W konsekwencji powyższego organ uznał, że w sprawie zastosowanie znajduje art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, bowiem czynności opisane w zakwestionowanych fakturach realnie nie zaistniały pomiędzy wskazanymi w tych dokumentach stronami, co wypełnia dyspozycję ww. przepisu, zgodnie z którym nie stanowią podstawy do obniżenia podatku naliczonego faktury w przypadku gdy stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane. Za zbędne organ uznał badanie dobrej wiary podatnika w sytuacji, w której dowiedzione zostało, że opisane na fakturach transakcji nie miały w ogóle miejsca. Jedynie z ostrożności procesowej organ wskazał na okoliczności, które jego zdaniem świadczą o braku należytej staranności przedsiębiorcy i jego świadomości co do oszukańczego charakteru działalności jego kontrahentów.
Dyrektor podzielił też stanowisko organu pierwszej instancji co do oceny prawnej transakcji udokumentowanej fakturą [...] z dnia 27 kwietnia 2010 r. Wskazał, że zgodnie z fakturą i dokumentem CMR przedmiotem transakcji miało być [...] złomu miedzi, podczas gdy z komunikatu [...] dotyczącego potwierdzenia wywozu wynika, że przedmiotem wywozu był złom miedziany – kod towaru [...]. Z wyjaśnień Naczelnika Urzędu Celnego w [...] wynikało, że procedurą wywozu objęto złom mosiężny zgodnie ze zgłoszeniem. Organ, powołując art. 41 ust. 11, ust. 4 i 5 u.p.t.u. wskazał, warunkiem zastosowania stawki podatku od towarów i usług w wysokości 0% w eksporcie pośrednim towarów jest posiadanie przez podatnika, przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy (czyli do 25. dnia kolejnego miesiąca), w którym dokonał dostawy towarów - kopii dokumentu celnego potwierdzającego wywóz tych towarów poza terytorium Wspólnoty o określonej tożsamości. Strona nie podjęła żadnych działań w celu wyjaśnienia tożsamości towaru (np. poprzez wystąpienie do organów celnych) i nie dostarczyła dokumentów jednoznacznie ją potwierdzających. Załączone do odwołania postanowienia Urzędu Celnego o sprostowaniu pomyłek w zgłoszeniach celnych nie dotyczyły przedmiotowej transakcji. W tej sytuacji, wobec braku dokumentów potwierdzających wywóz złomu miedzi opisanego na spornej fakturze, organ odwoławczy potwierdził poprawność rozstrzygnięcia dokonanego przez organ I instancji w powyższym zakresie, stwierdzając, że strona w rozliczeniu za kwiecień 2010 r. zawyżyła wartość eksportu o kwotę 430.000 zł, a w rozliczeniu za maj 2010 r. - zaniżyła wartość netto sprzedaży według stawki 22% w kwocie 325.549 zł oraz wartość podatku należnego o kwotę 77.451 zł.
Dyrektor IAS podkreślił przy tym, że Naczelny Sąd Administracyjny zgodził się
z ustaleniami organów w zakresie podatku należnego z faktury dotyczącej dostawy złomu "M.".
W odniesieniu do przedłożonej przy piśmie z dnia 23 grudnia 2020 r., stanowiącym wypowiedzenie się w sprawie zebranego materiału dowodowego, kopii faktury korygującej nr [...] z dnia 24.11.2020r., którą skorygowano fakturę nr [...] z dnia 27.04.2010 r. w przedmiocie sprzedaży na rzecz N.1. (towar określony w fakturze korygowanej jako "złom miedzi M. " w fakturze korygującej został określony jako "złom mosiężny"), Dyrektor zauważył, że jeżeli faktura dokumentująca zdarzenie gospodarcze zawiera pomyłki lub zdarzenie, które faktura ta dokumentowała, uległo zmianie, to powinna zostać skorygowana w ten sposób, aby odzwierciedlała faktycznie dokonaną transakcję między określonymi podmiotami. W ocenie Dyrektora, Spółka V. wystawiła fakturę korygująca po 10 latach od transakcji nie tyle w wyniku przekonania, że jej przedmiotem był złom mosiężny (przez cały ten czas konsekwentnie prezentowała stanowisko, że sprzedała złom miedzi), ale w celu dopasowania transakcji sprzedaży do transakcji wywozu w celu zastosowania preferencyjnej stawki podatku VAT (sprzedaż
a wywóz). W wyniku orzeczenia NSA wiążącym jest bowiem ustalenie, że przedmiotem wywozu nie mógł być złom miedziany, lecz wskazany w dokumentach celnych złom mosiężny. Zdaniem Dyrektora, w świetle zapadłego wyroku wiążące jest również ustalenie, że przedmiotem sprzedaży był złom miedziany, a nie mosiężny.
Dyrektor IAS podkreślił przy tym, że Skarżąca nie przedstawiła potwierdzenia odbioru ww. faktury korygującej od nabywcy, która potwierdzałaby wiedzę odbiorcy co do dokonanej zmiany przedmiotu transakcji.
