Uzasadnienie
W dniu 9 grudnia 2024 r. wpłynął do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej powoływany jako: "DKIS", "organ") wniosek Spółdzielni Mleczarskiej "M." w G. (dalej powoływana jako: "wnioskodawczyni", "skarżąca", "Spółdzielnia"), którym zwróciła się o wydanie interpretacji indywidualnej przepisów prawa podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych.
We wniosku przedstawiono następujący stan faktyczny i zdarzenie przyszłe: Spółdzielnia jest dużym przedsiębiorcą w rozumieniu przepisów regulujących kwestię udzielania pomocy publicznej. W związku z zamiarem realizacji inwestycji pozwalającej na zwiększenie zdolności produkcyjnej istniejącego zakładu w G. Spółdzielnia uzyskała decyzję o wsparciu nr 11 z dnia 9 lipca 2019 r. (dalej: "DoW") na prowadzenie działalności gospodarczej rozumianej jako działalność produkcyjna, handlowa i usługowa, w zakresie wyrobów mleczarskich (Sekcja C, Dział 10, Grupa 10.5 wg Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług Głównego Urzędu Statystycznego wprowadzonej rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 4 września 2015 r. w sprawie Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług (PKWiU), wytworzonych na nieruchomości składającej się z działek położonych w G. w województwie podlaskim. Wśród warunków DoW ustalono m. in. poniesienie na terenie realizacji inwestycji kosztów kwalifikowanych nowej inwestycji w rozumieniu § 4 oraz § 8 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 28 sierpnia 2018 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej niektórym przedsiębiorcom na realizację nowych inwestycji (Dz.U. z 2018 r. poz. 1713 ze zm., dalej jako: "rozporządzenie RM") o łącznej wartości co najmniej 78.000.000,00 (siedemdziesiąt osiem milionów 00/100) złotych w terminie 31 grudnia 2020 r. W DoW wskazano również, że w przypadku korzystania ze zwolnienia podatkowego z tytułu kosztów kwalifikowanych nowej inwestycji, maksymalna wysokość kosztów kwalifikowanych inwestycji, o których mowa w § 8 ust. 7 rozporządzenia wyniesie 101.400.000,00 (sto jeden milionów czterysta tysięcy złotych 00/100) złotych. DoW została dwukrotnie zmieniona w zakresie dotyczącym terminów spełnienia określonych w niej warunków- ostatecznie zgodnie z decyzją zmieniającą DoW wydaną w dniu 13 lutego 2023 r. termin poniesienia minimalnych kosztów kwalifikowanych nowej inwestycji (78.000.000,00 zł) ustalono do 30 czerwca 2024 r. Decyzje zmieniające DoW nie modyfikowały jej zapisów dotyczących wysokości kosztów kwalifikowanych: zarówno minimalnych, jak też maksymalnych, o których mowa w§8ust. 7 rozporządzenia RM. Wnioskodawca spełnił wszystkie warunki określone w DoW zachowując określone w niej (z uwzględnieniem zmian wynikających z decyzji zmieniających DoW) terminy. Do dnia 30 czerwca 2024 r. poniósł koszty kwalifikowane nowej inwestycji objętej DoW w łącznej wysokości 139.578.947,42 (sto trzydzieści dziewięć milionów pięćset siedemdziesiąt osiem tysięcy dziewięćset czterdzieści siedem 42/100) złotych.
Wnioskodawca zamierza korzystać z przysługującego mu na podstawie DoW zwolnienia podatkowego z tytułu kosztów kwalifikowanych nowej inwestycji począwszy od roku podatkowego od 1 stycznia 2024 r. do 31 grudnia 2024 r., tj. uwzględnić je w rozliczeniu podatkowym za ten okres W odniesieniu do inwestycji objętej DoW Wnioskodawca korzystał również z innych form wsparcia stanowiących pomoc publiczną. Mianowicie w dniu 17 czerwca 2021 r. wnioskodawczyni zawarła z Narodowym Centrum Badań i Rozwoju z siedzibą w Warszawie przy ul. Nowogrodzkiej 47a umowę o udzielenie pomocy publicznej w formie dotacji celowej w ramach Programu Poddziałania 1.1.1 Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój 2014-2020 współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Wnioskodawczyni zobowiązała się w niej do poniesienia do dnia 31 grudnia 2023 r. kosztów inwestycji w wysokości co najmniej 88.056.445,97 zł. Wdniu 21 września 2021 r. wnioskodawczyni zawarła z Narodowym Centrum Badań i Rozwoju z siedzibą w Warszawie przy ul. Nowogrodzkiej 47a umowę o udzielenie pomocy publicznej w formie dotacji celowej w ramach Programu Poddziałania 1.1.1 Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój 2014-2020 współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego Wnioskodawca zobowiązał się w niej do poniesienia do 31 grudnia 2023 r. kosztów inwestycji w wysokości co najmniej 46.496.690,00 zł. Wnioskodawczyni poniosła koszty kwalifikowane wynikające z przywołanych umów dotacyjnych oraz otrzymał wynikające z nich dotacje. Łączna wysokość kosztów kwalifikowanych objętych ww. umowami o udzielenie pomocy publicznej w formie dotacji celowych wyniosła 134.553.135,97 (sto trzydzieści cztery miliony pięćset pięćdziesiąt trzy tysiące sto trzydzieści pięć 97/100) złotych, zaś łączna wysokość otrzymanych przez wnioskodawczynię dotacji na zakup lub wytworzenie środków trwałych (stanowiących jednocześnie koszty kwalifikowane objęte DoW)- 47.867.271,76 (czterdzieści siedem milionów osiemset sześćdziesiąt siedem tysięcy dwieście siedemdziesiąt jeden 76/100) złotych. Koszty kwalifikowane dofinansowane ww. dotacjami są częściowo- w ujęciu kwotowym w zakresie kwoty 106.841.652,99 zł- tożsame z kosztami kwalifikowanymi objętymi DoW (zawierają się w nich). Innymi słowy poniesione przez wnioskodawczynię wydatki- koszty kwalifikowane wynikające z umów o udzielenie pomocy publicznej w formie dotacji celowych w kwocie 106.841.652,99 zł to część kosztów objętych wsparciem na podstawie DoW, a więc kwoty 139.578.947,42 zł. W związku z pomocą publiczną otrzymywaną zarówno w formie zwolnienia jak i dotacji Spółdzielnia powzięła wątpliwości co do sposobu rozliczenia i łączenia pomocy publicznej w postaci zwolnienia z podatku dochodowego z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oraz pomocy w formie dotacji celowej. Wniosek niniejszy dotyczy oceny zdarzenia przyszłego ponieważ odnosi się do przyszłych dochodów jakie wnioskodawczyni będzie uzyskiwała z działalności objętej DoW. Spółdzielnia wniosła o udzielenie odpowiedzi na następujące pytanie: