3. Rozpoznając sprawę według powyższych kryteriów należy uznać, że skarga zasługuje na uwzględnienie.
4. Kwestia sporna w sprawie dotyczy uznania, czy zwolnienie przyznane na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. stanowi pomoc publiczną (pomoc państwa) i jako takie, może obowiązywać bez notyfikowania i zatwierdzenia przez Komisję Europejską. Dla rozstrzygnięcia zawisłego sporu kluczowy jest wyrok TSUE z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23, wydany w konsekwencji odpowiedzi na cytowane wyżej pytanie prejudycjalne zadane przez NSA. Wprawdzie treścią wyroku Trybunału Sprawiedliwości jest bezwzględnie związany sąd kierujący w tej sprawie pytanie prejudycjalne, jednakże biorąc pod uwagę autorytet tego sądu oraz jego usytuowanie w systemie prawnym, przejawiające się tym, że Trybunał Sprawiedliwości ma swoisty monopol w zakresie wykładni prawa unijnego, sądy powinny respektować wykładnię Trybunału.
Interpretacja pojęcia "pomoc państwa" (pomoc publiczna) może powodować wątpliwości interpretacyjne z powodu braku w prawie Unii jego definicji. Pojęcie pomocy państwa, w tym także na gruncie spraw podatkowych, było wprawdzie przedmiotem orzeczeń prejudycjalnych Trybunału Sprawiedliwości, ale określona przez Trybunał definicja pomocy państwa – oparta na interpretacji art. 107 ust. 1 TFUE – jest szeroka i obejmuje szerokie spektrum środków wsparcia przedsiębiorstw przez państwo. W orzecznictwie TSUE wyróżnia się cztery kryteria pozwalające na uznanie danej pomocy (środka pomocowego) za niezgodną ze wspólnym rynkiem. Pomoc musi spełniać kumulatywnie następujące przesłanki (kryteria): 1) odbywać się w ramach interwencji państwa lub przy użyciu zasobów państwowych; 2) stanowić korzyść ekonomiczną dla przedsiębiorcy; 3) mieć charakter selektywny; 4) wpływać na wymianę między państwami członkowskimi oraz zakłócać lub grozić zakłóceniem konkurencji. W rozpatrywanej sprawie budzi wątpliwości wystąpienie dwóch ostatnio wymienionych przesłanek.
Sporny przepis art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a w brzmieniu właściwym dla sprawy stanowi, że zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym.
Dla porządku wypada przypomnieć, że ww. przepis w brzmieniu obowiązującym do końca 2016 r., odnosił się do budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym oraz zajętych pod nie gruntów, jeżeli "zarządca infrastruktury jest obowiązany do jej udostępniania licencjonowanym przewoźnikom kolejowym". Zwolnienie odnosiło się wówczas do infrastruktury ogólnodostępnej, z której każdy mógł na równych zasadach korzystać (po nowelizacji ustawy o podatkach i opłatach lokalnych od 1 stycznia 2022 r. stan ten przywrócono, wskazując wprost, że zwolnienie obejmuje tylko infrastrukturę, która jest udostępniania zgodnie z ustawą o transporcie kolejowym dla wszystkich na równych zasadach). Od 1 stycznia 2017 r. nastąpiło rozszerzenie zakresu zwolnienia podatkowego z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. W szczególności zwolniono z podatku od nieruchomości pomijane we wcześniejszym brzmieniu przepisów bocznice kolejowe, również te stanowiące tzw. infrastrukturę prywatną, a więc znajdujące się w kopalniach, zakładach produkcyjnych czy elektrowniach, które stanowią koło zamachowe całego kolejowego ruchu towarowego. Dodatkowo zwolnieniem objęto również budynki wchodzące w skład infrastruktury kolejowej oraz rozszerzono zakres zwolnienia dla gruntów (objęto nim działki ewidencyjne wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, a nie wyłącznie fragmenty gruntów zajęte przez tory, jak miało to miejsce w poprzednim brzmieniu przepisów).
Trzeba przy tym podkreślić, że od 1 stycznia 2017 r. dla zastosowania zwolnienia podatkowego infrastruktury kolejowej nie wystarczy sam fakt posiadania bocznicy na swoich gruntach - niezbędne jest jej faktyczne udostępnianie przewoźnikowi kolejowemu (co zostało potwierdzone w jednolitej linii orzeczniczej sądów administracyjnych). Należy przy tym zauważyć, że nowelizację uzasadniono koniecznością dostosowania krajowych norm prawnych w zakresie transportu kolejowego do zmiany prawa Unii Europejskiej, wprowadzonej dyrektywą Parlamentu Europejskiego i Rady 2012/34/UE z dnia 21 listopada 2012 r. w sprawie utworzenia jednolitego europejskiego obszaru kolejowego (Dz. Urz. UE L 343 z 14.12.2012, str. 32). Jednak z definicji infrastruktury kolejowej zawartej w dyrektywie 2012/34/EU wynika, że prywatne linie kolejowe i bocznice, odgałęzienia od torów stacjonarnych i szlakowych, nie są częścią infrastruktury kolejowej. Tym samym prawodawca przewidział mechanizm motywujący przedsiębiorców do remontowania nieczynnych bocznic i rzeczywistego korzystania z transportu kolejowego.
Zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. odnosi się więc od 1 stycznia 2017 r. do nieograniczonego kręgu odbiorców, w konsekwencji nie jest ono skierowane do konkretnie zindywidualizowanych przedsiębiorców, sektora, czy regionu, a także do konkretnej działalności - w wyniku czego następowałoby sprzyjanie produkcji niektórych towarów. Jednakże wątpliwości budziło głównie użyte w tym przepisie kryterium posiadania określonego rodzaju infrastruktury, które w praktyce powoduje, że przedsiębiorcy prowadzący działalność gospodarczą w takich samych sektorach (np. kopalnie, elektrociepłownie, browary) mogą być w różnej sytuacji w aspekcie ich obciążeń podatkowych.
Na tym tle pojawiły się wątpliwości, sygnalizowane w powoływanym w pierwszej części niniejszego uzasadnienia postanowieniu NSA z 19 kwietnia 2023 r., III FSK 3/22. Sąd ten zwrócił uwagę m.in. na potencjalny problem ukrytej selektywności faktycznej, przy której dany instrument odnosi skutek w postaci uprzywilejowania niektórych przedsiębiorstw lub sektorów niezależnie od tego, że nie jest on skierowany tylko do tych przedsiębiorstw (sektorów), co przełożyło się na zakres i treść pierwszego z cytowanych wyżej pytań prejudycjalnych do TSUE, dotyczącego zagrożenia zakłócenia konkurencji na rynku wewnętrznym. Od odpowiedzi na to pytanie NSA warunkował odpowiedź na drugie z pytań, tj. co do obowiązku zapłaty przez przedsiębiorców zaległego podatku wraz z odsetkami, w przypadku gdy przedsiębiorca skorzystał ze zwolnienia od podatku na podstawie ww. przepisu krajowego, wprowadzonego bez zachowania wymaganej procedury określonej w art. 108 ust. 3 TFUE.
W wyroku z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23 TSUE stwierdził (w zakresie pytania pierwszego), że "Art. 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści". Jednocześnie cytowane wyżej pytanie drugie Trybunał uznał za niedopuszczalne, bowiem zadaniem Trybunału nie jest formułowanie opinii doradczych w przedmiocie zagadnień ogólnych lub hipotetycznych.
W powołanym judykacie TSUE wskazał, że w celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać "niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów" w porównaniu z innymi, znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które w istocie można uznać za dyskryminacyjne (pkt 43). W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za "selektywny" należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli "normalny" system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie "pomocy państwa" nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się, w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (pkt 44).
Jak wskazał Trybunał, system prawny podatku od nieruchomości wynikający z ustawy o podatkach i opłatach lokalnych stanowi "normalny" system podatkowy, a w konsekwencji - ramy odniesienia mające zastosowanie w niniejszej sprawie (pkt 62). Na ów system składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 rzeczonej ustawy wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63). Dalej zaś, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ww. ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii (pkt 66).
W oparciu m.in. o powyżej przytoczone rozważania, Trybunał stanął na stanowisku, że przesłanka posiadania gruntu, budynku lub budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, nie wydaje się związana pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii w rozumieniu pkt 54 i 64 niniejszego wyroku (pkt 65 i 66). Wydaje się, że zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności. Wydaje się zatem, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności (pkt 67).
TSUE stanął zatem na stanowisku, że, z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd odsyłający, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia (pkt 74).
5. Skład orzekający w niniejszej sprawie, po uprzedniej analizie omówionego wyżej orzeczenia, doszedł do przekonania, że zgodnie ze stanowiskiem Trybunału sporne zwolnienie ma charakter ogólny i abstrakcyjny i nie powinno być uznane za niedozwoloną, selektywną pomoc publiczną, a przepisy dotyczące tegoż zwolnienia nie naruszają art. 107 ust. 1 TFUE. W zwolnieniu regulowanym w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. próżno doszukiwać się przesłanek opierających się na dyskryminujących parametrach lub uzależniających przyznanie zwolnienia od szczególnych cech przedsiębiorców będących jej beneficjentami. Podkreślenia przy tym wymaga, że poza dziedzinami, w których prawo podatkowe Unii jest przedmiotem harmonizacji, to dane państwo członkowskie, wykonując swoje własne kompetencje w dziedzinie podatków bezpośrednich i w poszanowaniu swojej autonomii podatkowej, określa cechy konstytutywne podatku, które definiują co do zasady ramy odniesienia lub "normalny" system podatkowy, na podstawie których należy analizować przesłankę dotyczącą selektywności.
Biorąc pod uwagę powyższe rozważania Trybunału, WSA w Białymstoku stoi na stanowisku, że skarżąca Spółka przedwcześnie została pozbawiona możliwości skorzystania ze zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. Organy podatkowe błędnie bowiem stwierdziły, że sporne zwolnienie ma charakter pomocy publicznej, a to poprzez przyznawanie selektywnej korzyści oraz zakłócenie (lub groźbę) zakłócenia konkurencji, co w dalszej mierze przełożyło się na stwierdzenie niedopełnienia obowiązku notyfikacyjnego tej pomocy.
Uzupełniając jedynie argumentację TSUE, sąd zauważa, że omawiane zwolnienie skierowane jest do nieokreślonego kręgu adresatów, a możliwość skorzystania z niego przewidziana jest bez ograniczeń dla każdego, co jednocześnie wyklucza stwierdzenie, by było skierowane do zindywidualizowanego kręgu przedsiębiorców, sektora, regionu czy prowadzących konkretną działalność. Zasadniczo może ono dotyczyć niezliczonych stanów faktycznych, zaś dostęp do zwolnienia ma każdy przedsiębiorca, który korzysta z transportu kolejowego przy użyciu posiadanej bocznicy kolejowej. Bez znaczenia pozostaje również to, jakimi środkami finansowymi dysponują potencjalni beneficjenci. Więcej, zwolnienie to skierowane jest nie tylko do przedsiębiorców, ale do każdego podatnika, niezależnie od tego, czy prowadzi działalność gospodarczą. Zwolnienie to opiera się zatem na neutralnym kryterium, dalekim od wykorzystywania parametrów dyskryminujących. Jednocześnie omawiana instytucja, poza celem/funkcją fiskalną, wypełnia również cel o charakterze środowiskowym, polegający na motywowaniu przedsiębiorstw do remontowania nieczynnych bocznic i do korzystania z transportu kolejowego, który nie powoduje emisji dwutlenku węgla (CO2) i jest bezpieczniejszy niż transport drogowy.
Nie sposób wobec tego stwierdzić, że sporne zwolnienie przyznaje selektywną korzyść przedsiębiorcom będącym jego beneficjentami. Skoro dla uznania danego środka za "pomoc państwa" konieczne jest spełnienie kumulatywnie czterech wyżej wspominanych przesłanek, to stwierdzenie, że nie spełniono przesłanki przyznania selektywnej korzyści, zasadniczo niweczy cel badania również przesłanki zakłócenia lub zagrożenia zakłócenia konkurencji.
W konsekwencji powyższego, tj. uznania, że omawiane zwolnienie nie spełnia warunków "pomocy państwa", wykluczona zostaje również konieczność badania obowiązku notyfikacji zwolnienia ("nowej pomocy") do Komisji Europejskiej. Trafnie zauważył autor skargi, że fakt, iż Komisja Europejska uznała, że zwolnienie budowli kolejowych wraz instalacjami i urządzeniami oraz gruntów wykorzystywanych wyłącznie na potrzeby publicznego transportu kolejowego stanowi od 1 maja 2007 r. nową pomoc, pozostaje bez znaczenia dla niniejszej sprawy. Zakres przedmiotowy i podmiotowy zwolnienia, które analizowała Komisja, był odmienny od zwolnienia infrastruktury kolejowej przewidzianego w obowiązujących w 2017 r. przepisach, które zostały wprowadzone nowelizacją z 1 stycznia 2017 r., znacząco poszerzającą krąg podmiotów, które mogły skorzystać ze zwolnienia. Z uwagi na powyższe, za zasadne należało uznać podnoszone w skardze zarzuty naruszenia art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w zw. z art. 107 ust. 1 i art. 108 TFUE.
6. Rozpoznając sprawę ponownie, organ obowiązany będzie zastosować się do oceny prawnej przedstawionej w niniejszym orzeczeniu w zakresie zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., mając na uwadze treść powoływanego wyroku TSUE z 29 kwietnia 2025 r. wydanego w sprawie C-453/23, w celu zbadania kwestii opodatkowania spornej infrastruktury kolejowej.
7. Mając na uwadze powyższe, sąd orzekł o uchyleniu zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej jej wydanie decyzji organu pierwszej instancji w myśl art. 145 § 1 pkt 1 lit. a w zw. z art. 135 p.p.s.a.
8. O kosztach postępowania sądowego orzeczono w myśl art. 200 w zw. z art. 205 § 2 i 4 p.p.s.a. oraz w zw. z § 2 ust. 1 pkt 1 lit. g rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2018 r. poz. 1687).