Podsumowując, Dyrektor IAS nie uznał przedłożonej faktury korygującej za dowód tego, że przedmiotem transakcji pomiędzy N.1. a Spółką V. był złom mosiężny. Okoliczność, że przedmiotem sprzedaży był złom miedziany nie była w toku całego postępowania podatkowego i sądowoadministracyjnego podważana, a organ odwoławczy nie znalazł podstaw do zmiany rozstrzygnięcia w przedmiotowym zakresie (i w konsekwencji naruszenia stanowiska wyrażonego w prawomocnym wyroku NSA sygn. I FSK 1642/17).
3.1. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku Skarżąca, reprezentowana przez pełnomocnika – doradcę podatkowego, zaskarżyła ww. decyzję Dyrektora IAS w części, w jakiej utrzymana została w mocy decyzja Naczelnika US w odniesieniu do:
a) zaniżenia kwoty podatku należnego w rozliczeniu za maj 2010 r. o kwotę 77 451 zł w zakresie transakcji udokumentowanej fakturą sprzedażową z 27 kwietnia 2010 r. nr [...], wystawioną na rzecz N.1.;
b) zawyżenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za kwiecień 2010 r.
o kwotę 42 134,4 zł w zakresie transakcji udokumentowanej fakturą zakupową z 7 kwietnia 2010 r. nr [...], wystawioną przez A. – A.G.;
c) zawyżenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za kwiecień 2010 r.
o kwotę 6 767,78 zł w zakresie transakcji udokumentowanej fakturą zakupową z 7 kwietnia 2010 r. nr [...], wystawioną przez K. sp. z o.o. (dalej "B.");
d) zawyżenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za lipiec 2010 r. o kwotę 41 937,28 zł w odniesieniu do transakcji udokumentowanej fakturą zakupową z 13 lipca 2010 r. nr [...], wystawioną przez B.;
e) zawyżenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za sierpień 2010 r.
o kwotę 9 817,12 zł w odniesieniu do transakcji udokumentowanej fakturą zakupową z 5 sierpnia 2010 r. nr [...], wystawioną przez B.
Skarżąca zaskarżonej decyzji zarzuciła naruszenie przepisów prawa:
1) art. 153 p.p.s.a. poprzez brak zastosowania się w pełni do wskazań zawartych w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 19 lutego 2020 r. sygn. akt
I FSK1624/17, a co za tym idzie sporządzenie decyzji w sposób, który uniemożliwia dokonanie jej legalnej kontroli w zakresie ustalenia przyczyn przyjęcia, że dostawy udokumentowane fakturami wystawionymi przez B. na rzecz Skarżącej (faktury
o numerach [...],[...] i [...]) nie mogły stanowić podstawy do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony;
2) art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z art. 194 § 1, art. 121 § 1, art 123 i 124 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa, poprzez zredagowanie decyzji w części dotyczącej analizy podstaw zakwestionowania prawa do odliczenia podatku naliczonego uwidocznionego na fakturach wystawionych przez B. na rzecz Skarżącej (faktury o numerach [...],[...] i [...]) w sposób uniemożlwiający adresatowi decyzji poznanie okoliczności, które stanowiły podstawę wydania rozstrzygnięcia;
3) art. 187 § 1 i art. 191 w związku z art. 121 § 1, art. 122 i art. 124 Ordynacji podatkowej poprzez brak zebrania i wyczerpującego rozpatrzenia materiału dowodowego, a przede wszystkim brak wskazania na okoliczności i dowody, które mogłyby stanowić podstawę do oceny czy Spółka zachowała należytą staranności
w kontaktach ze swoimi kontrahentami. Ponadto naruszenie ww. regulacji polegało na braku wykazania, że faktury zakupowe nie dokumentowały faktycznych transakcji;
4) art. 2 pkt 8 lit. b, art. 41 ust. 4, art 41 ust. 7 i art. 41 ust. 11 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług w zw. z art. 106j ust. 1 pkt 5 ustawy o VAT w brzmieniu z listopada 2020 r., poprzez nieuwzględnienie skutków korekty faktury
i w konsekwencji uznanie, że transakcja udokumentowana fakturą wystawioną na rzecz N.1. powinna zostać rozliczona przez Skarżącą ze stawką właściwą dla dostaw krajowych a nie stawką 0% właściwą dla eksportu towarów;
5) art. 86 ust. 1 i art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy o VAT poprzez uznanie, że faktury zakupowe (faktury: z 7 kwietnia 2010 r. nr [...] - wystawiona przez A – A.G. oraz 3 faktur nr [...] z 7 kwietnia 2010 r., nr [...] z 13 lipca 2010 r. i nr [...] z 5 sierpnia 2010 r. - wystawionych przez K. sp. z o.o. (obecna nazwa spółki to B.) nie uprawniały Skarżącej do odliczenia podatku VAT jako stwierdzające czynności, które nie zostały faktycznie dokonane.
W oparciu o sformułowane zarzuty Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji i decyzji ja poprzedzającej Naczelnika US oraz umorzenie postępowania
w sprawie a także o zasadzenie od Dyrektora IAS kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
4. W odpowiedzi na skargę Dyrektor IAS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.
5. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku wyrokiem z dnia 23 czerwca 2021 r. sygn. akt I SA/Gd 291/21 oddalił skargę.
6. Od wydanego w sprawie wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego
w Gdańsku skargę kasacyjną złożyła V. Sp. k. z siedzibą w G. (obecnie: V. Sp. j. z siedzibą w G.) wnosząc m. in. o jego uchylenie w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Sądowi pierwszej instancji. Ponadto Strona skarżąca wniosła o przeprowadzenie rozprawy oraz o zasądzenie na jej rzecz kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
6. W odpowiedzi na skargę kasacyjną organ wniósł o oddalenie skargi kasacyjnej i o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych, jak również o rozpoznanie sprawy na rozprawie.
7. Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu skargi kasacyjnej Spółki od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 23 czerwca 2021 r., wyrokiem wydanym 17 grudnia 2024 r., sygn. akt I FSK 2223/21, uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Sądowi pierwszej instancji.
W uzasadnieniu wyroku Naczelny Sąd Administracyjny podał, iż skarga kasacyjna okazała się zasadna z uwagi na postawiony w niej zarzut naruszenia art. 134 § 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 121 O.p. poprzez wydanie przez sąd pierwszej instancji wyroku z pominięciem treści uchwały składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego w sprawie I FPS 1/21, podjętej w dniu 24 maja 2021 r. (tj. w okresie zaistniałym już po dniu wniesienia skargi a przed wydaniem wyroku) i tym samym brakiem dokonania przez sąd pierwszej instancji kontroli działań administracji podatkowej w zakresie ustalenia czy doszło do instrumentalnego wykorzystania art. 70 § 6 pkt. 1 O.p.
Sąd drugiej instancji wskazując na stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego zaprezentowane w uprzednio wydanym wyroku z dnia 19 lutego 2010 r. o sygn. akt I FSK 1624/17 co do zarzutu naruszenia art. 70 § 6 pkt 1 oraz na wyrażoną w tym aspekcie (w odpowiedzi na skargę kasacyjną) ocenę organu wskazał, iż w sprawie nie powinno budzić wątpliwości, że Naczelny Sąd Administracyjny
w poprzednio wydanym wyroku wyraźnie przesądził, że argumentacja skarżącej co do instrumentalności wszczęcia postępowania karnoskarbowego nie ma dla sprawy znaczenia, bowiem: "działania organów podatkowych nakierowane na zapobieżenie przedawnieniu zobowiązań podatkowych (poprzez spowodowanie zawieszenia biegu terminu przedawnienia) i w rezultacie ich wygaśnięciu, jeżeli podejmowane są
w ramach obowiązujących przepisów prawa, nie mogą być uznane za naruszające art. 70 § 6 pkt 1 O.p. – generalnie za nadużycie prawa" oraz "podatnik musi liczyć się z tym, że organy podatkowe mają prawo podejmować działania zapobiegające przedawnieniu zobowiązań podatkowych do czasu, gdy termin przedawnienia upłynie".
Tym samym Naczelny Sąd Administracyjny w uprzednio wydanym wyroku w ogóle nie oceniał czy wszczęcie postępowania karnoskarbowego stanowiło nadużycie prawa.
Z kolei jak podał Naczelny Sąd Administracyjny skarżony wyrok został wydany w dniu 23 czerwca 2021 r., to jest już po wydaniu przez Naczelny Sąd Administracyjny uchwały w składzie siedmiu sędziów z dnia 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21. W uchwale tej wskazano, iż w świetle art. 1 p.p.s.a. oraz art. 1 – 3 i art. 134 § 1 p.p.s.a. ocena przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji.
Naczelny Sąd Administracyjny podał, iż rzeczona uchwała w sposób odmienny, niż to uczynił w uprzednio wydanym w wyroku w sprawie I FSK 1624/17 Naczelny Sąd Administracyjny, odnosi się do zakresu kontroli sądów administracyjnych nad prawidłowością zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w związku z wszczęciem postępowania o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Otóż
z treści powyższej uchwały wynika, że ocena przez sądy administracyjne przesłanek zastosowania w sprawie art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. nie może się opierać jedynie na kontroli przesłanek formalnych, ale również konieczne jest rozważenie, czy jedynym celem wszczęcia postępowania karnoskarbowego nie było zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. W omawianej uchwale I FPS 1/21 wskazano przy tym, że wątpliwość, co do celu wszczęcia postępowania karnoskarbowego, może powstać w szczególności gdy moment wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, jest bliski dacie przedawnienia zobowiązania podatkowego. Z kolei ocena instrumentalności powinna nastąpić w oparciu o wszechstronną analizę okoliczności sprawy, związanych ze zbliżającym się terminem przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Wobec powyższego powstało zagadnienie wzajemnej relacji pomiędzy przepisami regulującymi związanie sądów administracyjnych oceną prawną zawartą we wcześniejszych orzeczeniach, która wynika zwłaszcza z art. 153 i art. 190 p.p.s.a., a przepisem dotyczącym mocy wiążącej uchwał Naczelnego Sądu Administracyjnego - art. 269 § 1 p.p.s.a.
Zagadnienie to było przy tym przedmiotem uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego w składzie siedmiu sędziów z dnia 30 czerwca 2008 r. o sygnaturze akt I FPS 1/08. Zgodnie z jej treścią Naczelny Sąd Administracyjny przy rozpatrywaniu ponownej skargi kasacyjnej obowiązany jest - w związku z art. 269 § 1 P.p.s.a. - odstąpić od zastosowania art. 190 tej ustawy, z uwagi na podjęcie uchwały przez Naczelny Sąd Administracyjny w składzie siedmiu sędziów, zawierającej stanowisko dotyczące wykładni prawa odmienne od wyrażonego w poprzednim wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego, do którego to stanowiska zastosował się wojewódzki sąd administracyjny. W uchwale tej Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że występuje kolizja norm z art. 190 i art. 269 § 1 P.p.s.a., którą można usunąć przez ustalenie ich hierarchii (pierwszeństwa stosowania).
Uchwała ta nawiązuje co prawda do art. 190 p.p.s.a. i nie odnosi się bezpośrednio do art. 153 p.p.s.a. (który miał w dacie jej wydania inne brzmienie) jednak wynika z niej zasada, że gdy postępowanie sądowoadministracyjne jest nadal w toku, to przy wyrokowaniu odnośnie zagadnień objętych uchwałą, sąd administracyjny rozpoznający ponownie sprawę związany stanowiskiem zawartym w uchwale – o czym stanowi art. 269 § 1 p.p.s.a., chyba że się z nią nie zgadza i zainicjuje procedurę jej zmiany. Z kolei nie obowiązuje sprzeczna z uchwałą wykładnia przepisu prawa przyjęta we wcześniejszym orzeczeniu sądu administracyjnego wydanym w sprawie.
W podsumowaniu Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że w zakresie dotyczącym oceny prawidłowości zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, skarżony wyrok nie zapadł w warunkach związania oceną prawną tej kwestii zawartą w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 19 lutego 2020 r. o sygnaturze akt I FSK 1624/17. Na względzie należy mieć, że po pierwsze, Naczelny Sąd Administracyjny w tym wyroku w ogóle nie odnosił się do oceny zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z punktu widzenia instrumentalności wszczęcia postępowania karnoskarbowego oraz po drugie, że skarżony wyrok zapadł już po wydaniu uchwały I FPS 1/21, która w sposób odmienny odnosiła się do możliwości oceny przez sądy administracyjne przesłanek zastosowania przez organy podatkowe art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p.
Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że dla przedmiotowego postępowania istotne są dwa wnioski, które można wywieść z uchwały I FPS 1/21. Po pierwsze, że kontrola instrumentalności wszczęcia postępowania mieści się w zakresie kompetencji sądów administracyjnych, po drugie, że w przypadkach wątpliwych kwestia ta powinna znaleźć odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji podatkowej, aby umożliwić sądowi administracyjnemu kontrolę prawidłowości zastosowania w sprawie art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. Przy czym należy mieć na uwadze, że kontrolowana przez WSA decyzja została wydana jeszcze przed podjęciem wymienionej uchwały NSA. Dlatego też ewentualne wady uzasadnienia tego aktu w omawianym zakresie powinny być oceniane w kontekście ich wpływu na rozstrzygnięcie, z uwzględnieniem wniosków, które można wyprowadzić z materiału dowodowego znajdującego się w aktach sprawy.
W ocenie Sądu drugiej instancji Skarżąca zasadnie w skardze kasacyjnej wskazała, że kwestia instrumentalności wszczęcia postępowania karnoskarbowego
w przedmiotowej sprawie może budzić wątpliwości, z uwagi na bliski termin przedawnienia zobowiązania podatkowego. Postępowanie karnoskarbowe wszczęto
w dniu 14 września 2015 r., przy czym liczony zgodnie z art. 70 § 1 O.p. termin przedawnienia zobowiązania podatkowych w podatku od towarów i usług za miesiące od kwietnia do sierpnia 2020 r. upływał z końcem 2015 r. (co stanowi okoliczność bezsporną). Skarżąca wskazała następnie, że w dniu 2 października 2015 r. przedstawiono zarzuty osobom pełniącym funkcje zarządzających spółką, wyrażając pogląd, że mogło to nastąpić celem uniknięcia przedawnienia karalności czynu. Następnie w dniu 1 lutego 2016 r. wydano postanowienie o zawieszeniu dochodzenia
z uwagi na toczące się postępowanie podatkowe, a w związku z przedawnieniem karalności czynów objętych prowadzonym dochodzeniem z końcem 2020 r, organ prowadzący postępowanie przygotowawcze postanowił umorzyć dochodzenie.
Skoro zatem kwestia instrumentalności wszczęcia postępowania karnoskarbowego w niniejszej sprawie może budzić wątpliwości, to powinna być poddana ocenie. Mając na względzie zasadę dwuinstancyjności postępowania sądowego, zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, sąd pierwszej instancji powinien odnieść się w pierwszej kolejności do oceny przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c o.p. w sposób zgodny z uchwałą Naczelnego Sądu Administracyjnego w składzie siedmiu sędziów z dnia 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21.
8. W piśmie procesowym z dnia 27 maja 2025 r., Skarżąca zaprezentowała dodatkową argumentację odnoszącą się do kwestii związanej z wydaniem decyzji przez organy podatkowe obu instancji w warunkach przedawnienia zobowiązania podatkowego, zarzucając, że w niniejszej sprawie doszło do instrumentalnego wszczęcia postepowania karnego skarbowego. Do pisma dołączone zostały załączniki dotyczące prowadzonego postępowania w sprawie karnej skarbowej.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:
9.1. Skarga jest zasadna.
9.2. Zgodnie z art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2022 r. poz. 2492 ze zm.) sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Z kolei, przepis art. 3 § 2 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r. poz. 935 ze zm., dalej jako "p.p.s.a."), stanowi, że kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne.
W wyniku takiej kontroli decyzja podlega uchyleniu w razie stwierdzenia przez Sąd: naruszenia prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, naruszenia prawa dającego podstawę wznowienia postępowania administracyjnego, lub innego naruszenia przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a, b i c p.p.s.a.). W razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części (art. 151 p.p.s.a.).
Z przepisu art. 134 § 1 p.p.s.a. wynika z kolei, że Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, (która to regulacja nie znajduje zastosowania w niniejszej sprawie).
Badając rozpoznawaną sprawę w tak zakreślonej kognicji, Sąd stwierdził naruszenie przepisów postępowania, które skutkowało koniecznością wyeliminowania z obrotu prawnego zaskarżonej decyzji Dyrektora IAS.
9.3. Dokonując sądowej kontroli zaskarżonego rozstrzygnięcia należy zaznaczyć, że Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 17 grudnia 2024 r., sygn. akt I FSK 2223/21, uchylił w całości zaskarżony wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 23 czerwca 2021 r., sygn. akt I SA/Gd 291/21, w sprawie ze skargi Spółki na stanowiącą przedmiot niniejszego postępowania decyzję Dyrektora IAS z dnia 18 stycznia 2021 r., oraz przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Gdańsku.
Uchylenie zaskarżonego wyroku przez Naczelny Sąd Administracyjny i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania skutkuje powrotem do takiej sytuacji, która istniała przed wydaniem wyroku przez Wojewódzki Sąd Administracyjny. Stosownie jednak do treści art. 190 p.p.s.a. wojewódzki sąd administracyjny, któremu sprawa została przekazana do ponownego rozpoznania, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny.
Możliwość odstąpienia od zawartej w orzeczeniu Naczelnego Sądu Administracyjnego wykładni prawa może nastąpić jedynie w sytuacjach wyjątkowych, w szczególności, jeżeli stan faktyczny sprawy ustalony w wyniku ponownego jej rozpoznania uległ tak zasadniczej zmianie, że do nowo ustalonego stanu faktycznego należy stosować przepisy prawa odmienne od wyjaśnionych przez Naczelny Sąd Administracyjny (por. wyrok SN z dnia 9 lipca 1998 r. sygn. akt I PKN 226/98, OSNAP 1999, nr 15, poz. 486), jak również w przypadku, gdy przy niezmienionym stanie faktycznym sprawy, po wydaniu orzeczenia przez Naczelny Sąd Administracyjny, zmienił się stan prawny (tak: H. Knysiak-Molczyk [w:] H. Knysiak-Molczyk, M. Romańska, T. Woś, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, Wydawnictwo Prawnicze LexisNexis 2005).
Odnosząc przedstawione powyżej rozważania do okoliczności rozpoznawanej sprawy, Sąd w składzie orzekającym nie stwierdził zaistnienia przesłanek umożliwiających odstąpienie od oceny prawnej wyrażonej w wyżej przywołanym wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego. Oznacza to, że dalsze rozważania na temat legalności zaskarżonego aktu będą prowadzone w oparciu o stanowisko Sądu wyższej instancji, zawarte w uzasadnieniu wyroku z dnia 17 grudnia 2024 r., sygn. akt I FSK 2223/21.
9.4. Istota sporu w niniejszej sprawie dotyczy prawidłowości zastosowania w sprawie art. 88 ust. 3a pkt pkt 4 lit. a) u.p.t.u. i wyłączenia na tej podstawie prawa Skarżącej do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT, w których jako sprzedawców wskazano A. – A.G. oraz B. sp. z o.o., wobec stwierdzenia przez organy podatkowe, że ww. faktury stwierdzały czynności, które w rzeczywistości nie zostały wykonane. W zakresie podatku należnego sporna jest kwestia dotycząca spełnienia przez spółkę warunków pozwalających na uznanie transakcji udokumentowanej fakturą nr I SA/Gd 291/21 za eksport pośredni i opodatkowania jej stawką podatku VAT 0%.
Jednakże kwestią pierwszorzędną w kontrolowanej sprawie jest ocena, czy nie doszło – jak twierdzi Dyrektor IAS- do przedawnienia zobowiązania podatkowego Spółki w podatku od towarów i usług za miesiące od kwietnia do sierpnia 2010 r., ze względu na zawieszenie biegu terminu przedawnienia.
Zgodnie bowiem z art. 70 § 1 O.p. zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku.
Mając powyższe na uwadze co do zasady, w sytuacji gdyby w niniejszej sprawie nie zaistniała żadna z okoliczności skutkujących zawieszeniem lub przerwaniem biegu terminu przedawnienia, zgodnie z art. 70 § 1 O.p., przedawnienie zobowiązania podatkowego oraz określenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za miesiące od kwietnia do sierpnia 2010 r. nastąpiłoby z dniem 31 grudnia 2015 r., co jest okolicznością bezsporną.
Natomiast jak stanowi art. 70 § 6 pkt 1 O.p., bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Według art. 70c O.p., organ podatkowy właściwy w sprawie zobowiązania podatkowego, z którego niewykonaniem wiąże się podejrzenie popełnienia przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, zawiadamia podatnika o nierozpoczęciu lub zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w przypadku, o którym mowa w art. 70 § 6 pkt 1, najpóźniej z upływem terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 70 § 1 i 1a, oraz o rozpoczęciu lub dalszym biegu terminu przedawnienia po upływie okresu zawieszenia.
Dyrektor IAS w zaskarżonej decyzji powołał poprzedni wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 19 lutego 2020 r., sygn. akt I FSK 1624/17, którym Sąd drugiej instancji uchylił w całości wyrok WSA w Gdańsku z dnia 23 maja 2017 r, sygn. akt I SA/Gd 252/17 oraz decyzję Dyrektora IAS z dnia 7 grudnia 2016 r. NSA w wyroku tym zgodził się ze stanowiskiem, że nie doszło do przedawnienia zobowiązań podatkowych Spółki za miesiące od kwietnia do sierpnia 2010 r. Zgodnie, bowiem z art. 70 § 6 pkt 1 O.p., w dniu 14 września 2015 r., bieg terminu przedawnienia uległ zawieszeniu na skutek wszczęcia postępowania karnego skarbowego, o czym Spółkę zawiadomiono w dniu 9 października 2015 r. NSA uznał za niezasadne zarzuty skargi kasacyjnej dotyczące naruszenia art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Ponadto w zaskarżonej decyzji Dyrektor IAS stwierdził, że w dalszym ciągu trwa zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązań Spółki z tytułu podatku od towarów i usług za miesiące od kwietnia do sierpnia 2010 r. (zawieszenie z dniem 14.09.2015r.) na skutek wszczęcia postępowania karnego skarbowego, o czym Podatnik został zawiadomiony pismem z dnia 6 października 2015 r. odebranym w dniu 9 października 2015 r.
Natomiast Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 17 grudnia 2024 r., sygn. akt I FSK 2223/21 stwierdził, że w zakresie dotyczącym oceny prawidłowości zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, skarżony wyrok nie zapadł w warunkach związania oceną prawną tej kwestii zawartą w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 19 lutego 2020 r. o sygnaturze akt I FSK 1624/17. Zdaniem NSA należy mieć na względzie po pierwsze, że Naczelny Sąd Administracyjny w tym wyroku w ogóle nie odnosił się do oceny zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z punktu widzenia instrumentalności wszczęcia postępowania karnoskarbowego oraz po drugie, że skarżony wyrok zapadł już po wydaniu uchwały I FPS 1/21, która w sposób odmienny odnosiła się do możliwości oceny przez sądy administracyjne przesłanek zastosowania przez organy podatkowe art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p.
W ocenie NSA dla przedmiotowego postępowania istotne są dwa wnioski, które można wywieść z uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. akt I FPS 1/21. Po pierwsze, że kontrola instrumentalności wszczęcia postępowania mieści się w zakresie kompetencji sądów administracyjnych, Po drugie, że w przypadkach wątpliwych kwestia ta powinna znaleźć odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji podatkowej, aby umożliwić sądowi administracyjnemu kontrolę prawidłowości zastosowania w sprawie art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. Należy jednak przy tym mieć na uwadze, że kontrolowana przez WSA decyzja została wydana jeszcze przed podjęciem wymienionej uchwały NSA. Dlatego też ewentualne wady uzasadnienia tego aktu w omawianym zakresie powinny być oceniane w kontekście ich wpływu na rozstrzygnięcie, z uwzględnieniem wniosków, które można wyprowadzić z materiału dowodowego znajdującego się w aktach sprawy.
Podsumowując NSA stwierdził, że skoro kwestia instrumentalności wszczęcia postępowania karnoskarbowego w niniejszej sprawie może budzić wątpliwości, to powinna być poddana ocenie. Mając na względzie zasadę dwuinstancyjności postępowania sądowego to sąd pierwszej instancji powinien odnieść się w pierwszej kolejności do oceny przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c o.p. w sposób zgodny z uchwałą Naczelnego Sądu Administracyjnego w składzie siedmiu sędziów z dnia 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21.
