczących weryfikacji kontrahentów stosowanych przez spółkę i grupę K. zostały – jak stwierdził organ - ustalone na podstawie zeznań świadków: M.Z., M.K., M. G., H. T. i K.K., nie do końca pokrywa się z zakresem wniosku strony. Co więcej, w sytuacji gdy organ kwestionuje dochowanie należytej staranności strony w spornych transakcjach, a świadkowie ci powołani są na okoliczność dochowania tej staranności, nie ma żadnych podstaw aby dowodów tych nie przeprowadzić.
Należy też podkreślić, że sąd kasacyjny w wyroku I FSK 1820/24 zwrócił uwagę, iż w rozpoznawanej łącznie z niniejszą sprawą Spółki o sygn. akt I FSK 153/25 dotyczącej zobowiązań Spółki w podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia 2013 r. do sierpnia 2013 r., od stycznia 2014 r. do grudnia 2014 r. oraz za styczeń 2015 r., złożony został przez stronę analogiczny wniosek i został on uwzględniony przez organ rozpoznający tę sprawę w zakresie przesłuchania M.H., A.N., P.K., uznając że osoby te były odpowiedzialne za kreowanie odpowiednich procedur wewnętrznych w Biurze Handlowym "A. " " sp. z o.o. i tym samym udzielone przez nich wyjaśnienia mogą mieć znaczenie dla ustalenia, czy działające w imieniu tej Spółki osoby dochowały należytej staranności w dbaniu o jej interesy.
Za bezzasadne sąd uznał zatem stwierdzenie DIAS, że "okoliczności powołane w żądaniu podatnika, mające być przedmiotem dowodów zostały już stwierdzone innymi dowodami" (postanowienie z 26 marca 2020 r.). Najistotniejszą kwestią sporną w przedmiotowej sprawie jest bowiem dochowanie należytej staranności przez Spółkę w przypadku spornych transakcji, którą organ kwestionuje, a strona usiłuje wykazać, że dochowała tej staranności, żądając dopuszczenia dowodów istotnych z punktu widzenia jej prawa do obrony.
Zgodnie z art. 188 o.p. żądanie strony dotyczące przeprowadzenia dowodu należy uwzględnić, jeżeli przedmiotem dowodu są okoliczności mające znaczenie dla sprawy, chyba że okoliczności te stwierdzone są wystarczająco innym dowodem. Jak podkreślił Naczelny Sąd Administracyjny, w orzecznictwie przyjmuje się, że zawarte w tym przepisie sformułowanie "chyba, że okoliczności te stwierdzone są wystarczająco innymi dowodem" odnosi się do sytuacji, gdy żądanie dotyczy tezy dowodowej już stwierdzonej na korzyść strony. Jeżeli dowód dotyczy tezy odmiennej (tzw. przeciwdowód), powinien być przeprowadzony, a niedopuszczenie dowodu wnioskowanego przez stronę może mieć miejsce tylko, gdy jest oczywiste, że okoliczność, która ma być udowodniona, nie ma i nie może mieć żadnego znaczenia dla sprawy (treści rozstrzygnięcia), co obejmuje również przypadki, gdy dowód jest nieprzydatny do stwierdzenia danej okoliczności, jak również gdy z przyczyn obiektywnych dowodu nie da się przeprowadzić (np. nieprzesłuchanie świadka, który zmarł albo którego miejsca pobytu nie można ustalić, albo niemożność przesłuchania danej osoby ze względu na stan zdrowia).
W przedmiotowej sprawie już Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 11 grudnia 2025 r. I FSK 1820/24 ocenił, że okoliczności, których dotyczył wniosek dowodowy strony, nie można uznać za niemogące mieć znaczenia dla wyniku sprawy, zarówno w sferze poczynienia prawidłowych ustaleń faktycznych, jak i w zakresie oceny zebranego w sprawie materiału dowodowego, zwłaszcza pod kątem oceny dochowania przez skarżącego należytej staranności. W sytuacji gdy organ kwestionuje dochowanie należytej staranności strony w spornych transakcjach, a świadkowie ci powołani są na okoliczność dochowania tej staranności, nie ma żadnych podstaw aby dowodów tych nie przeprowadzić.
Sąd uznał, że na obecnym etapie postępowania odnoszenie się do pozostałych zarzutów skargi, które dotyczą prawidłowości podejmowanych przez organy działań oraz naruszenia prawa materialnego, byłoby przedwczesne.
Rozpoznając sprawę ponownie, DIAS obowiązany będzie uwzględnić powyższe rozważania sądu. Organ obowiązany będzie przeprowadzić wnioskowany przez stronę skarżącą dowody i raz jeszcze, w sposób wnikliwy, przeanalizować zgromadzony w sprawie materiał dowodowy, uwzględniając jednak przy tym uwagi poczynione przez sąd pierwszej instancji, jak też przez Naczelny Sąd Administracyjny.
Mając na uwadze stwierdzoną nieprawidłowość sąd uznał za zasadne, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w zw. z art. 135 p.p.s.a. uchylić zaskarżoną decyzję, jak też ją poprzedzającą decyzję organu pierwszej instancji.
O kosztach postępowania sądowego sąd orzekł zgodnie z art. 200 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a. Na zasądzoną kwotę (39.880 zł) złożyły się: uiszczony wpis od skargi w kwocie 24.863 zł, koszty zastępstwa procesowego w wysokości 15.000 zł, obliczone stosownie do § 14 ust. 1 pkt 1 lit a w zw. z § 2 pkt 8 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U. z 2026 r. poz. 1964) oraz opłata skarbowa od pełnomocnictwa w wysokości 17 zł.
Małgorzata Roleder Marta Joanna Czubkowska Elżbieta Lemańska