Sąd w składzie orzekającym w sprawie, będąc związany wykładnią prawa dokonaną przez NSA w uzasadnieniu wyroku z dnia 17 grudnia 2024 r., sygn. akt I FSK 2223/2 wskazuje, że Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z dnia 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21 (dostępna w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych na stronie internetowej: https://orzeczenia.nsa.gov.pl – zwanej dalej "CBOSA") rozstrzygał kwestię dopuszczalności przeprowadzenia przez sąd administracyjny kontroli legalności decyzji administracyjnej, w kontekście oceny przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O. p..
W powołanej uchwale Naczelny Sąd Administracyjny wyraził stanowisko, zgodnie z którym; "W świetle art. 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U z 2017 r., poz. 2188 ze zm.) oraz art. 1 – 3 i art. 134 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2019 r. poz. 2325 ze zm.) ocena przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. O.p. (Dz. U. z 2020 r., poz. 1325) mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji".
W uchwale tej wskazano, że analiza prawidłowości zawieszenia biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. dokonywana przez Sąd w ramach rozpatrywania sprawy sądowoadministracyjnej powinna w pierwszym rzędzie koncentrować się na zbadaniu kwestii formalnych związanych z wydaniem we właściwym czasie przez odpowiedni organ postępowania przygotowawczego postanowienia na podstawie art. 303 k.p.k. w zw. z art. 113 § 1 k.k.s. o treści, z której wynika związek podejrzenia popełnienia przestępstwa lub wykroczenia z niewykonaniem zobowiązania podatkowego.
W uzasadnieniu uchwały NSA wskazał, że w ramach kontroli sądów nie można pomijać zagadnienia merytorycznego - czy na tle okoliczności danej sprawy podatkowej, związanych z bytem zobowiązania podatkowego, wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie miało pozorowanego charakteru i nie służyło jedynie wstrzymaniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Dokonanie takiej oceny powinno być wcześniej przeprowadzone przez organ podatkowy, stosujący art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. przy rozpatrywaniu sprawy podatkowej. W przypadkach wątpliwych, w szczególności wówczas, gdy moment wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe jest bliski dacie przedawnienia zobowiązania podatkowego, wyjaśnienie tej kwestii powinno znaleźć odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji podatkowej, stosownie do art. 210 § 4 O.p.
Taka informacja jest konieczna, aby z jednej strony zagwarantować podatnikowi, że postępowanie podatkowe jest prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, zgodnie z art. 121 § 1 tej ustawy. Z drugiej zaś jej zamieszczenie umożliwi następnie dokonanie oceny prawidłowości zastosowania tej instytucji przez sąd administracyjny kontrolujący akt wydany przez organ podatkowy.
Przenosząc powyższe na grunt niniejszej sprawy należy wskazać, że Naczelnik [...] US w G. w dniu [...] września 2015 r. wszczął dochodzenie wobec wspólników - osób reprezentujących Spółkę o przestępstwa skarbowe określone w art. [...] k.k.s. w zbiegu z art. [...] k.k.s., w zb. z art. [...] k.k.s. zw. z art. [...] k.k.s. i art. [...] k.k.s.
W dniu 2 października 2015 r. Naczelnik US wydał postanowienie o przedstawieniu zarzutów W.K. oraz pozostałym osobom. W dniu 29 października 2015 r. organ dochodzeniowy skierował wezwanie na przesłuchanie do W.K., którego w dniu 19 października 2015 r. zapoznał z treścią zarzutów, a następnie przesłuchał w charakterze podejrzanego zapoznając go z zarzutami.
Ponadto wskazać należy, że postanowieniem z dnia 1 lutego 2016 r. [...] Urząd Skarbowy w G. zawiesił dochodzenie przeciwko L.K., B.K., W.K. z uwagi na toczące się postępowanie podatkowe w tut. Urzędzie Skarbowym.
W dniu 22 marca 2021 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego podjął zawieszone dochodzenie. Następnie postanowieniem z dnia 24 marca 2021 r. umorzył dochodzenie, ze względu na upływ w dniu 1 stycznia 2021 r. terminu przedawnienia karalności zarzucanego czynu.
W ocenie Sądu mając na uwadze stanowisko NSA, że kwestia instrumentalności wszczęcia postępowania karnoskarbowego może budzić wątpliwości w niniejszej sprawie, z uwagi na bliski termin przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ powinien poddać ocenie czy miała miejsce instrumentalność wszczęcia postępowania w sytuacji podjęcia wyżej wymienionych czynności procesowych w trakcie prowadzonego dochodzenia.
Ponadto należy wskazać, że postępowanie w sprawie karnej skarbowej zostało zawieszone w dniu 1 lutego 2016 r. z uwagi na toczące się postępowanie podatkowe przed Naczelnikiem U.S. Natomiast pomimo zakończenia postępowania przed organem podatkowym pierwszej instancji, jak i wydaniem decyzji ostatecznej przez Dyrektora IAS w dniu 7 grudnia 2016 r. utrzymującej w mocy decyzję organu pierwszej instancji postępowanie w sprawie karnej skarbowej zostało podjęte dopiero w dniu 22 marca 2021 r., a następnie postanowieniem z dnia 24 marca 2021 r. dochodzenie zostało umorzone. W związku z powyższym również w tej kwestii istotne jest stanowisko organu podatkowego.
Nie ulega wątpliwości, że rozważania w tym przedmiocie nie zostały zawarte w zaskarżonej decyzji, a organ ograniczył się do oceny spełnienia warunków formalnych tj. informacji o zawiadomieniu w dniu 9 października 2015 r. podatnika w trybie określonym w art. 70c O.p. o wszczęciu postępowania karnego skarbowego i zawieszeniu w związku z tym biegu terminu przedawnienia.
Sąd zauważa, że rozstrzygnięcia organów były wydawane zanim Naczelny Sąd Administracyjny podjął uchwałę z dnia 24 maja 2021r. I FPS 1/21. Zatem brak stosownego uzasadnienia w zakresie faktycznych powodów wszczęcia postępowania w sprawie karnej skarbowej na niecałe 3 miesiące przed upływem terminu przedawnienia jest zrozumiały. Istotne jest natomiast to, że na podstawie akt sprawy administracyjnej Sąd orzekający na tym etapie, nie jest w stanie ocenić kwestii instrumentalności wszczęcia postępowania karnego skarbowego wobec Skarżącej.
Bez wszystkich dowodów wskazujących na przebieg postępowania karnego skarbowego nie jest możliwe potwierdzenie lub zaprzeczenie przez Sąd skuteczności zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Sąd nie może przesądzić bowiem, czy rację miał Dyrektor IAS uznając, że doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia w związku z wszczęciem postępowania karnego skarbowego, gdyż organ odwoławczy wyjaśnił w decyzji jedynie kwestie formalne.
W tym zakresie należy ponownie wskazać na uzasadnienie ww. uchwały NSA z 24 maja 2021 r. : "Dokonanie takiej oceny powinno być wcześniej przeprowadzone przez organ podatkowy, stosujący w zw. z art. 70c Ordynacji podatkowej przy rozpatrywaniu sprawy podatkowej. W przypadkach wątpliwych, w szczególności wówczas gdy moment wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, jest bliski dacie przedawnienia zobowiązania podatkowego, wyjaśnienie tej kwestii powinno znaleźć odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji podatkowej, stosownie do art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej. Taka informacja jest konieczna aby z jednej strony zagwarantować podatnikowi, że postępowanie podatkowe jest prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, zgodnie z art. 121 § 1 tej ustawy. Z drugiej zaś jej zamieszczenie umożliwi następnie dokonanie oceny prawidłowości zastosowania tej instytucji przez sąd administracyjny kontrolujący akt wydany przez organ podatkowy".
Zatem obowiązkiem organu podatkowego będzie dokonanie oceny czy czynność wszczęcia postępowania karnego skarbowego w sprawie o przestępstwo skarbowe nie została wykorzystana tylko w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia i wyjaśnienie tej kwestii w uzasadnieniu decyzji podatkowej, stosownie do art. 210 § 4 O.p. Ocena ta powinna uwzględniać okoliczności niniejszej sprawy podatkowej, związane ze zbliżającym się upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, wskazywać na podejmowane w postępowaniu podatkowym czynności dowodowe oraz na realną aktywność organu dochodzeniowego, prowadzącego postępowanie przygotowawcze.
Powyższe argumenty, w ocenie Sądu, wskazują na konieczność uchylenia zaskarżonej decyzji bez odnoszenia się do pozostałych zarzutów zawartych w skardze, co do których orzekanie byłoby przedwczesne. Dopiero rozważenie kwestii związanych z przedawnieniem zobowiązania podatkowego, w sposób potwierdzający skuteczność zawieszenia biegu terminu przedawnienia będzie dopuszczalne odniesienie się do kwestii merytorycznych. Nie jest bowiem możliwe rozważanie tych kwestii w sytuacji, gdy nie jest przesądzona dopuszczalność prowadzenia postępowania podatkowego.
9.5. Zatem Dyrektor IAS ponownie rozpoznając sprawę, w oparciu o zebrany materiał dowodowy dokona oceny wszystkich okoliczności sprawy, w zakresie czy postępowanie w sprawie karnej skarbowej nie zostało wszczęte instrumentalnie z uwzględnieniem stanowiska zawartego w uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 maja 2021r. I FPS 1/21 oraz wyroku NSA z dnia 17 grudnia 2024 r., sygn. akt I FSK 2223/21.
9.6. Mając powyższe na uwadze Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit.c) p.p.s.a., orzekł o uchyleniu zaskarżonej decyzji.
O kosztach rozstrzygnięto na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 i § 4 p.p.s.a. w zw. z § 2 ust. 1 pkt 1 lit.f rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r. Nr 1687).